Exclusion des gènes candidats FKBP1B et ASPH

1 Analyse moléculaire du gène FKBP1B

Nous avons identifié trois variations hétérozygotes non répertoriées dans le gène FKBP1B chez 3 probands (Figure 47, tableau 17) :

- c.38-12G>A

- c.199-72C>T (isoforme a, NM_004116.3) ou c.199-27C>T (isoforme b, NM_054033.2)

- c.312G>A ; p.= (isoforme a, NM_004116.3) ou c.243*114G>A (isoforme b, NM_054033.2)

Figure 47. Représentation des variatio

Il existe deux isoformes de la calstabine équivalente dans le tissu cardiaque hum d’un épissage alternatif avec une rétentio constitue le site accepteur du dernier exo sur l’isoforme a et b si la séquence de l’A

La variation c.38-12G>A a été qui avait décrit des malaises et vraie (fam 86). L’épreuve d’ef soutenue, évocatrice de TVPC c.546delT hétérozygote dans lecture à partir du codon 182 protéine (arbre généalogique, F La variation intronique c.199-7 ans décédé des complications intense (fam 87). Les troubl réanimation n’ont pas permis personnels était rapporté un sy associée. Dans les antécédent paternel à 57 ans.

La variation synonyme c.312G consultation au centre de réfé d’allure vagale depuis l’âge de ventriculaires polymorphes ave fait évoquer une TVPC. Aucun dans l’exon 4 de l’isoforme a isoforme de FKBP1B et la vari

tions identifiées sur le gène FKBP1B.

ine 2 issues de l’épissage alternatif du gène FKBP1B, présente main. L’isoforme a est désignée comme l’isoforme de référe tion de 45 pb (al) incluant un codon stop (TAG). Le AG du co exon de l’isoforme a. Les variations trouvées chez les patients l’ADNc est commune, en vert sur l’isoforme b si l’épissage es

été identifiée à l’état hétérozygote chez un prob et des palpitations à l’effort depuis l’âge de 12 ’effort avait révélé une tachycardie ventriculair PC. Ce patient est par ailleurs également port ns l’exon 5 de CASQ2, responsable d’un déc 82, entraînant un codon stop prématuré en po e, Fam 86, figure 41, p.127).

72C>T située dans l’intron 3 a été identifiée c ns neurologiques d’un arrêt cardiaque surven ubles du rythme d’origine ventriculaire enre is d’orienter avec certitude le diagnostic. Da syndrome de Wolf-Parkinson-White, sans hype ents personnels, on retiendra le décès subit

2G>A a été identifiée chez une jeune patiente référence de Nantes pour un bilan de malaise de 15 ans (fam 88). L’épreuve d’effort montra avec quelques doublets et triplets dont le caractè cun antécédent familial n’a été rapporté. Cette

e a de la protéine. L’exon 4 est codant uniq ariation est localisée dans la région 3’UTR de l’

$4:1 nte en quantité relativement érence. L’isoforme b résulte codon stop de l’isoforme b nts sont indiquées en rouge est spécifique.

oband, âgé de 20 ans, 12 ans, sans syncope laire polymorphe non orteur d’une délétion écalage du cadre de position 209 dans la

e chez un enfant de 8 venu lors d’un effort nregistrés lors de la Dans les antécédents ypertrophie cardiaque it de son grand-père

nte de 17 ans vue en aises non spécifiques trait des extrasystoles ctère bidirectionnel a te variation est située niquement dans cette

$411 Tableau 17. Résumé des données cliniques et des variations du gène FKBP1B identifiées chez trois probands.

Famille Variations identifiées cDNA (NM_004116.3) Mutations identifiées protéines Premiers symptômes (âge) Symptomes ^Paraclinique (Epreuve d’effort)

86 c.38-12G>A Altération de l’épissage ? 12 ^{Malaise et palpitations}

à l’effort et à l’émotion ^{TVP non soutenue} 87 c.199-72C>T Altération de l’épissage ? 8 ^{Décès par arrêt cardiaque}

à l’effort

FV lors de la réanimation 88 c.312G>A ; p.= ^{Altération de l’épissage,}

défaut régulation 3’UTR ? ¹⁵

Malaises répétés d’allure

vagale ^{ESV bidirectionnelles} ESV : extrasystoles ventriculaires / TVP : tachycardie ventriculaire polymorphe / FV : fibrillation ventriculaire 1

Aucune de ces trois variations ne présente un caractère pathogène évident :

- Les deux variations, c.38-12G>A et c.199-72C>T, se situent dans des régions non codantes, à distance des sites accepteurs les plus proches.

- La variation synonyme c.312G>A est située dans la région codante du dernier exon de l’isoforme a dont elle ne modifie pas la traduction et dans la région non codante 3’UTR de l’isoforme b.

Nous avons étudié in silico l’effet de ces variations sur la reconnaissance des sites d’épissage à proximité. Les résultats présentés dans le tableau 18 montrent qu’aucun logiciel ne prédit un impact pathologique d’une des variations identifiées.

