2
èmeannée de Master
Mention « Biologie, Géosciences, Agroressources, Environnement »
Spécialité : « Biodiversité des Interactions Microbiennes et Parasitaires »
Parcours : « Santé Animale et Epidémiosurveillance dans les Pays du Sud »
Etude des séroprévalences de l’Influenza A porcine
dans les exploitations du delta du Fleuve Rouge au
Vietnam et typologie des élevages en fonction de
la production porcine, de la production avicole et
de la biosécurité
Présenté par
Marion PETIT SINTUREL
C.I.R.A.D. - Vietnam Directeur de stage : François ROGER
Période : 8 mars au 27 août 2009 DVM/PhD, Epidémiologie des maladies animales
Soutenance : 17 septembre 2009 Tutrice : Carlène TRÉVENNEC
DVM/MSc, Epidémiologie des maladies animales
Année universitaire 2008-2009 U UnniivveerrssiittééMMoonnttppeelllliieerrIIII F FaaccuullttééddeessSScciieenncceess P PllaacceeEEuuggèènneeBBaattaaiilllloonn 3 344009955MMOONNTTPPEELLLLIIEERRCCeeddeexx55 U UnniittééddeeSSeerrvviicceeEEnnsseeiiggnneemmeenntteett F FoorrmmaattiioonneennEElleevvaaggee C CaammppuussddeeBBaaiillllaarrgguueett T TAAAA--7711//BB 3 344339988MMOONNTTPPEELLLLIIEERRCCeeddeexx55 2 233cchheemmiinnddeessCCaappeelllleess 3 311007766TTOOUULLOOUUSSEE
Résumé
Les objectifs de cette étude sont l’évaluation des séroprévalences inter et intra élevages porcin des Influenza A, la classification des sous-types circulants et la typologie des élevages du nord du Vietnam en fonction de variables appartenant à la production porcine, à la production avicole et à la biosécurité. Ces données ont pour objectif final d’augmenter les connaissances sur les virus circulants, sur leur importance au Vietnam et de réduire la circulation virale tout en appréhendant les conformations des exploitations étudiées. Ainsi, des prélevements sanguins ont été effectués sur des porcs et des volailles et une typologie d’exploitations a été analysée. Il en ressort que la séroprévalence inter-élevages, en fonction de la définition d’un élevage positif, peut atteindre 17,11 % (IC = [0 % et 35,87 %] α = 5 %) et que la séroprévalence intra-troupeau porcine s’éleve à 3,83 % (IC = [2,46 % - 5,93 %] α = 5 %). La typologie d’élevage en fonction de la production porcine, de la production avicole et de la biosécurité permet de mettre en évidence trois modèles d’exploitations par catégories. Ces modèles d’exploitations sont définies par des pratiques d’élevages caractéristiques. Bien que cette étude montre des résultats satisfaisants et permette d’émettre des hypothèses sur les facteurs de risque d’introduction et de maintien des Influenza A entre les exploitations et au sein de celles-ci, il aurait été intéressant de travailler sur un plus grand échantillon et sur un plus grand nombre de variables. Ceci aurait permis d’augmenter la précision des résultats des séroprévalences et d’approfondir le sujet par une analyse détaillée des facteurs de risque de transmission des Influenza A au sein des exploitations.
Mots clés
Influenza A Porc Volaille
Typologie d’élevage porcin Vietnam
Summary
The objectives of this study are the evaluation of seroprevalences inter and intra pigs breeding of the Influenza A, the characterization of the circulating sub-types and the typology of the North Vietnam farms associate with pig production, poultry production and biosafety. The final goal of those datas is to increase the knowledges on the circulating viruses, on their importance in Vietnam and to reduce the viral circulation. Thus, blood prelevements were made on pigs and poultry and typology of farms was analyzed. The conclusions of this study are : the seroprevalence inter pigs breeding, according to the definition of a positive farm, can reach 17,11 % (IC = [0 % et 35,87 %]) α = 5 %) and the seroprevalence intra farm is at 3,83 % (IC = [2,46 % - 5,93 %] α = 5 %). Every kind of breeding practice allows us to sort out different models of farms by pig production, poultry production and biosafety. In spite of the fact that this study shows interessant résults and allows us to identify a few hypothetis on the risk factors of introduction and maintenance of the Influenza A between and inside the farms, it would have been interesting to work on a bigger sample and on a larger number of variables. Our results concerning the seroprevalences would have been more efficient and we would have been able to deepen the subject by a detailed analysis of the risk factors of transmission of the Influenza A inside the farms.
Keys Words
Influenza A Pig Poultry
Typology of pigs breeding Vietnam
Remerciements
Je tiens à remercier spécifiquement :
Mr François ROGER, directeur de stage, pour l’opportunité qu’il m’a offerte et son encadrement tout au long de cette étude.
Melle Carlène TRÉVENNEC, tutrice de ce projet, pour ses conseils, son écoute, sa patience et son soutien.
Mr Oanh NGUYEN CONG, cher collègue vietnamien, pour sa spontanéité et son aide précieuse sur le terrain tout au long de cette collaboration.
Mr Ton VU DINH, vice-directeur du Centre d’Etudes Interdisciplinaire pour le Développement Rural, pour son accueil chaleureux au sein de son équipe.
Mme Stéphanie DEVAUX pour m’avoir si gentiment offert son aide et ses connaissances tout au long de ce projet.
Melle Eugénie BAUDON pour m’avoir soutenue pendant ces cinq mois dans le travail comme dans la vie quotidienne.
Mr Vladimir GROSBOIS et Mr Samir MESSAD pour leur précieuse aide en bio-statistiques.
Et plus généralement :
Les directeurs des départements vétérinaires des régions d’Ha Tay, Tao PHUNG VAN, et de Bac Giang, Huyen HOANG DANG et Ninh NGUYEN QUANG.
L’ensemble des équipes de terrain sans qui ce travail n’aurait jamais pu être réalisé : ♦ Ha Tay : Mai CHU THI et Tung NGUYEN VAN.
♦ Bac Giang : Huong HOANG THU, Yen TRAN THI HAI, Hien NGUYEN MANH et Huan PHAM VAN.
L’ensemble des services vétérinaires des communes dans lesquelles les prélèvements ont eu lieu.
Le directeur de virologie du N.I.V.R., Dung NGUYEN TIEN, l’ensemble de son équipe et plus particulièrement Huong HO THU et Duyen NGUYEN THUY.
L’ensemble des éleveurs et leur famille pour leur accueil et la confiance qu’ils m’ont accordés.
