P´ERIODE D’ACCR´EDITATION : 2016 / 2021
UNIVERSIT´E PAUL SABATIER
SYLLABUS MASTER
Mention Biodiversit´ e, ´ecologie et ´evolution
M2 anthropobiologie Int´egrative
SOMMAIRE
PR´ ESENTATION . . . . 3
PR´ESENTATION DE LA MENTION ET DU PARCOURS . . . 3
Mention Biodiversit´e, ´ecologie et ´evolution. . . 3
Parcours . . . 3
PR´ESENTATION DE L’ANN´EE DE M2 anthropobiologie Int´egrative . . . 3
RUBRIQUE CONTACTS . . . . 5
CONTACTS PARCOURS . . . 5
CONTACTS MENTION . . . 5
CONTACTS D´EPARTEMENT : FSI.BioG´eo . . . 5
Tableau Synth´ etique des UE de la formation . . . . 6
LISTE DES UE . . . . 7
GLOSSAIRE . . . . 14
TERMES G´EN´ERAUX . . . 14
TERMES ASSOCI´ES AUX DIPLOMES . . . 14
TERMES ASSOCI´ES AUX ENSEIGNEMENTS . . . 14
2
PR´ ESENTATION
PR´ ESENTATION DE LA MENTION ET DU PARCOURS
MENTION BIODIVERSIT´E, ´ECOLOGIE ET ´EVOLUTION
La mention BEE a pour objectif de former des professionnels de la recherche en ´ecologie, de la gestion de la biodiversit´e, et de l’am´enagement du territoire pour :
— Comprendre et savoir g´erer le fonctionnement des syst`emes naturels et anthropis´es,
— Aborder d’un point de vue ´evolutif ou fonctionnel les grandes questions et enjeux li´es `a la biosph`ere et aux interactions homme-biosph`ere, tels que les changements globaux, l’´erosion de la biodiversit´e et les perturbations anthropiques,
— Envisager les processus de l’individu aux ´ecosyst`emes.
en s’appuyant sur l’analyse de donn´ees, l’´ecologie comportementale, la t´el´ed´etection ou la biologie de la conser- vation.
Ces professionnels sont de futurs chercheurs, enseignants-chercheurs, ing´enieurs en ´ecologie fonctionnelle, ´ecologie
´evolutive et biologie de l’´evolution, charg´es d’´etudes ou de missions, chefs de projets, conseillers en environnement, animateurs de bassin, agents territoriaux, gestionnaires de sites prot´eg´es, ing´enieurs en qualit´e de l’environnement eau, air ou sol, etc. Les premiers de ces m´etiers pourront s’exercer dans un organisme de recherche ou un
´etablissement d’enseignement sup´erieur apr`es un doctorat et recrutement par concours.
PARCOURS
L’anthropobiologie a connu de nombreuses mutations au cours de la derni`ere d´ecennie avec des innovations et des d´efis technologiques majeurs (imagerie, g´enomique ...). En effet de nos jours l’utilisation de nouvelles m´ethodes d’acquisition de donn´ees `a base d’imagerie (synchrotron ...) ou de s´equen¸cages de g´enomes s’est g´en´eralis´ee, permettant certes de nouvelles avanc´ees dans la recherche mais n´ecessitant de la part des biologistes une plus grande maitrise de ces nouveaux outils m´ethodologiques : techniques d’analyse de donn´ees, m´ethodes statistique pour le big data, m´ethodes de la th´eorie des formes, statistique pour le g´enome humain et phylog´enie pour l’´evolution humaine.
PR´ ESENTATION DE L’ANN´ EE DE M2 ANTHROPOBIOLOGIE INT´ EGRATIVE
Nous proposons ici un parcours professionnalisant (formations initiale et continue) et mutualis´e entre les Mentions Ecologie et BioSant´e. La formation est ax´ee sur les besoins en recherche et d´eveloppement de haut niveau des entreprises et des organismes de recherche en biologie ´evolutive, biologie structurale, g´enomique, biotechnologies
les banques mondiales.L’originalit´e vient de l’approche big data. Les donn´ees recueillies sont au cœur de l’enseignement et on cherche `a ´etudier la mani`ere d’en extraire de l’information et de la transformer en connais- sance au moyen d’une ´etude quantitative, maitris´ee par des experts de la discipline qui pourront l’interpr´eter et l’utiliser.
