^•.••s\ wj»V»» ^ * w l * 5. W ' X «>•"$. * . \ **&**'&&4!^ &.
à ^ \ ••> A * *\ i « \ X . f f » l . ^ Iff Ï ,
IDENTIFICATION DES LARVES ET DES OEUFS DES SUCEURS,
(Moxostoma), PAR ANALYSE
DE L'ADN MITOCHONDRIAL
par
Alain Branchaud Louis Bernatchez
Jean Leclerc et
Réjean Fortin
Mars 1996
Québec caca
Identification des larves et des oeufs des suceurs, Moxostoma, par analyse de l'ADN mitochondrial
Alain Branchaud1, Louis Bernatchez2,
Jean Leclerc3, et Réjean Fortin1
Mars 1996
1- Département des Sciences biologiques, Université du Québec à Montréal, Case Postale 8888, Succursale Centre-Ville, Montréal, Québec, H3C 3P8.
2- Département de Biologie, Université Laval, Sainte-Foy, G1K 7P4.
3- Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Ministère de l'Environnement et de la Faune, Direction régionale de la Montérégie, 201, Place Charles-Lemoyne, Bureau 2.05, Longueuil, Québec, J4K 2T5.
Référence à citer:
Branchaud, A., L. Bernatchez, J. Leclerc et R. Fortin. 1996. Identification des larves et des oeufs des suceurs, Moxostoma, par analyse de l'ADN mitochondrial. Québec, ministère de l'Environnement et de la Faune, Direction de la faune et des habitats. Rapport Technique.
18 p.
Dépôt légal - Bibliothèque Nationale du Québec, 1996 ISBN: 2-550-30188-9
RESUME
Une méthode moléculaire d'identification des cinq espèces de suceurs {Moxostoma sp.) présentes au Québec a été développée. La digestion d'un segment d'environ 1300 paires de bases de l'ADN mitochondrial génère un patron de migration diagnostique à l'espèce pour quatre des huit enzymes de restriction expérimentées. Nous avons utilisé les enzymes Alu I et Hpa II pour analyser un échantillon de larves et d'oeufs récoltés en dérive aux rapides de Chambly à l'été 1994. La méthode est suffisamment sensible pour permettre l'identification individuelle des oeufs. Six larves et cinq oeufs de suceurs cuivrés (M. hubbsi) ont été identifiés. Des larves des quatre autres espèces de suceurs ont également été retrouvées. Malgré un effectif restreint, le profil temporel de la fraie des suceurs, tel qu'illustré par les résultats d'identification génétique, correspond à celui appréhendé pour la rivière Richelieu. Nous présentons également une partie de la séquence du gène du cytochrome b ainsi que la séquence complète de l'ARN de transfert de la threonine pour faire état de l'avancement des travaux dans l'étude phylogénétique du genre Moxostoma.
ABSTRACT
A molecular method was developed for the identification of Quebec's five species of redhorses {Moxostoma sp.). The digestion of a 1300 base pairs mitochondrial DNA fragment provides a diagnostic profile in four of the eigth restriction enzymes experienced. Enzymes Alu I and Hpa II were used to identified a sample of larvae and eggs collected with drift nets in the summer of 1994.
The sensitivity of the method allows the identification of individual eggs. Six larvae and five eggs were identified as copper redhorses (M. hubbsi). Larvae of the four other redhorse species were also found. Despite a small sample size, the temporal profile of redhorse spawning, as revealed by genetic identification, is consistent with the profile expected for the Richelieu River. We also present part of the cytochrome b gene sequence and the complete sequence of the threonine transfer RNA gene to report the progress made in the phylogenetic study of the Moxostoma genus.
V
TABLE DES MATIÈRES
RESUME iii
ABSTRACT iv
TABLE DES MATIÈRES v
LISTE DES TABLEAUX vi
LISTE DES FIGURES vi
LISTE DES ANNEXES vi
1. INTRODUCTION 1
2. MATÉRIEL ET MÉTHODES 2 2.1 Échantillonnage des oeufs et des larves 2 2.2 Extraction et amplification 2 2.3 Enzymes de restriction 3 2.4 Identification morphologique des larves 4
2.5 Séquençage du cytochrome b 4
3. RÉSULTATS ET DISCUSSION 5
REMERCIEMENTS 15
LISTE DES RÉFÉRENCES 16 ANNEXE 18
VI
LISTE DES TABLEAUX
Tableau 1 : Sites de reconnaissance et de coupure des enzymes de restriction utilisées 3 Tableau 2: Identification des larves et des oeufs récoltés aux rapides de Chambly en 1994. .. 7
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Profils de migration des quatre enzymes diagnostiques Alu I, Hpa II, Mbo I et Rsa I.
