Tous les patients ont été régulièrement évalués sur la base de prélèvements sanguins analysés au Laboratoire Central d’Hématologie de l’hôpital Saint Louis. Cette analyse a été réalisée par dosage du transcrit de fusion BCR-ABL par RTQ-PCR.
Ces données constituent le suivi moléculaire pour chaque patient, elles sont exprimées sur l’échelle internationale en delta de log10 par rapport à 100% qui est
la valeur théorique attribuée à chaque patient au diagnostique (§ 7.1). Afin de les obtenir on utilise la transformation : log10(x/100), où x est le résultat du dosage
exprimé en pourcentage. A l’aide de ces données, une trajectoire de la réponse moléculaire a pu être déterminée pour chaque patient.
16.2 Cohorte SPIRIT
SPIRIT (phase 3 STI571 Prospective Randomized Trial) est un essai prospec- tif contrôlé randomisé de phase III qui a pour but d’évaluer l’impact sur la réponse moléculaire de différentes stratégies thérapeutiques dans la LMC en phase chro- nique et précédemment non traitée. Les deux stratégies principales testées sont l’augmentation de la dose d’imatinib, et la combinaison d’imatinib avec interféron alpha (Peg-IFNa2a) ou Cytarabine (ara-C). (clinicaltrials.gov : NCT00219739)
La cohorte SPIRIT désigne l’étude ancillaire de pharmacogénétique relative au
protocole SPIRIT (PHRC11-028, Pr. François Guilhot et Pr. Philippe Rousselot).
L’étude ancillaire comprend 239 patients randomisés dans les bras 400 et 600 mg/j de l’essai SPIRIT. La participation des patients a été conditionnelle à la disponibilité des échantillons biologiques.
Ethique
Tous les patients de l’essai SPIRIT ont donné leur consentement éclairé avant la randomisation. L’essai a été conduit en accord avec la déclaration d’Helsinki.
Eligibilité/Exclusion
Les critères d’éligibilité/exclusion sont les suivants : Eligibilité :
1. critères propres au protocole SPIRIT ;
— avoir au moins 18 ans à la date du diagnostique,
90 16 - Patients et Méthode — avoir signé un consentement éclairé,
— être diagnostiqué dans les 14 semaines et précédemment non traité pour une LMC sauf par hydroxyurée et/ou anagrélide,
— ne pas présenter de signe de localisation extra médulaire, — présenter un score de performance ECOG compris entre 0 et 2,
— conserver des fonctions hépatiques, rénales, et cardiaques satisfaisantes ; 2. Critères propres à l’étude ancillaire de pharmacogénétique ;
— avoir été traité par imatinib 400 mg/jour ou 600 mg/j,
— disposer d’une quantité suffisante d’ADN disponible pour le génotypage (collection constituée au Centre Hospitalier Régional Universitaire de Lille).
Exclusion :
1. critères propres au protocole SPIRIT ; — présenter un syndrome dépressif,
— être atteint d’une ou plusieurs autres maladies incontrôlées,
— être une femme en âge de procréer ou un homme ne désirant pas utiliser de méthode contraceptive pour la période de l’étude.
Évaluation de la réponse moléculaire
Les prélèvements biologiques ont été réalisés dans les différentes institutions participant au protocole SPIRIT et ont été évalués dans le même centre de biologie moléculaire (Centre Hospitalier Régional Universitaire de Lille). Les données ont ensuite été collectées par les attachés de recherche clinique du centre hospitalo- universitaire de Poitiers. Pour l’étude ancillaire de pharmacogénétique, les don- nées anonymisées de biologie moléculaire disponibles pour les patients éligibles ont été envoyées, stockées, et analysées à l’Institut Universitaire d’Hématologie de l’Université Paris 7 situé dans l’enceinte de l’hôpital Saint Louis à Paris.
16.3 Critères de jugement
Le critère de jugement principal pour cette analyse est la réponse moléculaire
majeure (RMM), c’est-à-dire, la diminution de 3 log du niveau de la maladie
résiduelle par rapport à la valeur théorique de 100% attribuée au diagnostique pour chaque patient.
