Tous les chiens modernes proviendraient de la domestication des loups, il y a environ 15000 ans, et seraient issus d'un nombre limité de loups femelles d’Asie orientale [26]. Les quelques 350 races aujourd'hui répertoriées seraient le fruit d'intenses sélections et croisements effectués par l'Homme, faisant de chacune d'entre elles un isolat génétique. Cependant, toutes réunies, elles offrent un ensemble inégalé de diversité phénotypique, conférant au chien son statut de modèle irremplaçable.
1 – Origine des canidés et diversité génétique
Le chien domestique est l'espèce dont l'évolution est la plus récente parmi la famille des canidés [90]. Les données actuelles sur l'origine commune de l'espèce canine Canis familiaris à partir du Loup sont en adéquation avec les précédents travaux de J.CLUTTON-BROCK publiés en 1995 [34]. Des résultats préliminaires de comparaison de séquences de 70 fragments d'ADN génomique [45], représentant 25 kilobases, entre vingt chiens, deux loups et deux renards ont montré que la divergence entre le Renard et les chiens et loups est de l'ordre de 1%, alors que la divergence entre le Loup et le Chien n'est que de 0,1%, c'est-à-dire de l'ordre de la variation intra - espèce (S.PAGET, données non publiées, [45]). Les chiens font partie de la même superfamille que les ours, fouines, ratons laveurs, phoques…dont ils ont divergé très tôt contrairement à ces derniers.
C'est à cause de la précocité de cette divergence au sein des carnivores que le Chien et ceux-ci n'auraient en commun que des séquences dont les régions ont connu une évolution lente [90].
Différentes opinions sont apparues chez les auteurs s’étant intéressés au sujet lorsqu'il s'agit de dater plus précisément le début de la domestication de ces loups par l'Homme (estimée à 12 000 – 15 000 avant J.C.) [28, 32], ou encore d'établir les sites géographiques de cette domestication et la probable contribution d'autres espèces du genre Canis à la création du Chien que l'on connaît aujourd'hui (figure 32).
Figure 32: Phylogénie de la famille des Canidés [106].
C'est grâce à l'analyse de l'ADN mitochondrial de différentes espèces du genre Canis et leur comparaison qu'il a été possible, d’après Francis Galibert et al. [45], de réfuter l'hypothèse émise par Charles Darwin et d'autres scientifiques tels que Konard Lorentz [90] selon qui la diversité phénotypique constatée chez le Chien tenait à ses origines multiples. L'ADN mitochondrial offre de nouvelles perspectives sur la compréhension de l'évolution des espèces puisque le génome mitochondrial n'est transmis que par la mère. De plus, puisque le génome mitochondrial ne se recombine pas, l'analyse phylogénique des séquences d'ADN mitochondrial définit un arbre haplotypique unique. Les analyses ont montré que l’espèce Canis familiaris proviendrait uniquement d'un nombre restreint de Loups femelles et donc d'un pool limité d'allèles de Loups de l’Est asiatique [54]. Ce serait la domestication et l'expansion du Chien en Europe, en Asie et vers le Nouveau Monde aux côtés de l'Homme, durant lesquelles des mutations se seraient produites, qui ont abouti à l'extrême variation phénotypique actuellement observée. De telles mutations ont été suspectées rares, puisque selon Hartl et Clarck (1997), leur taux dans l'espèce canine avoisine 10-5 par gène et par génération [90]. A l'inverse, des études récentes portant sur l'ADN nucléaire [34], et en particulier sur la région génomique du complexe majeur d'histocompatibilité chez des chiens et des loups, ont expliqué la création des chiens actuels par l'intervention de plusieurs populations et de centaines d'animaux, comprenant les autres espèces du genre Canis comme le Coyote ou le Chacal par exemple. En effet, les espèces du genre Canis ont toutes le même caryotype (39 paires de chromosomes), et leur croisement semble pouvoir donner des descendants fertiles. [67]. Ainsi, il semblerait que les chiens aient une origine est asiatique ayant impliqué différentes populations, puis que la domestication les ait conduit vers l'Afrique, l'Asie, l'Australie, le Moyen-Orient, créant ainsi des races et des populations génétiquement divergentes [120].
Ces différences de résultats reflètent l'état actuel des recherches, qui restent encore fragmentaires. Cependant elles sont unanimes quant au rôle et à l'impact exercé par la domestication dans la sélection des caractères anatomiques et comportementaux reconnus dans les quelques 350 races de chiens actuellement répertoriées par la fédération cynologique internationale.
