Évolution des objectifs de sélection en aquaculture

(1)

Evolution des objectifs de sélection en aquaculture

Académie d’Agriculture de France, 16 janvier 2013 Marc VANDEPUTTE

GDR INRAIfremer Amélioration génétique des poissons

(2)

0 20 40 60 80 100 120 140 160 180

1976 1981 1986 1991 1996 2001 2006 2011 2016 2021

Millions de tonnes

Pêche minotière Aquaculture

Pêche alimentaire

projection FAO/ OCDE

+33%

Aquaculture: un défi d’envergure

Ø

Toute l’augmentation de la production vient de l’aquaculture

besoin d’améliorer la productivité

Production mondiale d’animaux aquatiques

(source FAO)

(3)

Aquaculture: une domestication récente (ou à faire)

Pourquoi domestiquer ?

Limiter la dépendance aux stocks naturels

Améliorer le statut sanitaire

-

Meilleure adaptation à l’élevage

-

Adapter l’animal aux besoins du marché

Notre chance:

Pouvoir accélérer et contrôler le processus de domestication

Ł Énorme potentiel à exploiter ?

(4)

Un des plus anciens poissons domestiqués

Kirpichnikov, 1987

Un potentiel

d’évolution

évident!

(5)

Les premiers « vrais » programme de sélection

Ø

Saumon en Norvège (diagramme/photo) début 1972

Ø

Approche française (PROSPER, Chevassus) 1986

Ø

Objectifs: la croissance!!!

2 lignées Sélectionnées

avec Ne>100 Croisement terminal

(Eliminés) PETITS

MOYENS GROS

Période de croissance

PETITS MOYENS GROS

(6)

Améliorer la croissance, ça marche !

100 120 140 160 180 200 220 240

0 5 10 15 20 25

Années de sélection Niveau génétique (base 100= témoin ou pop de base)

Saumon Atlantique (Gjerde & Korsvoll 1999) Tilapia GIFT (Eknath & Acosta 1998)

Truite Prosper lignée NL (Chevassus et al 2004) Truite Prosper lignée SY (Vandeputte et al 2002) Saumon coho (Hershberger et al 1990)

Tilapia FAC (Bolivar & Newkirk 2002)

Haut potentiel car:

•

Point de départ sauvage ou

presque(domestication)

•

Fortes pressions de

sélection possibles

Générations courtes

(tilapia, crevette)

(7)

Si on veut autre chose…quelles informations ?

Caractère Candidat Frères-soeurs

poids X X

Âge à maturité X X

Résistance aux maladies X

Filet (%, couleur, lipides) X

Apparence externe X X

Forme du corps X X

 Il faut de l’information familiale ! (ou des critères indirects)

(8)

Une révolution en sélection poissons: l’assignation de parenté

Ø

Pour accéder à l’information familiale

Ø

Avec des marqueurs variables (microsatellites, SNPs)

Ø

Alternative à l’élevage séparé (pas d’investissement, pas d’effet bassin)

Ø

Elevage possible en condition de production

Ø

Evolution depuis la sélection

massale/PROSPER

²²

16 13 97

2

7/2 2/2 9/2 16/7 2/2 16/7 2/2 22/2 13/7

Nageoire dans éthanol

 ADN

(9)

Sélection aquacole en Europe

(2009)

14 espèces

37 programmes

(22 pedigrees,

15 massal)

(10)

0 5 10 15 20 25 30 35 40 Autres *

Résistance aux maladies Maturité, fécondité Rendements de découpe Qualité du produit Morphologie

Croissance

Nombre de programmes concernés

Caractères sélectionnés (Europe, 2009)

100%

65%

51%

40%

35%

22%

mesurable sur candidat information familiale

* couleur, survie, écaillure, malformations

(11)

Evolution des objectifs de sélection saumon

Sonesson & Fjalestad, Aquabreeding 2008

Source: AQUAGEN

 Objectifs plus équilibrés

(12)

production mondiale 2009

27

13

8 13 7

5 4

4 3

3 3 2 2 1

1 1 1

1 1

1 1

nombre de programmes de sélection

Tilapia Saumon atlantique

Truite arc-en-ciel Carpe commune Crevettes marines Huître

Saumon coho Daurade

Ormeau Morue

Bar Saumon chinook

Turbot Crevette d'eau douce

Rohu (carpe) Silver barb (carpe)

Clarias Panga

Poisson-chat US Corégone

Moule Carpe amour

Carpe argentée Carpet shell Carpe grosse tête Carassin

Pétoncles Carpe catla

Milkfish

Sélection aquacole dans le monde

Des espèces majeures (carpes, mollusques, milkfish: « filtreurs ») ne sont pas sélectionnées Raison probable: en extensif la productivité du milieu détermine en majorité la production

Data from Neira, 2010; Rye et al, 2010; FAO

(13)

Caractères du futur pour un monde fini

Ø

Produire plus avec moins d’intrants et d’impacts

§

Moindre importance de la vitesse de croissance ?

§

Animal à sang froid: croissance ≠ efficacité alimentaire

§

Efficience de la production:

• Efficacité alimentaire (+ rétention nutriments)

• Adaptation aux nouveaux aliments (végétaux)

• Résistance aux maladies (spécifiques)

• Rendements de découpe

 plus de chair consommable avec moins d’intrants (précieux)

(14)

Critères indirects

Ø

Taille de la tête et rendement de filet

•

Sélection sur petite tête: plus efficace que

sélection directe sur rendement filet (x1.4-2.0)

 +1.4% filet/gén. (moyenne 31,2%)

-filet +filet

RA=-0.86

(15)

L’efficacité alimentaire

Ø

Caractère très rentable mais non sélectionné

Ø

Ingestion individuelle non mesurable en pratique

 EA non mesurable

Ø

Critères indirects:

§

La croissance ?

§

Efficacité métabolique:

comment l’approcher ?

(16)

Prédire l’efficacité alimentaire ?

-7.0 -6.0 -5.0 -4.0 -3.0 -2.0 -1.0 0.0 1.0 2.0 3.0 4.0

-6 -4 -2 0 2 4

J-C+

J-C- J+C+

J+C-

croissance jeûne

croissance compensatrice

Gain de poids Gain de poids (Kg) (Kg) In g In g éé rr éé (K g) (K g)

R R²²=0.7 =0.7 15

15.5 16 16.5 17 17.5 18 18.5

9 9.5 10 10.5 11 11.5 12 12.5

IR > 0

IR < 0

JJ--C+C+

J J--CC-- J+C+

J+C+

J+C J+C--

150 200 250 300 350 400 450 500

0 20 40 60 80 100 120 DaysDays

Weight (g)Weight (g)