4
RUBRIQUE CONTACTS
CONTACTS PARCOURS
RESPONSABLE M2 ANTHROPOBIOLOGIE INT´EGRATIVE BRAGA Jose
Email : jose.braga@univ-tlse3.fr T´el´ephone : 05 61 55 80 81
RIBERON Alexandre
Email : alexandre.riberon@univ-tlse3.fr T´el´ephone : 05 61 55 67 43
SECR´ETAIRE P´EDAGOGIQUE LEPAGE Stella
Email : stella.lepage@univ-tlse3.fr
CONTACTS MENTION
RESPONSABLE DE MENTION BIODIVERSIT´E, ´ECOLOGIE ET ´EVOLUTION BUFFAN-DUBAU Evelyne
Email : evelyne.buffan-dubau@univ-tlse3.fr T´el´ephone : 05 61 55 89 26 MORDELET Patrick
Email : patrick.mordelet@cesbio.cnes.fr T´el´ephone : 05 61 55 85 15
CONTACTS D´ EPARTEMENT: FSI.BIOG´ EO
DIRECTEUR DU D´EPARTEMENT LUTZ Christel
Email : christel.lutz@univ-tlse3.fr T´el´ephone : 05 61 17 59 57
SECRETARIAT DU D´EPARTEMENT BLANCHET-ROSSEL Anne-Sophie
Email : anne-sophie.blanchet-rossel@univ-tlse3.fr
TABLEAU SYNTH´ ETIQUE DES UE DE LA FORMATION
page Code Intitul´e UE ECTS Obligatoire Facultatif TD TP Stage Stagene
Premier semestre
8 EIBEZ3AM M´ETHODES ET ANALYSES EN LABORATOIRE 12 O 40 24
9 EIBEZ3BM APPROCHES PHYLOG´EN´ETIQUES 6 O 20 12
10 EIBEZ3CM ADAPTATION ET ´ECOLOGIE HUMAINE 6 O 20 12
11 EIBEZ3DM G´EN´ETIQUE ET G´ENOMIQUE DES POPULATIONS 6 O 20 12
Second semestre
Choisir 1 UE parmi les 2 UE suivantes :
12 EIBEZ4AM STAGE EN LABORATOIRE 30 O 4
13 EIBEZ4BM STAGE EN ENTREPRISE 30 O 4
6
LISTE DES UE
UE
M´ETHODES ET ANALYSES EN LABORATOIRE12 ECTS 1er semestre EIBEZ3AM TD : 40h , TP : 24h
ENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose
Email : jose.braga@univ-tlse3.fr
OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE
Ce module, de nature tr`es pratique, vise `a familiariser les ´etudiants aux outils mol´eculaires et d’analyse de donn´ees morphologiques utilis´es dans les autres modules.
DESCRIPTION SYNTH´ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS - Imagerie 3D, Morphom´etrie (quantification de formes ...) - Rappels sur les m´ethodes d’obtention de marqueurs (NGS ...)
- Les marqueurs utilis´es (SNP, Haplogroupe, Haplotype, STR, Microsat ...) - Banques de donn´ees (bioinformatique ...)
- Bio´ethique (l´egislation sur l’utilisation d’´echantillons ...)
PR´E-REQUIS Aucun
R´EF´ERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
Geometric Morphometrics for Biologists. A Primer.