Sommaire
Introduction ... - 7 -
I. Contexte ... - 7 -
II. Productions animales ... - 7 -
1. La production porcine ... - 7 -
2. La production avicole ... - 8 -
III. Les virus Influenza... - 9 -
1. Les virus Influenza ... - 9 -
2. Rôle des compartiments animaux ... - 10 -
3. Les virus Influenza au Vietnam ... - 11 -
IV. Zone d’étude ... - 13 -
1. La province d’Ha Tay ... - 14 -
2. La province de Bac Giang ... - 15 -
V. Problématique ... - 16 -
Matériel et méthode ... - 17 -
I. Echantillonnage ... - 17 -
1. Tirage au sort des exploitations ... - 17 -
2. Tirage au sort des porcs ... - 18 -
3. Tirage au sort des volailles ... - 19 -
II. Techniques de détection ... - 20 -
1. Principe du test E.L.I.S.A. A de compétition ... - 21 -
2. Principe du test d’inhibition d’hémagglutination ... - 22 -
III. Calcul des séroprévalences de l’Influenza A porcine ... - 22 -
IV. Typologie des exploitations ... - 23 -
1. Questionnaire ... - 23 -
2. Méthodes d’analyse ... - 24 -
Résultats ... - 26 -
I. Tests E.L.I.S.A. Influenza A ... - 26 -
1. Cartes des élevages et de leur statut par zone géographique ... - 26 -
2. Séroprévalence intra-troupeau ... - 28 -
3. Séroprévalence inter-élevages ... - 29 -
II. Tests d’inhibition d’hémagglutination ... - 29 -
III. Typologie des exploitations ... - 30 -
1. Production porcine ... - 30 -
2. Production avicole ... - 31 -
3. Biosécurité des élevages ... - 33 -
Discussion ... - 35 -
I. Biais d’échantillonnage ... - 35 -
II. Tests E.L.I.S.A. Influenza A ... - 36 -
1. Cartes des élevages et de leur statut par zone géographique ... - 36 -
2. Résultat intra-troupeau ... - 36 -
3. Résultat inter-élevages ... - 37 -
III. Tests d’inhibition d’hémagglutination ... - 37 -
IV. Typologie des exploitations ... - 38 -
1. Choix des critères ... - 38 -
2. Classification des élevages ... - 41 -
Conclusion ... - 47 -
Bibliographie ... - 48 -
Liste des tableaux et des figures
Tableau I : Séroprévalence des différents sous-types d’Influenza porcine au Vietnam et en
Chine ...13
Tableau II : Nombre théorique de prélèvements nécessaire afin de détecter la séroprévalence du virus Influenza A, par type de production avicole ...20
Figure 1 : Communes étudiées de la province d’Ha Tay ...14
Figure 2 : Communes étudiées de la province de Bac Giang ...15
Figure 3 : Position des élevages et de leur statut dans le district d’Ha Tay ...26
Figure 4 : Position des élevages et de leur statut dans le district de Bac Giang ...27
Figure 5 : Séroprévalence porcine moyenne calculée sur l’ensemble des exploitations étudiées ...28
Figure 6 : Fréquence des séroprévalences obtenues au sein de l’échantillon ...28
Figure 7 : Proportion d’élevages positifs en fonction du nombre total d’exploitations ...29
Figure 8 : Classification des exploitations en fonction des variables de la production porcine ...30
Figure 9 : Classification des exploitations en fonction des variables de la production avicole ...31
Figure 10 : Classification des exploitations en fonction des variables de biosécurité...33
Table des annexes
Annexe 1 : Protocole du test E.L.I.S.A. ...51Annexe 2 : Protocole du test d’inhibition d’hémagglutination ...52
Annexe 3 : Questionnaire ferme ...53
Introduction
I. Contexte
Le Vietnam est un pays dont l’économie repose principalement sur le secteur agricole et sur les ressources animales. Ces ressources sont constituées essentiellement d’élevages caprins, bovins et aviaires, cependant, la première production animale du Vietnam correspond aux élevages porcins, omniprésents dans ce pays. Ces productions agricoles et animales sont principalement axées sur la consommation locale.
L’agriculture emploie 75 % de la population active, elle représente actuellement 26 % du P.I.B. [4]. La part de l’élevage dans le P.I.B. agricole, en 2005, s’élevait à 18 %, avec près de 2 664 milliers de tonnes de viande produite en 2004 [5].
II. Productions animales
1. La production porcine
Depuis la fin des années 1980, le Vietnam connait un développement massif de sa production porcine pour répondre à une forte augmentation de la demande du marché intérieur [6]. En effet, entre 2003 et 2020, la population vietnamienne devrait passer de 80 millions d’habitants à 110 millions d’habitants [7]. Cette forte augmentation de population entraîne
[3] La république socialiste du Vietnam est
un pays d’Asie du sud-est bordé par le Laos et le Cambodge à l’ouest et la Chine au nord. Il occupe 331 690 km2 répartis sous la forme d’un « S » étiré dont les extrémités sont distantes de 1 650 km [1]. Sa capitale est Hanoï et le pays compte actuellement 85,2 millions d’habitants. La densité de population au Vietnam est de 263,8 hab / km2 [5]. Une des caractéristiques sociologiques de ce pays est l’importance de sa population rurale. En effet, en 2007, elle représentait 76,63 % de la population vietnamienne [2].
une demande croissante en produits animaux. Ainsi, à Hanoi, la demande en viande porcine passerait de 97 000 tonnes en 1996 à 250 000 tonnes en 2020 [Quang, 1999].
La production porcine, avec plus de 26 millions de porcs en 2007 [16], place le Vietnam dans les dix premiers producteurs de porcs dans le monde (15 millions en France). De plus, ce pays est le premier producteur porcin de l’A.S.E.A.N.* qui regroupe la Birmanie, le Brunei, l’Indonésie, le Laos, la Malaisie, les Philippines, Singapour, la Thaïlande et le Vietnam. En vertu d’un plan national de développement agricole, le Vietnam entend porter ses exportations de porcs de 25 000 tonnes en 2005 à 30 000 tonnes d’ici 2010 et la demande du marché national est encore en forte progression [Quang, 1999].
La production porcine se développe et s’intensifie constamment en particulier dans les deltas du Fleuve Rouge, situé au nord du Vietnam et du Mékong situé au sud. L’élevage porcin est le secteur agricole qui connaît la plus forte croissance depuis 1990, avec un taux d’accroissement de plus de 5,7 % par an. Le porc représente 72 % de la consommation de viande du pays, loin devant les volailles et les bovins, avec près de 27,5 kg/habitant/an en 2005 [8]. Le Vietnam vise à augmenter son cheptel porcin à 40 millions de têtes en 2010 [8].
L'élevage familial est le principal fournisseur de viande du Vietnam. En effet, le fumier récolté dans les exploitations est indispensable à la culture du riz et ne pourrait être remplacé par des engrais chimiques, l’importation de ces produits étant bien trop conséquente pour l’Etat. Ainsi, certains éleveurs ne possèdent qu’un seul cochon juste pour le fumier qu’il produit. Les risques liés à la pathologie, aux aléas alimentaires pèsent moins à l'Etat s'ils sont répartis sur une multitude de foyers qui élèvent chacun de un à trois porcs. Les responsables techniques et politiques sont fiers de l'élevage familial de un ou deux porcs à l'engrais et d'une ou deux truies en reproduction [9].
Ainsi, la production porcine au Vietnam est essentielle à la croissance économique et sociale du pays et est majoritairement constituée de nombreuses petites exploitations familiales réparties principalement autour des deux deltas.
2. La production avicole
Parallèlement à cette forte production porcine, la production avicole est extrêmement développée au Vietnam. En effet, la demande accrue pour ses produits d'élevage a favorisé une intensification de cette production. La population aviaire mondiale est aujourd'hui de 18 milliards de volailles, soit une augmentation de 14 milliards par rapport à il y a dix ans [10].
Un grand pourcentage de la population dans le sud-est de l'Asie vit dans des régions rurales caractérisées par de petits revenus et une possession généralisée de volailles, regroupant plus de 60 % de la population aviaire, pour un total estimé à au moins 136 millions de propriétaires de volailles répartis dans seulement cinq pays [10].
La production avicole représente 19 % de l’ensemble des types de cheptels vietnamiens. C’est la seconde production après la production porcine [Nguyen Dang et al., 2000]. Sur la totalité des exploitations existantes au Vietnam, 90 % possèdent des volailles. En 2006, le nombre de volailles au Vietnam était estimé autour de 215 millions, les poulets représentant 73 % de cette population et les canards 27 % [Desvaux et al., 2008]. La production de viande de volaille au Vietnam est estimée à 321 000 tonnes et le nombre d’œufs produits est de 3,9 milliards. Dans la région du delta du Fleuve Rouge, la densité de volailles est de 4000 par km2 [2].
Ainsi, les productions porcines et avicoles du Vietnam, bien que déjà extrêmement importantes, continuent de croitre d’année en année. Les élevages, souvent mixtes, augmentent en nombre d’animaux mais la biosécurité reste très faible. Ainsi, la transmission de maladies entre les populations porcines et avicoles serait favorisée par l’agencement même des exploitations et les pratiques des éleveurs.