; 6 Figure 2: Séquence complète de l'ARN de transfert de la thréonine des cinq espèces de suceurs {Moxostoma) présentes au Québec 13 Figure 3: Début de la séquence du gène du cytochrome b (brin léger) des cinq espèces de suceurs (Moxostoma) vivant au Québec 14
LISTE DES ANNEXES
Annexe 1. Liste des échantillons problématiques 18
1. INTRODUCTION
En 1992, le ministère de l'Environnement et de la Faune, alors ministère du Loisir de la Chasse et de la Pêche, a entrepris un plan triennal d'étude des rapides de Chambly dans le but de caractériser leur utilisation comme site de fraie par le suceur cuivré (Moxostoma hubbsi) (Boulet et al. 1995). Les rapides de Chambly sont également fréquentés par les quatre autres espèces de suceurs (Moxostoma) qui vivent dans les eaux du Québec (Mongeau et al. 1986, 1992). La ressemblance morphologique des oeufs et des larves de suceurs rend difficile leur identification à l'espèce. De plus, le chevauchement des périodes de fraie ne permet pas d'utiliser la date de récolte comme critère d'identification. Gendron et Branchaud (1991 ) ont pu identifier des oeufs de suceur cuivré déposés aux rapides de Chambly en faisant développer ceux-ci jusqu'au stade juvénile. Cette méthodologie requiert toutefois une infrastructure lourde et les risques de perte d'information sont élevés. Grâce aux efforts de reproduction artificielle, une collection de référence presque complète a pu être mise sur pied pour faciliter l'identification des larves de Catostomidés (Branchaud et Gendron 1993, Branchaud et al. 1995). Toutefois, les changements morphologiques rapides observés durant les premiers stades de l'ontogénie rendent difficile l'élaboration d'une clef dichotomique qui fasse consensus. De plus, certains caractères discriminants peuvent être modifiés durant la capture ou encore par la préservation. L'identification des larves est donc en grande partie basée sur la capacité d'intégration de plusieurs caractères.
L'application des nouvelles techniques de la biologie moléculaire pourrait aider à solutionner cette problématique. Bernatchez et al. (1995) ont utilisé les différents génotypes révélés par les patrons de migration des fragments d'ADN pour distinguer les stocks d'éperlan arc-en-ciel (Osmerus mordax) de l'estuaire moyen du Fleuve Saint-Laurent. Ces fragments d'ADN sont obtenus par une digestion d'un segment de l'ADN mitochondrial avec des enzymes de restriction.
Cette technique est maintenant utilisée pour étudier la contribution relative des différents stocks à la population d'éperlans par l'identification du génotype des larves récoltées dans l'estuaire moyen (Pigeon et al. en préparation). Dans ce rapport, nous présentons la mise au point d'une méthode similaire d'identification des cinq espèces de suceurs. Nous présentons également les résultats préliminaires du séquençage du gène du cytochrome b et de l'ARN de transfert de la thréonine des cinq espèces de Moxostoma. Ces résultats serviront ultérieurement à une étude phylogénétique des suceurs permettant entre autres de clarifier l'origine du suceur cuivré.
2. MATÉRIEL ET MÉTHODES
2.1 Échantillonnage des oeufs et des larves
Les échantillons proviennent des travaux de caractérisation de l'habitat de fraie du suceur cuivré effectués aux rapides de Chambly en juin et juillet 1994. Ils ont été récoltés de nuit à l'aide de filets de dérive et spécifiquement conservés dans l'éthanol 95% pour analyse génétique. Les échantillons contiennent uniquement des oeufs et des larves préalablement identifiés au genre Moxostoma durant le tri des dérives. Auer (1980) fournit les signes de reconnaissance (diamètre de l'oeuf, forme du sac vitellin, nombre de myomères, etc) des oeufs et des larves de suceurs.
2.2 Extraction et amplification
Nous avons utilisé la méthode d'extraction de l'ADN total décrite par Bematchez et al.
(1992). La digestion enzymatique à la protéinase K, de larves ou d'oeufs entiers, a été effectuée dans un volume de 500 ul. L'ADN a été remis en solution dans un volume d'eau de 20 à 40 ul selon la quantité visible dans le culot.