Il est difficile d'imaginer que l'expression du matériel génétique d'une seule espèce, et donc d'un seul génome, puisse donner des différences phénotypiques aussi extrêmes que celles observées entre un Yorkshire Terrier par exemple et un chien de race géante comme le Dogue Allemand. La diversité des gabarits chez le Chien est plus grande que pour n'importe quel autre mammifère, et dépasse même celle retrouvée au sein de la famille des canidés. Ceci tient à la fois à la domestication du Loup par l'Homme pour répondre à des critères de sélection différents (chiens
pour la chasse, la garde, le portage…), mais aussi aux récentes pratiques d'élevage et de sélection [120]. L'explosion des races canines au cours des deux derniers siècles représente une des plus formidables expériences génétiques jamais conduite par l'homme [90]. En effet, l'utilisation quasi-systématique des mêmes étalons "champions" afin d'exercer une sélection forte de certains phénotypes recherchés de façon spécifique pour chaque race, a contribué à la création d'autant de races. En revanche, cette extrême diversité laisse supposer que, à l'inverse du nombre très réduit de femelles à l'origine de l'espèce, le nombre de mâles a certainement dû être beaucoup plus grand lors de la domestication du Loup, afin d'enrichir le pool d'allèles utilisé bien plus tard par les éleveurs pour standardiser leurs races.
De récentes analyses [45] sur la diversité génétique de 85 races, réalisées à l'aide de marqueurs génétiques de type microsatellites, ont montré que les races peuvent être regroupées en 4 classes, en parfaite corrélation avec leurs origines géographiques, la morphologie et le rôle du chien dans les activités humaines.
Ainsi, la domestication du chien et la création par l'Homme de plus de 350 races a fourni une extrême diversité phénotypique et comportementale, mais a également eu un impact incontestablement négatif sur la santé des animaux en les prédisposant à certaines maladies génétiques héréditaires [44].
2 – Les maladies génétiques chez le Chien
Il a fallu attendre les années 1990 pour qu'un groupe américain de l'Université de Berkeley expose et propose que le Chien, avec toute sa diversité morphologique, comportementale et de sensibilité aux maladies génétiques, puisse être une espèce remarquable pour mieux comprendre le rôle et la fonction de nos gènes. En effet, le Chien et l'Homme partagent pratiquement tous leurs gènes (voir plus loin). Ces gènes ne sont certes pas organisés de la même manière sur les chromosomes, mais ils codent pour les mêmes protéines et leurs dérèglements entraînent souvent les mêmes maladies génétiques.
Comme nous l’avons vu précédemment, la domestication du Chien et la création par l'Homme de très nombreuses races ont permis une extrême diversité phénotypique, mais ont eu aussi malheureusement un impact très négatif sur la santé des animaux, en concentrant involontairement des allèles morbides ou des combinaisons non adéquates d'allèles. Ainsi, plus de 60 races de chiens ont des problèmes auditifs, comme les Dalmatiens chez qui près de 30% des individus sont atteints [22]. Une centaine de races sont sévèrement touchées par les atrophies
progressives de la rétine, équivalentes des rétinites pigmentaires humaines [107]. On comprend alors que la création d'autant de races s'est faite par une sélection d'allèles de gènes donnés, répondant à la sélection demandée par des caractères externes (poil, taille, couleur de robe, taille de la queue, aptitudes, caractère…) mais aussi entraînant la sélection d'allèles de gènes physiquement proches sur le chromosome des allèles sélectionnés, qui peuvent correspondre à des allèles de prédisposition à des maladies ou à d'autres phénotypes. Cette co-sélection involontaire d'allèles délétères pose trois problèmes majeurs pour les races et la santé des chiens: le premier est que, compte tenu des pratiques d'élevage, si les chiens atteints ou porteurs sont des "champions", la mutation non désirée au départ se propage dans la race, de façon d'autant plus rapide et grave que les mêmes champions sont fréquemment mis à la reproduction et que l'effectif de la race est petit.
Le deuxième problème est que pour les maladies ou les caractères à déclaration tardive, les animaux atteints ne peuvent pas être éliminés dès leur naissance, n'étant pas cliniquement symptomatiques.
Le troisième et dernier écueil est que pour les maladies ou caractères récessifs, les porteurs sains (chiens hétérozygotes) ne se "repèrent" pas non plus car ils n'expriment pas le phénotype, et ces chiens cliniquement sains sont porteurs de l’anomalie génétique, qu’ils transmettent à leur descendance.
