Collection d'EST

La collection d'EST actuellement disponible au laboratoire consti-tue un recueil de séquences permettant la synthèse de sondes spéci-fiques de compartiments cellulaires, d'éléments ubiquitaires, de voies métaboliques, d'activité transcriptionnelle et traductionnelle.

Les séquences obtenues jusqu'à présent, par criblage au hasard de la banque d'ADNc spécifique de cônes, ne permettent pas une assi-gnation tissu-spécifique. Ainsi, la construction d'une banque diffé-rentielle enrichie en séquences spécifiques du cône mâture a été entreprise et son étude permettra sans doute d'élucider une petite partie des mystères du métabolisme propre à cet organe. La connaissance des voies de biosynthèse des substances amères et aromatiques pourrait permettre leur modulation et peut-être de mesurer l'importance des stress biotiques et abiotiques sur la syn-thèse des substances d'intérêt commercial.

Remerciements Nous souhailons exprimer toule notre reconnaissance à M. Dauger, J..p Feldmann el B. Ingwiller de la Coopérative des planteurs de houblon d'Alsace (Cophoudal), aux producteurs alsaciens de houblon,àM. Adolph (Plantagen S.A., France) pour leur collaboration et leur aide elà M. Delseny (université de Perpignan) pour la sonde ADNr de riz. Nous remercions le Conseil régional d'Alsace, l'Agence nationale pour le développement de l'agriculture el l' Agence nationale de valorisation de la recherche pour leur soutien financier.C.Arnold bénéficie d'une bourse docteur-ingénieur du Centre national de la recherche scientifique.

C.ARNOLOetal. - Élude des caractéristiques du génome du houblon

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Analyse moléculaire du génome du caféier Arabica

Relations avec la valorisation des ressources génétiques

P. Lashermes¹ N.S. Prakash¹ M.-C. Combes¹ P. Topart² J.C. Herrera¹ F.Anthony2

S.Noir¹

Introduction

Les caféiers appartiennentàla famille des Rubiaceae et constituent la tribu desCoffeeae.Sur la base de caractéristiques florales, on dis-tingue deux genres,Coffea etPsilanthus, subdivisés en deux sous-genres. Plus de 90 taxons, dont les deux espèces cultivées C. arabica et C. canephora,ont été recensés dans le genre Coffea sous-genre Coffea. Ils sont endémiques de la zone intertropicale d'Afrique, de Madagascar et des îles Mascareignes. Les espèces appartenant au genre Coffea sont toutes diploïdes (2n =22) à l'ex-ception de l'espèceC. arabica qui est tétraploïde (2n

=

=

Le café est la première ressource agricole d'exportation dans le monde, en termes de devises. Le café de bonne qualité produit par l'espèce Coffea arabica L. représente 75 % de la consommation

1IRD, GeneTrop, BP 5045, F-34032 Montpellier cedex 1, France.

2Catie/IRD, Ap59, 7170 Turrialba, Costa Rica.

96 T Oes modèles biologiquesàl'amélioration des plantes

mondiale. Les principaux pays producteurs sont situés en Amérique latine, en Asie et en Afrique de l'Est. Outre le rôle évident du caféier dans le développement économique de ces pays, sa culture consti-tue un important facteur de stabilité sociale en raison des emplois qu'elle génère. À titre d'exemple, les exportations de café repré-sentent entre 20 et 25 % de la valeur totale des exportations, selon les années, pour les pays producteurs d'Amérique centrale. Coffea arabicaest un arbuste originaire des forêts d'altitude d'Ethiopie, du sud Soudan et du nord du Kenya (Anthonyet al., 2001). Les prin-cipales variétés furent sélectionnées à partir de l'étroite base géné-tique (fig. 1) dispersée au début duXVIIIesiècle par les puissances coloniales (Pays-Bas, France, Angleterre). Elles sont hautement productives, produisent un café de bonne qualité, mais se sont révé-lées sensibles à la plupart des parasites et ravageurs qui attaquent le caféier, dont la rouille orangée due à Hemileia vastatrix, l'anthrac-nose des baies causée parColletotrichum kahawae, les nématodes des genres Meloidogyne et Pratylenchus, la mineuse des feuilles Perileucoptera coffeellaet le scolyte des baiesHypothenemus ham-pei(Bertrandet al., 1999). Les méthodes de lutte actuelles, reposant essentiellement sur des traitements chimiques, conduisent à un usage excessif de pesticides, avec des conséquences néfastes pour l'environnement et la santé humaine.

Diversité Génétique

Espèces diploïdes parentales

c=q

Spéciation de

,

• • • • • • Accessions

( sauvages/spontanées _ Cultivars

C

f ~

1Figure 1

Base génétique étroite des variétés de caféier Arabica.

P.LASHEAMESet al. - Analyse moléculaire du génome du caféier Arabica

L'utilisation des ressources génétiques que constituent les espèces diploïdes de caféiers (2n = 2x = 22) et les formes sauvages d'Arabica est essentielle pour l'amélioration deC. arabicadans une perspective de développement durable (Anthonyel al., 1999). Des gènes d'intérêt agronomique ont déjà été mis en évidence chez plu-sieurs espèces diploïdes, comme par exemple des résistances à cer-tains nématodes et à ['anthracnose des baies chez C. canephora,à la rouille chezC. canephoraetC. liberica,à la mineuse des feuilles chez C. racemosa (Van der Vossen, 1985 ; Guerrero Filho el al., 1999). L'exploitation de ces sources de résistance par les voies de la génétique constitue une approche prometteuse pour la création de nouvelles variétés (Carvalho, 1988 ; Charrier et Eskes, 1997).

Toutefois, une bonne connaissance génétique du génome de C. ara-bica et des mécanismes associés au processus d'introgression s'avère indispensable à une utilisation optimale de ces ressources dans les programmes de sélection. Dans ce sens, plusieurs analyses moléculaires ont été entreprises au cours des dernières années.