La première étape de notre étude est donc l’examen IRM in vivo. Pour cette étape, trois séquences sont réalisées : une pondération T1, une pondération T2 et une acquisition DTI dont les paramètres sont présentés dans le tableau ci-dessous.
Tableau 3 : Paramètres d’acquisition pour l’examen IRM in vivo du Chien
Les acquisitions T1 et T2 ont été mises en place de façon à rester le plus proche possible des séquences réalisées chez l’Homme. Cependant, du fait de la moindre taille de l’encéphale du Chien par rapport à celui de l’Homme, moins de signal est récupéré : une résolution de 1mm isotrope permet d’avoir une bonne résolution spatiale tout en ayant un bon rapport signal sur bruit.
L’acquisition DTI a été plus difficile à mettre en place car plusieurs problèmes, non rencontrés lors des acquisitions pondérées en T1 et T2, perturbent le bon déroulement de l’acquisition. Tout d’abord, la contrainte liée au temps d’anesthésie oblige à raccourcir le plus possible l’acquisition. Il a fallu donc faire des choix pour obtenir une acquisition exploitable dans les temps impartis. Tout d’abord, le nombre de directions a été limité à 32 et ce choix a été fait pour deux raisons :
Acquisition Séquence TE (ms) TR (ms) Résolution
(mm³)
Taille Matrice FOV (mm)
T1 Echo de Gradient 3,69 8,1 1x1x1 192x192x150 192x192x150
T2 Echo de Spin 260 2500 1x1x1 144x144x153 144x144x153
Diffusion EPI-ES 80,73 9857 1.2x1.2x1.2 144x144x40 172x172x480
Type d’acquisition
Angle de Bascule Nombre d’Acquisition pour moyennage
Temps d’acquisition(s)
3D 8 4 357 (~6min)
3D 90 5 440 (~7min)
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Dans le cas d’une reconstruction du tenseur de diffusion (on ne parle pas ici d’autres méthodes de reconstruction plus avancées), le nombre de directions ne sert que d’affinement pour une optimisation numérique. Comme il l’a été explicité dans la partie Imagerie de Diffusion et Tractographie du chapitre 1, la résolution mathématique de ce problème a besoin de six directions non-colinéaires pour obtenir les six paramètres du tenseur de diffusion. Ainsi, un nombre de directions supérieur à six ne servira que de sur-échantillonnage. De ce fait, le gain en précision est vite limité : le gain obtenu au-dessus de 32 directions sera minime par rapport au surplus de temps que l’augmentation du nombre de directions entraînera.
Les directions choisies pour l’acquisition ne sont pas isotropes dans l’espace et dans notre cas, elles suivent une architecture proposée par Phillips qui se concentre sur quatre axes et qui a pour but d’optimiser la précision du tenseur de diffusion (figure 24). En suivant cette méthode, avoir un nombre élevé de directions n’apportera qu’une amélioration très infime.
Figure 24 : Directions optimisées par Phillips
Un autre problème rencontré avec les acquisitions DTI concerne les déformations dues aux interfaces air-tissu. Les premières acquisitions DTI avaient été réalisées dans le sens coronal, cependant le bulbe olfactif et le lobe frontal subissaient des distorsions assez fortes
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à cause de l’air présent dans les cavités nasales. Pour pallier à ce problème, les acquisitions DTI ont ensuite été réalisées dans le sens sagittal, ce qui a largement minimisé les distorsions obtenues, ces dernières seront corrigeables par la suite lors des étapes de recalage effectuées pour la création des templates. Les paramètres choisis pour l’acquisition DTI sont présentés dans le tableau ci-dessous.
Tableau 4 : Paramètres utilisés pour l’acquisition DTI in vivo du Chien
Reconstruction Nombre de
directions
Répartition des directions
b-value
DTI 32 Optimisée (Phillips) 3000
Acquisitions post-mortem, tête entière
La seconde étape des acquisitions correspond à des examens IRM post-mortem de l’encéphale contenu dans la boîte crânienne. Le but de cette étape est de réaliser des acquisitions pondérées en T1 et T2 avec une résolution spatiale plus élevée que celle des acquisitions in vivo. La morphologie de l’encéphale reste proche des conditions in vivo car celui-ci est contraint par la boîte crânienne. Cette étape permet donc de faire un lien entre les acquisitions in vivo et les acquisitions ex vivo de l’encéphale isolé. Vingt-quatre heures avant l’acquisition, les têtes sont retirées du formol afin d’être rincées plusieurs fois dans un grand volume d’eau. Les paramètres pour ces séquences sont présentés dans le tableau ci-dessous.
Tableau 5 : Paramètres des acquisitions IRM ex vivo, tête entière, chez le Chien
Acquisition Séquence TE (ms) TR (ms) Résolution
(mm³)
Taille Matrice FOV (mm)
T1 Echo de Gradient 3,839 8,580 0.5x0.5x0.5 288x288x300 144x144x150
T2 Echo de Spin 265,71 2500 0.5x0.5x0.5 288x288x300 144x144x150
Type d’acquisition
Angle de Bascule Nombre d’Acquisition pour moyennage
Temps d’acquisition(s)
3D 8 5 2737 (~45min)
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Le temps n’étant plus une des contraintes principales, la résolution spatiale peut sensiblement être améliorée pour ces acquisitions par rapport aux acquisitions in vivo : elle passe donc de 1 mm isotrope à 0.5mm isotrope afin d’obtenir plus de détails anatomiques. Les séquences pondérées en T1 et T2 sont les seules acquisitions à avoir été réalisées lors de cette étape. En effet, l’acquisition DTI présentait certains inconvénients liés à l’examen de la tête entière (problème d’interface entre l’air contenu dans les cavités nasales et l’encéphale) et aux conditions post-mortem. Même si la séquence pouvait être rallongée du fait de l’absence de la contrainte du temps d’anesthésie, le phénomène de diffusion est réduit en conditions post-mortem, ce qui rend sa détection plus difficile. Le but de cette seconde étape était donc d’avoir une définition anatomique du cerveau plus fine qu’en conditions in vivo tout en ayant une morphologie cérébrale proche des conditions in vivo. Disposant déjà d’une acquisition T2, une acquisition pondérée en diffusion n’aurait été que peu utile. On verra par la suite que l’acquisition DTI a cependant été réalisée lors de la troisième étape des acquisitions.
Acquisitions ex vivo, encéphale isolé
La troisième et dernière étape consiste à réaliser des séquences pondérées en T1, T2 et une acquisition DTI sur l’encéphale extrait hors de la boîte crânienne. Vingt-quatre heures avant l’acquisition, l’encéphale est retiré du formol est rincé plusieurs fois dans un grand volume d’eau. Lors de l’examen IRM, le cerveau est disposé dans un sac de type « zip-lock » rempli de liquide (NaCl), le sac est ensuite placé dans un moule en mousse et maintenu en place pendant l’acquisition grâce à des balles de coton positionnées entre lui et le moule. Le cerveau est donc immergé dans un liquide, ce qui permet de s’affranchir des problèmes d’interface air-tissu. La morphologie cérébrale obtenue au cours de cet examen IRM est plus proche de celle obtenue sur coupes histologiques. Les paramètres pour ces séquences sont présentés dans le tableau ci-dessous.