Après l'Homme, le Chien est l'espèce qui bénéficie de la meilleure surveillance médicale:
plus de 400 maladies génétiques sont recensées chez le Chien [44]. La base de données du site OMIA (Online Mendelian Inheritance in Animals) (tableau 2) contient la liste des maladies et des caractères d’intérêt pour lesquels une transmission héréditaire monogénique (un seul gène est alors responsable de l'affection, et la ségrégation est dite mendélienne; cette transmission peut être récessive ou dominante) a été découverte chez le Chien, et en dénombre 122. Parmi ces derniers, 58 ont été caractérisés au niveau moléculaire. Enfin, sur le total des 482 maladies et caractères d’intérêt recensés par cette base de données, 220 ont été retrouvés chez l'Homme et trouvent en la race canine un outil précieux de recherche. Donald F.Patterson écrit en 2000 que la fréquence des maladies induites par l'environnement, telles que celles rencontrées en médecine générale, décline, tandis que celle des maladies d'origine génétique ne fait qu'augmenter [94]. Selon ce même auteur, 5 à 10 nouvelles maladies génétiques canines sont découvertes par an, et le mode de transmission n'est connu que pour 55% du total des maladies recensées. Enfin, une étude de M. Switonski et al.
[113] a montré que pas moins de 50% des maladies héréditaires chez le Chien sont spécifiques d'une race.
Tableau 2: Maladies génétiques et caractères d’intérêt animaux répertoriés en 2007 [106].
Nombre total
Ces chiffres prouvent l'importance des maladies génétiques chez le Chien. Leur étude et leur compréhension, indispensables à la compréhension des maladies homologues de l'Homme, passent généralement par la localisation du ou des gène(s) défectueux.
3 – Les différents modes de transmission des maladies génétiques [64]
a – Hérédité mendélienne et hérédité multifactorielle
Le modèle héréditaire le plus simple est la transmission d’une anomalie due à un seul gène : la transmission monogénique ou mendélienne. L’étude du pedigree permet alors, en général, de comprendre la transmission de l’anomalie.
Un défaut dû à un géne unique est donc qualifié de « mendélien ». Un animal peut être homozygote ou hétérozygote au locus du gène. Le modèle de transmission dépend alors de deux éléments : du fait que la mutation se situe sur un autosome ou sur un gonosome (lié au sexe) et du fait que le caractère soit dominant (dès que l’un des chromosomes de la paire porte un allèle défectueux) ou récessif (exprimé seulement lorsque les deux chromosomes portent un allèle défectueux).
Une autre catégorie de maladies pour lesquelles une origine génétique est reconnue résulte de l’action non pas d’un seul mais de plusieurs gènes (hérédité polygénique ou multifactorielle). Au lieu de la mise en cause d’une erreur, dans un gène, ce sont plusieurs variations mineures dans l’information génétique, associées à des facteurs environnementaux, qui entraînent ou prédisposent à la maladie.
Ces maladies, fréquentes dans les populations humaines ou animales, sont très difficiles à étudier du fait du nombre élevé de gènes impliqués et de leurs interactions entre eux et avec l’environnement.
b – Transmission autosomique récessive
Les mâles et les femelles sont atteints dans les mêmes proportions et les parents des animaux malades, s’ils ne sont pas eux même malades, sont hétérozygotes et sont appelés porteurs sains ou obligatoires. L’accouplement de deux porteurs sains produit en moyenne un quart de mâles et de femelles d’une portée, touchés par la maladie. L’accouplement d’un porteur sain et d’un malade, produit en moyenne la moitié de la portée de malades (mâles et femelles confondus). Les individus malades (forcément homozygotes) accouplés entre eux ne donnent que des individus malades.
Enfin, dans une population donnée, de nombreux individus peuvent être porteurs sains. L’usage d’accouplements consanguins, dans cette population, entraînera une augmentation de la fréquence de la maladie (figure 33).
Figure 33: Le mode de transmission autosomique récessif [64].
c – Transmission autosomique dominante
Mâles et femelles sont atteints dans les mêmes proportions et la maladie apparaît en général à chaque génération. Un individu atteint a en principe au moins un de ses parents atteint . Les mâles autant que les femelles sont aptes à transmettre la maladie à un mâle ou une femelle. Parce que les
individus atteints sont généralement hétérozygotes (l’état homozygote dans le cas des maladies dominantes est souvent létal), l’accouplement d’un atteint et d’un sain donne une portée dont la moitié de la descendance est atteinte (figure 34).