Tableau 18. Etude bioinformatique de l’effet des variations identifiées sur l’épissage du gène FKBP1B.

Exon Variant Logiciels Score du site naturel Effet prédit de la variation Séquence référence Séquence avec variation 2 c.38-12G>A

GeneSplicer 13.67 12.69 Aucune modification, pas de création de site NetGene2 0.68 0.49 Aucune modification, pas de création de site 4 c.199-72C>T

GeneSplicer 8.95 / 0 8.88 / 0 Aucune modification, pas de création de site NetGene2 0.47 / 0 0.47 / 0 Aucune modification, pas de création de site 4 c.312G>A

Genesplicer 8.95 / 0 8.95 / 0 Aucune modification, pas de création de site NetGene2 0.47 / 0 0.47 / 0 Aucune modification, pas de création de site

a

Seuil de reconnaissance d’un site accepteur : GeneSplicer : 1.01 / NetGene2 : 0,2 / ASSA : 0

Lorsque deux scores sont indiqués, le premier concerne le site accepteur de l’exon 4 de l’isoforme a et le deuxième l’exon alternatif de l’isoforme b.

Au total, nous n’avons identifié aucune variation présentant un caractère pathogène évident dans le gène de la calstabine. Il serait néanmoins intéressant de regarder si l’une des variations modifie un motif de reconnaissance de facteurs d’épissage (séquences ESE, ESS, ISE, ISS) ou

$41

une régulation de la région 3’UTR. En l’absence de mutations délétères manifestes identifiées, nous n’avons pas retenu le gène FKBP1B dans la TVPC.

1 Analyse moléculaire du gène ASPH

Après analyse de la cohorte, une seule variation non répertoriée du gène ASPH a été identifiée chez un patient (ind II:2, proband, fam 89, figure 48). Il s’agissait d’un individu de 18 ans, asymptomatique, présentant un allongement paroxystique de l’intervalle QT alors que le tracé de l’électrocardiogramme de repos était normal. Ce patient avait bénéficié d’un bilan cardiaque en raison de lourds antécédents familiaux. Dans la fratrie, son frère cadet (ind II:1) et sa sœur (ind II:3) sont en effet décédés subitement à 16 et 26 ans respectivement. Son frère aîné survivant (ind II:4) et leur père (ind I:1), asymptomatiques également présentaient un tracé électro-cardiographique analogue au sien. Un traitement préventif 1-bloquants a été initié, compte-tenu de l’allongement de l’intervalle QT et du contexte familial. L’analyse de la famille était en faveur d’un mode de transmission dominant de la maladie.

Figure 48. Arbre généalogique de la famille 89.

Les symboles noirs barrés représentent les individus décédés par mort subite. Les symboles noirs non barrés, les individus asymptomatiques présentant un allongement du QT paroxystique, le cercle blanc figure la mère du proband avec un bilan négatif. La présence de la variation faux-sens identifiée chez le proband pR62H est indiquée par + pour un allèle, et son absence par -.

L’analyse des gènes KCNQ1 et KCNH2 impliqués dans le syndrome du QT long congénital de type 1 et 2 respectivement n’a pas permis d’identifier de mutation. Le séquençage du gène

ASPH a permis d’identifier une variation faux-sens hétérozygote, c.185G>A; p.R62H, située

dans l’exon 4 du gène. Il s’agit d’une substitution d’une guanine par une adénine en position 185 sur l’ADNc de l’isoforme longue de la junctine (NM_032467.3). Cette variation est située dans l’exon alternatif, présent uniquement dans l’isoforme longue de la junctine. Elle est associée au niveau protéique à la substitution d’une arginine par une histidine en position 62 de la chaîne d’acides aminés. Cette variation n’a pas été retrouvée parmi 200 chromosomes

II:1

I:2 I:1

II:2 II:3 II:4

p.R62H

-/-$;%1

témoins et n’est pas répertoriée dans les bases de données de polymorphismes. Cette variation n’a cependant pas été retrouvée chez le père du proband. Ce résultat montrant un défaut de ségrégation entre le variant et la pathologie, nos n’avons pas retenu la variation c.185G>A; p.R62H comme un variant potentiellement causal dans les troubles du rythme identifié dans cette famille.

Aucun autre variant non répertorié du gène ASPH n’ayant été retrouvé dans notre cohorte, cette étude n’a au final pas permis d’impliquer ce gène dans les TVPC. Le gène ASPH code pour la junctine, mais aussi pour la junctate et la protéine ASPH exprimées dans de nombreux tissus. Seuls les exons 6 et 7 sont spécifiques de la junctine. Une mutation en dehors de ces deux exons serait donc susceptible d’entraîner des défauts protéiques de la junctate et de la protéine ASPH associés à une atteinte pléïomorphe, responsable d’un tableau clinique distinct de la TVPC typique.