Certains membres d’une nouvelle école de créationnistes ont temporairement laissé de côté la question de savoir si le système solaire, la Galaxie, ou l’univers ont quelques milliards ou seulement quelques milliers d’années. Ces créationnistes s’accordent pour affirmer que l’univers physique et les êtres vivants administrent la preuve d’un « dessein intelligent ».
Ils considèrent que certaines structures biologiques sont si complexes qu’elles n’auraient pas pu évoluer selon les processus de mutations non dirigées et de sélection naturelle, une organisation qu’ils qualifient de « complexité irréductible ». Faisant écho à des arguments théologiques antérieurs à la théorie de l’évolution, ils maintiennent que les organismes vivants ont dû être conçus de la même façon qu’un piège à souris ou une horloge c’est-à-dire afin que
l’objet fonctionne convenablement, que toutes ses parties soient simultanément disponibles et convenablement agencées. Si l’un des composants manque ou est changé, le système ne fonctionnera pas correctement. Comme une structure biologique « simple » - le flagelle d’une bactérie par exemple - est déjà très complexe, les partisans du « dessein intelligent » affirment qu’est infiniment petite la probabilité que tous ses constituants aient été produits et soient simultanément disponibles au terme d’un processus fortuit de mutations∗. L’apparition de structures biologiques (comme l’œil des vertébrés) ou de fonctions (comme le système immunitaire) plus complexes est impossible par des processus naturels, selon leur point de vue, et devraient donc être attribué à un « ordonnateur » à l’intelligence transcendante.
Pourtant, les découvertes de la biologie moderne réfutent les affirmations des créationnistes du « dessein intelligent ». Les biologistes ont examiné chacun des systèmes moléculaires présentés comme devant être des produits de ce dessein et ont montré qu’ils ont pu résulter de processus naturels. Par exemple, dans le cas du flagelle bactérien, il n’y a pas une structure unique qui se retrouve dans tous les flagelles bactériens, mais beaucoup de types de flagelles, certains plus simples que d’autres, et beaucoup d’espèces de bactéries n’ont pas de flagelles pour participer à leur mouvement. Ainsi, d’autres composants de la paroi cellulaire bactérienne sont vraisemblablement les précurseurs des protéines observées dans différents flagelles. De plus, certaines bactéries injectent des toxines dans d’autres cellules à l’aide de protéines secrétées par la bactérie et qui sont très proches, par leurs structures moléculaires, des protéines faisant partie des flagelles. Cette similitude indique une origine évolutive commune, où de petits changements dans la structure et l’organisation des protéines sécrétoires pourraient servir de base aux protéines flagellaires. Ainsi, les protéines flagellaires ne sont pas irréductiblement complexes.
Les biologistes évolutionnistes ont aussi démontré comment des mécanismes biochimiques complexes, comme la coagulation du sang ou le système immunitaire des mammifères, ont pu évoluer à partir de systèmes précurseurs plus simples. En ce qui concerne la coagulation, certains composants du système mammalien étaient déjà présents chez des organismes bien plus anciens,
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À propos de l’usage des probabilités par les partisans du « dessein intelligent », il convient en outre de souligner qu’ils en font un usage fallacieux. En effet, ils confondent (volontairement) l’usage des probabilités indépendantes (cas d’un tirage aléatoire comme pile ou face, où le résultat du coup suivant ne dépend pas de celui du coup précédent) et celui des probabilités conditionnelles (où le résultat du coup suivant est plus ou moins fortement « contraint » par tous les coups précédents) ndt.
comme le démontre l’étude d’organismes actuels tels que les poissons, les reptiles et les oiseaux Note critique : Termes du langage courants tirés d'une classification aujourd'hui obsolète, qui dérivent eux-mêmes de ces lointains ancêtres communs avec ceux des mammifères. Le système de coagulation mammalien a été progressivement construit sur ces constituants plus anciens.
