Identification des articles

La recherche bibliographique de notre revue méthodologique systématique a utilisé la com-binaison de deux stratégies complémentaires de recherche bibliographique pour constituer la base de données initiale des articles identifiés, (i) une stratégie d’identification par recherche systématique avec des mots-clefs et (ii) une stratégie d’identification par recherche systéma-tique de la citation d’articles princeps.

La stratégie d’identification par recherche systématique avec des mots-clefs consiste en un interrogatoire systématique de différentes bases de données standards au moyen de combinai-sons prédéfinies et explicites de mots-clefs afin d’identifier tous les articles pertinents relatifs à une thématique donnée. La stratégie d’identification par recherche systématique de la cita-tion d’articles princeps consiste, quant à elle, à identifier tous les articles qui citent dans leur bibliographie le (ou les) article(s) princeps d’une thématique donnée. La combinaison de ces deux stratégies avait pour but de limiter le risque d’ignorer des études considérées comme «

im-II.3. Revue méthodologique systématique

portantes » et ainsi le risque d’un biais de sélection dans les articles identifiés. La deuxième stratégie de recherche a permis en fait de vérifier l’exhaustivité des articles obtenus par la pre-mière stratégie de recherche, de rechercher un biais de sélection systématique, et si besoin pour corriger et compléter la première recherche.

Identification par recherche systématique avec des mots-clefs

Cette stratégie de recherche systématique s’est basée sur l’interrogation grâce à PubMed de la banque de données MedLine depuis la date de création de la base jusqu’au 31 decembre 2014 à l’aide de mots-clefs et d’« anti-mots-clefs » organisés grâce à des opérateurs booléens en combinaisons de recherche prédéfinies et explicites. Nous nommons « anti-mots-clefs » les mots-clefs qui ont utilisés de manière négative (avec l’opérateur « NOT » ) pour exclure des concepts non recherchés dans la revue systématique et préciser d’autant plus la recherche. Les mots-clefs et anti-mots-clefs retenus sont décrits de manière exhaustive dans le tableau II.1. MeSH désigne les « Medical Subject Headings » . Aucune limitation particulière n’a été appli-quée à cette recherche, en particulier aucune limitation de date de publication ou sur le type de journal parmi tous les journaux indexés.

TABLEAU II.1 – Mots-clefs et anti-mots-clefs retenus pour la stratégie de recherche

systéma-tique avec des mots-clefs

Mots-clefs retenus Anti-mots-clefs retenus

"bayesian"[Text Word] "Clinical Trial"[MeSH Terms] "sensitivity"[MeSH Terms] "meta-analysis"[MeSH Terms] "specificity"[MeSH Terms] "review"[MeSH Terms]

"diagnostic test"[Text Word] "Bayesian Information Criterion"[Text Word] "prediction rule"[Text Word] "bayesian classifier"[Text Word]

"decision rule"[Text Word] "decision making"[Text Word]

"humans"[MeSH Terms]

La combinaison finale retenue a été la suivante :

– (bayesian NOT "Bayesian Information Criterion" NOT "bayesian classifier" NOT "Neural Networks"[MeSH Terms])

– AND (("sensitivity"[MeSH Terms] OR "specificity"[MeSH Terms] OR "sensitivity and specificity"[MeSH Terms]) OR ("clinical prediction rule" OR "clinical decision rule" OR "prediction rule" OR "decision rule" OR "decision making"))

– AND "humans"[MeSH Terms]

– NOT ("Clinical Trial"[Publication Type] OR "Clinical Trial"[MeSH Terms]) – NOT ("Meta-Analysis"[Publication Type] OR "Review"[Publication Type])

Identification par recherche systématique de la citation d’articles princeps

Cette stratégie d’identification des articles se fonde sur l’hypothèse que les articles utilisant de l’inférence bayésienne dans leurs méthodes doivent citer au moins un des articles princeps de l’inférence bayésienne dans le type d’étude considéré. Cette hypothèse paraît acceptable étant donné que l’utilisation de ces méthodes n’est pas extrêmement répandue, la justification de leur utilisation dans les articles paraît donc très probable.

Cette recherche a été réalisée à partir de la plate-forme ISI Web of Knowledge (Thomson Reuters, Philadelphia, PA) [55] qui interroge la base de données Web of Science (format web de la base de données ISI Citation Indexes [56]). Cette plate-forme permet différent types de recherche bibliographique et peut notamment être utilisée pour localiser dans la littérature les articles qui citent dans leur bibliographie un article donné. La recherche a été faite depuis la date de création de la base jusqu’au 31 décembre 2014. À nouveau, aucune limitation particulière n’a été appliquée à cette recherche.

Les deux articles suivants ont été sélectionnés comme articles de référence de l’inférence bayésienne dans les études diagnostiques et ont servi à cette recherche systématique :

– Joseph et al. 1995 [16] :

Joseph L, Gyorkos TW, Coupal L. Bayesian Estimation of Disease Prevalence and the Parameters of Diagnostic Tests in the Absence of a Gold Standard. Am J Epidemiol 1995 ;141(3) :263-272.

– Dendukuri et al. 2001 [17] :

Dendukuri N, Joseph L. Bayesian Approaches to Modeling the Conditional Dependence Between Multiple Diagnostic Tests. Biometrics 2001 ;57(1) :158-167.

L’article de Joseph et al. [16] a été choisi car c’est l’article qui présente la première utilisation d’un modèle avec une inférence bayésienne dans une étude diagnostique pour pallier au pro-blème d’absence de gold standard. L’article de Dendukuri et al. [17] a, quant à lui, été choisi car il présente l’extension du modèle initial pour intégrer la problématique de dépendance condi-tionnelle entre les tests.

II.3. Revue méthodologique systématique

Base de données initiale des articles identifiés

Les résultats obtenus grâce aux deux stratégies d’identification ont été exportés à partir des deux bases de données électroniques, respectivement MedLine et ISI Citation Indexes, et sauve-gardés au format Bibtex. Les deux bases de données d’articles ont ensuite été importées dans le logiciel de gestion des bases de données de références bibliographiques JabRef [57]. La fusion de ces deux bases de données y a été réalisée avec une attention particulière pour la gestion et la suppression des doublons. La fin de cette étape a permis l’obtention de la base de données de départ de la revue systématique : la base de données des articles identifiés.

II.3.2.3 Sélection des articles à inclure