Méthode de détection et quantification de l’ARN viral :

Il existe deux types de réactions de polymérisations en chaine (PCR), les quantitatives qui sont données en log, copies ou UI, les PCR qualitatives permettent uniquement d’affirmer ou d’infirmer la présence de l’ARN viral. Pour le VHC et tout autre virus il s’agit de la PCR par rétrotranscription (RT-PCR) puisque le génome est un ARN.

2.3.1.1 Quantitative ou charge virale :

La détection sanguine d’ARN du VHC prouve l’existence d’une réplication virale dans le foie, la charge virale est corrélée à la réplication hépatique il existe un parallélisme entre les deux.

Le pic de réplication est dosable quelques jours à quelques semaines après la contamination. Ce dernier va disparaitre spontanément en cas de guérison, mais dans le cas où l’infection tend vers la chronicité la charge virale va diminuer puis se stabiliser, elle demeurera généralement relativement stable pendant l’infection chronique.

En pratique clinique il est crucial de pouvoir détecter et quantifier l’ARN du VHC. Cette détection et quantification permet confirmer le diagnostic, de mettre en évidence les patients ayant une indication de traitement et d’apprécier la réponse aux traitements antiviraux. Une recrudescence de l’ARN du VHC sous traitement permet de mettre en évidence l’apparition de variants viraux résistants lors des traitements.

Le suivi thérapeutique est fondé sur la quantification de l’ARN viral, ce dernier reflète l’efficacité du traitement. La charge virale est mesurée en début de traitement on parle alors de charge virale initiale ou pré thérapeutique, puis à la 12-24ème semaine de traitement (génotype 2 et 3) et à la 48 ème semaine (génotype 1-4-5 ou 6). Afin de contrôler la réponse virologique une autre mesure sera réalisée à la 24ème semaine post- traitement. Les techniques classiques de détection et de quantification de l’ARN viral le plus souvent utilisées sont les techniques de PCR (=polymérase chain reaction).

La PCR en temps réel est la technique actuelle, très sensible avec un seuil de détection très faible de l’ordre de 10 à 15 UI. On retrouve parmi les techniques commercialisées pour la détection et la quantification de l’ARN du VHC :

-Cobas Ampliprep-Cobas Taqman (CAP-CTM, Roche Diagnostics) -Abbot real time HCV Assay (Abbot Diagnostic).

Ces deux techniques sont semi-automatisées. La technique CAP-CTM est la plus largement utilisée dans les laboratoires d’analyses médicales, pourtant elle sous estimerait de 15 à 30% la charge virale pour le génotype 2 et 4 (48).

Les autres trousses commerciales de PCR en temps réel disponibles sont : -COBAS TaqMan HCV

-Artus HCV QS-RCG assay -VERSANT HCV RNA assay.

Globalement pour l’ensemble des tests les performances analytiques sont très satisfaisantes. (49)

Deux cas de figures sont alors possibles sur le plan clinique :

Charge virale indétectable : Si la charge virale est indétectable (inférieure

ou égale à 15 UI/mL), le patient est considéré en réponse virologique soutenue (RVS), c’est-à-dire guéri. Les anticorps anti-VHC persistent après la guérison virologique et restent le témoin du contact avec le virus. Chez des patients ayant des conduites à risque persistantes (UDI, comportements sexuels à risque), une recherche régulière de la charge virale du VHC est proposée (60). En effet, l’infection guérie ne conduit pas à une immunité protectrice et la réinfection par une souche de même génotype ou de génotype différent demeure possible.

Charge virale détectable : En cas de charge virale détectable lors du

contrôle post-thérapeutique, et en fonction de l’observance et de la combinaison thérapeutique utilisée, il est important d’évoquer le risque d’émergence de variants résistants. Dans ce cas, la recherche de mutations associées à la résistance doit être mise en œuvre. Cela nécessite le séquençage des gènes cibles des antiviraux, principalement du gène NS5A, en laboratoire de virologie spécialisé (61). La détermination de ce génotype de résistance, réalisée au plus près d’un nouveau traitement anti-VHC, permet de proposer une nouvelle stratégie thérapeutique adaptée et sensible à la souche du patient. Dans ce cas, il est aussi recommandé de renouveler le génotypage pour identifier un échec ou une réinfection. Malgré l’extraordinaire évolution de l’arsenal thérapeutique en très peu d’années, quelques patients présentent plusieurs échecs thérapeutiques et sont infectés par des souches porteuses de mutations associées à la résistance qui ne permettent pas de proposer une solution thérapeutique satisfaisante.

2.3.1.2. Interprétation des résultats : -En cas d’hépatite aigue :

En cas de suspicion d'hépatite aiguë chez un malade, deux marqueurs d'infection par le VHC doivent être recherchés : les anticorps anti-VHC et l'ARN viral. Selon la présence ou l'absence de chaque marqueur, on distingue quatre profils d'interprétation :

-Si aucun des deux marqueurs n'est présent, le diagnostic d'une hépatite aiguë est improbable et le patient est considéré comme sain. En cas de forte suspicion un autre bilan sanguin sera prescrit pour la confirmation.

-Si les anticorps anti-VHC sont présents et que l'ARN viral est absent, le diagnostic d'une hépatite aiguë est peu probable, mais il faudra tout de même refaire une recherche de l'ARN viral ultérieurement, car il peut être indétectable de façon transitoire au cours de l'évolution d'une hépatite aiguë et réapparaître plus tard lorsque l'infection devient chronique.

-La présence de l'ARN viral en l'absence d'anticorps anti-VHC signe le diagnostic d'une hépatite aiguë récente, la détection d'une séroconversion survenant quelques jours à quelques semaines plus tard confirmera le diagnostic. -Enfin, si les deux marqueurs sont présents simultanément, cela permet d'affirmer la présence du virus, mais il sera difficile de différencier une hépatite aiguë d'une exacerbation aiguë d'une hépatite chronique ou d'une hépatite aiguë d'autre origine chez un patient atteint d'hépatite chronique.

-En cas d’hépatite chronique :

L’hépatite chronique se définit par la persistance de marqueurs viraux au délà de 6 mois.

Le diagnostic d'hépatite chronique C est basé sur la recherche des deux mêmes marqueurs. Ce diagnostic est posé lorsque les deux marqueurs sont présents chez un malade ayant des signes cliniques et/ou biologiques d'hépatopathie chronique (figure 11). Cependant, dans de rares cas, il est possible que les anticorps anti-VHC soient indétectables, cela peut s'observer chez les malades présentant une immunodépression sévère ou les malades dialysés ou agammaglobulinémiques.

2.3.2. Techniques de génotypage :