III. Les virus Influenza
Les virus Influenza A responsables des grippes animales sont considérés comme un problème majeur dans le monde, à cause de leur pouvoir pathogène direct, mais aussi par leurs conséquences organisationnelles et économiques sur les pays [11]. En effet, certains de ces virus provoquent des épidémies meurtrières et des abattages massifs de troupeaux. Ils possèdent de nombreux réservoirs tels que l’homme, la volaille mais aussi le porc. La circulation de ces virus est particulièrement intense en Asie du Sud-Est, notamment au Vietnam, car ces régions sont fortement productrices et consommatrices de viandes de volailles et de porcs [11].
1. Les virus Influenza
Les virus responsables des grippes appartiennent à la famille des Orthomyxoviridae et au genre des Influenza virus. Ils se divisent en trois types : les virus C sont peu pathogènes, les B entrainent des conséquences un peu plus importantes, enfin les A seraient les plus
pathogènes. Ainsi, même si les virus Influenza B circulent au sein des animaux, seuls les A y circuleraient en permanence et seraient responsables des épizooties [11].
Les virus Influenza A peuvent être décrits en deux groupes distincts : les virus Influenza faiblement pathogènes et les virus Influenza hautement pathogènes [12]. Ils sont constitués de huit segments d'A.R.N., comme le type Influenza virus B alors que le type Influenza virus C n’en possède que sept [13 ; Delvallée, 2006].
Seuls les virus de type A sont subdivisés en plusieurs sous-types. Ces sous-types dépendent de la nature des protéines d’hémagglutinine et de neuraminidase, qui sont situées sur leur enveloppe. A ce jour, quinze protéines d’hémagglutinine distinctes (H1 à H15) et neuf
protéines de neuraminidase différentes (N1 à N9) ont été identifiées [13]. Cependant, en 2005,
un antigène H16 a été trouvé [Fouchier et al., 2005]. L’hémagglutinine et la neuraminidase
sont les principaux inducteurs d’anticorps chez l’hôte infecté [11] et sont donc détectables par des tests E.L.I.S.A.** et caractérisables par des tests d’inhibition d’hémagglutination.
2. Rôle des compartiments animaux
Les virus grippaux de type A circuleraient de façon permanente chez différentes espèces animales telles que les mammifères marins, les chevaux, les oiseaux et les porcs. Les oiseaux d’eau sont vraisemblablement l'hôte originel des virus Influenza A : ils servent de réservoirs à l’ensemble des sous-types de virus A [Webster, 1992].
Le séquençage génétique de trois sous-types porcins de virus Influenza, H1N1, H3N2
et H1N2, révèle que des souches possèdent des séquences issues de virus aviaires ou humains.
Cette mixité génétique du virus est la preuve de la circulation des virus Influenza entre les espèces avicole, porcine et humaine [Brown, 2000]. L’espèce porcine revêt donc une importance particulière dans l’épidémiologie des virus Influenza car elle est potentiellement porteuse de virus Influenza porcin, aviaire et humain [Brown, 2000]. Un porc doublement infecté pourrait donc favoriser l’apparition de nouveaux variants de virus et pourrait participer à l’émergence d’une nouvelle souche pandémique. Ainsi, l'élevage conjoint du porc et des oiseaux domestiques favoriserait le passage du virus de l'animal à l'homme. Le porc semble, de plus, être un intermédiaire essentiel entre l'oiseau et l'homme [14].
La présence de facteurs de risque augmentant les transmissions d’Influenza A semblerait être confirmée par une étude de Pfeiffer [Pfeiffer et al., 2007] qui répertorie les
différents risques spatiaux et temporels associés à la transmission du virus Influenza A H5N1
hautement pathogène au Vietnam. Il en ressort que la présence de certains paramètres dans l’élevage serait un véritable facteur augmentant le risque de transmission des virus Influenza A hautement pathogènes. Ainsi, la présence et la densité de volailles domestiques et notamment des volailles d’eau, la proximité des animaux dans les élevages et la présence d’aquaculture seraient des facteurs déterminants dans la transmission de ces virus [Pfeiffer et al., 2007].
Une autre étude de Henning [Henning et al., 2009] montre, de plus, que la présence et la densité de volailles, le climat, la végétation située autour du cheptel mais aussi les possibilités de contacts entre les oiseaux domestiques et les oiseaux sauvages seraient des facteurs déterminants dans la transmission du virus Influenza A H5N1 hautement pathogène
[Henning et al., 2009].
Enfin, des études épidémiologiques descriptive et analytique, conduites à Hong Kong par une administration spéciale de la région en 1997, ont identifié que la vente d’animaux vivants sur les marchés est un facteur de risque supplémentaire à la transmission de l’Influenza A H5N1 hautement pathogène aux humains due à une plus forte exposition des
gens dans ces lieux de rassemblement [Pham Ngoc et al., 2004].
Ainsi, l’élevage et la vente conjoints de porcs et de volailles dans les élevages familiaux et sur les marchés pourraient être de réels facteurs de risque de transmission de la maladie à l’homme.
3. Les virus Influenza au Vietnam
Malgré le développement rapide des filières vietnamiennes de production industrielle dans le delta du Fleuve Rouge et le delta du Mékong, l’élevage traditionnel reste largement prédominant tant pour les volailles que pour les porcs. Les pratiques d’élevage et les pratiques commerciales, les faiblesses du système sanitaire expliquent en partie l’endémisation de l’Influenza aviaire H5N1 au Vietnam et le nombre important de cas humains. Le nombre
cumulé de cas humains d’Influenza aviaire, au 2 juin 2009, est évalué à 433 cas dont 262 décès dans le monde et à 111 cas dont 56 décès au Vietnam, soit un tiers du nombre de cas total mondial depuis le début l’épidémie en 2003 [15].
Comme le montrent les études de Pfeiffer et de Henning [Pfeiffer and al., 2007 ; Henning et al., 2009] les systèmes d’élevage au Vietnam semblent propices aux transmissions interspécifiques des virus Influenza du fait du mélange des espèces animales, des fortes
densités animale et humaine et du faible niveau de biosécurité. De plus, le pays se caractérise par des productions avicole et porcine importantes et croissantes.
Au Vietnam, la première vraie crise due aux virus Influenza a eu lieu entre décembre 2003 et mars 2004. Celle-ci était due à un virus Influenza H5N1 hautement pathogène. Cette
première épidémie a entrainé la destruction de plus de 38 millions de volailles soit 17,5 % de la population aviaire [Pfeiffer et al., 2007 ; 10] et un coût total de 10 millions d’euros. Sachant que le revenu de près de 63 % des familles est de moins de deux dollars américains par jour, la perte de la volaille entraine de sérieux problèmes économiques pour la plupart des producteurs de basses-cours [10]. Par la suite, entre janvier et mars 2005, une deuxième vague d’épidémie due au H5N1 est apparue [Pfeiffer et al., 2007]. C’est pourquoi, en septembre 2005
et pour la première fois, un large programme de vaccination des volailles contre l’Influenza aviaire hautement pathogène a été mis en place. Deux types de vaccins ont alors été utilisés [Desvaux, 2008] :
des vaccins inactivés (H5N1, H5N2 et H5N9)
un vaccin recombinant vivant recombiné avec le virus vivant de la variole (Trovac©) Cette stratégie de lutte s’est avérée efficace puisque les cas d’Influenza humains et aviaires ont cessé pendant une période de douze mois. Cependant, en décembre 2006 une nouvelle vague d’Influenza aviaire hautement pathogène H5N1 est réapparue au sud du
Vietnam puis au nord en janvier 2007 [Pfeiffer et al., 2007 ; Desvaux, 2008].
Si la transmission du virus H5N1 au porc a souvent été évoquée, la preuve formelle
d’une réplication dans cette espèce n’a pas été réellement apportée bien que des porcs aient été signalés comme receptifs [11]. Cependant, en 2004 la souche H5N1 hautement pathogène a
été isolée chez le porc en Chine. L’Organisation Mondiale de la Santé Animale (O.I.E.) a alors préconisée le renforcement de la surveillance et l’évaluation des conséquences de la présence de ce virus chez cette espèce.
