CONCEPTION D’UNE ENQUETE ECOPATHOLOGIQUE 1. Matériel

5.1.1. Elevages

En écopathologie vétérinaire, l’élevage est à la fois le lieu et le matériel d’étude (Ganière

et al., 1991). En effet, cette discipline implique l’étude d’une pathologie donnée, là où elle

évolue, c’est-à-dire dans les élevages. Mais le chercheur, placé en situation réelle, ne peut ni provoquer ni maîtriser la maladie, il ne s’intéresse qu’aux circonstances de son développement (Madec et Fourichon, 1990 ; cités par Ganière et al., 1991). Les élevages sont ici l’objet d’une sélection basée sur le volontariat des éleveurs et éventuellement leur niveau technique selon la participation qui leur est demandée (Ganière et al., 1991).

5.1.2. Matériel informatique et logiciels

La réalisation d’enquêtes d’observation en élevage génère un volume d’informations très important dont l’exploitation exige de disposer d’un matériel informatique de capacité suffisante pour traiter des fichiers de données de grande taille (Ganière et al., 1991).Les logiciels de gestion de bases de données et les outils de la statistique multidimensionnelle, permettent d’organiser et de structurer la masse des informations sous une forme exploitable (Fayet et Brochart, 1983 ; Josse , 1986 ; cités par Ganière et al., 1991).

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7 5.2. Méthodes

5.2.1. Travaux préalables

5.2.1.1. Recherche bibliographique

Les enquêtes nécessitent d’abord un travail bibliographique et la formulation d’hypothèses de travail (dont dépendra en particulier le choix des données collectées au sein des élevages). Elles requièrent ensuite la concertation des différents partenaires de l’enquête ; scientifiques, universitaires, éleveurs, enquêteurs, réunis en un groupe de travail (Rosner, 1983 ; cité par Ganière et al., 1991).

5.2.1.2. Détermination du type d’enquête

Deux types d’enquête ayant des objectifs différents peuvent être schématiquement définis : a. une approche globale de la situation sanitaire des élevages (exemple : enquête écopathologique sur la pathologie du péri-partum des vaches laitières) (Barnouin, 1980 ; Faye et

al.,1989 ; cités par Ganière et al., 1991) ;

b. une étude exclusive d’une entité pathologique complexe (exemple : enquête écopathologique sur les mammites des vaches laitières) (Pluvinage et al.,1988 ; cités par Ganière

et al., 1991). Mais, quels que soient les objectifs, la méthodologie est à peu près comparable. 5.2.2. Choix des enquêteurs et des élevages

Le choix des enquêteurs, repose sur leur connaissance de l’élevage ; caractéristiques des animaux, objectifs de production, caractéristiques des bâtiments d’élevage, alimentation, pathologie, contexte socio-économique, etc.…Il s’agit donc essentiellement de vétérinaires, ingénieurs agronomes et techniciens spécialisés.

Par ailleurs, les éleveurs eux-mêmes sont considérés comme des partenaires privilégiés ; ils sont tous volontaires et sélectionnés en fonction de critères tels que la localisation géographique de leur élevage, la finalité de celui-ci, leur niveau technique et/ou autres critères dépendant de l’objectif de l’étude.

Le nombre des élevages est également important à définir et il doit être suffisant pour être statistiquement exploitable, il est toutefois limité par le grand nombre d’informations à recueillir, la durée de l’enquête et les contraintes financières (Ganière et al., 1991).

5.2.3. Recueil des commémoratifs et informations complémentaires

D’autres informations, complémentaires de celles recueillies en élevage, peuvent être également utilisées, comme par exemple celles qui proviennent des abattoirs, de la météorologie, du contrôle laitier, etc. (Ganière et al., 1991).

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5.3. Pré-enquête et élaboration du protocole d’enquête

A partir des hypothèses de travail, un prototype du protocole d’enquête est élaboré, à la faveur de débats entre les différents interlocuteurs du groupe de travail, puis testé dans le cadre d’une pré-enquête (Monicat , 1989 ; cité par Ganière et al., 1991).

5.3.1. Mise au point du protocole d’enquête

Au vu des résultats de la pré-enquête, le protocole définitif est rédigé. Celui ci devrait répondre aux besoins suivants ;

o préciser la méthodologie, la qualité, la quantité et le rythme de collecte des données, la durée de l’enquête, en tenant compte du fait que l’élevage est non pas figé mais évolutif (Ganière et

al., 1991) ;

o définir le type de formation nécessaire pour que les enquêteurs soient capables de transmettre des observations de façon homogène et fiable (Philipot et al.,1990 ; cités par Ganière et al., 1991) ;

o comprendre un questionnaire à l’usage des enquêteurs, dont la simplicité et la clarté vont conditionner la qualité des données collectées (Ganière et al., 1991) ;

o définir les modalités de transfert et de centralisation des informations en provenance des élevages et des laboratoires en vue de leur saisie (Barnouin, 1980 ; cité par Ganière et al., 1991); o préciser, sur la base des avis fournis par les statisticiens, la stratégie de dépouillement des données et de leur traitement statistique (Bouvier et al.,1981 ; cités par Ganière et al., 1991).