Généralement, chez un individu hétérozygote, un seul des deux allèles s’exprime : c’est l’allèle dominant, l’allèle récessif ne s’exprime pas, l’animal présente les symptômes de la maladie, on dit que la pénétrance est complète. Dans certains cas, la pénétrance est incomplète c’est-à-dire qu’un individu hétérozygote, qui devrait être malade, ne l’est pas. Il n’exprime pas son génotype. En revanche, il transmet à la moitié de sa descendance l’allèle responsable de la maladie. Sa descendance pourra elle exprimer les symptômes de la maladie.
La pénétrance incomplète est un phénomène très fréquemment observé dans le cas des maladies autosomiques dominantes. Il complique beaucoup l’étude des arbres généalogiques de ces maladies.
Figure 34: Le mode de transmission autosomique dominant [64].
d – Transmission liée au sexe
- Mode de transmission récessif lié à l’X
On observe généralement beaucoup plus de mâles que de femelles malades. Lorsque des femelles hétérozygotes, appelées porteuses saines ou conductrices, sont accouplées avec des mâles
sains, la moitié des mâles de la portée sont atteints et la moitié des femelles sont des porteuses saines (phénotypiquement normales), tandis que l’autre moitié des mâles et des femelles seront sains (ne portant pas l’allèle muté). Le gène mutant, porté par le chromosome X, n’est jamais transmis du père aux mâles de la portée (qui reçoivent du père le chromosome Y), mais est transmis à toutes ses filles par un mâle affecté (figure 35).
On obtient des femelles malades (homozygotes pour la mutation) uniquement si l’on croise une femelles porteuse avec un mâle malade. Ce cas de figure étant relativmeent rare, peu de femelles sont atteintes de maladies récessives liées à l’X.
Figure 35: Le mode de transmission récessif lié à l’X [64].
- Mode de transmission dominant lié à l’X
Les deux sexes sont touchés mais les femelles plus souvent que les mâles. Par ailleurs, les troubles sont généralement moins sévères chez les femelles malades que chez les mâles malades.
Un individu né d’une femelle affectée a un risque de 50% d’être affecté, indépendamment de son sexe. Un mâle affecté transmet le phénotype à toutes ses filles, mais à aucun de ses fils (figure 36).
Figure 36: Le mode de transmission dominant lié à l’X [64].
- Mode de transmission lié à l’Y
Seuls les mâles sont atteints. Tous les mâles affectés ont un père affecté et tous les fils d’un mâle affecté sont affectés (figure 37).
Figure 37: Le mode de transmission lié à l’Y [64].
e – Le mode de transmission maternel
La transmission se fait exclusivement par les mères car la mutation reponsable de la maladie se trouve sur l’ADN mitochondrial, où lors de la fécondation, seules les mitochondries de l’ovocyte sont conservées. Souvent, l’anomalie génétique n’est pas présente dans toutes les mitochondries
transmises à la génération suivante mais seulement dans une partie. Alors selon le taux de mitochondries mutées, la proportion de descendants malades varie dans les portées. De même, l’intensité de l’expression des symptômes peut varier d’un individu malade à l’autre. On parle alors d’expressivité variable.
L’analyse des différents modes de transmission des maladies canines a permis d'aboutir à la conclusion suivante: sur les 482 maladies ou caractères génétiques canins recensées par le site OMIA, la majorité se transmet selon le mode autosomique récessif (66%) [113]. Les maladies polygéniques quand à elles sont contrôlées par un nombre souvent inconnu de gènes. L'expression de ces derniers est de plus influencée par une multitude de facteurs environnementaux. Par conséquent l'héritabilité de telles maladies varie au sein même de chaque race ou de chaque population.
Ainsi, l'intérêt majeur du modèle canin en génétique, qu'aucun autre modèle animal n'est en mesure d'offrir, réside dans les multiples maladies héréditaires identifiées et pour lesquelles certaines races présentent des prédispositions particulières, suggérant des effets fondateurs. Ces maladies, aux tableaux cliniques généralement étonnamment similaires chez l'Homme, sont dues à des mutations affectant souvent des gènes homologues. C'est pourquoi, sur la base que le Chien pourrait représenter un modèle génétique prometteur pour la mise en évidence des relations entre génotype et phénotype, les chercheurs se sont engagés dans l'acquisition de connaissances sur son génome.