L’analyse phylogénétique du virus de l’Influenza H5N1 isolé au Vietnam entre 2005 et
2007 a montré qu’il existe de multiples souches de virus dans ce pays [Tien Dung et al., 2008]. De plus, au total, trente virus d’Influenza A H3N2 et trente-cinq d’Influenza A H1N1
ont été collectés au Vietnam chez l’humain entre 2001 et 2006 [Li et al., 2007].
H5N1 correspond à la souche virale la plus étudiée en Asie puisqu’il est à l’origine de
conséquences économiques majeures dans cette région du monde. Cependant, les résultats de la surveillance sérologique et virologique de l’Influenza porcine dans le sud-est asiatique ces
dernières années mettent en évidence de nombreuses émergences d’autres sous-types d’Influenza chez le porc : les sous types H1, H3, H4, H5, H5N1, H5N2, H9N2, H9N3. (Tableau I)
Tableau I : Séroprévalence des différents sous-types d’Influenza porcine au Vietnam et en Chine [Peiris et al., 2001 ; Ninomiya et al, 2002 ; Haiyan et al., 2003 ;
Haiyan et al., 2004 ; Li et al., 2007]
Sous Type Date Localisation Séroprévalence
H1N1 1993 Chine 13 % 1998 Chine 24,8 % H1 2003 Chine 12 % H3N2 1993 Chine 3 % 1998 Chine 5 % 2000 Chine 29 % H3 2003 Chine 24 % H4N6 1998 Chine 24 % H5N1 2004 Vietnam 0,25 % H5N3 1998 Chine 9,9 % H5 2003 Chine 2,9 % H9N2 1998 Chine 6,9 % 2000 Chine 11 % H9 2002 Chine 3,7 %
En prenant en compte les caractéristiques d’élevages vietnamiens, relativement proches de celles des exploitations traditionnelles ou semi industrielles de Chine et en y ajoutant les très fortes densités animales et l’importance du commerce d’animaux entre la Chine et le Vietnam, il est possible d’émettre l’hypothèse que le Vietnam est probablement infecté par les mêmes virus Influenza A qu’en Chine, avec des prévalences similaires [Com. Perso. Trévennec, 2009].
IV. Zone d’étude
Afin de mener à bien cette étude, il a été choisi de s’intéresser aux zones à risque d’Influenza aviaire H5N1 hautement pathogène, là où la pression infectieuse est sensiblement
plus élevée. Or, seuls les foyers de H5N1 hautement pathogène sont déclarés dans le pays.
Ainsi, ce sont dans ces sites que l’étude est menée.
Ces zones à risque ont été définies par enquête rétrospective sur les déclarations de foyers en 2007. La plupart des foyers ayant pratiqué l’abattage sanitaire, le cheptel de
volailles avait largement diminué. Pour cette raison la zone d’étude a été élargie aux communes adjacentes.
1. La province d’Ha Tay
La province d’Ha Tay est située au sud-ouest d’Hanoï et s’étend sur 2 198 km2 [2]. Elle est composée de treize districts dont Phu Xuyen qui est lui-même composé de communes dont Huang Long et Hong Thai (Figure 1). Cette province compte actuellement 2,6 millions d’habitants et sa densité de population est de 1 165 hab / km2
[2]. En 2007, 43 % des exploitations présentes sur ce district effectuaient de la production animale [2]. Ha Tay n’a pas déclaré de foyers depuis 2004 mais un recoupement d’informations laisse à penser que le virus y circule activement [Desvaux, 2008].
Figure 1 : Communes étudiées de la province d’Ha Tay
5 0 5 10 15 K ilo m e te r s
N
E W
S
Cartes créées grâce au logiciel Arcview GIS 3.2
6 0 6 K i l o m e t e r s
District de Phu Xuyen
Commune de Hong Thai
Commune de Huang Long
2. La province de Bac Giang
La province de Bac Giang est située au nord-est d’Hanoï et s’étend sur 3 827 km2. Elle compte actuellement 1,6 millions d’habitants et sa densité de population est de 420 hab. / km2 [2]. Cette province est composée de neuf districts dont Hiep Hoa, Yen Dung et Viet Yen dans lesquels se répartissent sept communes (Nghia Trung, Tan My, Dong Viet, Dong Phuc, Yen Lu, Hoang Ninh, Chau Minh) (Figure 2). En 2007, 24 % des exploitations présentes sur ce district effectuaient de la production animale [2]. Cette province a déclaré des foyers d’Influenza A en 2005 et en 2007 [Desvaux, 2008].
Figure 2 : Communes étudiées de la province de Bac Giang
0 30 Kilom eters N E W S 0 20 Kilometers
District de Hiep Hoa
District de Viet Yen
District de Yen Dung
Commune de
Chau Minh Commune de
Hoang Ninh Commune de Yen Lu
Communes de Dong Phuc et Dong Viet Commune de
Nghia Trung
Commune de Tan My
Cartes créées grâce au logiciel Arcview GIS 3.2
V. Problématique
L’étude proposée ici s’inscrit dans le projet de thèse de C. Trévennec qui a débuté en 2007. Ce projet, appelé « analyse et modélisation du risque de transmission du virus Influenza aviaire entre les filières avicoles et porcines au Vietnam », est basé sur des méthodes d’épidémiologie quantitative et d’analyse de facteurs de risque. Lors de cette thèse, une approche économique est appliquée aux domaines de la santé et des filières. Ce travail sur la transmission interspécifique des virus Influenza A vise à réduire la circulation virale entre les différents secteurs de production.
Lors de ce stage, quatre problématiques sont étudiées en parallèle, dans les élevages des zones à risque de foyer Influenza H5N1 hautement pathogène :
Une enquête de séroprévalence de l’Influenza A porcin intra-troupeau. Une enquête de séroprévalence de l’Influenza A porcin inter-élevages.
Une identification des sous-types circulants (H1, H3, H5, H7 ou H9) chez les porcs et
chez les volailles.
Une typologie des différentes exploitations rencontrées. Ceci a pour objectif la description des exploitations vietnamiennes, de leur type de production et de leurs pratiques, afin de pouvoir, dans une étude ultérieure, effectuer une étude de facteurs de risque. Cette typologie est basée sur un questionnaire posé aux éleveurs sélectionnés.
Matériel et méthode
I. Echantillonnage
1. Tirage au sort des exploitations
Un tirage au sort des élevages porcins répartis sur les neuf communes à risque de foyer Influenza H5N1 est effectué. Le nombre d’élevages pour estimer la prévalence, donc la taille
de l’échantillon, est calculé grâce à Winepiscope®. Ce logiciel a été développé par des vétérinaires épidémiologistes. Il permet, entre autre, d’évaluer des tests, de mesurer la taille d’un échantillon et d’effectuer des études d’étiologie simples. On considère alors :
N : le nombre d’élevage dans la zone : les services vétérinaires estiment à 10 000 le nombre d’élevages au sein des deux provinces étudiées.
p : la prévalence inter-élevages attendue de l’Influenza porcine. Cette valeur a été choisie comme consensus entre les besoins scientifiques et le coût des analyses, elle vaut 5 %.
α : le risque d’erreur = 95 %.
Winepiscope® propose n = 73, soit un échantillon de 73 élevages afin de déterminer la séroprévalence réelle de l’Influenza A. En réalité, 76 élevages ont été visités.
