Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est d’étudier la dynamique de la fasciolose au sein d’un territoire restreint, dans lequel nous pouvons simultanément suivre l’hôte intermédiaire, caractériser les habitats et échantillonner les parasites chez les hôtes définitifs et intermédiaires, afin de mieux comprendre l'épidémiologie de la fasciolose, de mieux cerner les risques d'émergence et les moyens d’y faire face. Ce territoire a donc été choisi en Camargue, sur le domaine de la Tour du Valat (Carte 3), qui couvre 2600 hectares. Le domaine comporte tous les habitats naturels représentatifs de la Camargue, avec un réseau de drainage et d’irrigation dense et une grande biodiversité d’oiseaux migrateurs, de mollusques mais aussi de mammifères sauvages comme le ragondin et le sanglier. De plus, quatre manades de taureaux pâturent sur le domaine, toute l’année : la manade de la Tour du Valat, dont les animaux ne sont pas traités aux antihelminthiques et les manades Blanc, Bon et Mailhan qui traitent les taureaux une fois par an.
Nous avons donc dans cette étude réalisé un suivi de la grande douve du foie, de son hôte intermédiaire de prédilection, Galba truncatula, et de ses hôtes définitifs sauvages et domestiques, traités et non traités.
Deux axes de recherches ont découlé de cet objectif principal.
· Premièrement, je me suis intéressée à l’écologie et à la dynamique de l’hôte
intermédiaire, Galba truncatula appelée communément limnée tronquée. Dans ce premier axe (chapitre I), je me suis posée plusieurs questions (Article 2, en
prep) :
1. Quelle est l’écologie de l’habitat des limnées ?
2. Permanence de la mise en eau des habitats : Quels impacts sur la structuration
génétique de Galba truncatula ?
3. Est-ce que la connexion entre les habitats a un effet sur la structure des populations de limnées et sur leurs dispersions ?
· Deuxièmement, je me suis penchée sur la dynamique et la circulation du parasite au sein et entre les différents hôtes définitifs (Article 3, en prep). Dans cet axe (Chapitre 2), je me suis interrogée sur les questions suivantes :
1. A quoi est associé le risque d’infection ?
2. La fasciolose a-t-elle un effet sur la santé des bovins non traités ?
3. La dynamique de la douve chez les bovins est-elle différente selon s'ils sont traités ou non ?
4. Existe-il un brassage entre douves de la faune sauvage et douves des animaux domestiques ?
Ces deux parties sont complémentaires et permettront de mieux comprendre le système douve-limnée en Camargue afin de suggérer des préconisations pratiques d’élevage (zones à risque où les troupeaux ne devraient pas aller, gestion des niveaux d'eau ou des traitements etc.).
Nous avons utilisé pour répondre à ces questions, la génétique des populations (Encadré 2). Cette discipline permet de rendre compte de l’évolution des populations. Les allèles apparaissent par mutations et sont soumis ensuite à différentes forces évolutives, telles
que la sélection naturelle, la migration entre populations, ou la dérive génétique. La génétique des populations permet, à l’aide de marqueurs génétiques, d’obtenir une « image » instantanée de la variabilité entre individus au sein des populations et entre populations. Nous utiliserons ici, des marqueurs microsatellites, qui ont l’intérêt d’être très polymorphes (forts taux de mutation) et neutres (non soumis directement à la sélection). Grâce à ces marqueurs moléculaires, des paramètres épidémiologiques importants tels que la structure de la population et le système de reproduction des hôtes et des parasites, peuvent être connus indirectement.
Encadré 2 : La génétique des populations 1. Statistiques de Wright.
Les statistiques de Wright (1951), est une approche statistique permettant de décrire la répartition de la variance génétique dans une population sous divisée et entre sous-populations. Cette approche est basée sur trois paramètres : Fis, Fst, Fit.
Ces trois paramètres permettent de mesurer le déficit en hétérozygotie à différents niveaux hiérarchiques ; autrement dit ces statistiques sont une mesure du degré de la consanguinité entre allèles à diffèrent niveaux.
Fis est donc un paramètre de la population qui mesure la consanguinité entre individus, due à l’union non aléatoire des gamètes au sein de chaque sous-population. On l’appelle aussi l’indice de fixation (F) des individus dans les sous populations (s) ou déficit en hétérozygotes.
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Fis représente donc le ratio d’hétérozygotie attendue (He) en plus ou en moins observé par rapport à l’hétérozygotie attendue (He) sous les hypothèses de Hardy-Weinberg.
Fis proche de 1 = Déficit en hétérozygotie Fis proche de 0 = Excès en hétérozygotie A partir du Fis, le taux d’autofécondation peut être estimé.
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Le Fst correspond à la consanguinité entre individus d’une même sous-population relativement à la consanguinité entre sous-populations de la population totale. Il mesure l’effet wahlund (ou structuration des populations), c’est-à-dire la part d’homozygotie des individus de la population totale (indice T) provenant de la subdivision de ces derniers en sous-populations de tailles limités (indice S), on dit aussi qu’il mesure la différentiation génétique entre sous-populations.
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Fst proche de 0 = pas de structuration
Fit est une mesure de la consanguinité dans la population totale qui résulte des deux phénomènes cités ci-dessus, en considérant les fréquences alléliques des individus au sein de la population.
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Avec Hs, l’estimateur non biaisé de la diversité génétique de Nei ( Nei et Chesser. 1983)
Le FIT, tout comme le FIS varie entre -1 et 1. Si FIT = -1 il y a un excès total en homozygotes, si FIT = 1 il y a un déficit total en homozygotes.
Les trois indices sont liés par : (1-FIT) = (1-FIS)/(1-FST)
Si toutes les populations sont à l’EHW, FIS =0 et FIT = FST. Pour les locus multialléliques, on utilise une généralisation du FST qui est le GST de Nei.
2. Ecart à l’équilibre d’Hardy-Weinberg (EHW)
L’écart à l’EHW se mesure par la quantification des hétérozygotes par rapport au nombre d’hétérozygotes attendus si la population était à l’EHW.
Dans le cas où on retrouve un déficit en hétérozygotes par rapport à l’EHW on peut supposer un effet Walhund (i.e. sous-structuration non détectée lors de l’échantillonnage), une sélection contre
les hétérozygotes, une tendance à l’homogamie, au croisement entre apparentés voire à l’autofécondation.
Dans le cas où on retrouve un excès en hétérozygotes, on peut suspecter de l’hétérosis (ou vigueur