Des systèmes existants peuvent aussi acquérir de nouvelles fonctions. Par exemple, un système particulier peut avoir un certain rôle dans une cellule puis s’adapter à des fonctions différentes au travers des processus évolutifs. Les gènes hox sont un exemple de choix où l’évolution « trouve » de nouvelles fonctions à des systèmes existants. Les biologistes moléculaires ont découvert qu’un mécanisme particulièrement important par lequel des systèmes biologiques acquièrent de nouvelles fonctions est la duplication de gènes. Des segments d’ADN sont souvent dupliqués lors des divisions cellulaires, de telle sorte qu’une cellule peut avoir des copies multiples d’un ou de plusieurs gènes. Si ces copies multiples sont transmises à la descendance, une copie du gène peut servir à sa fonction originelle dans une cellule, tandis que l’autre copie peut accumuler des changements qui pourront, en fin de compte, provoquer l’apparition de nouvelles fonctions. Les mécanismes biochimiques responsables de nombreux processus de la vie cellulaire sont d’indéniables illustrations de duplications historiquement intervenues dans des régions de l’ADN.
En plus de ces échecs scientifiques, ces arguments des créationnistes du « dessein », et d’autres, sont fallacieux en ce qu’ils se fondent sur une fausse dichotomie. Même si leurs arguments négatifs à l’encontre de l’évolution étaient recevables, cela n’établirait aucunement la validité de leurs propres affirmations. Il peut y avoir des explications alternatives. Par exemple, il serait incorrect de conclure qu’il doit « faire soleil » parce qu’il n’y a pas de preuves qu’il pleut dehors. D’autres explications pourraient être aussi possibles.
La science requiert des preuves testables en faveur d’une hypothèse ; elle ne se contente pas de défier les adversaires qu’elle peut rencontrer. Le « dessein intelligent » n’est pas un concept scientifique car il ne peut pas être testé à partir des données empiriques.
Les créationnistes affirment quelquefois que les scientifiques campent sur une position partisane en faveur de l’évolution biologique et se refusent à envisager d’autres possibilités. Mais cette affirmation, elle aussi, donne une image biaisée de la science. Les scientifiques confrontent continuellement leurs idées à l’aune des observations et soumettent leurs travaux à leurs pairs pour obtenir d’eux des revues critiques de leurs idées, de leurs données et de leurs conclusions.
Ils sont particulièrement friands d’observations inexpliquées car elles peuvent être le signe de nouvelles et importantes découvertes scientifiques ou des problèmes nouveaux que rencontrent une hypothèse ou une théorie existante. L’histoire est pleine de chercheurs qui remettent en cause une telle théorie en apportant de nouvelles données ou des explications plus complètes pour rendre compte des phénomènes naturels. La science a en elle un élément de compétition en même temps que de coopération. Si un chercheur s’accroche à certaines positions, malgré des données qui les contredisent, un autre chercheur tentera de reproduire les expériences cruciales sur la question et n’hésitera pas à publier des données contradictoires s’il en obtient. S’il y avait des problèmes vraiment graves dans les sciences de l’évolution, bien des chercheurs scientifiques seraient trop contents d’acquérir la notoriété en publiant les premiers une meilleure hypothèse . L’absence d’alternative viable à l’évolution dans la littérature scientifique ne tient pas à l’existence d’un esprit partisan ou de la censure, mais à ce que l’évolution a été et continue d’être solidement étayée par l’ensemble des données.
L’utilité potentielle de la science commande aussi de garder l’esprit ouvert aux idées nouvelles. Si les géologues pétroliers pouvaient trouver plus de pétrole et de gaz en interprétant les données de la géologie sédimentaire comme résultant d’un déluge unique (c’est dans les couches sédimentaires que l’on trouve les gisements de gaz et de pétrole), ils seraient certainement favorables à cette idée du déluge, mais ils ne le sont pas. Les géologues pétroliers sont d’accord avec les autres géologues pour considérer que les roches sédimentaires sont le produit de milliards d’années d’histoire de la Terre. En fait, ils ont été des pionniers dans la découverte de dépôts fossilifères formés au fil de millions d’années dans des environnements tels que les méandres des rivières, les deltas, les flèches sableuses littorales et les récifs coralliens.
L’argumentation des créationnistes inverse le processus scientifique. Ils commencent par une explication qu’ils ne veulent modifier en aucune manière – selon laquelle des forces surnaturelles ont donné forme aux systèmes biologiques et terrestres – en rejetant ce pré-requis fondamental de la science selon lequel les hypothèses doivent se limiter à des explications naturelles et testables. Leurs croyances ne peuvent être ni testées, ni modifiées ni rejetées par des moyens scientifiques et ne peuvent donc pas relever des procédures de la science.