Localisation des protéines vésiculaires

L’outil PSORTb v3.0 a été utilisé pour prédire la localisation subcellulaire des protéines (Figure 24, A). Sur les 81 protéines vésiculaires identifiées 48% (39) ont pour

origine la membrane cytoplasmique (la majorité sont des protéines non caractérisées). Les protéines cytoplasmiques représentent 23% (9) des protéines identifiées, suivie par les protéines de la paroi cellulaire 4% (3) représentées par les SBP extracellulaires de la famille 5, et les protéines à localisation extracellulaire 3% (2) représentées par des protéases. 22% (8) des protéines identifiées sont de localisation inconnue.

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Tableau 8. Identification des protéines vésiculaires (LC-MS/MS).

N°Accession

UniProt ^{Gènes Protéines identifiées Score}

a (PLGS) ^Couverture (%)b PMc (kDa) pI^d COG fonction se COG

Accession peptide^Signal f Pred-Lipog

Localisation : Membrane cytoplasmique

D9TE00 Micau_5377 Multidrug-ABC transporter related 3872,667 49,67 32,495 5,66 [V] COG1131 D9TCT9 Micau_5220 Multidrug-ABC transporter related 2737,802 41,21 32,938 9,01 [V] COG1131 D9T399 Micau_2082 Teichoic acid-ABC transporter related 2562,54 67,67 28,650 9,15 [G], [M] COG1134 D9SYR4 Micau_1541 Aminoacid-ABC transporter related 2236,434 44,76 26,743 6,23 [E], [F] COG1126, _COG0194 D9SZN3 Micau_5803 Sugar-ABC transporter related 1956,224 53,99 39,747 6,27 [G] COG3839 D9TEW7 Micau_5434 Aminoacid-ABC transporter related 834,4926 48,52 28,326 5,37 [E] COG0411 D9T6F3 Micau_0332 Multidrug-ABC transporter related 706,957 30,13 33,912 5,81 [V] COG1131 D9T3U7 Micau_6202 Sodium-ABC transporter related 649,8082 27,95 27,076 6,08 [C], [P] COG4555 D9T5Z6 Micau_4388 Aminoacid-ABC transporter related 572,8488 19,93 31,380 6,21 [E] COG0411 D9T1C7 Micau_3930 Cobalt-ABC transporter related 541,3081 19,71 57,221 5,9 [P], [R] COG1122 D9TBU2 atpD ATP synthase subunit beta 12887,08 79,42 52,238 4,83 [C] COG0055 D9TBU6 atpF ATP synthase subunit beta 4597,075 41,34 19,658 5,12 [C] COG0711 TM E1UYD0 atpD ATP synthase subunit beta (Fragment) 7319,053 72,19 33,005 - [C] COG0055 D9TC10 Micau_0995 Cation diffusion facilitator family transporter 1473,32 22,06 36,151 5,5 [P] COG0053 Sec D9TC38 Micau_1023 Cell division ATP-binding protein FtsE 3629,055 54,87 25,370 10,04 [D], [U] COG2884, _COG0630 D9T792 Micau_4572 Cytochrome c oxidase subunit 2 3634,832 35,6 35,736 8,55 [C] COG1622 TM D9T184 Micau_3887 Daunorubicin resistance ABC transporter _{ATPase subunit} 3132,836 72,87 34,529 5,04 [V] COG1131 D9TAU1 Micau_0832 Daunorubicin resistance ABC transporter _{ATPase subunit} 1408,241 43,26 35,228 5,53 [V] COG1131 D9SXJ6 Micau_1378 Nitrogen regulatory protein P-II 6702,51 71,43 12,151 5,68 [T], [E] COG0347 D9SZF7 pstB Phosphate import ATP-binding protein PstB 2515,77 31,01 28,840 7,68 [P] COG1117 D9T5N3 Micau_2291 Preprotein translocase_ YajC subunit 2447,788 50,41 13,271 5,45 [U] COG1862 TM D9T628 lgt Prolipoprotein diacylglyceryl transferase 746,4377 29,58 45,218 4,89 [M] COG0682 Sec

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D9SXL1 Micau_1393 Signal peptidase I 4162,99 64,29 23,637 4,87 [U] COG0681 TM D9SXJ3 ftsY Signal recognition particle receptor FtsY 752,742 19,44 41,919 4,93 [U] COG0552 TM D9TDV7 Micau_5334 Succinate dehydrogenase 14275,96 57,77 70,374 5,83 [C] COG1053 D9T3A0 Micau_2083 Transport permease protein 2503,251 17 33,476 10,09 [G], [M] COG1682 TM D9TEE9 Micau_1316 Uncharacterized protein 22963,26 44,51 17,613 10,14 - - Sec D9T8Y2 Micau_0694 Uncharacterized protein 6711,551 42,31 5,616 8,19 - - Sec D9TC78 Micau_1064 Uncharacterized protein 3736,053 38,57 22,782 6,32 - - Sec D9T5Q7 Micau_2315 Uncharacterized protein 2177,215 49,67 16,306 10,8 - - Sec D9T7H5 Micau_0440 Uncharacterized protein 1870,273 61,98 21,990 9,51 [S] COG4894 D9T4R3 Micau_2229 Uncharacterized protein 1228,177 55,69 17,282 4,34 - - D9TEM3 Micau_3378 Uncharacterized protein 1037,965 32,13 37,699 7,71 - -

