Fiche 04 : Recherche de motif
Master 1 I2L 2013 / 2014
Exercice 1 : Automate fini d´ eterministe
D´efinir une classe AFD d´ecrivant un automate fini d´eterministe sur l’alphabet fini{A, T, C, G}.
Naturellement, une m´ethode doit pouvoir reconnaitre ou non un mot donn´e.
Exercice 2 : Recherche de motif (Pattern Matching)
Cet exemple est issu du livre de Fr´ed´eric Dardel et Fran¸cois K´ep`es ”Bioinformatique : g´enomique et post-g´enomique”, 2002.
La recherche de motif consiste `a rep´erer dans une s´equence des segments de s´equence d´efinie. Par exemple, la recherche du segment AAUAAA dans une s´equence d’ARN messager (ou AATAAA dans une s´equence d’ADN) correspondant au signal de polyad´enylation.
a - D´efinir un algorithme simple permettant de recherche le motif pr´ec´edent dans une s´equence d’ADN.
Vous pourrez utiliser la s´equence suivante `a titre d’exemple : AAAUAUUAAAUAUUAGACGAAUAAAAGUAUAUUUAG.
b - Calculer la complexit´e de votre algorithme simple en terme de nombre de comparaison.
c - D´efinir un automate fini permettant de recherche le motif pr´ec´edent.
d - Calculer de nouveau la complexit´e de cette recherche de motif.
e - Quelles sont les ´etapes pour rechercher le motif d´efini `a partir d’un segment de sequence d´efinie ?
Option : Automate fini non-d´ eterministe
D´efinir une classe AFN d´ecrivant un automate fini non-d´eterministe sur l’alphabet fini{A, T, C, G}.
Naturellement, une m´ethode doit pouvoir reconnaitre ou non un mot donn´e.
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