5.3.2. Mise au point des méthodes de mesure en élevage

Les outils d'observation et de mesure en élevage doivent satisfaire les mêmes qualités qu'un appareil de mesure expérimental : exactitude, précision, répétabilité et reproductibilité. Par ailleurs, l'écopathologiste s'intéressant plus particulièrement à des maladies ou syndromes d'expression progressive, doit pouvoir quantifier la sévérité des troubles observés dans un élevage. Il doit disposer des méthodes de mesures standards à l'échelle de l'animal, mais surtout à l'échelle de l'élevage dans son ensemble (Ganière et al., 1991).

Devant les difficultés inhérentes aux mesures en élevage et pour satisfaire les contraintes de validité des informations recueillies, différents outils de mesure sont développés :

 des indices de quantification de la pathologie (Faye et Brochart, 1986 ; Monicat, 1988; Madec et al.,1988 ; Madec et Tillon, 1989; Mialon, 1989 ; Ducrot et al.,1989 ; Pluvinage, 1989 ; cités par Fourichon, 1991) qui peuvent être spécifiques, par exemple le nombre de toux par minute pour quantifier l'expression de la pathologie respiratoire ;

 des descripteurs des animaux et de leur comportement (Faye et Barnouin, 1985 ; Madec et

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9 Fourichon, 1991), par exemple l'indice de propreté des vaches laitières (note individuelle), l'indice d'état d'entretien d'un cheptel (note moyenne) ;

 des descripteurs de la conduite et du fonctionnement des bâtiments d'élevage intégrant un ensemble de mesures élémentaires complémentaires (fonctionnement de la ventilation, teneur en gaz...) (Tillon et Madec,1985 ; cités par Fourichon, 1991) ;

 des descripteurs du comportement des éleveurs (Luquet et Desaymard, 1989 ; cités par Fourichon , 1991).

Si, dans la mesure du possible, les informations retenues sont des données «dures» (hard

data) qui peuvent être objectivées sans équivoque, il est souvent nécessaire de prendre en

considération également des éléments pour lesquels l'interprétation subjective de l'enquêteur est inévitable, appelés données «molles» (soft data). C'est le cas en particulier de la majorité des informations relatives à l'éleveur et aux pratiques d'élevage, par exemple la traite ou la mise au pâturage des vaches laitières. Ces données «molles» doivent être traitées et interprétées avec prudence, mais elles ne peuvent être systématiquement écartées des études au risque de limiter l'étendue des observations et de ne plus satisfaire alors aux exigences de l'approche globale des élevages (Chesterton et al., 1988 ; Goodger et al., 1988 ; cités par Fourichon, 1991).

5.3.3. Collecte des informations

Les modalités de la collecte d’informations, dépendent de leur nature. Sur le terrain cette collecte relève des enquêteurs relayés, dans l’intervalle des visites elle est attribuée aux éleveurs, elle dépend aussi de diverses techniques dont l’usage permet d’obtenir des données fiables ; saisie sur site grâce à des micro-ordinateurs portables, observation directe, utilisation de questionnaire d’opinions, etc., les autres observations sont transmises par les autres sources (abattoirs, laboratoires, ...)j (Luquet et Desaymard , 1989 ; cités par Fourichon , 1991).

5.3.4. Saisie

La saisie est toujours lourde en raison du nombre élevé de paramètres recueillis (Ganière

et al., 1991).Parmi les contraintes souvent liées à cette opération ;

 la confrontation et le recoupement des informations obtenues à partir de sources différentes (laboratoires, abattoir, relevés dans l’élevage,…) peut faire apparaître des divergences qu’il importe de corriger (Barnouin, 1980 ; cité par Ganière et al., 1991) ;

 le problème des données erronées ou manquantes se pose comme dans toute étude épidémiologique (Ganière et al.,1991).

Il est préférable de programmer la réalisation de la saisie dans un délai court après la collecte, voire au fur et à mesure du recueil des données. L’information recueillie est ensuite

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organisée, par fichiers, en base de données relationnelle pour le traitement statistique (Ganière et

al., 1991).

5.4. Traitement des données et interprétation

La participation active des différents concepteurs de l’enquête est nécessaire tout au long de l’exploitation des données, afin de déterminer quelles options doivent être envisagées en cours de traitement en fonction des résultats partiels déjà obtenus (Ganière et al., 1991).En écopathologie, l'information à traiter est caractérisée par (Fourichon, 1991) :

 un volume très important ; de nombreuses variables sont nécessaires pour décrire les systèmes étudiés ;

 des données de nature très variable ; quantitatives et qualitatives, «dures» et «molles» ;  une structuration complexe en raison des interrelations entre variables.

5.4.1. Travaux statistiques préliminaires

Cette phase statistique préparatoire permet de simplifier le fichier de données.

De façon classique, les variables sont dans un premier temps analysées séparément ; calcul des paramètres de position, de dispersion, étude des distributions, mise en classes par découpage des variables quantitatives et regroupement de modalités des variables qualitatives. Cette opération est appliquée sur l’ensemble des données ;

 variables « descriptives » qui décrivent la pathologie étudiée ;

 variables «explicatives» qui décrivent l’environnement ou les circonstances précédant l’apparition de la maladie.

