Une étude expérimentale est une étude de cohortes dans laquelle le facteur à évaluer (ou l’attribution de l’exposition) est fixé par l’expérimentateur.
Code couleur : Surligné bleu : variables permettant d’évaluer les possibilités d’une méta-analyse, i.e. si les données des études pourront être agrégées ou pas
Surligné gris : variables renseignées dans un second temps, i.e. si une méta-analyse est envisageable car plusieurs études ont étudié les mêmes facteurs
Nom de la variable
Description Modalités Commentaires ou définitions
Caractéristiques générales de l’étude
ID_reference Numéro d’identifiant de
la référence
Nombre Permet de faire le lien avec les auteurs, le journal, le résumé (dans une autre base de
données)
ID_etude Numéro d’identifiant de
l’étude
Nombre Une référence peut contenir plusieurs études
An_publi Année de publication Année
Typ_publi Type de publication -article de journal international
-article de journal national -acte de conférences
-rapport d’étude ou de contrat -thèse
-livre ou chapitre de livre
Lang Langue -anglais
-français -espagnol
An_etud Année de l’étude Année
Pays Pays de l’étude Pays Quel niveau de précision pour la France : région ? secteur de production ?
ex : France, Normandie, Baie des Veys
Population(s) étudiée(s)
Pop_esp Espèce de moule -Mytilus edulis
-Mytilus galloprovincialis -Mytilus trossulus
Choix multiple possible
Pop_age Classe d’âge Texte Dans un premier temps, laisser libre car ce critère est peu standardisé, puis faire des
catégories a posteriori
Pop_tail Taille des animaux Texte Dans un premier temps, laisser libre car ce critère est peu standardisé, puis faire des
catégories a posteriori
Pop_typ Type de population -élevage
-gisement -écloserie
Pop_unit Unité épidémiologique -individu
-groupe
Permet d’avoir une idée si les données des études pourront être agrégées pour une méta-analyse ou pas
Pop_unit_taille Si unité = groupe,
préciser la taille du groupe (nombre d’individus)
Nb_group_exp Nombre d’unités exposées au facteur étudié
Nombre Si l’unité est le groupe, il s’agit de noter le nombre de groupes exposés.
Nb_group_tem Nombre d’unités
témoins (non exposées au facteur étudié)
Nombre Si l’unité est le groupe, il s’agit de noter le nombre de groupes exposés.
Protocole
Nb_replic Nombre de réplicas Nombre
Duree Durée du suivi en jours Nombre
Acclim Période d’acclimatation
avant le début de l’expérimentation
-oui -non
Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne pas renseigner si l’acclimatation est le facteur étudié
Acclim_nb Durée de
l’acclimatation des moules (en jours)
Nombre Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées.
Aera_eau Aération de l’eau des
aquariums expérimentaux
-oui -non -non précisé
Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne pas renseigner si la température de l’eau est le facteur étudié
Temp_eau Température de l’eau
(en °C)
Nombre Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne
pas renseigner si la température de l’eau est le facteur étudié
Sali_eau Salinité de l’eau (en
ppm)
Nombre Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne
pas renseigner si la température de l’eau est le facteur étudié
Temp_air Température de l’air
(en °C)
Nombre Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne
pas renseigner si la température de l’air est le facteur étudié
Hygro_air Humidité de l’air (en %) Nombre Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne
pas renseigner si l’hygrométrie est le facteur étudié
Nourri Les moules sont-elles
nourries pendant l’expérimentation ?
-oui -non -non précisé
Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne pas renseigner si l’apport ou la privation de nourriture est le facteur étudié
Sedim Présence de sédiment
dans les aquariums
-oui -non
Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées. Ne pas renseigner si la présence de sédiment est le facteur étudié
Volu Volume des aquariums
expérimentaux (en litres)
Nombre Variable décrivant le contexte dans lequel les expérimentations ont été menées
Mortalité
Mort_def Définition d’une moule
morte
- absence de fermeture des valves à une stimulation tactile, même si léger mouvement
- valves ouvertes immobiles
Permet de préciser l’intégration ou non des moules moribondes, dont les valves bougent encore mais qui ne se referment pas complètement
Mort_freq Fréquence de mesure
de la mortalité dans chaque unité
Texte Dans un premier temps, laisser libre car ce critère est peu standardisé, puis faire des
catégories a posteriori
Facteur(s) étudié(s)
Fact_cat_general Facteurs étudiés dans l’étude
-caractéristiques des moules -pratiques d’élevage/de culture/de pêche
-caractéristiques de l’eau de mer -apports des milieux terrestres et aquatiques
-caractéristiques du site étudié -conditions climatiques -organismes pathogènes
Choix multiple possible
caractéristiques des moules : exemples : âge, taille, ploïdie, origine, statut
physiologique, etc.
