Les présents travaux permettent de faire la lumière sur plusieurs aspects du mécanisme d'action des systèmes CRISPR/Cas chez Streptococcus thermophilus. Ainsi, la cible du système CRISPRl/Cas a été identifiée chez la souche S. thermophilus DGCC7710 et le clivage de l'ADN a été caractérisé en identifiant précisément le site de clivage. Ces résultats appuient les résultats obtenus chez Staphylococcus epidermidis et ils montrent que le système CRISPRl/Cas de S. thermophilus diffère grandement de celui de Pyrococcus furiosus. Les différences entre ces systèmes CRISPR/Cas tend à confirmer la diversité de ce type de système (dont les différences « gènes cas » et » gènes cmr ») et la pertinence de les étudier chez plusieurs espèces et règnes parallèlement. Plusieurs éléments présumés ont de plus été confirmés avec la compilation des données fournies par la banque de BIM. Il est devenu évident que le système CRISPR/Cas n'est pas totalement uniforme dans son mécanisme d'action et qu'il tolère des différences de taille des protoespaceurs et de séquences pour les motifs associés aux espaceurs. Il apparaît aussi certain aussi que l'insertion de nouveaux espaceurs se fait toujours à l'extrémité 5' et que l'acquisition impliquera, dans la grande majorité des cas, une insertion simple sans deletion simultanée.
De nouvelles informations sont ressorties aussi concernant l'activité des loci. Chez S. thermophilus, le locus CRISPRl n'est pas toujours le plus actif pour les souches de cette espèce. Cette différence d'activité préférentielle est intéressante dans le but de mieux comprendre le fonctionnement des différents loci et leurs composantes. Comme l'acquisition simultanée d'espaceurs dans plusieurs loci est un événement très rare, il devient important de mieux comprendre la dynamique d'interaction entre eux. L'information concernant l'activité des loci a évidemment un impact dans le contexte industriel où des souches CRISPR+ESP sont désormais utilisées comme ferments lactiques.
La génération de ferments mieux adaptés à l'aide d'une résistance accrue aux phages devra maintenant tenir compte de cette particularité souche-dépendante.
Dans cette optique, la perspective d'utilisation de souches efficaces dans l'interférence CRISPR et dans l'interférence RM devient fort intéressante. Il a été montré
que l'efficacité de la combinaison des systèmes dépasse largement celle des systèmes isolés. Les phages doivent dans ce cas contourner deux systèmes efficaces et qui créent de fortes pressions sélectives. Ajouté aux autres techniques de contrôle déjà disponibles dans les usines (rotation des souches, utilisation d'assainisseurs, etc.), le contrôle de la propagation phagique en usine sera sans aucun doute meilleur en utilisant des souches RM+
et CRISPR+ESP. Il serait intéressant de mettre au point la stratégie en sélectionnant des
souches industrielles contenant les deux types de systèmes. Parallèlement à l'efficacité des systèmes étudiés, il a été fort pertinent de mettre en évidence l'acquisition d'espaceurs ciblant les plasmides utilisés lors des tests de méthylation de l'ADN phagique. Cela sera aussi à considérer lors de la production de nouvelles souches de ferments; l'utilisation de RM chromosomique sera fortement à favoriser pour assurer la pérennité des organismes sélectionnés. La rareté de plasmides naturels chez l'espèce S. thermophilus est devenue évidente avec la démonstration de l'instabilité plasmidique en présence d'un système CRISPR/Cas actif. Par contre, l'interférence CRISPR peut aussi augmenter simultanément la restriction d'échanges génétiques entre les souches, dont les gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques.
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