ANALYSE DU STAGE

A. L’ETUDE ET LES ENSEIGNEMENTS REÇUS

Ce stage m’a permis d’approcher le quotidien d’un ingénieur de recherche en génétique animale. J’ai ainsi pu participer à des réunions d’équipe présentant le travail de chacun et l’avancée des projets en cours et des réunions de groupe de travail pour réfléchir collectivement aux problèmes rencontrés par chacun au niveau méthodologique. J’ai pu apprécier l’intérêt du travail en groupe et du partage de connaissance entre spécialistes de différents domaines.

Au travers de mes activités, j’ai approfondi mes capacités de raisonnement et d’initiative concernant l’analyse de données. En effet, j’ai, en premier lieu, homogénéisé les fichiers de données afin de les rendre utilisables pour l’analyse et j’ai pu tester mes propres hypothèses d’analyse. L’utilisation du logiciel SAS m’a permis d’appliquer mes connaissances en mathématiques et informatique. Grâce à cette opportunité, j’ai pu apprécier la difficulté d’un travail de recherche et la satisfaction qu’apporte une activité intellectuelle intense.

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De plus, je travaillais seule sur la partie recherche de marqueurs génétiques du projet Genendurance et je savais que mon travail serait utilisé comme base pour la suite du projet. Ces responsabilités ont été une vraie source d’intérêt et de motivation tout au long de mon stage.

Enfin, j’ai pu appliquer et approfondir mes connaissances en génétique animale et plus particulièrement en génétique équine.

B. SON INSCRIPTION DANS MON PROJET PROFESSIONNEL

Mon intérêt pour ce stage était d’autant plus grand que, étant cavalière, je porte une attention particulière au milieu professionnel du cheval. De plus, j’oriente mon projet professionnel vers la sélection et la génétique dans les productions équines.

Ce stage m’a donc à la fois permis de m’initier au monde de la recherche mais aussi de me faire entrer dans le milieu professionnel de la filière équine en France.

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CONCLUSION

Le projet GenEndurance s’inscrit dans une logique de sélection des jeunes chevaux pour les courses d’endurance. Grâce au concours de propriétaires faisant participer leurs chevaux aux tests et aux relevés de mesures, des bases de données ont été créées pour satisfaire les besoins du projet.

Le stage réalisé à l’INRA d’Auzeville m’a permis de participer au projet au travers l’étude de la génétique des participants aux courses officielles d’endurance. Cette étude consiste à rechercher des marqueurs génétiques de performances grâce à l’utilisation de données génotypiques et phénotypiques. Les premières sont obtenues par génotypage à l’aide de puce à ADN et les deuxièmes par mesures à l’aide du système Equimétrix®. Les conclusions de mon activité dans le cadre de ce projet sont mitigées. En effet, les modèles mathématiques utilisés sont complexes. De plus, ils ne correspondent pas parfaitement à la réalité puisque la modélisation de l’influence de la génétique sur le phénotype des caractères quantitatifs est très difficile.

Cependant, le travail effectué lors de ce stage servira pour la suite du projet. Les programmes informatiques créés pourront être utilisés pour les futures données et le raisonnement appliqué aux futures analyses.

La bonne réussite du projet permettra de mettre en place un système de sélection des jeunes chevaux porteurs des caractères génétiques influençant la performance en course. Ainsi, une sélection plus forte sera appliquée et une évolution rapide et intéressante devrait avoir lieu concernant l’élevage des chevaux d’endurance.

I

BIBLIOGRAPHIE

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II

TABLE DES ILLUSTRATIONS

Figure 1 : Organigramme de l'Institut National de la Recherche Agronomique (3) ... 4

Figure 2 : Répartition des centres INRA sur le territoire français (4) ... 4

Figure 3 : Répartition des Haras Nationaux sur le territoire français (8) ... 6

Figure 4: Photo du test d'effort de Compiègne le 16 juin 2012 (12)... 7

Figure 5: QQplot du critère "classement" pour la première méthode ... 17

Figure 6: QQPlot pour le critère « distance » pour la première méthode ... 17

Figure 7: Graphique d'évolution du déséquilibre de liaison suivant la distance entre les SNP... 23

Tableau 1: Données élémentaires des courses d’endurance donnant lieu à l’élaboration d’indices de performance... 11

Tableau 2: Distribution des distances des courses ... 11

Tableau 3: Données élémentaires sur les indices de performances calculés à partir des performances 2002 à 2010 de tous les partants des courses ... 13

Tableau 4: Données élémentaires sur les indices de performances calculés à partir des performances 2002 à 2010 de tous les chevaux génotypés ... 13

Tableau 5 : Statistiques élémentaires pour les critères de performances étudiés ... 13

Tableau 6 : Effectifs de l'analyse des SNP ... 14

Tableau 7 : Comparaison des variables et des modèles ... 21

Tableau 8 : Comparaison des modèles pour les critères de performance ... 21

III

ANNEXES

ANNEXE 1 : EXEMPLE D’ANALYSE DE VARIANCE POUR LE CALCUL DE L’INDICE DE PERFORMANCE POUR LE CRITERE DE TAILLE

Class Levels Values

Sexe 3 F H M

Cnais 11 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007

Crace 2 1 2

Cconc 9 1 2 3 4 5 6 7 8 9

Cepr 18 AUTRE EIO2EY ENA1 ENA1G ENAE ENAEG ENCHAE ENI1E ENI2E ENI3E ENMA1G ENMAE ENMAEG ENSM7A JC4R40 JC5F60 JC6F90 JC6F9L

Number of Observations Read 500 Number of Observations Used 496

Source DF Sum of Squares Mean Square F Value Pr > F Model 38 1435,648044 37,780212 2,43 <.0001

Error 457 7111,690666 15,561686

Corrected Total 495 8547,338710

R-Square Coeff Var Root MSE taille_mes Mean