Le tirage au sort s’effectue suivant une méthode d’échantillonnage aléatoire, stratifiée sur le nombre d’élevages par commune. Pour cela, afin de sélectionner ces 76 élevages dans les neufs communes choisies de manière aléatoire, un fichier est créé. Celui-ci est composé de la liste des communes avec, pour chacune d’entre elles, la liste des unités épidémiologiques qui les composent (les élevages sont numérotés de 1 à X en fonction des communes). Par la suite, le logiciel d’échantillonnage Survey Toolbox® est utilisé afin de sélectionner aléatoirement 76 unités épidémiologiques parmi l’ensemble des élevages du fichier. Ainsi, il est possible de déterminer le nombre d’élevages à prélever dans chaque commune, chaque commune étant représentée en fonction du nombre d’élevages qui la compose.
Par la suite, deux solutions sont appliquées en fonction de la disponibilité des données :
Si les listes d’élevages exactes des communes (comportant le nom et l’adresse des éleveurs et le nombre d’animaux dans chaque élevage) sont fournies par les services vétérinaires, alors les élevages des listes sont numérotés. L’ensemble de ces numéros est entré dans le logiciel Survey Toolbox®. Celui-ci sélectionne alors le nombre déterminé
préalablement, chaque nombre tiré correspondant à un élevage sur la liste. Sur le terrain, l’équipe se rend directement dans les élevages tirés au sort.
Si les listes d’élevages ne peuvent pas être obtenues, un tirage au sort aléatoire de points G.P.S. est effectué. Pour cela, les points G.P.S. des extrémités de chaque commune sont repérés grâce au logiciel Arcview G.I.S. 3.2®. Ces coordonnées sont entrées dans le logiciel Survey Toolbox® ainsi que le nombre voulu d’élevages par commune. Celui-ci tire alors au sort des coordonnées G.P.S. situées entre ces extrémités. Sur Arcview G.I.S. 3.2®, l’ensemble des points G.P.S. tirés au sort est placé sur une carte. Les communes n’étant pas parfaitement rectangulaires, si un des points tirés au sort n’est pas dans la commune, ce point est annulé et un nouveau point est tiré au sort. Par la suite, sur le terrain, le point G.P.S. est retrouvé, si celui-ci est dans un endroit inaccessible (rizière, montagne…) le vétérinaire de la commune amène l’équipe dans l’exploitation la plus proche de ce point.
2. Tirage au sort des porcs
Une fois les élevages sélectionnés, le logiciel FreelCalc® est utilisé afin de calculer le nombre de porcs à prélever dans chaque élevage afin de détecter la maladie. Ce logiciel est recommandé par l’organisation mondiale de la santé animale (O.I.E.) afin que les pays puissent se déclarer indemnes de maladies. Il tient compte de la spécificité et de la sensibilité des tests. Ainsi, on considère :
Nt : moyenne des effectifs de porcs par élevage.
Dans les zones choisies, 90 % des élevages sont de petite taille avec une à deux truies reproductrices et/ou un à dix porcs à l’engrais / an, ou de moyenne taille avec cinq à vingt truies reproductrices et/ou trente à cent porcs à l’engrais / an. [Kind et al., 2002]. On considère alors que l’effectif moyen est de l’ordre de la dizaine.
De plus, les truies et les porcs à l’engrais sont dissociés car les truies reproductrices bénéficient d’une immunité longue et permettent donc d’identifier les sous-types ayant circulé. Les jeunes porcs, quant à eux, sont plus sensibles et la période de forte prévalence correspond à l’âge de 3 à 25 semaines [Sanchez et al., 2008]. La séroconversion n’est pas observable sur les très jeunes de moins de 12 semaines [Madec et al., 1985] ou de moins de 50 kg [Barigazzi et al., 2003]. A contrario, elle est détectable au bout de 15 jours environ, après infection naturelle, en fonction de la souche de virus [Van Reeth et al., 2006] et les anticorps perdurent par la suite jusqu’à 28 mois dans le sang [Derosier et al., 2003].
Cette étude est effectuée en parallèle d’une étude virologique menée par E. Baudon. Ainsi, les jeunes porcs étant sensibles plus tôt au virus, ils ont donc toujours plus de six semaines au moment du prélèvement.
pt : prévalence intra-troupeau
L’Influenza porcine est une maladie très contagieuse. En élevage industriel, il convient d’utiliser une séroprévalence attendue de 20 à 30 % chez les porcs en finition de 22 à 24 semaines. Cependant, celle-ci peut varier jusque 80 % [Junk et al., 2007 ; Poljak et al., 2008]. Compte tenu des conditions d’élevage (plein air) et de l’absence d’étude similaire dans les élevages vietnamiens, une prévalence intra-troupeau de 25 % est choisie, de manière à améliorer la détection.
Se : sensibilité du test, Sp : spécificité du test
La spécificité du test E.L.I.S.A. FluAc A Idvet® est considérée comme très proche de 100 % et la sensibilité proche de 90 %, d’après des essais expérimentaux, sur des porcs en France [Com.perso.Trévennec]. Cependant ce test n’ayant jamais été contrôlé ni sur les porcs d’origine vietnamienne ayant attrapé la maladie naturellement, ni sur les sous-types de virus d’Influenza A qui circulent au Vietnam, il convient d’utiliser ces caractéristiques avec prudence.
Le logiciel FreelCalc® permet de déterminer que le nombre d’animaux à prélever dans chaque élevage est de dix porcs de plus de douze semaines et de deux truies reproductrices. Cependant, dans le cas où les exploitations ne possèderaient pas les douze animaux voulus, la totalité des animaux présents dans l’élevage est prélevé.
Pour chacun, une prise de sang est effectuée dans la veine jugulaire. Celles-ci sont conservées dans une glacière puis dans un réfrigérateur à 4°C.
3. Tirage au sort des volailles
Le nombre de volailles à prélever afin de connaitre le statut d’un élevage dépend du type de production. La taille d’échantillon est définie sur FreeCalc® (avec : pi = 25 %, Se = 90 % et Sp = 100 %) (Tableau II).
Tableau II : Nombre théorique de prélèvements nécessaire afin de détecter la séroprévalence des virus Influenza A par type de production avicole
Type de
production Effectif de l’élevage
Prélèvements sérologie
Basse Cour 10 - 50 poulets de tous âges 9 - 14
Poulet Chair Millier 15
Poule pondeuse Centaine-millier 15
Canard chair Centaine 15
Canard pondeur Millier 15
Canard Barbarie Centaine 15
Reproducteur Centaine-millier 15
On retient donc un nombre de quinze volailles par élevage. Comme précédemment, dans le cas où les élevages ne possèderaient pas les quinze animaux voulus, la totalité des animaux présents dans l’élevage est prélevé.
Une prise de sang est effectuée sur chaque volaille, l’ensemble des échantillons est conservé dans une glacière puis dans un réfrigérateur à 4° C.
II. Techniques de détection
L’ensemble des échantillons sanguins prélevés (porcs et volailles) est analysé par un test E.L.I.S.A. FluAc A Idvet®. Dans le cadre de la surveillance sérologique des porcs et des volailles, ce test vise à détecter les anticorps dirigés contre les virus de l’Influenza A. La positivité de ce test de détection peut avoir quatre origines différentes [16] :
Une infection naturelle par le virus de l’Influenza A.
La présence d’anticorps maternels dans le colostrum pendant six semaines chez les suidés [Thacker B, 2000] et la transmission des anticorps maternels jusqu’à quatre semaines chez les volailles [16]. Cependant, lors de ce travail, aucun animal de ces âges n’est prélevé.
L'obtention de résultats faussement positifs et négatifs en raison du manque de spécificité et de sensibilité du test.
Une vaccination contre cette maladie : ceci n’est valable que chez les volailles, les porcs ne sont pas vaccinés au Vietnam.
Les échantillons positifs au test E.L.I.S.A. A sont ensuite confirmés par un test d’inhibition d’hémagglutination avec les sous-types H1, H3, H5, H7 et H9. Le choix de ces
sous-types a été effectué sur la base d’une revue bibliographique sur la réceptivité des porcs et focalisé sur les types potentiellement hautement pathogènes, ce qui explique que le sous-type H7 ait été inclu dans l’étude [Com. Perso. Trévennec, 2009].
