Partie 3 : Les Déubiquitinases de la famille USP
A. Le monde de l’ubiquitine I. Machinerie de mise en place
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Partie 3 : Les Déubiquitinases de la famille USP
A. Le monde de l’ubiquitine
I. Machinerie de mise en place
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! Figure 17. La molécule d’ubiquitine.
A. Représentation de la structure de l’ubiquitine (Code PDB :
1UBQ). La Glycine 76 de l’extrémité C-terminale est mise en évidence. B. Localisation des principales lysines qui sont impliquées dans la formation de chaines de polyubiquitine (en bleu). La figure est adaptée de (Hurley et al, 2006).
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! Figure 18. La machinerie d’ubiquitination.
Représentation schématique de la cascade enzymatique menant à l’ubiquitination d’un substrat (S). Dans un premier temps, l’hydrolyse d’une molécule d’ATP permet la formation d’une liaison thio-ester entre une cystéine de l’enzyme d’activation E1 et l’extrémité C-terminale de l’ubiquitine. Celle-ci est ensuite transférée sur une cystéine d’une enzyme de conjugaison E2. Enfin, l’ubiquitine est fixée sur une lysine d’un substrat par une enzyme E3 ligase. Les E3 ligases possédant un domaine RING facilitent le transfert de l’ubiquitine de l’E2 vers le substrat alors que pour les E3 ligases présentant un domaine HECT, l’ubiquitine lie transitoirement l’E3 ligase avant d’être transférée sur le substrat. Dans les deux cas, les E3 ligases participent à la reconnaissance spécifique du substrat. Les pointillés rouges retracent le cheminement de la molécule d’ubiquitine vers son substrat. La figure est adaptée de (Hochstrasser, 2006).
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! Figure 19. Conformation adoptée par les différents types de chaines de polyubiquitine.
Représentation de la conformation de chaines de quatre ubiquitines liées par les Met1, Lys48, Lys63, et Lys11. Les chaines liées par les Lys11 et Lys48 adoptent des structures compactes alors que les chaines linéaires ou liées par la Lys63 sont allongées. Pour ces deux derniers types de chaines, l’ubiquitine proximale (celle dont l’extrémité C-terminale est libre ou liée à un substrat) et l’ubiquitine distale (à l’opposé de l’ubiquitine proximale) sont représentées. Les références PDB des différentes structures sont : Met1, 2W9N ; Lys48, 2O6V ; Lys63, 2JF5 et Lys11, 2XEW). La figure est adaptée de : (Behrends & Harper, 2011).
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II. Une multitude de fonctions exercées par l’ubiquitine
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