MOTS-CL´ES
S´equen¸cage ADN, Micro-tomographie, Morphom´etrie 3D, Pal´eog´en´etique
8
UE
APPROCHES PHYLOG´EN´ETIQUES 6 ECTS 1er semestre EIBEZ3BM TD : 20h , TP : 12hENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose
Email : jose.braga@univ-tlse3.fr
OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE
L’objectif de ce module est de mettre l’accent sur les ´etapes et les processus ´evolutifs qui ont conduit aux populations humaines modernes actuelles. Les relations phylog´en´etiques entre notre sous-esp`ece et les groupes humains du pass´e seront plus particuli`erement trait´ees ici.
DESCRIPTION SYNTH´ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS
Allom´etries inter-esp`eces ; Reconstruction de phylogenies mol´eculaires et morphologiques (cladistique ...) Mod`eles ´evolutifs (Brownien ...)
Signal phylog´en´etique Reconstructions ancestrales
PR´E-REQUIS Aucun
R´EF´ERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
The Comparative Approach in Evolutionary Anthropology and Biology
MOTS-CL´ES
Phylog´enie, Evolution Humaine, Morphologie, Homoplasie, Homologie
UE
ADAPTATION ET ´ECOLOGIE HUMAINE 6 ECTS 1er semestre EIBEZ3CM TD : 20h , TP : 12hENSEIGNANT(E) RESPONSABLE RIBERON Alexandre
Email : alexandre.riberon@univ-tlse3.fr
OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE
L’objectif de ce module est de mettre l’accent sur les processus s´electifs qui ont fa¸conn´e la variabilit´e humaine, notamment le contexte de mise en place de certaines maladies et de la r´eponse des individus et des populations aux pressions qu’elles exercent.
DESCRIPTION SYNTH´ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS - M´ecanismes de s´election (sexuelle ...)
- Recherche de g`enes candidats - Signal adaptatif
- D´etection de la s´election dans les donn´ees mol´eculaires (s´equences, g´enomes) - M´edecine darwinienne
PR´E-REQUIS
Notions de base de g´en´etique des populations (4 pressions ´evolutives, Hardy-Weinberg ...)
R´EF´ERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Human Evolutionary Genetics
MOTS-CL´ES
M´edecine darwinienne, S´election sexuelle, Milieux, Adaptations
10
UE
G´EN´ETIQUE ET G´ENOMIQUE DES POPULA-TIONS 6 ECTS 1
er semestre
EIBEZ3DM TD : 20h , TP : 12h
OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE
L’objectif de ce module est de pr´esenter les donn´ees g´enomiques sur la diversit´e humaine, de plus en plus nombreuses et vari´ees. Ces donn´ees permettent de mieux comprendre l’origine, le maintien et l’´evolution de la diversit´e humaine.
DESCRIPTION SYNTH´ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS
- El´ements de statistiques (Bootstraping, Randomisation, Tests non-param´etriques, Bayes, Cohalescence, Markov ... )
- Les marqueurs utilis´es (SNP, Haplogroupe, Haplotype, STR, Microsat ...) - Analyse Bioinformatique
PR´E-REQUIS
Notions de base de g´en´etique des populations (4 pressions ´evolutives, Hardy-Weinberg ...)
R´EF´ERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Human Evolutionary Genetics
MOTS-CL´ES
G´en´etique humaine, G´enomique, Bioinformatique
UE
STAGE EN LABORATOIRE 30 ECTS 2nd semestre EIBEZ4AM Stage ne : 4hENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose
Email : jose.braga@univ-tlse3.fr
OBJECTIFS D’APPRENTISSAGE
Il s’agit ici de mener un travail de recherche dans le domaine de l’anthropobiologie.
DESCRIPTION SYNTH´ETIQUE DES ENSEIGNEMENTS 4 mois dans un laboratoire de recherche
PR´E-REQUIS
Le semestre 1 de l’ann´ee.