Une section d'environ 1300 paires de bases de l'ADN mitochondrial, comprenant le gène complet du cytochrome b et de l'ARN de transfert de la thréonine, a été amplifiée par la réaction de polymérase en chaîne (RPC). Nous avons utilisé les amorces TPRO2-V (51 GCT TTG GGA GTT AAG GGT 3') (Gilbert et al. 1988) et V-GLU (51 GAC TTG AAG AAC CAC CGT TG 31) (Park et al.
1993). Bematchez et al. (1992) présentent et détaillent les concentrations des différents réactifs de RPC. Les conditions de chaque cycle d'amplification (35x) étaient les suivantes: 1 min à 94°C, 1 m i n à 4 50C e t 1 , 5 m i n à 7 2 ° C .
Nous avons fait migrer sur gel d'agarose (1%) 5 pi du produit de l'extraction de quelques échantillons dont le résultat d'amplification était négatif afin de vérifier la qualité de préservation des échantillons (Laulier et al. 1995). Nous avons également effectué un essai d'amplification d'une région plus petite du cytochrome b (367 paires de bases) sur quelques échantillons dont l'ADN était dégradé. Les amorces CTB (5' CCA TCC AAC ATT TCA GCA TGA TGA AA 3') et PAT (51 AAA CTG CAG CCC CTC AGA ATG ATA TTT GTC CTC A 3') ont été utilisées (Kocher et al. 1989). Les
conditions de chaque cycle d'amplification (35x) étaient les suivantes: 1 min à 94°C, 1 min à 43°C et 1 min à 72°C.
2.3 Enzymes de restriction
Dans un premier temps, un balayage de huit enzymes de restriction a été effectué sur l'ADN amplifié de quatre individus de chaque espèce de suceurs (Tableau 1). Ces tissus de référence proviennent d'adultes suceur blanc (M. anisurum), suceur ballot (M. carinatum), suceur cuivré, suceur rouge (M. macrolepidotum) et suceur jaune (M. valenciennesi) capturés dans la rivière Richelieu entre 1990 et 1994. A partir de ces résultats préliminaires, deux enzymes diagnostiques à l'espèce ont été retenues pour l'identification des oeufs et des larves, soit les enzymes de restriction Alu I et Hpa II.
Tableau 1 : Sites de reconnaissance et de coupure des enzymes de restriction utilisées.
Nom de l'enzyme Alu\
- , - , Cfo\
Dde\
Hae III Hirii I Hpa II Mbo\
Rsa\
Site de restriction1
(51 - 3') AGICT GCGiC CITNAG
GGiCC GiANTC
CICGG IGATC GT1AC
1 La flèche indique l'endroit de coupure. A: adénine, G: guanine, C: cytosine, T: thymine, N= une ou l'autre des bases azotées.
Les digestions enzymatiques ont été réalisées dans un volume de 20 ul à 37°C pendant 16 h. Un volume de 2,5 à 15 ul d'ADN amplifié a été utilisé pour les digestions. Le profil des fragments d'ADN générés par ces digestions a ensuite été révélé par migration sur un gel d'agarose (1,4%) pendant 3 h à une intensité de 90 v. Nous avons simultanément effectué une réaction d'un témoin des cinq espèces de suceurs à chaque lot d'échantillons analysés. Les larves et les oeufs de suceurs ont ensuite été identifiés à l'espèce par jumelage avec le patron de fragments spécifique des témoins.
2.4 Identification morphologique des larves
Pour fin de comparaison, nous avons également présenté les résultats d'identification des mêmes échantillons obtenus à partir des caractéristiques morphologiques. Ces résultats ainsi qu'une description de l'approche méthodologique ont déjà fait l'objet d'un rapport préliminaire (Boulet et al. 1995).
2.5 Séquençage du cytochrome b
Un volume de 100 ul du produit de RPC purifié (QIAquick Kit) a été confié à l'unité de séquençage automatique de l'Université Laval. Nous avons utilisé les mêmes amorces que pour le RPC (V-GLU et TPRO2-V). Deux individus de chaque espèce ont été séquences. Les résultats présentés sont un consensus des deux individus.
3. RESULTATS ET DISCUSSION
Quatre des huit enzymes de restriction expérimentées sont diagnostiques à l'espèce soit Alu I, Hpa II, Mbo I et Rsa I. Nous avons choisi Alu I et Hpa II pour la clarté de leur profil de migration (Figure 1). Même si une seule de ces quatre enzymes est nécessaire pour identifier les échantillons à l'espèce, nous croyons préférable d'en utiliser deux. Ceci permet d'éviter toute ambiguïté que pourrait occasionner un patron de migration atypique. La correspondance des résultats de deux enzymes est également un excellent contrôle de la méthode.