1. Principe du test E.L.I.S.A. A de compétition
Le kit ID Screen Influenza A Antibody Competition du laboratoire IdVet (référence: FLUAc A ver 0308FR) (Annexe 1) est un kit de diagnostic permettant de mettre en évidence les anticorps, présents dans le sérum des animaux prélevés, dirigés contre la nucléocapside du virus Influenza A. Pour cela, la technique E.L.I.S.A. A de compétition utilise une protéine, ici la nucléoprotéine, qui est immobilisée sur un support plastique.
Les sérums à tester sont distribués dans des cupules. Lorsque les anticorps anti-nucléoprotéine y sont présents, ils forment avec la protéine un complexe antigène-anticorps qui masque les épitopes de la nucléoprotéine. Un conjugué anti-nucléoprotéine marqué à la peroxydase y est ensuite distribué. Il se fixe sur les épitopes de la nucléoprotéine qui restent libres, formant un complexe antigène-conjugué-peroxydase. Après élimination du conjugué en excès par lavage, la réaction est révélée par une solution de révélation (T.M.B.).
La coloration qui en résulte est liée à la quantité d’anticorps spécifiques présents dans l’échantillon à tester :
En l’absence d’anticorps dans l’échantillon, il apparait une coloration bleue qui devient jaune après avoir ajouté la solution de lavage.
En présence d’anticorps dans l’échantillon, il n’apparait pas de coloration. La lecture des résultats s’effectue par spectrométrie à 450 nm.
Afin de déterminer avec exactitude les échantillons positifs, négatifs et douteux, pour chaque échantillon le pourcentage de compétition est calculé par la formule :
DOéchantillon
% compétition = × 100
Ainsi :
Résultat Statut
% Compétition ≤ 45 % POSITIF
45 % < % Compétition < 50 % DOUTEUX
% Compétition ≥ 50 % NEGATIF
Une fois les échantillons caractérisés, seuls les positifs et les douteux sont re-testés par un test d’inhibition d’hémagglutination qui permet de déterminer les sous-types circulants.
2. Principe du test d’inhibition d’hémagglutination
L’hémagglutinine est la glycoprotéine la plus abondante présente à la surface des virus Influenza A. Cette glycoprotéine est un récepteur qui permet au virus, dans le cadre de ce test, de s’attacher aux globules rouges de l’hôte afin qu’il puisse y injecter son matériel génétique. Lors de la réaction immunitaire de l’hôte, les hémagglutinines du virus deviennent les principales cibles des anticorps. Les anticorps se lient aux hémagglutinines et empêchent ainsi l’interaction entre le virus et les globules rouges. Ce principe est appelé l’hémagglutination virale.
Le test d’inhibition d’hémagglutination (Annexe 2) se base sur ce phénomène et détecte ainsi les sous-types des virus Influenza A. En effet, chaque sous-type d’Influenza A possède des antigènes qui lui sont spécifiques. Ainsi, en fonction des anticorps présents, il est possible de les identifier.
Les sérums récoltés sur le terrain sont enduits d’antigènes spécifiques. Si les anticorps sont présents dans le sérum, donc que l’animal à déjà été en contact avec la maladie, alors ceux-ci s’attachent aux antigènes viraux. Ainsi, les hématies ne sont pas agglutinées et tombent dans le fond des puits. Si, a contrario, les anticorps ne sont pas présents dans le sérum, donc que l’animal est « naïf », les antigènes se fixent aux hématies et fabriquent des ponts entraînant une hémagglutination. Les résultats s’interprètent macroscopiquement sans difficulté.
III. Calcul des séroprévalences de l’Influenza A porcine
Grâce au logiciel R®, logiciel libre de statistiques, deux séroprévalences sont déterminées :
La séroprévalence intra-troupeau porcine est représentée par la moyenne des porcs infectés au sein de chaque exploitation par rapport à la moyenne des porcs échantillonnés dans chaque élevage.
La séroprévalence inter-élevages dépend de la définition d’un élevage positif et peut être représentée selon deux niveaux :
o Lorsqu’au moins un porc est positif dans l’exploitation.
o Lorsqu’au moins un porc ET une volaille sont positifs dans l’exploitation. Ces deux séroprévalences sont alors représentées par le nombre d’élevages positifs par rapport au nombre d’exploitations total.
IV. Typologie des exploitations
1. Questionnaire
Afin d’obtenir de plus amples renseignements sur les élevages et de pouvoir effectuer une typologie d’élevage, puis, dans une étude ultérieure, une analyse de facteurs de risque, un questionnaire est soumis à l’éleveur à chaque passage dans une exploitation (Annexe 3).
Certains critères, paraissant pertinents, sont retenus afin d’évaluer leur influence mutuelle et sur les résultats des tests E.L.I.S.A. porcins. Ces caractéristiques se divisent en trois parties principales qui sont :
La production porcine :
o Le type de production (type.P) : naisseur/engraisseur/reproducteur, naisseur, engraisseur.
o La taille de la production (prod.P) : Ces données sont quantitatives. Afin de pouvoir les utiliser dans les analyses, elles sont rangées par classes sous forme de petite, moyenne ou grande production.
La détermination des classes s’effectue en se basant sur une publication [Porphyre et al., 2006], dans laquelle l’auteur classifie les exploitations porcines du delta du Fleuve Rouge au Vietnam. Ainsi, il considère qu’une production est petite lorsqu’elle comprend moins de 20 porcs à l’engrais, qu’elle est moyenne lorsqu’elle contient entre 20 et 99 porcs à l’engrais et qu’elle est grande lorsqu’elle contient plus de 100 porcs à l’engrais.
o La race des porcs (race.P) : locale, F1, F2 ou mixte (plusieurs races de porcs dans une même exploitation).
o L’observation de syndromes respiratoires chez les porcs dans l’année précédente (S.R.P).
o L’achat de porcs (achat.P).
o L’introduction d’un ou plusieurs verrats dans l’année (int.ver). La production avicole :
o La taille de la production (prod.V) : données quantitatives. Comme précédemment, afin que ces données soient utilisables dans l’analyse, les exploitations ont été classées en petite, moyenne et grande production.
Cette classification est effectuée sur la base d’une publication dans laquelle l’auteur [Devaux et al, 2008] considère la production comme petite lorsque l’exploitation compte moins de 40 volailles, moyenne lorsqu’elle contient entre 40 et 150 volailles et grande lorsqu’elle en comprend plus de 150. Cette étude à aussi été réalisée dans des exploitations du delta du Fleuve Rouge au Vietnam.
o Le type de volailles (type.V) : poulets, canards, canards de barbarie ou mixte (plusieurs types de volailles dans une même exploitation).
o L’observation de signes cliniques chez les volailles dans l’année (S.C.V). o L’achat de volailles (achat.V).
o La fréquence de divagation des volailles en journée (div.V) : tous les jours, parfois, jamais.
La biosécurité :
o La fréquence de nettoyage des bâtiments des porcs (net.P) : tous les jours, entre les bandes seulement ou jamais.
o La désinfection des bâtiments des porcs (des.P).
o La fréquence nettoyage des bâtiments de volailles (net.V) : tous les jours, toutes les semaines, entre les bandes seulement ou jamais.
o La désinfection des bâtiments de volailles (des.V). o L’accès des volailles aux bâtiments des porcs (acces.V).
o La présence de nids de volailles dans les bâtiments des porcs (nid.V).
o La vaccination des volailles contre l’Influenza A aviaire dans les quatre mois précédant les prélèvements (vacc).
2. Méthodes d’analyse
C’est grâce au logiciel R® que la typologie des exploitations est effectuée. Ce logiciel de statistique permet, entre autres, d’effectuer des analyses univariées et multivariées.