R´EF´ERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Aucun
12
UE
STAGE EN ENTREPRISE 30 ECTS 2nd semestre EIBEZ4BM Stage : 4 mois minimumENSEIGNANT(E) RESPONSABLE BRAGA Jose
Email : jose.braga@univ-tlse3.fr
GLOSSAIRE
TERMES G´ EN´ ERAUX
D´EPARTEMENT
Les d´epartements d’enseignement sont des structures d’animation p´edagogique internes aux composantes (ou facult´es) qui regroupent les enseignants intervenant dans une ou plusieurs mentions
UE : UNIT´E D’ENSEIGNEMENT
Unit´e d’Enseignement. Un semestre est d´ecoup´e en unit´es d’enseignement qui peuvent ˆetre obligatoire, optionnelle (choix `a faire) ou facultative (UE en plus). Une UE repr´esente un ensemble coh´erent d’enseignements auquel est associ´e des ECTS.
ECTS : EUROPEAN CREDITS TRANSFER SYSTEM
Les ECTS sont destin´es `a constituer l’unit´e de mesure commune des formations universitaires de Licence et de Master dans l’espace europ´een depuis sa cr´eation en 1989. Chaque UE obtenue est ainsi affect´ee d’un certain nombre d’ECTS (en g´en´eral 30 par semestre d’enseignement). Le nombre d’ECTS est fonction de la charge globale de travail (CM, TD, TP, etc.) y compris le travail personnel. Le syst`eme des ECTS vise `a faciliter la mobilit´e et la reconnaissance des diplˆomes en Europe.
TERMES ASSOCI´ ES AUX DIPLOMES
Les diplˆomes sont d´eclin´es en domaines, mentions et parcours.
DOMAINE
Le domaine correspond `a un ensemble de formations relevant d’un champ disciplinaire ou professionnel commun.
La plupart de nos formations rel`event du domaine Sciences, Technologies, Sant´e.
MENTION
La mention correspond `a un champ disciplinaire. Elle comprend, en g´en´eral, plusieurs parcours.
PARCOURS
Le parcours constitue une sp´ecialisation particuli`ere d’un champ disciplinaire choisie par l’´etudiant au cours de son cursus.
TERMES ASSOCI´ ES AUX ENSEIGNEMENTS
CM : COURS MAGISTRAL(AUX)
Cours dispens´e en g´en´eral devant un grand nombre d’´etudiants (par exemple, une promotion enti`ere), dans de grandes salles ou des amphis. Au-del`a de l’importance du nombre d’´etudiants, ce qui caract´erise le cours magistral, est qu’il est le fait d’un enseignant qui en d´efinit lui-mˆeme les structures et les modalit´es. Mˆeme si ses contenus font l’objet de concertations entre l’enseignant, l’´equipe p´edagogique, chaque cours magistral porte la marque de l’enseignant qui le dispense.
14
TD : TRAVAUX DIRIG´ES
Ce sont des s´eances de travail en groupes restreints (de 25 `a 40 ´etudiants selon les composantes), anim´es par des enseignants. Ils illustrent les cours magistraux et permettent d’approfondir les ´el´ements apport´es par ces derniers.
TP : TRAVAUX PRATIQUES
M´ethode d’enseignement permettant de mettre en pratique les connaissances th´eoriques acquises durant les CM et les TD. G´en´eralement, cette mise en pratique se r´ealise au travers d’exp´erimentations. En r`egle g´en´erale, les groupes de TP sont constitu´e des 16 `a 20 ´etudiants. Certains travaux pratiques peuvent ˆetre partiellement encadr´es voire pas du tout. A contrario, certains TP, du fait de leur dangerosit´e, sont tr`es encadr´es (jusqu’`a 1 enseignant pour quatre ´etudiants).
PROJET OU BUREAU D’´ETUDE
Le projet est une mise en pratique en autonomie ou en semi-autonomie des connaissances acquises. il permet de v´erifier l’acquisition des comp´etences.
TERRAIN
Le terrain est une mise en pratique encadr´ee des connaissances acquises en dehors de l’universit´e.
STAGE
Le stage est une mise en pratique encadr´ee des connaissances acquises dans une entreprise ou un laboratoire de recherche. Il fait l’objet d’une l´egislation tr`es pr´ecise impliquant, en particulier, la n´ecessit´e d’une convention pour chaque stagiaire entre la structure d’accueil et l’universit´e.