Si par ailleurs un patient a subit un des évènements suivants au cours de son traitement :
— changement de dosage (passer de 400 mg/jour à 600 mg/jour d’imatinib) pour cause inefficacité ;
16.6 - Méthodes Statistiques 91 — changement de la nature du traitement (inhibiteurs de tyrosine kinase de 2e
génération (dasatinib . . .), allogreffe de cellules souches hématopoïétiques ; interféron seul . . .) pour cause d’inefficacité ou d’effet indésirable ;
— passage en phase d’accélération/acutisation ; — mort (toute cause),
la date de l’arrêt du traitement a été relevée et l’évènement Toxicité a été attribué aux patients ayant subit un effet indésirable, l’évènement Echec de la thérapie a été attribué aux autres.
16.4 Covariables
En plus du type d’évènement observé et de la date de l’observation, nous disposons pour chaque patient des informations suivantes : âge, sexe, score de Sokal (§ 8.3) (éventuellement), et la dose journalière.
16.5 Génotypage
Le génotypage des patients a été réalisé à l’aide d’une puce à façon illumina avec la technologie GoldenGate. Cette puce permet de génotyper 16561 SNP. Parmi ces SNP, 857 appartenant à 94 transporteurs ont été sélectionnés. Les critères de sélection sont un call rate de 90% minimum et une proportion d’allèles mineurs supérieur à 10%.
16.6 Méthodes Statistiques
L’incidence cumulée de la réponse moléculaire majeure (§ 7.1) est estimée à l’aide de la méthode non paramétrique de Kalbfleisch et Prentice (§ 13.3). [136] L’estimation de la variance de l’incidence cumulée d’un évènement a été calculée par la méthode décrite §13.5. Les tests d’indépendance entre covariables qualita- tives ont été réalisés à l’aide du test exact de Fisher ou du test du χ2.
L’association entre les covariables (y compris génotypes ou haplotypes) et l’incidence cumulée de la réponse moléculaire majeure a été estimée à l’aide du modèle semi-paramétrique à risques de sous-répartition proportionnels associés à la fonction d’incidence cumulée de la réponse moléculaire majeure (Fine et Gray (1999)). [133]
Les questions liées à la multiplicité des tests et au contrôle du risque de pre- mière espèce ont été abordées par le calcul du taux de fausses découvertes (False
discovery rate (FDR)) à l’aide de la méthode de Benjamini et Hochberg (1995).
92 17 - Résultats Une première étude d’association exploratoire a été réalisée sur la cohorte
Saint Louis sur l’ensemble des marqueurs. Cette étude exploratoire a permis de
définir l’ensemble des marqueurs associés à la réponse moléculaire majeure avec un niveau de signification inférieur à 5% et pour lequel l’estimation du FDR est inférieur à 50%. Une seconde étude, dite de validation, a été réalisée à l’aide des patients de la cohorte SPIRIT sur l’ensemble des marqueurs identifiés dans la phase exploratoire. Les marqueurs associés à la réponse moléculaire majeure avec un niveau de signification standard (5%) ont été considérés pour analyses complémentaires.
Les fréquences haplotypiques ont été estimées à l’aide de la méthode de Schaid
et al. (2001). [138]
Les calculs et les représentations graphiques ont été réalisés sous environne- ment R (version 2.15.2), [139] à l’aide des librairies suivantes : cmprsk, [140]
haplo.stat, [141] stats. [139]
17 Résultats
17.1 Caractéristiques des patients
Les caractéristiques des patients sont présentées table 10. 105 patients sont éligibles pour la cohorte Saint Louis. Tous ont reçu une dose de 400 mg/j d’imati- nib pour la durée de l’étude. Ce groupe de patients représente un peu moins d’un tiers du total des patients (31%). 239 patients de l’étude ancillaire SPIRIT sont éligibles et ils représentent 69% des patients. 45% d’entre eux ont reçu 600 mg/j
vs. 400mg/j pour les 55% restant. Le nombre total des patients disponibles pour
l’étude est de 344. Leur âge médian et de 51,5 ans et 3/5esont des hommes. Ces
caractéristiques sont distribuées de manière homogène entre les différents groupes de patients.
17.2 Incidence cumulée de la réponse moléculaire majeure