Afin de déterminer cette typologie, des Analyses des Correspondances Multiples (A.C.M.) [Tenenhaus M. et al., 1985 ; Lebart L. et al., 1995] sont effectuées, suivies par des
Classifications Ascendantes Hiérarchiques (C.A.H.) [Morineau A. 1984 ; Lebart.L et al., 1995].
Ces deux méthodes de statistiques multivariées permettent de regrouper les exploitations, en fonction de variables choisies au préalable, en catégories. Ces regroupements sont basés, dans le cadre de l’étude, sur des variables en relation avec la production porcine d’une part, la production avicole d’autre part et la biosécurité.
Ainsi, un premier tri de données doit être effectué pour réaliser un choix des variables de manière pertinente et pour effectuer des analyses sur des exploitations dont les variables sont connues. En conséquence, parmi l’ensemble des élevages dans lesquels les questionnaires ont été soumis, seules les exploitations ayant répondu de manière complète au questionnaire et possédant des volailles (trop peu d’élevages n’en possédaient pas) sont conservées.
Une fois ce tri effectué, trois analyses identiques sont réalisées séparément, chacune portant sur une des parties principales du questionnaire : la production porcine, la production avicole et la biosécurité des exploitations. Elles permettent ainsi, de classer les élevages en fonction de leur structure, de leur production, de leur fonctionnement et de déterminer quels sont ceux qui, a priori, seraient les plus exposés au risque de contamination par les Influenza.
Cette analyse a pour finalité de mieux comprendre le fonctionnement des différents types d’élevages vietnamiens afin de pouvoir, dans une étude ultérieure, étudier les facteurs de risque par des analyses statistiques plus approfondies.
Résultats
I. Tests E.L.I.S.A. Influenza A
1. Cartes des élevages et de leur statut par zone géographique
Figure 3 : Position des élevages et de leur statut dans le district d’Ha Tay
Elevage positif
Au moins un porc positif Au moins une volaille positive Au moins un porc et une volaille positifs
Elevage douteux
Au moins un porc douteux Au moins une volaille douteuse Au moins un porc et une volaille douteux
Elevage négatif
6 0 6 K i l o m e t e r s
Hong Thai Huang Long
Figure 4 : Position des élevages et de leur statut dans le district de Bac Giang
Elevage positif
Au moins un porc positif Au moins une volaille positive Au moins un porc et une volaille positifs
Elevage douteux
Au moins un porc douteux Au moins une volaille douteuse Au moins un porc et une volaille douteux Elevage négatif 0 20 Kilometers Nghia Trung Chau Minh Hoang Ninh Yen Lu
Dong Phuc et Dong Viet Tan My
2. Séroprévalence intra-troupeau
La séroprévalence porcine moyenne sur l’ensemble des élevages étudiés représente les deux districts dans lesquels les échantillons sont prélevés.
Figure 5 : Séroprévalence porcine moyenne calculée sur l’ensemble des exploitations étudiées
La séroprévalence porcine moyenne est égale à 3,83 % et est comprise entre 2,46 % et 5,93 % avec une précision de 5 %. Elle représente la proportion d’infectés par rapport à la population porcine totale, au sein des deux districts dans lesquels les prélèvements ont été réalisés.
Figure 6 : Fréquence des séroprévalences obtenues au sein de l’échantillon
Ce graphique permet d’observer que la séroprévalence intra-troupeau est largement influencée par un très grand nombre d’élevages séronégatifs, 82,89 % des exploitations.
3,83 0 3 6 9 12 15 Sér o p rév alen ce p o rcin e (en %) (7 6 é le v ag es an al y sé s) 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 0 1 à 25 26 à 50 51 à 75 76 à 100 82,89 % 11,84 % 2,63 % 1,32 % 1,32 % Séroprévalence (en %) Fré q u en ce o b ten u e (en %) (7 6 é le v ag es an al y sés)
3. Séroprévalence inter-élevages
La séroprévalence inter-élevages dépend de la définition d’un élevage positif. Ainsi, à l’échelle du district, deux séroprévalences sont calculées :
La séroprévalence inter-élevages lorsque l’on considère qu’un élevage est positif quand au moins un porc est positif.
La séroprévalence inter-élevages lorsque que l’on considère qu’un élevage est positif quand au moins un porc ET une volaille sont positifs.
Figure 7 : Proportion d’élevages positifs en fonction du nombre d’exploitations total
Ainsi, la séroprévalence inter-élevages est égale à :
17,11 % lorsque l’on considère qu’un élevage est positif lorsqu’au moins un porc est positif.
5,26 % lorsque l’on considère qu’un élevage est positif lorsqu’au moins un porc ET une volaille sont positifs.
II. Tests d’inhibition d’hémagglutination
Les tests d’inhibition d’hémagglutination H1, H5 et H9 n’ont pas pu être réalisés au
cours de ce travail car les antigènes viraux n’ont pas pu être obtenus à temps.
Les tests d’inhibition d’hémagglutination H3 et H7 ont été effectués, sur la totalité des
échantillons porcins et aviaires positifs au test E.L.I.S.A. A, l’ensemble des échantillons s’est révélé négatif. 17,11 5,26 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
Elevage positif lorsqu'au moins un porc est positif
Elevage positif lorsqu'au moins un porc ET une volaille sont
positifs Sé ro p ré v ale n ce s (e n %) (7 6 é le v a g es a n al y sé s)
III. Typologie des exploitations
1. Production porcine
Figure 8 : Classification des exploitations en fonction des variables de la production porcine
Ce graphique permet d’observer qu’il est possible de mettre en évidence trois types d’exploitations en fonction des critères qui les composent. Suivant le seuil de précision choisi, certains critères y sont inclus.
Ainsi, à 95 % de seuil de précision, les exploitations de type n°1 sont caractérisées par le fait que les éleveurs n’achètent pas de porcs (achat.P) à l’extérieur mais qu’ils utilisent un verrat (int.ver) pour la reproduction. Leur production porcine (prod.P) est de taille moyenne et est de type naisseur / engraisseur (type.P). Avec l’utilisation d’un seuil légèrement moins précis de 80 %, elles se caractérisent par des tests E.L.I.S.A porcin positifs (ELISA.P).
Le deuxième type d’exploitation, à 95 % de précision, est caractérisé par le fait que les éleveurs achètent des porcs (achat.P) à l’extérieur et n’utilisent pas de verrat (int.ver) pour la reproduction. Les porcs sont de race locale (race.P) et les exploitations de type engraisseur
ty pe d’ ex plo itatio n PP 1 ty pe d’ ex plo itatio ns PP 2 ty pe d’ ex plo itatio ns PP 3 S.R.P oui ELISA.P non int.ver oui int.ver non achat.P oui achat.P non S.R.P non race.P mixte race.P locale race.P F2 race.P F1 prod.P petite prod.P moyenne type.P naiss_eng_rep type.P naiss_eng type.P eng ELISA.P oui S.R.P oui ELISA.P non int.ver oui int.ver non achat.P oui achat.P non S.R.P non race.P mixte race.P locale race.P F2 race.P F1 prod.P petite prod.P moyenne type.P naiss_eng_rep type.P naiss_eng type.P eng ELISA.P oui S.R.P oui ELISA.P non int.ver oui int.ver non achat.P oui achat.P non S.R.P non race.P mixte race.P locale race.P F2 race.P F1 prod.P petite prod.P moyenne type.P naiss_eng_rep type.P naiss_eng type.P eng ELISA.P oui 80 % 95 %
(type.P). A 80 % de précision, il est possible de rajouter que la production porcine (prod.P) est de petite taille. Dans ce deuxième type d’exploitation, les données ne permettent pas de dégager une tendance par rapport au risque d’Influenza porcin.
Le troisième type d’exploitation, à 95 %, possède des porcs de race mixte (race.P) et est de type naisseur/engraisseur/reproducteur (type.P). A 80 % il est possible d’ajouter que les éleveurs achètent (achat.P) généralement des porcs à l’extérieur de leur exploitation.