D9SY07 Micau_3524 Uncharacterized protein 982,7167 14,91 11,913 8,19 - - Sec

D9TC42 Micau_1027 Uncharacterized protein 730,8719 32,17 32,246 4,89 - - Sec + D9T6R6 Micau_2412 Uncharacterized protein 672,9376 25,09 27,765 11,23 - - Sec

D9TCT5 Micau_5216 Uncharacterized protein 630,6512 29,35 28,911 8,02 [S] COG3595 D9T3R7 Micau_4233 Uncharacterized protein 618,0241 14,65 16,550 4,86 [O] ^COG1585, _COG1030 Sec D9T7D9 Micau_4619 Uncharacterized protein 550,3555 8,73 25,190 11,64 - - TM

Cytoplasme

D9SZI1 groL 60 kDa chaperonin 1183,385 38,89 56,939 4,86 [O] COG0459 D9TEW2 groL 60 kDa chaperonin 867,5671 47,9 57,365 5,02 [O] COG0459 D9TBU0 atpC ATP synthase epsilon chain 1748,762 81,52 9,519 4,66 [C] COG0355 D9TBU3 atpG ATP synthase gamma chain 3421,883 64,08 33,497 8,7 [C] COG0224 D9TBU4 atpA ATP synthase subunit alpha 8157,14 58,73 59,912 5 [C] COG0056 D9TBU5 atpH ATP synthase subunit delta 4453,672 54,58 29,038 5,38 [C] COG0712 D9T3R6 Micau_4232 Band 7 protein 12932,56 47,55 39,891 5,78 [O] COG0330 Sec D9TDB6 Micau_1192 DSBA oxidoreductase 10340,05 41,6 25,597 6,84 [O] ^COG2761, _COG1651 TM D9TF62 tuf Elongation factor Tu 1850,467 60,71 44,154 5,31 [U], [J] COG2229, _COG0050

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D9T495 Micau_0094 Forkhead-associated protein 1359,358 45,06 26,797 5,38 [T] COG1716 D9T7E1 Micau_4621 Glutamine synthetase 765,0633 30,59 53,373 5,23 [E] COG0174 D9T6M2 Micau_0401 NADH-quinone oxidoreductase 3973,355 48,71 87,753 5,23 [C] COG1034 D9T6L8 nuoC NADH-quinone oxidoreductase subunit C 1015,659 27,57 27,051 4,97 [C] COG0852 Sec D9T6L9 nuoD NADH-quinone oxidoreductase subunit D 5222,472 70,07 49,205 5,33 [C] ^COG0649, _COG3261 D9T6M0 Micau_0399 NADH-quinone oxidoreductase subunit E 914,6355 45,05 38,008 4,87 [C] COG1905 D9T6M1 Micau_0400 NADH-quinone oxidoreductase subunit F 2164,085 49,09 48,131 6,36 [C] COG1894 D9T788 Micau_4568 Response regulator receiver 2194,891 33,33 14,488 4,48 [K], [T] COG3279 D9TDV8 Micau_5335 Succinate dehydrogenase and fumarate _{reductase iron-sulfur protein} 7157,916 37,77 41,335 6,1 [C] ^COG0633, _COG0479 D9T9Z1 Micau_0794 Uncharacterized protein 1907,381 44,94 34,979 4,13 - -

Paroi bactérienne

D9T8P6 Micau_0606 Extracellular solute-binding protein family 5 16926,61 68,23 56,048 5,33 [E] COG0747 Sec + D9TE31 Micau_5408 Extracellular solute-binding protein family 5 8169,807 44,97 59,071 4,85 [E] COG4166 Sec + D9TCD2 Micau_3101 Extracellular solute-binding protein family 5 695,6727 40,5 60,904 6,39 [E] COG0747 Tat +

Extracellulaire

D9T423 Micau_6278 Peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin 2228,877 50,59 69,831 7,22 [O] COG1404 Sec D9T6P7 Micau_0426 M6 family metalloprotease domain protein 896,2578 26,58 88,606 4,93 [O] COG4412 Sec

Inconnue

D9T9X2 Micau_0774 Basic membrane lipoprotein 1653,868 54,14 37,477 4,99 [M] COG1744 Sec + D9T8U4 Micau_0656 DivIVA domain 2304,405 32,86 21,990 4,38 - - Sec

