Marqueurs

Un certain nombre de marqueurs ont été envisagés, mais tous n’ont pas été retenus. Certains n’ont pas été utilisés pour la phylogénie générale des acanthomorphes mais sur une partie de

l’échantillonnage seulement2.

6.2.1. Les ADN ribosomiques

L’ADN ribosomique 28S est un marqueur nucléaire présent en copies répétées, ce qui permettait son séquençage avant l’invention de la PCR. C’est donc naturellement que les premières études

sur la phylogénie des acanthomorphes l’ont utilisé (WILEYet al., 2000; CHENet al., 2003).

Les ADN ribosomiques mitochondriaux 12S et 16S étaient déjà séquencés pour un certain

2Dans le cadre d’une étude centrée sur la position phylogénétique des Tetraodontiformes en collaboration avec Francesco SANTINI, Cmos, TMO et RAG1 ont été utilisés (article en préparation).

nombre d’espèces quand Wei-Jen CHENa commencé sa thèse. Le jeu de données a donc été

enrichi au cours des thèses de Wei-Jen CHENet d’Agnès DETTAÏ.

Cependant, les ARN ribosomiques ne sont pas codants. On ne peut donc pas se baser sur un

cadre de lecture pour les aligner3. Par ailleurs SMITHet WHEELER(2004, 2006), MIYAet al.

(2005), HOLCROFT(2005), CHENet al.(2007), SMITHet CRAIG(2007) et YAMANOUEet al.

(2007) utilisent ces marqueurs, ce qui rend les comparaisons de résultats entre équipes moins

parlantes4. La thèse d’Agnès DETTAÏayant montré le faible intérêt de ces marqueurs à l’échelle

des acanthomorphes, ils n’ont pas été repris pour l’extension de l’échantillonnage taxinomique.

6.2.2. La Rhodopsine

C’est en fait un rétrogène du gène de la rhodopsine (protéine constituant de certains

photorécep-teurs). Il n’y a donc pas d’introns. Les sondes (CHENet al., 2003) sont relativement bonnes et le

jeu de données déjà constitué assez conséquent, d’autant plus qu’une portion de ce marqueur est utilisée par le projet Fishtrace (http://www.fishtrace.org/gb/main.htm).

CHENet al.(2003) ont montré un biais dans l’usage des différentes bases selon les taxons pour

ce gène, ce qui perturbe la reconstruction phylogénétique. Ce marqueur a néanmoins été gardé en raison du large échantillonnage taxinomique déjà séquencé, de la relative facilité à obtenir de nouvelles séquences, et de la résolution globalement satisfaisante qu’il apporte pour certains clades.

6.2.3. MLL4

Des amorces pour ce fragment de l’exon 26 du gène Mixed-Lineage Leukemia-Like 45 ont été

mises au point par Agnès DETTAÏà partir des séquences de Danio rerio, Takifugu rubripes

et Tetraodon nigroviridis. Ce marqueur est efficace : avec environ 500 nucléotides, il permet

d’obtenir des résultats en assez bon accord avec ceux obtenus par MIYAet al.(2003, 2005) à

partir de génomes mitochondriaux complets. Il a donc été gardé dans la présente thèse.

6.2.4. IRBP

Ce marqueur, fragment du module 1 du gène 2 de l’Inter-Retinoid Binding Protein (une protéine transportant le rétinal et le rétinol dans la rétine), était déjà utilisé en phylogénie des mammifères

3Outre les problèmes directement liés à l’alignement, l’absence de cadre de lecture rend par ailleurs la détection d’erreurs de séquençage ou d’interprétation du chromatogramme plus difficile. Certains préfèrent cependant ne pas se fier à un cadre de lecture pour « nettoyer » leurs séquences pour ne pas risquer de sur-interpréter le chromatogramme.

4L’équipe de MIYAet al., bien que séquençant des génomes mitochondriaux complets excluait ensuite les ADN ribosomiques 12S et 16S de leurs analyses en raison des difficultés d’alignement. Depuis leur publication de 2005, ils ont réintégré ces deux marqueurs.

Partie II Chapitre 6

(DEBRYet SAGEL, 2001). Il a été adapté par DETTAÏet LECOINTRE(2008) aux acanthomorphes,

pour lesquels il semble bien résoudre les relations de parenté. Il donc a été retenu ici, malgré quelques difficultés en PCR ; un nombre relativement élevé d’amorces ayant dû être défini.

6.2.5. C-mos

Ce gène, impliqué dans la régulation du cycle cellulaire, a été utilisé avec succès en phylogénie

des amphibiens (GRAYBEAL, 1994), des squamates (SAINTet al., 1998) ou des oiseaux (COOPER

et PENNY, 1997). Son adaptation aux acanthomorphes a été tentée par Agnès DETTAÏpuis par

Francesco SANTINI et moi-même. C-mos s’est avéré trop variable, à toutes les positions de

codon, ce qui rend l’obtention d’amorces efficaces assez difficile. Les séquences obtenues avec difficulté ont donné lieu à des résultats préliminaires décevants. C-mos n’a donc pas été retenu pour la phylogénie des acanthomorphes.

6.2.6. TMO-4c4

Ce petit fragment (environ 500 nucléotides), facile à amplifier en PCR (STREELMAN et KARL,

1997), est beaucoup utilisé à moyenne échelle chez les acanthomorphes, voire à grande échelle

en combinaison avec d’autres gènes (SMITHet WHEELER, 2004). Toutefois, dans ses papiers

postérieurs à 2004, Leo SMITHn’utilise plus TMO-4c4 (SMITHet WHEELER, 2006; SMITH

et CRAIG, 2007). Des problèmes de contamination récurrents ont jeté le doute sur un certain

nombre de séquences. En outre, les résultats préliminaires n’étaient pas très encourageants. TMO-4c4 n’a donc pas été utilisé ici.

6.2.7. RAG1

Ce marqueur est un fragment d’un gène impliqué dans la production des immunoglobulines

(Recombination-Activating Gene 1). Il est très utilisé en phylogénie des acanthomorphes (HOLCROFT,

2004, 2005; CHENet al., 2007; HOLCROFTet WILEY, 2008). Il n’a pas été utilisé dans la

pré-sente thèse car un important jeu de données pour ce marqueur est en cours de constitution

(Wei-Jen CHEN, communication personnelle) ; il est plus efficace de ne pas faire deux fois le

même travail. À l’avenir, il pourrait s’avérer utile de l’intégrer dans une analyse de fiabilité.

6.2.8. RNF213

Le marqueur RNF213 (Ring Finger Protein 2136) fait partie d’un ensemble de marqueurs

sélectionnés par Agnès DETTAÏ à partir de l’examen des génomes complets disponibles sur

Ensembl(http://www.ensembl.org/biomart/martview). Il s’agit d’une portion d’un gène codant une protéine à doigt de zinc. Ce marqueur a été testé dans le cadre de cette thèse.