Les résultats d'identification sont présentés au tableau 1. La méthode génétique est suffisamment sensible pour permettre l'identification spécifique d'un oeuf; ceci n'étant pas possible à partir des caractéristiques morphologiques. Si on admet l'identification génétique comme la référence, les résultats d'identification des larves obtenus à partir des caractères morphologiques se répartissent comme suit: 3 1 % identifiées correctement à l'espèce, 40% d'indéterminées et 29%
d'erreurs. Le nombre élevé de larves indéterminées est en grande partie dû à la détérioration des spécimens durant la capture. Puisque certaines erreurs sont répétitives, les résultats obtenus permettront d'améliorer la méthode d'identification. Par exemple, plusieurs larves de suceurs jaunes ont été identifiées comme étant des suceurs blancs. La larve du suceur ballot est la plus facile à identifier avec un taux de réussite de 80%. Un comportement d'émergence embryonnaire (présence du sac vitellin) et une hauteur relative du corps élevée facilitent l'identification de la "larve" du suceur ballot.
La méthode génétique possède également ses désavantages. Sur un total de 152 échantillons (137 larves et 15 oeufs) analysés, 40,8% des extraits (57 larves et 5 oeufs) n'ont pu être amplifiés et donc identifiés (Annexe 1). Toutefois, il semble que la cause de ces difficultés origine de l'étape de préservation ou d'entreposage. En effet, la comparaison des profils de migration électrophorétique d'extraits identifiés et non identifiés montre une faible quantité d'ADN de haut poids moléculaire chez ces derniers. De plus, il existe une différence significative dans le succès d'amplification d'une larve selon qu'elle ait été prélevée avant le 8 juillet (80,5% n=65) ou de cette date jusqu'à la fin du projet (37,5% n=72) (X2, p < 0,001). Seul un changement dans la méthode de préservation ou d'entreposage des échantillons peut expliquer pareille différence puisqu'ils ont été analysés de façon aléatoire.
Alu I Mbo I
MOAN MOCA MOHU MOMA MOVA MOAN MOCA
Hpa II
MOHU MOMA
Rsa I
MOVA
MOAN MOCA MOHU MOMA
Figure 1: Profils de migration des quatre enzymes diagnostiques Alu I, Hpa II, Mbo I et Rsa I.
MOAN : suceur blanc, MOCA : suceur ballot, MOHU : suceur cuivré, MOMA : suceur rouge, MOVA : suceur jaune, § : standard Phi.
Tableau 2: Identification des larves et des oeufs récoltés aux rapides de Chambly en 1994.
Numéro de collection
30000 300001
30009 30010 30011 30029 30030 30035 30035 30037 30051 30054 30055 30065 30073 30073 30081 30082
Date du prélèvement
(jour/mois) 22/06 22/06 23/06 23/06 23/06 28/06 28/06 01/07 01/07 01/07 04/07 04/07 04/07 05/07 06/07 06/07 07/07 07/07
Identification Caractères
morphologiques OEUF OEUF OEUF OEUF OEUF OEUF OEUF OEUF OEUF MOAN
?
?
?
?
?
? MOVA
?
Enzymes de restriction
MOVA MOVA MOVA MOMA MOVA MOHU MOHU MOHU MOHU MOVA MOMA MOVA MOVA MOVA MOVA MOVA MOVA MOVA
1 Le numéro de collection a été attribué à la dérive de sorte que plusieurs larves ou oeufs peuvent avoir le même numéro.
Tableau 2 (suite)
8
Numéro de collection
30085 30085 30100 30101 30102 30104 30104 30117 30119 30121 30128 30137 30138 30139 30162 30186 30187 30191
Date du prélèvement
(jour/mois) 07/07 07/07 08/07 08/07 09/07 09/07 09/07 13/07 13/07 14/07 26/06 26/06 26/06 26/06 26/06 27/06 27/06 27/06
Identification Caractères
morphologiques
?
?
? OEUF
?
?
?
?
?
? MOMA MOAN MOVA MOAN MOAN
? MOMA
?
Enzymes de restriction
MOVA MOVA MOCA MOHU MOCA MOCA MOVA MOVA MOHU MOHU MOMA MOAN MOAN MOAN MOMA MOMA MOMA MOMA
Tableau 2 (suite)
Numéro de collection
30225 30226 30228 30229 30241 30242 30243 30244 30245 30246 30271 30320 30330 30331 30332 30334 30335 30336
Date du prélèvement
(jour/mois) 04/07 04/07 04/07 04/07 04/07 04/07 04/07 04/07 04/07 04/07 05/07 06/07 06/07 06/07 06/07 06/07 06/07 06/07
Identification Caractères
morphologiques
?