pratiques d’élevage/de culture/de pêche : bouchots, filières, etc.
caractéristiques de l’eau de mer : température, salinité, pH, turbidité, couleur, etc. apports des milieux terrestres et aquatiques : indicateurs de la qualité
microbiologique de l’eau (E. coli…), pesticides, métaux lourds, micropolluants organiques tels que les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HABs) ou produits médicamenteux, etc.
caractéristiques du site étudié : vitesse des courants marins, nature du sol, etc. conditions climatiques : pluviométrie, indice NAO, etc.
organismes pathogènes : Vibrio splendidus, Marteilia refringens, etc.
Fact_cat_specific Facteurs étudiés dans
l’étude : détail
Ex : atrazine nanoparticules d’oxyde de zinc,…
Dans un premier temps, laisser libre car ce critère est peu standardisé, puis faire des catégories a posteriori
Voie_expo Voie d’exposition -injection
-cohabitation -balnéation -air
Cond_nb Nombre de conditions
étudiées
Nombre
Cond_detail Description des
conditions étudiées
Texte Ex : les différentes doses auxquelles les moules sont exposées, etc.
Appo_matrice Si apports des milieux
terrestres et aquatiques étudiés, matrice utilisée pour la recherche
-eau de mer -animal -sédiment -autre, préciser
Choix multiple possible
Appo_method Si apports des milieux
terrestres et aquatiques étudiés, méthode de détection et
quantification
Texte Dans un premier temps, laisser libre car les méthodes possibles sont très
nombreuses, faire des catégories a posteriori si cela s’avère nécessaire
Appo_detail Si apports des milieux
terrestres et aquatiques étudiés, détails de la méthode de détection
Copier-coller les détails Permet d’avoir une idée si les données des études pourront être agrégées pour une
méta-analyse ou pas
Op_matrice Si organismes pathogènes
étudiés, matrice utilisée pour la recherche
-eau de mer -animal entier
-animal organes, préciser
Op_method Si organismes pathogènes étudiés, méthode de diagnostic/dépistage
-PCR
-mise en culture et identification (bactéries)
-histologie -autre, préciser
Choix multiple possible
Op_detail Si organismes pathogènes
étudiés, détails de la méthode de diagnostic/ dépistage
Copier-coller les détails (milieu, temps d’incubation, température, amorces…)
Cela permettra de vérifier que les résultats sont comparables, si les méthodes le sont (car peu de méthodes de référence)
Permet d’avoir une idée si les données des études pourront être agrégées pour une méta- analyse ou pas
Mesure d’association entre la mortalité et le facteur étudié
Asso_type Type de la mesure
d’association
-concentration entraînant 50% de mortalité/CL50
-temps d’exposition à l’air entraînant 50% de mortalité/TL50
-comparaison des moyennes ou des % finales/finaux de survie/mortalité -comparaison des cinétiques de survie/mortalité
Choix multiple possible
Type de la mesure d’association entre le facteur étudié et la mortalité
Asso_mesu Valeur de la mesure
d’association
Nombre Répliquer cette variable pour chaque facteur étudié dans la cellule
Asso_p Valeur de p Nombre Reporter la valeur exacte, pas « p<0.05 »
Répliquer cette variable pour chaque facteur étudié dans la cellule
Effet_dose Effet dose observé ? -oui
-non
L’observation d’un effet-dose augmente la confiance dans les résultats de l’étude
Conclusions
Conclu Résultats principaux de
l’étude
Texte Résumé des résultats de l’étude
Revue Inclusion de l’étude dans
la revue systématique des facteurs de risque de mortalité de moules
-oui -non
Meta Intérêt de l’étude pour
une potentielle méta- analyse (i.e. analyse agrégée des données brutes de plusieurs études)
-oui -non
Une étude peut ne pas être intégrée dans la revue systématique car ses résultats ne
concluent pas sur l’identification de facteurs de risque de mortalité mais elle peut être incluse dans la méta-analyse si elle comporte des données qui ont été recueillies mais non analysées sous l’angle de recherche de facteurs de risque.
Par exemple, de nombreuses études collectent des données sur les caractéristiques de l’eau de mer (température, salinité) qui ne sont utilisées que pour contextualiser l’étude, et pas croisées avec la survenue des mortalités de moules.