Diversité
Pour chaque type d’habitat, nous avons évalué la diversité alpha, c’est-à-dire la diversité à un site, selon trois mesures différentes (Annexe 1). Nous avons d’abord mesuré la richesse spécifique (S) qui est le nombre d’espèces total par site. L’indice de Shannon (H’) a ensuite été calculé. Cet indice permet de décrire la structure de la communauté (Shannon & Weaver 1963). Il peut prendre une valeur allant de 0 à l’infini. Plus la valeur de l'indice est élevée, plus la diversité est grande. Cet indice est souvent accompagné de l’indice de Simpson (D) puisque l’indice de Shannon est plus sensible aux espèces rares que l’indice de Simpson qui est plus sensible aux espèces abondantes. L’indice de diversité de Simpson (1-D) permet de calculer la probabilité que deux individus choisis au hasard dans une communauté soient de la même espèce et il varie de 0 à 1, 1 étant la probabilité que les espèces soient différentes (Simpson 1949). Dans le but de déterminer le potentiel de diversité végétale après l’arrêt du broutement par le cerf, les indices de diversité alpha (S, H’ et D) ont été calculées après huit ans d’exclusion des cerfs pour chacun des types d’habitats tourbeux. L’influence du type d’habitats de tourbière sur les indices de la diversité alpha a ensuite été évaluée à l’aide d’une analyse de variance (ANOVA) suivie d’un test de comparaisons de moyennes a posteriori (LSD de Fisher). Finalement, afin de déterminer comment la richesse totale variait dans le temps, la richesse en espèces a été calculée à l’année 2007 et à l’année 2015 pour chacun des quatre types d’habitats et elle a été comparée à l’aide d’un test de t pour données appariées.
Composition en espèces et espèces indicatrices
Nous avons utilisé une analyse en composantes principales afin de caractériser la répartition des sites entre les quatre types d’habitat selon leur similarité en espèces huit ans après l’installation des exclos. Une transformation de Hellinger a été effectuée sur les données d’abondance d’espèces afin de tenir compte de la double absence (Legendre & Gallagher 2001). Afin d’identifier les espèces indicatrices des différents types d’habitats tourbeux huit ans après l’exclusion des cerfs, nous avons utilisé les analyses d’espèces indicatrices (IndVal) pour chacune des strates de végétation, soit la strate muscinale, arbustive et herbacée (Dufrêne & Legendre 1997). La valeur de P a été corrigée pour les tests multiples (Benjamini & Hochberg 1995). Ensuite, afin d’identifier les espèces qui ont été favorisées par le retrait du cerf, nous avons fait de nouvelles analyses d’IndVal pour chacune des strates de végétation pour toutes les années d’échantillonnage. Une espèce indicatrice est une espèce qui est spécifique à un type d’habitat ou un traitement (par exemple, une espèce qui
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se retrouve seulement dans les bogs) et qui est fidèle à ce type d’habitat (qui est fréquente dans les sites se trouvant dans les bogs) (Legendre & Legendre 2012). Une fois que la spécificité et la fidélité d’une espèce sont calculées, on obtient une valeur se situant entre 0 et 1. Plus la valeur s’approche de 1 et plus elle est indicatrice d’un type d’habitat/traitement. Une espèce est jugée fortement indicatrice de l’habitat lorsque sa valeur d’IndVal atteint 0.25 et plus (Dufrêne & Legendre 1997). Une espèce apparaissant dans le temps dans la liste d’espèces indicatrices a été considérée comme une espèce qui a bénéficié de l’arrêt du broutement et une espèce disparaissant correspondait à une espèce qui n’a pas été avantagée par le retrait des cerfs.
Changement de couvert végétal depuis l’installation des exclos
Afin de savoir quelles espèces ont bénéficié du retrait des cerfs, nous avons étudié les changements de couvert végétal pour chacune des strates de végétation entre l’année d’installation des exclos et la dernière année d’inventaire. Pour chaque strate, nous avons considéré seulement les espèces ayant un recouvrement moyen supérieur à 2 % pour au moins l’une des années d’échantillonnage pour s’assurer de la pertinence biologique des résultats. Le couvert végétal à l’année 2015 a été comparé au couvert végétal de 2007 pour chaque espèce à l’aide d’un test de t pour échantillons appariés avec permutations. Chaque espèce a été testée séparément.
Conditions environnementales
Afin de comparer les conditions environnementales de chaque type d’habitat tourbeux, chaque variable environnementale a été testée individuellement à l’aide d’une ANOVA à un facteur (type d’habitat) et par la suite nous avons comparé les quatre types d’habitats à l’aide d’un test de comparaisons de moyennes a
posteriori (LSD de Fisher). Afin d’identifier les variables environnementales qui varient de manière similaire et
donc qui influencent la végétation de manière similaire, nous avons calculé les coefficients de corrélations de Pearson entre toutes les variables.
Relation entre la végétation et les variables environnementales
Afin de déterminer quelles conditions environnementales expliquent le mieux la répartition des espèces dans les différents types d’habitats, nous avons utilisé une analyse de redondance sur les variables environnementales de tous les types d’habitats. Nous avons ensuite calculé la partition de la variance entre les variables environnementales significatives afin d’évaluer l’importance relative de chacune dans la répartition des espèces et également de voir l’effet combiné des variables environnementales.
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Toutes les analyses ont été réalisées à l’aide de la version 3.2.3 du logiciel R (R Core Team 2015). Nous avons utilisé la librairie « vegan » pour l’analyse de redondance et les calculs de diversité végétale (Oksanen
et al. 2016). Nous avons utilisé la librairie « labdsv » pour les analyses de valeurs indicatrices (Roberts 2016).
La librairie « agricolae » a été employée pour les ANOVA et les tests de comparaisons multiples (Mendiburu 2015).