? MOAN
?
?
? MOAN
? MOCA
?
? MOVA MOAN MOAN MOVA MOCA MOCA MOAN
Enzymes de restriction
MOVA MOMA MOVA MOMA MOVA MOVA MOVA MOVA MOCA MOVA MOVA MOVA MOVA MOVA MOVA MOCA MOCA MOVA
Tableau 2 (suite)
10
Numéro de collection
30337 30338 30339 30340 30341 30342 30343 30385 30386 30387 30388 30389 30390 30409 30414 30429 30433 30451
Date du prélèvement
(jour/mois) 06/07 06/07 06/07 06/07 06/07 06/07 06/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07 07/07
Identification Caractères
morphologiques MOAN MOAN MOCA MOAN MOAN MOCA MOAN MOAN MOAN MOCA MOAN MOCA MOVA
? MOAN MOVA MOVA MOCA
Enzymes de restriction
MOVA MOVA MOCA MOVA MOVA MOCA MOVA MOVA MOVA MOCA MOVA MOCA MOCA MOVA MOVA MOVA MOVA MOCA
11
Tableau 2 (suite)
Numéro de collection
30452 30454 30455 30456 30457 30459 30460 30461 30465 30474 30480 30488 30489 30490 30500 30502 30503 30504
Date du prélèvement
(jour/mois) 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 09/07 13/07 09/07 10/07 10/07 10/07 14/07 14/07 14/07 14/07
Identification Caractères
morphologiques
? MOCA MOCA MOCA MOCA MOAN MOAN MOAN MOCA
?
? MOCA MOCA MOCA
?
? MOAN MOAN
Enzymes de restriction
MOVA MOCA MOCA MOCA MOCA MOVA MOVA MOVA MOCA MOVA MOVA MOCA MOCA MOCA MOHU MOHU MOHU MOHU
MOAN: suceur blanc, MOCA: suceur ballot, MOHU: suceur cuivré, MOMA: suceur rouge, MOVA: suceur jaune
12
Lorsque possible, l'ultracongélation des échantillons devrait être privilégiée. Laulier et al.
(1995) proposent l'utilisation du thiocyanate de guanidium comme alternative à l'éthanol. Il semble que cette méthode prévienne la dégradation subie par les variations de température, une cause probable de la dégradation d'ADN observée. D'autre part, l'amplification d'un segment d'ADN moins long (environ 400 paires de bases) contenant des sites de restriction diagnostiques est une alternative pour augmenter le pourcentage d'échantillons amplifiés. Nous avons réussi à amplifier une région de 367 paires de bases du cytochrome b sur des extraits de larves non identifiées. Un segment plus court peut toutefois nécessiter l'utilisation d'un nombre plus grand d'enzymes de restriction. Il nous sera possible d'optimiser cette méthode lorsque le gène du cytochrome b des cinq espèces de suceurs sera séquence en entier.
Malgré un nombre limité d'échantillons, le profil temporel de la fraie des suceurs, tel qu'illustré par les résultats d'identification génétique, correspond à celui appréhendé pour les rapides de Chambly (Mongeau et al. 1992). La présence de cinq oeufs et six larves de suceurs cuivrés représente une solide preuve de l'utilisation des rapides de Chambly comme site de fraie par l'espèce. Les larves de suceur cuivré ont été capturées 15 et 16 jours après la récolte des premiers oeufs. Branchaud et Gendron (1993) ont observé en laboratoire que le comportement d'émergence des larves a lieu entre 15 et 16 jours après la fertilisation.
Les séquences de l'ARN de transfert de la thréonine et des 495 premières paires de bases du gène du cytochrome b sont présentées aux figures 2 et 3. Les différences importantes observées entre les espèces corroborent la distinction spécifique attribuée au suceur cuivré à partir des caractères morphologiques (Legendre 1942, Jenkins 1970). Ces résultats de séquence sont présentés ici uniquement pour faire état de l'avancement des travaux et ne seront pas discutés davantage. Une publication dans une revue scientifique servira ultérieurement à diffuser cette information.
