Assim que as tropas da aliança entraram em Assunção, portanto, antes da morte de López, os combates cada vez mais raros iam se transformando em batalhas diplomáticas entre os altos funcionários dos governos da região. A primeira grande discussão foi sobre a continuidade da guerra, uma vez que com a capital ocupada, não haveria mais forças materiais para uma perda na campanha. Os defensores dessa tese, entre eles Caxias, argumentavam que o Tratado da Tríplice Aliança10 seria categórico nas intenções da guerra ser exclusivamente com a finalidade de derrubar do Governo paraguaio e nada mais. Para eles, uma vez destituída a autoridade legal, moral e real do antigo presidente, não haveria motivos para prosseguir com uma campanha tão onerosa e mortífera. O Governo
10 Tratado de Alliança Offensiva e Defensiva entre o Brazil e as Repúblicas Argentina e Oriental do
Urugay contra o Governo do Paraguay – (Tratado da Tríplice Aliança), 01/05/1865, RRNE, 1872, anexo I, p. 1-28.
Imperial, especialmente o Imperador, entendia ser absolutamente essencial para os interesses brasileiros a captura do rival, trabalhando em todas as instâncias para que assim o fosse.
Enquanto a captura não ocorreria, um dos primeiros movimentos do Império para acelerar o término formal do conflito foi realizado pelo Conselheiro Paranhos, depois Visconde de Rio Branco, em tentar junto aos representantes argentinos e uruguaios a criação de um governo provisório no Paraguai. O seu objetivo era instituir, em uma atitude conjunta com os aliados, quais seriam as condições e mediante a quais delas poderiam os Governos aliados reconhecerem o novo poder legal. O seu estabelecimento era uma necessidade não só para os paraguaios, mas para todos os aliados, para que houvesse uma autoridade legal com representatividade, tendo a função de tratar das problemáticas oriundas da guerra.
A lógica que determinava as ações de Paranhos era a clássica visão dos conservadores sobre os domínios do Prata, que desde de 1868, com a volta ao poder, pretendiam desempenhar: a defesa da autonomia e independência do Paraguai e Uruguai em contraposição à influência da Argentina e suas pretensões de expansão. Dessa forma, ao almejar um equilíbrio de poder platino, conseguiria o Governo Imperial conservar o status quo da região e o mesmo tempo resguardar-se de que não seria ameaçado em seus interesses.
No dia 31 de março de 1869, trezentos paraguaios se reuniram em Assunção, nomeando nessa ocasião três membros, encarregados em nome do Governo do Paraguaio de entender-se com os plenipotenciários aliados a respeito do estabelecimento de uma autoridade que fosse a expressão “legítima da soberania popular” e que contribuísse para a derrubada dos resquícios do poder
de López e seus seguidores. (RRNE, 1869, p.3)
Em uma das primeiras conferências entre os representantes da Aliança, Paranhos ofereceu a seus colegas um apontamento de bases para os ajustes preliminares. Inicialmente afirmava que o Governo Provisório deveria ser livre escolha dos cidadãos paraguaios, constituídos por pessoas que garantissem a
paz, a estabilidade e a capacidade administrativa, definidos em eleições livres. Definia a adesão do Paraguai aos termos do Tratado da Tríplice Aliança, dessa forma, teriam direitos e autoridade moral e legal para ajustes complementares. O acordo afirmava que apesar da adesão ao Tratado garantir plena liberdade no exercício da sua soberania, no que se refere à guerra, e aos direitos dos aliados, por conta das causas e consequências da mesma guerra, ficaria ligado aquele pacto a proceder de inteiro acordo com os aliados, ou seja, reparações e outras necessidades oriundas da guerra. Além disso, o Governo Provisório não poderia entrar em contato com López ou qualquer pessoa que o represente e os generais aliados ficariam inteiramente livres e independentes do Governo provisório nas operações contra o inimigo comum, sendo esse obrigado a cooperar nas operações aliadas. Sua jurisdição civil e criminal não se estenderia aos quartéis, acampamentos e indivíduos pertencentes à Aliança, além de garantir a livre navegação dos rios às nações aliadas. (RRNE, 1869, p.3-5)
Para finalizar, sugeria nas propostas, no intuito de “animar o espirito de união entre os paraguaios e de assegurar o apoio ao novo Governo, conviria à criação de uma Junta Governativa composta por três membros”, tendo um deles o título de presidente e exercendo o poder administrativo de delegação e representação. (RRNE, 1869, p.3-5)
Logo houve divergência entre os representantes da aliança no que se refere à questão dos poderes de influir no Tratado da Tríplice Aliança pelo Governo Provisório do Paraguai. Em memorando do plenipotenciário argentino (RRNE, 1869, p.3-5), seu representante afirmava que só convinha “dar a mão aos poucos paraguaios que existem em Assunção” ajudando-os a constituírem um governo provisório que prepare a futura organização do país e que o poder de realização de Tratados, que demandam garantias futuras, seria demais para essa etapa do processo. O Governo do Uruguaio foi pelo mesmo caminho, lamentando discordar do representante de Sua Majestade Imperador do Brasil, mas entendia que a celebração dos ajustes de paz só poderia ser realizado com o Governo definitivo do Paraguai e “carregado de legitimidade popular”.
Após a troca de memorandos, em uma conferência final foram assinados dois protocolos, sendo que a proposta de Paranhos foi aceita quase na íntegra, com exceção à capacidade do Governo provisório em realizar Tratados. (RRNE, 1869, p.3-5) Essas condições foram comunicadas por nota coletiva de 8 de Junho de 1869 e assinado no dia 20 de Junho pelo Governo Provisório do Paraguai:
1. Estabelecia a paz entre o Império do Brasil, a República Argentina, a República Oriental do Uruguai e a República do Paraguai;
2. Aceitação dos Termos do Tratado da Tríplice Aliança pelo Paraguai; 3. Livre navegação dos rios as nações aliadas;
4. Os Aliados se comprometem a não influir direta nem indiretamente na política e eleição do futuro governo permanente;
5. Liberdade do Paraguai em defender sua soberania territorial, deixando os litígios de fronteira fora da lógica da conquista.
O protocolo adicional afirmava que eleições deveriam ocorrer três meses após a criação do Governo Provisório, no entanto, as eleições só foram realizadas no dia 24 de novembro do mesmo ano. Do pleito saíram vencedores: D. Cirilo Antonio Rivarola como presidente e Caio Miltos como vice. No mesmo dia foi realizado o juramento à Constituição, a primeira da história do país, redigida com bases nas constituições dos Estados Unidos, Argentina e de outros países, abrindo espaço para as negociações definitivas de paz.