L’étude des relations entre variables descriptives et/ou explicatives prises 2 à 2 est ensuite réalisée (par exemple : calcul de coefficients de corrélation, tris croisés, tests du Khi deux). A l’issue de cette étape de description détaillée des données, il est possible de sélectionner et éventuellement de transformer les variables qui seront conservées pour le traitement statistique proprement dit (Ganière et al., 1991; Schwartz, 1992 ; Toma et al., 2001).

5.4.2. Traitement statistique des données

Pour l’étape d’analyse, il subsiste toujours un grand nombre de variables parmi lesquelles on cherche à mettre en évidence des chaînes d’associations (Ganière et al.,1991).

La recherche d’associations statistiques entre un nombre important de variables, entre

lesquelles existent des interrelations, impose l’usage des méthodes descriptives

multidimensionnelles (Benzecri, 1986 ; cité par Ganière et al., 1991). 5.4.2.1. Méthodes d’analyse factorielle et de classification

Les méthodes d’analyse factorielle complétées par les méthodes de classification permettent d’établir des associations entre variables, d’extraire de l’ensemble des variables

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11 explicatives un sous-ensemble restreint des variables les plus associées aux variables descriptives, et de déterminer des groupes ou typologies caractérisant les ressemblances ou dissemblances entre individus statistiques (Ganière et al., 1991). Dans un deuxième temps, des méthodes multivariées de modélisation peuvent être appliquées au sous-ensemble restreint identifié (Ducrot, 1990 ; cité par Ganière et al., 1991).

5.4.2.2. Modèles de régression

Pour pouvoir analyser des données de structure complexe, de nombreux modèles de régression sont proposés (Jorsal et Thomsen, 1988 ; Schukken et al., 1988 ; cités par Fourichon, 1991), mais la prise en compte de l'ensemble des interrelations n'est pas possible (Fourichon, 1991). Lors de l'utilisation de ces modèles, l'étude de l'impact des options de modélisation sur les résultats montre que le choix des techniques d'ajustement sur les variables appelées facteurs de confusion peut être déterminant dans l'identification d'associations statistiques significatives. Par ailleurs, les limites mathématiques de ces méthodes ne permettent pas de traiter simultanément la variabilité importante et les interrelations des variables (Curtis et al., 1988; Farver et Gonzalez, 1988 ; Enevoldsen et al.,1990 ; cités par Fourichon, 1991).

5.4.2.3. La modélisation

L’idée d’utiliser, en épidémiologie, des modèles mathématiques pour prédire l’évolution d’une épidémie est ancienne. Dès 1865, l’anglais Farr W. avait proposé une équation du troisième degré pour prédire l’évolution de la peste bovine dans son pays.

En écopathologie, l’outil modélisation est longtemps demeuré implicite. En effet, au cours du travail de recherche en écopathologie, le chercheur est confronté à l’élaboration d’un modèle

conceptuel des données, à la nécessité de proposer un pré-modèle conceptuel d’analyse qui

l’oblige à décrire les facteurs et leurs interrelations sous une forme claire et explicite, à procéder à l’analyse des données qui permette de préciser les modèles statistiques régissant les liens entre maladie et facteurs explicatifs. Il s’agit de passer d’une attitude de recherche exploratoire visant à décrire la réalité observée, à la modélisation du fonctionnement du « système animal », vu au travers de ses productions « performances zootechniques » et de son état de santé « performances sanitaires», en intégrant les paramètres de contrôle des variables d’environnement. En pratique, l’objectif est de simuler l’effet à long terme de différentes stratégies de gestion du troupeau sur l’état de santé des animaux (Faye et Barnouin, 1996).

5.4.2.4. Analyse séquentielle (Path analysis)

Ce sont des méthodes de structuration des données de l'épidémiologie et cherchent à ordonner les hypothèses de causalité. Un système doit être décomposé en ses différents composants élémentaires qui sont classés selon une séquence de relations causales. Chacune des

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relations élémentaires est alors quantifiée (Erb et al.,1985 ; Martin et Meek,1986 ; Curtis et

al.,1988 ; cités par Fourichon, 1991). L'application de ces méthodes est le plus souvent limitée

pour l'étude d'un système complexe car il est difficile de construire un modèle complet, de décomposer les relations observées pour en attribuer une part à chaque relation élémentaire, et d'introduire les effets des relations indirectes (synergies, antagonismes ou feed-back) (Fourichon, 1991).L'ensemble des affections relève d'une étiologie multifactorielle complexe dans laquelle des facteurs communs interviennent. Sur la base des associations pathologiques mises en évidence, il est alors possible d'établir une typologie des élevages quant à leur profil pathologique, caractérisant leur diversité (Faye et Brochart, 1986 ; Madec et Tillon, 1989 ; Madec, et al., 1990 ; cités par Fourichon , 1991).

6. APPLICATIONS DES RESULTATS D’UNE ENQUETE