13
MOHU GCCCTAGTAG CTTAGCCTAA AAGCATCGGT CTTGTAAACC 40 MOCA ********** ********** ********** **********
MOVA ********** ********** ********** **********
MOAN ********** * * *****Q** ********** *******Q**
MOMA ********** ********** ********** **********
MOHU GAAGATCGGA GGTTAAATTC CTCCCTAGAG CC MOCA ********** *******£** ********** **
MOVA ********** ********** ********** **
MOAN *****Q**** ********** ********** **
MOMA ********** *******Q** ********** **
72
Figure 2: Séquence complète de l'ARN de transfert de la thréonine des cinq espèces de suceurs (MoxOStoma) présentes au Québec. MOHU: suceur cuivré, MOCA: suceur ballot,
MOVA: suceur jaune, MOAN: suceur blanc, MOMA: suceur rouge
14
MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOCAMOHU MOVAMOAN MOMA MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOHUMOCA MOVAMOAN MOMA MOCAMOHU MOVAMOAN MOMA MOCAMOHU MOVAMOAN MOMA MOCAMOHU MOVAMOAN MOMA
ATG
* *** **
******
GAC
** ** * *
* * *
* * * TGA
** ****
******
TTA***
******
***
ACC
* * *
* * *
* * * GGA
**** * *
* * *
* * * TTC***
***
* * *
* * * TCT***
**C
**c
CTG**A
**A**A
**A GGA***
** *
**C**G TCC
* **** *
* * *
* * * GCA***
******
** * GCA
* * *
* * *
** ****
AAC** *
* * *
**** * * ACA** *
******
** * GCT
* *** * *
******
TGA
* *****
***** * ATC
* * *
******
** * TAC
* * *
***** *
* * * CTA***
** ****
* * * CAA
* * *
* * *
**G
* **
GCA
* * *
* * *
**G AGC
******
* *** **
CTG
* * *
* * *
** ** **
TTC***
* * i p
* * i p
* * *
GGA***
******
***
TTT** *
******
* **
TTA
* *****
* *****
TGT***
***
* **
* * * CTC***
**A
* * *
** * GTT**C
**C
* * *
***
ATA
* * *
* * *
** ****
GTA**G** *
* **
* **
CTA***
** ****
***
GTT***
**** * *
* * * GGG**A***
***
* **
CTA
**G
* * *
******
TCT
* * *
** *** *
***
ATC
* * *
******
***
ATT
* * *
***** *
***
TAT***
******
***
ATA***
* **
**G TCG
***
**A**A
**A CCT
**C
* * *
**C***
CGG
* *****
* *** **
GAT**C
******
***
TCC** *
* * i p
* * *
* * *
TTT**C
**C* *C
* * * TCC
* * m
* * *
* *rp
* * i p
CGC
* * r p
* * i p
* * i p
* * i j >
TAT
**C***
* *C** * AAA
* **
**G**G
***
ATA***
** *
**G
***
TTT
* * *
** ****
* **
TAT***
* *** * *
** * AAA** *
******
***
CTA** *
* * *
* * *
* * * CTT***
**** **
* * * CTA** *
******
GTT
* * *
******
***
AGC
* * *
******
* **
ATA***
******
* * *
G A A
* * *
* * *
**G ACG**A
**A**A
**A TGA***
* * *
* *****
ATTG**
G**G**
G**
ACA CAT*** * * *
*** ***
*** * * *
*** ***
CCA ACC
*** ***
*** ***
*** * * *
*** * * * CTA
* * *
**G** *
***
GCA
* **
* * *
**G***
GCC
* * *p
* * *
** * GTG**A
**A**A
**A CAC
* * i p
* * i p
* * i p
ACC
* * *
* * r p
* * *
* * *
GCT
* * *
*GC***
***
GGT** *
**** **
* **
GGA***
* * *
* * *
** * GGA***
******
* **
ATA** *
**G***
* **
CAT**C
**C**C
**c
CAT***
******
***
ATT** *
**** **
* **
TGA***
* *****
***
TTC***
******
***
GCC
**** * *
* * *
***
AAC***
* * *
**** **
ccc ***
*** ***
***
ccc ** *
** * ***
***
CTT
* * *
* * *
* *** * * CAC
* *** * *
** *** * ATC
* * r n
* * i p
* * i p
* * *
GCT
***
* *C
* *c
GCT**C
**** * *
** * AAC**
* * *
*** ***
GTC***
** ****
***
ACA
* * *
******
***
GAA***
**G
* **
* * * CTA***
******
***
TCT
* *** * *
* **
* *C TGT
**** * *
******
TAT***
**** * *
* * * TGC***
* *****
* * * AAC***
**** * *
* * * CGA***
******
* * * ATT***
******
***
GGA
* * *
* * *
* **
**G GTA***
* * *