D9T5Z9 Micau_4391 Extracellular ligand-binding receptor 8465,542 76,94 39,639 4,9 [E] COG0683 Sec + D9TBK2 Micau_5041 Extracellular solute-binding protein family 1 6031,032 71,08 48,284 4,86 [G] COG1653 Sec + D9SYR3 Micau_1540 Extracellular solute-binding protein family 3 9671,172 63,99 33,293 5,22 [E], [T] COG0834 Sec + D9T5Z4 Micau_4386 Extracellular solute-binding protein family 3 606,5266 30,23 31,412 4,6 [E], [T] COG0834 Tat + D9T4B3 Micau_0112 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase family 2 662,024 26,88 72,567 5,72 [M] COG3023 Sec

D9T6M4 nuoI NADH-quinone oxidoreductase subunit I 1294,148 41,4 24,000 5,89 [C] COG1143

D9SZF4 Micau_5723 Phosphate-binding protein PstS 883,2556 20,71 37,963 5,28 [P] COG0226 Sec + D9TE36 Micau_5413 Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme 2821,427 31,33 43,401 7,13 [I] COG0688

79

D9T4Y0 Micau_4277 Putative lipoprotein 2010,479 45,17 34,079 6,32 [O] COG3591 Sec D9T0J7 Micau_5863 Substrate-binding region of ABC-type glycine _{betaine transport system} 1629,533 42,81 34,201 4,9 [E], [M] ^COG0747, COG1732,

COG1732 ^{Sec +} D9T0P7 Micau_5914 TAP domain protein 5542,046 41,05 63,510 8,74 [H], [R] COG0596 Sec

D9SXR3 Micau_1446 Uncharacterized protein 2536,116 46,17 41,537 10,89 [G] COG2133 Sec D9SXU9 Micau_3466 Uncharacterized protein 1619,994 60,24 9,531 8,17 - -

D9T3W8 Micau_6223 Uncharacterized protein 1006,516 31,8 25,118 5,62 [S] COG2013 D9T557 Micau_4354 Uncharacterized protein 659,5745 42,05 33,089 6,31 - - D9SZW8 Micau_1695 UspA domain-containing protein 1524,528 38,54 30,027 4,97 [T] COG0589

a. Le Score représente les résultats de l’analyse PLGS contre la base de données SwissProt (Plus le score est élevé, plus l’identification est fiable). b. Taux de couverture de la séquence protéique par les peptides identifiés.

c. Poids moléculaire calculé des protéines identifiées (kDa).

d. Point isoélectrique théorique des protéines identifiées (en fonction de leur composition en acides aminés).

e. Fonctions des différentes protéines identifiées (établies à partir des clusters des groupes de protéines orthologues, COGs ), COG fonctions : [E] Transport et

métabolisme des acides aminés, [T] Mécanismes de transduction du signal, [G] Transport et métabolisme des carbohydrates, [M] Biogenèse de la paroi

cellulaire/membrane/enveloppe, [D] Control du cycle cellulaire, Division cellulaire, Réplication chromosomique, [H] Transport et métabolisme des Coenzymes, [R]

Prédiction de la fonction générale seulement, [V] Mécanismes de défense, [C] Production et conversion d'énergie, [P] Transport et métabolisme des ions

inorganiques, [S] Fonction inconnue, [U] Trafic intracellulaire, Sécrétion et transport vésiculaire, [I] Transport et métabolisme des lipides, [F] Transport et

métabolisme des nucléotides, [O] Modification Post-traductionnelle, Turnover des protéines, Chaperons, [K] Transcription, [J] Traduction, Biogenèse et structure

ribosomique.

f. Prédiction in silico du signal peptide : signal Sec, signal Tat, SM : Segment transmembranaire (http://www.compgen.org/tools/PRED-TAT/submit). g. Prédiction in silico des lipoprotéines (http://biophysics.biol.uoa.gr/PRED-LIPO/).

80

Figure 23. Distribution des protéines (vésicules/ protéome total) en fonction de leur poids

moléculaire et leur point isoélectrique (pI).

Figure 24. Localisations subcellulaires des différentes protéines vésiculaires identifiées par

LC-MS/MS.

(A) Localisation subcellulaire des protéines vésiculaires produites par la souche M.aurantiaca GF44c. (B) Localisation subcellulaire de l’ensemble du protéome de la souche

Micromonospora auratiaca ATCC 27029, utilisée comme référence pour les analyses

spectrométriques.

81

En comparaison avec la localisation des 6204 protéines constituant le protéome commun des souches Micromonospora aurantiaca ATCC 27029 / DSM 43813 / JCM 10878 / NBRC 16125 / INA 9442, qui a servi comme référence pour l’identification des protéines vésiculaires de notre extrait, on observe que la majorité des protéines sont de localisation cytoplasmique (46%), suivie des protéines membranaires (28%), les protéines extracellulaires représentent (2%), et ceux de la paroi cellulaire représentent 1%. Les protéines à localisation inconnue représentent (23%) (Figure 24, B). Ceci montre que les vésicules sont

significativement enrichies en protéines membranaires en comparaison avec le protéome de la souche.