2.2.1 De l’oiseau à l’Homme
Le spectre d’hôte des virus Influenza Aviaires est particulièrement large. Outre les espèces aviaires sauvages et domestiques, on les retrouve chez de nombreux mammifères tels que l’Homme, le
porc, les canidés ou encore les félins (Figure 9). La transmission des virus influenza aviaires aux
mammifères se fait principalement par voie respiratoire lors de contact étroit avec des oiseaux infectés.
Figure 9: Transmission inter-espèces de virus influenza A
Diagramme représentant les transmissions inter-espèces des virus influenza A et les sous-types impliqués. Les flèches pleines représentent les transmissions directes. Les flèches en pointillés représentent une infection sporadique ou limitée des sous-types. Ainsi, des virus issus du réservoir de l’avifaune sauvage peuvent infecter des palmipèdes et des volailles domestiques. A leur tour d’autres espèces, notamment de mammifères, peuvent s’infecter au contact de volailles domestiques. Le porc semble avoir un rôle privilégié d’espèce relais qui peut générer de nouveaux virus par réassortiments entre des virus aviaires et mammifères (exemple du virus pandémique de 2009). D’après (Joseph et al., 2017).
Chez l’homme, la diffusion de VIA reste limitée, en raison de l’affinité plus marquée des VIA pour les récepteurs situés dans l’arbre respiratoire profond (cf. 2.3.1), un contact rapproché est donc nécessaire à la contamination. De plus, les virus influenza aviaires ne se répliquent pas efficacement chez l’Homme et les infections productives sont rarement établies. Toutefois, plusieurs centaines de cas humains d’infection à virus aviaires H5N1 et H7N9 ont été observés depuis 1997 et 2013, respectivement. D’autres franchissements de la barrière d’espèce directement de l’oiseau à l’homme ont été observés pour d’autres virus aviaires de sous-types H6,
H7, H9 et H10 (Figure 9). Les symptômes chez l'homme infecté par ces virus vont de la
conjonctivite, des symptômes d’une grippe saisonnière, jusqu’à la pneumonie sévère, un syndrome de détresse respiratoire aiguë, voire la mort. En particulier, le nombre croissant d'infections humaines mortelles avec les virus IAHP de sous-type H5N1 (454 décès sur 860 cas confirmés depuis 2003) et le virus IAFP de sous-type H7N9 (624 décès sur 1625 cas confirmés depuis 2013) constituent une préoccupation majeure pour la santé publique
(http://www.who.int).
Tableau 1: Nombre de cas confirmés de H5N1 chez l'Homme depuis 2003
*2003-2009 Nombre total : Les détails par année sont disponibles sur le site (http://www.who.int) **2010-2014 Nombre total : Les détails par année sont disponibles sur le site (http://www.who.int) Le nombre total de cas inclus le nombre de décès. Ces chiffres sont issus uniquement des cas rapportés et confirmés par les laboratoires. Les dates s’entendent à partir de l’apparition des symptômes. Document mis à jour le 15 Septembre 2018. D’après (http://www.who.int)
La transmission à l’homme est souvent liée à une proximité étroite avec la volaille domestique infectée, en particulier le poulet ou le canard (marchés de volailles vivantes en Asie par exemple (Wan et al., 2011)).
2.2.2 Le porc : un hôte intermédiaire clé ?
La circulation des virus influenza aviaires entre les volailles et d’autres animaux d’élevage, comme les porcs, favorisée par la mixité des élevages dans certains pays, contribue au réassortiment de différents virus Influenza A. Dans ces conditions, les virus peuvent franchir plus aisément les différentes barrières d’espèces y compris celle vers l’Homme. Par la présence des récepteurs aux VIA d’origines humaine et aviaire dans ses épithéliums respiratoires, le porc est largement reconnu comme étant un pivot de ce mécanisme (Joseph et al., 2017; Ma et al., 2009). Le virus H1N1 pandémique de 2009 d’origine porcine illustre parfaitement cela, puisqu’il résulte de
plusieurs événements de réassortiment chez le porc (Figure 10), entre des virus aviaires, humains
et porcins (Smith et al., 2009).
Figure 10: Reconstruction de la séquence d’évènements de réassortiments ayant conduit à l’émergence du VIA A(H1N1)pdm09.
Chaque couleur représente une espèce d’hôte : Aviaire (vert), porcin (rouge) et humain (violet). Les lignes colorées représentent les transmissions inter-espèces selon les gènes viraux (les 8 segments génomiques sont représentés par 8 lignes parallèles par ordre décroissant de taille). Les lignes pointillées verticales indiquent la date « moyenne » à laquelle ont eu lieu les divergences des gènes correspondant au lignage du virus. D’après (Smith et al., 2009)
Fort Dix (1976) est l’épidémie la plus significative de VIA d’origine porcine connue chez l’Homme.
Le premier triple-réassortant fut identifié en 1998 mais pour améliorer la clarté des lignages a été placé avant. Les réassortiments n’ayant aucun lien avec l’émergence du virus A(H1N1)pdm09 ont été omis.
2.2.3 Le risque pandémique
Jusqu'à présent aucune transmission interhumaine intense n’a été observée, ni pour le virus H5N1, ni pour le virus H7N9. Cependant 2 cas probables de transmission de H5N1 ont été décrits en Chine et Thaïlande suggérant qu’une transmission directe interhumaine, bien que limitée soit possible (Ungchusak et al., 2005; Wang et al., 2008). Ces deux virus aviaires font donc peser la menace de nouvelles pandémies (Bui et al., 2016). La circulation des VIA chez les oiseaux sauvages, chez les volailles domestiques et l’origine aviaire des pandémies de grippe humaine du
XXème siècle (dont la grippe espagnole de 1918) soulignent un risque de santé publique important.
Afin de pouvoir se répliquer, un virus détourne la machinerie cellulaire et l’énergie de l’hôte qu’il infecte. Cette prise de contrôle dépend de la capacité des virus à interagir avec les protéines cellulaires lors du cycle de réplication virale (Samji, 2009). Or la machinerie cellulaire aviaire est proche mais pas identique à la machinerie cellulaire humaine. Les séquences en acides aminés des protéines homologues entre Homme et oiseaux sont différentes. Par conséquent, les interactions entre protéines virales aviaires et protéines cellulaires diffèrent selon l’hôte étudié. Certaines interactions entre protéines cellulaires et protéines virales favorisent, voire sont indispensables à la réplication et/ou au maintien du virus au sein de l’hôte.