** ****
CTA* * * ATT
* * *
* * *
** ****
AAC***
* * *
* * *
***
CTA***
**** * *
***
ACC** *
**** **
* * *
******
* * * GGA***
** *
**G GGG
**A**A
***
**A GGT***
** ****
* * * TAC**
AAA
* * *
* * *
* *****
ATC
* * *
* * *
* * i p
* * *
ATT***
******
***
TCC***
* * *
* * *
* * * GAT***
** ****
* * * GCA***
**** * *
* * * TTG
* **
**A
* **
**A GTC
* *
p***
** *
* * r p
* * *
* * *
ATT***
* * *
* * *
* * * GTT
* * *
* * *
* * *
***
* * r p
* * r n
**A GTA
* **
* * i p
* * *
* * *
ACC***
* * *
* *** * * CAA
* * *
* * *
* **** * ATT***
* * *
* * *
* * * TCA***
******
** * ACC***
* * *
******
GAC** *
* * *
* * *
** * GTA***
** *
* * *
* * * TCA
**G
* * *
* * *
* * * TAC
* * *
* * *
**** * * GTT
* * *
* * *
**C***
CTT
* * *
* *****
***
AAC
* * *
******
***
TGA
* *****
**** * * GCA***
**** * *
* * *
* * *
* *****
CAA
* * *
* ****G
***
ATC
* * *
* * *
* *rp
* * *
AGC
* *ip
* * *
* * m
* * *
TTC
* * *
* * *
**** **
TAT
**C
******
***
CTT
* * *
******
***
CCA
******
***
CTT**G
***** *
* * *
* * * ATT* **
AAT
* * *
***** *
** * TGA***
**** * *
* * * ATT***
**** * *
* * * TCA***
******
** * TAT
* * *
** *** *
* * * TTT***
* * *
* * *
* * * GGA***
* * *
**G***
CTC** *
* * *
* **
TGA
* * *
**G
* **
** * CTA
* * *
**** * *
***
TGA
* *** * *
* * *
***
45
90
135
180
225
270
315
360
405
450
495
Figure 3: Début de la séquence du gène du cytochrome b (brin léger) des cinq espèces de suceurs (Moxostoma) vivant au Québec. MOHU: suceur cuivré, MOCA: suceur ballot, MOVA:
suceur jaune, MOAN: suceur blanc, MOMA: suceur rouge
15
REMERCIEMENTS
Nous tenons à remercier Madame Fay Cotton et Monsieur Pierre Dumont pour le financement obtenu. Yves Chagnon et Sylvain Desloges ont participé à l'identification des larves de suceurs à partir des caractères morphologiques. Angelo Chouinard, Lu Guoging et Dany Pigeon ont été de précieux collaborateurs à la mise au point de la méthode d'identification génétique. Nous remercions également Jean Renault, responsable du séquenceur automatique, pour son implication. Nous tenons finalement à remercier Madame Grise Lee pour son soutien à la rédaction du rapport.
16
LISTE DES RÉFÉRENCES
AUER, N.A., éditrice. 1980. Identification of larval fishes of the Great Lakes Basin with emphasis on the Lake Michigan Drainage. Great Lakes Fishery Commission, Special Publication 82-3, Ann-Arbor, Michigan.
BERNATCHEZ, L, R. GUYOMARD et F. BONHOMME. 1992. DNA sequence variation of the mitochondrial control region among geographically and morphologically remote European brown trout Salmo trutta populations. Mol. Ecol. 1:161-173.
BERNATCHEZ, L, S. MARTIN, A. BERNIER, S. TREMBLAY, G. TRENCIA, G. VERREAULT et Y.
VIGNEAULT. 1995. Conséquences de la structure génétique de l'Éperlan arc-en-ciel {Osmerus mordax) pour la réhabilitation de l'espèce dans l'estuaire du Saint-Laurent.
Ministère de l'Environnement et de la Faune du Québec et ministère des Pêches et des Océans dans le cadre de Saint-Laurent Vision 2000. 46 p.
BOULET, M., J. LECLERC et P. DUMONT. 1995. Programme triennal d'étude sur le suceur cuivré.
Québec, ministère de l'Environnement et de la Faune, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Direction régionale de Montréal, Laval, Lanaudière, Laurentide, Montérégie. Rapport d'étape. 61 p.