4 – Connaissance du génome canin
La connaissance de l'organisation du génome d'espèces d'intérêt est nécessaire pour des analyses génétiques plus poussées pour l'identification de gènes responsables de maladies héréditaires, les études génomiques comparatives et par la suite la mise en place d’essais thérapeutiques, en particulier de thérapie génique [113]. Depuis quelques années d'extraordinaires progrès ont été faits en cartographie du génome canin, motivés par les nombreuses perspectives que pourrait représenter le Chien comme modèle en génétique médicale.
Le génome du Chien est composé de 38 chromosomes (appelés autosomes) et des chromosomes sexuels X et Y; jusqu'à très récemment, aucune autre donnée n'était disponible pour cette espèce. En effet, les premières espèces à bénéficier de ces travaux ont été l'Homme et la Souris pour d'évidentes raisons pratiques et médicales. Dans un deuxième temps, de larges efforts
internationaux ont été réalisés pour développer et produire les cartes génomiques de nos animaux de compagnie que sont le Chien, le Chat et le Cheval [99].
Entre 1995 et 2005, des cartes canines contenant un nombre croissant de marqueurs ont été publiées [58], première étape à la construction de la cartographie génomique canine. C'est lors de la conférence d'Oslo en 1993 qu'il fut décidé de s'intéresser à la production de cartes canines. A cette époque, les trois principaux objectifs étaient : (1) développer une carte génétique canine avec des marqueurs espacés environ de 20 centiMorgan (cM); (2) établir une carte cytogénétique avec au moins deux marqueurs assignés à chaque chromosome, et (3) standardiser le caryotype canin. Les travaux sur la génétique canine, utilisant les méthodes de la génétique moléculaire, ont en réalité débuté il y a une dizaine d'années [76, 80], avec la publication de caryotypes du génome canin et sa standardisation par Switonsky et al en 1996 [46], ainsi que de premières cartographies du génome canin [45] par la mise en commun du travail de groupes américains et européens. Les premières cartes canines publiées furent des cartes d’hybrides d’irradiation. C'est ainsi que toute une collection d'hybrides a été produite [62] à partir de fibroblastes d'un chien croisé et que l'on a isolé et caractérisé 400 marqueurs canins (218 gènes et 182 microsatellites). L'intervalle moyen entre deux marqueurs sur cette carte était de 23 cR, soit une distance physique de 2,8 Mb (mégabases) [62, 63]. Une seconde carte publiée en 2000 [80] puis une troisième en 2001 [16] sont ensuite présentées avec, à chaque fois, un nombre croissant de marqueurs.
Guyon a publié en 2003 la dernière carte RH [50] qui, composée de 3270 marqueurs, ont permis une couverture quasi-complète pour tous les chromosomes et une résolution moyenne de 1 Mb. La même année a été publiée une carte à haute densité comprenant plus de 10 000 marqueurs correspondant à des gènes canins identifiés à partir d'un séquençage aléatoire, et pour lesquels les gènes orthologues (deux gènes sont orthologues s'ils sont homologues et déviés d'une spéciation) humains étaient tous identifiés. Résultat de la collaboration internationale, ce travail a cette fois –ci utilisé un nouveau panel d'hybrides d'irradiation plus résolutif (cellules canines irradiées à 9 000 rads) [67]. Une carte intégrée fut établie en compilant toutes les données obtenues par les différentes méthodes de cartographie : la FISH (hybridation in situ fluorescente), les cartes de
Guyon a publié en 2003 la dernière carte RH [50] qui, composée de 3270 marqueurs, ont permis une couverture quasi-complète pour tous les chromosomes et une résolution moyenne de 1 Mb. La même année a été publiée une carte à haute densité comprenant plus de 10 000 marqueurs correspondant à des gènes canins identifiés à partir d'un séquençage aléatoire, et pour lesquels les gènes orthologues (deux gènes sont orthologues s'ils sont homologues et déviés d'une spéciation) humains étaient tous identifiés. Résultat de la collaboration internationale, ce travail a cette fois –ci utilisé un nouveau panel d'hybrides d'irradiation plus résolutif (cellules canines irradiées à 9 000 rads) [67]. Une carte intégrée fut établie en compilant toutes les données obtenues par les différentes méthodes de cartographie : la FISH (hybridation in situ fluorescente), les cartes de