BRANCHAUD, A. et A.D. GENDRON. 1993. Artificial spawning and rearing of the copper redhorse, Moxostoma hubbsi (Teleostei: Catostomidae). Can. Field-Nat. 107: 279-282.
BRANCHAUD, A., D. HATIN, P. CAYER, L. CÔTÉ, P. DUMONT et R. FORTIN. 1995. Reproduction artificielle et élevage du Suceur cuivré. Québec, Ministère de l'Environnement et de la Faune, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, Rapport de travaux 06-34. 49 p.
GENDRON, A. et A. BRANCHAUD. 1991. Identification des oeufs de Catostomidés récoltés au bassin de Chambly en juillet 1991. Québec, Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche du Québec, Service de l'aménagement et de l'exploitation de la faune, Montréal, Rapport de travaux 06-18.11p.
GILBERT, T.L., J.R. BROWN, P.J. O'HARA, N.E. BUROKER, AT. BECKENBACH et M.J. SMITH.
1988. Sequence of tRNAThr and tRNAPr0 from white sturgeon (Acipenser transmontanus) mitochondria. Nucl. Acids Res. 16:11825.
JENKINS, R.E. 1970. Systematic studies of the catostomid fish tribe Moxostomatini. Thèse de doctorat, Cornell University, Ithaca.
KOCHER, T.D., W.K. THOMAS, MEYER A., S.V. EDWARDS, S. PÀÀBO, F.X. VILLABLANCA et A.C. WILSON. 1989. Dynamics of mitochondrial DNA evolution in animals: amplification and sequencing with conserved primers. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 6196-6200.
17
LAULIER, M., E. PRADIER, Y. BIGOT et G. PÉRIQUET. 1995. An easy method for preserving nucleic acids in field samples for later molecular and genetic studies without refrigerating.
J. Evol. Biol. 8: 657-663.
LEGENDRE, V. 1942. Redécouverte après un siècle et reclassification d'une espèce de Catostomidés. Nat. Can. 69: 227-233.
MONGEAU, J.-R., P. DUMONT et L CLOUTIER. 1986. La biologie du suceur cuivré, Moxostoma hubbsi, une espèce rare et endémique à la région de Montréal, Québec, Canada. Ministère du Loisir, de la Chasse et de la Pêche du Québec, Direction régionale de Montréal, Rapport technique 06-39. 135 p.
MONGEAU, J.-R., P. DUMONT et L. CLOUTIER. 1992. La biologie du suceur cuivré (Moxostoma hubbsi) comparée à celle de quatre autres espèces de Moxostoma {M. anisurum, M.
carinatum, M. macrolepidotum et M. valenciennesi). Can. J. Zool. 70:1354-1363.
PARK, L.K., M.A. BRAINARD, D.A. DIGHTMAN et G.A. WINANS. 1993. Low levels of intraspecific variation in the mitochondrial DNA of chum salmon (Oncorhynchus keta). Mol. Mar. Biol.
Biot. 2: 362-370.
18 ANNEXE
Annexe 1. Liste des échantillons problématiques. Malgré plusieurs essais, l'amplification du segment de 1300 paires de bases n'a pas réussi pour ces échantillons.
Numéro de collection
30004 30004 30006 30006 30013 30018 30036 30038 30072 30088 30094 30095 30096 30096 30097 30098 30099 30099 30105 30109 30110
Date du prélèvement
(jour/mois) 22/06 22/06 22/06 22/06 23/06 26/06 01/07 01/07 06/07 07/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 08/07 09/07 10/07 11/07
Numéro de collection
30111 30112 30113 30114 30115 30116 30118 30120 30122 30123 30125 30126 30135 30136 30227 30328 30329 30333 30420 30434 30436
Date du prélèvement
(jour/mois) 12/07 12/07 12/07 12/07 13/07 13/07 13/07 14/07 14/07 15/07 17/07 22/07 26/06 26/06 04/07 06/07 06/07 06/07 07/07 08/07 08/07
Numéro de collection
30437 30445 30453 30458 30473 30475 30491 30492 30493 30494 30496 30497 30498 30499 30501 30505 30506 30507 30508 30509
-
Date du prélèvement
(jour/mois) 08/07 08/07 08/07 08/07 12/07 09/07 10/07 10/07 10/07 10/07 13/07 13/07 13/07 14/07 14/07 14/07 14/07 14/07 14/07 15/07
-
Gouvernement du Québec Ministère de l'Environnement et de la Faune
Direction de la faune et des habitats
NO. CAT.: 96-3416-08