2. Production avicole
Figure 9 : Classification des exploitations en fonction des variables de la production avicole
Comme précédemment, ce graphique met en évidence trois types d’exploitations, mais, cette fois ci, en fonction des critères de production avicole qui les composent.
Ainsi, le premier type d’exploitation, à 95 % de seuil de précision, est caractérisé par la production de canards de Barbarie (type.V) qui ne divaguent (div.V) que parfois voir
ty pe d’ ex plo itatio ns PA1 ty pe d’ ex plo itatio ns PA2 ty pe d’ ex plo itatio ns PA3 80 % 95 % ELISA.V non achat.V oui achat.V non type.V poulet typeV mixte type.V C.barbarie prod.V petite prod.V moyenne prod.V grande div.V tlj div.V pf div.V jm ELISA.V oui ELISA.V non achat.V oui achat.V non type.V poulet typeV mixte type.V C.barbarie prod.V petite prod.V moyenne prod.V grande div.V tlj div.V pf div.V jm ELISA.V oui ELISA.V non achat.V oui achat.V non type.V poulet typeV mixte type.V C.barbarie prod.V petite prod.V moyenne prod.V grande div.V tlj div.V pf div.V jm ELISA.V oui
jamais dans les exploitations. A 80 % de seuil, ces exploitations achètent des volailles (achat.V) à l’extérieur de l’élevage.
Le deuxième type d’exploitation, à 95 %, est caractérisé par le fait que les éleveurs n’achètent pas de volailles (achat.V) à l’extérieur de l’élevage, que la production (type.V) est principalement celle de poulets et que ceux-ci divaguent (div.V) quotidiennement dans les élevages. A 80 % de précision, il est possible de rajouter que cette production avicole (prod.V) est de petite taille.
Enfin, les éleveurs du troisième type d’exploitation, à 95 %, achètent des volailles (achat.V) à l’extérieur de l’élevage. Ces volailles sont le plus souvent d’espèce mixte (type.V) et la production (prod.V) peut être moyenne ou grande. A 80 %, il est possible d’ajouter que ce type d’exploitation se caractérise par des tests E.L.I.S.A aviaire positifs (ELISA.V).
3. Biosécurité des élevages
Figure 10 : Classification des exploitations en fonction des variables de biosécurité
Les résultats de l’Analyse de Correspondances Multiples et de la Classification Ascendante Hiérarchique, permettent d’observer trois types d’exploitations en fonction de l’application des règles de biosécurité.
Les éleveurs appartenant au premier type d’exploitation, à 95 %, nettoient les bâtiments de volailles (net.V) entre les bandes seulement, mais désinfectent les bâtiments de volailles (des.V) et de porcs (des.P). A 80 % ils nettoient les bâtiments de volailles (net.V) toutes les semaines et les bâtiments de porcs (net.P) quotidiennement. En général, dans ce type d’exploitation les volailles sont vaccinées contre l’Influenza A (vacc) alors que les résultats des E.L.I.S.A. des porcs sont positifs (ELISA.P).
Dans le deuxième type d’exploitation, à 95 %, les éleveurs ne nettoient jamais et ne désinfectent pas les bâtiments de volailles (net.V et des.V). Ils nettoient toutes les semaines les bâtiments de porcs (net.P) mais ne les désinfectent pas non plus (des.P). Ils possèdent,
des.P non vacc oui vacc non nid.V oui nid.V non acces.V oui acces.V non des.P oui ELISA.P non ELISA.V oui ELISA.V non net.V tls net.V tlj net.V jm net.V band net.P tls net.P tlj net.P band des.V oui des.V non ELISA.P oui des.P non vacc oui vacc non nid.V oui nid.V non acces.V oui acces.V non des.P oui ELISA.P non ELISA.V oui ELISA.V non net.V tls net.V tlj net.V jm net.V band net.P tls net.P tlj net.P band des.V oui des.V non ELISA.P oui des.P non vacc oui vacc non nid.V oui nid.V non acces.V oui acces.V non des.P oui ELISA.P non ELISA.V oui ELISA.V non net.V tls net.V tlj net.V jm net.V band net.P tls net.P tlj net.P band des.V oui des.V non ELISA.P oui ty pe d’ ex plo itatio ns B 1 ty pe d’ ex plo itatio ns B 2 ty pe d’ ex plo itatio ns B 3 80 % 95 %
enfin, des nids de volailles (nid.V) à l’intérieur des bâtiments de porcs. Passer à un seuil de 80 %, dans cette analyse, n’apporte pas d’informations complémentaires.
Enfin, dans le troisième type d’exploitation, le nettoyage des bâtiments de volailles (net.V) s’effectue quotidiennement, cependant, la désinfection n’a pas lieu (des.V). Les nids de volailles (nid.V) sont absents des bâtiments des porcs et les volailles n’y ont d’ailleurs pas accès (acces.V). Lorsque l’on diminue le seuil de précision, il est possible de remarquer que ces exploitations sont caractérisées par le nettoyage quotidien des bâtiments des porcs (net.P), par l’absence de volailles vaccinées (vacc) et par des résultats sérologiques porcins négatifs (ELISA.P).
Discussion
I. Biais d’échantillonnage
Le type d’échantillonnage choisi est à la clé de voute d’une bonne représentativité des résultats qui en découlent. Cependant, lors de cette étude, des biais d’échantillonnage ont pu être constatés.
Le premier biais concerne la période pendant laquelle les prélèvements ont été réalisés. En effet, l’ensemble des prélèvements a été récupéré entre le 20 mars et le 15 mai, or la période principale pendant laquelle l’Influenza H5N1 aviaire est la plus présente et donc, par
extrapolation, l’ensemble des Influenza A, se situe en hiver, plus précisément entre décembre et février [Pfeiffer and al., 2007]. Ainsi, il eut été plus judicieux d’effectuer les prélèvements lors de cet intervalle de temps. Cependant, ceci serait une entrave à une étude de recherche de virus mais pas à une recherche d’anticorps puisque ceux-ci perdurent pendant plusieurs mois dans le sang des animaux [Derosier et al., 2003].
Un second biais observé lors de cette étude concerne les listes d’élevages obtenues dans certaines communes. En effet, il a pu être observé que certaines de ces listes ne représentaient pas l’ensemble des élevages porcins de la commune mais seulement ceux ayant reçu des vaccinations. D’autre part, certaines listes présentaient les élevages porcins mais aussi les élevages ne possédant que des truies, surreprésentant alors le nombre d’exploitations lors du tirage au sort dans l’ensemble des communes. Il n’a pas été possible de palier ce biais. Ainsi, il est intéressant de le prendre en compte lors de la lecture des résultats.
Le troisième biais d’échantillonnage concerne le tirage au sort des villages et des exploitations lorsque les listes d’élevages ne pouvaient pas être obtenues. En effet, lors de l’utilisation des coordonnées G.P.S., une fois que l’équipe se trouvait au point déterminé, le choix de l’élevage le plus proche était fait par le vétérinaire de commune. Or ce choix ne peut pas être considéré comme neutre. Souvent l’exploitation choisie était facilement accessible par les routes ou bien le propriétaire et le vétérinaire étaient amis. Afin de palier ce biais, l’équipe a choisi aléatoirement de ne pas prélever l’élevage sélectionné par le vétérinaire mais de prélever le suivant, le plus proche.
Enfin, un quatrième biais est apparu lors de ce travail. Ce biais correspond à des non répondants rencontrés parfois sur le terrain. En effet, il est arrivé que le propriétaire de l’élevage choisi soit absent le jour des prélèvements, qu’il ait vendu ses porcs ou encore qu’il ne souhaite pas que les prélèvements soient effectués sur certains animaux trop faibles ou en
gestation. Ainsi, lorsque ces non répondants sont apparus, comme précédemment, l’élevage était annulé et une nouvelle exploitation, la plus proche, était choisie.
II. Tests E.L.I.S.A. Influenza A
1. Cartes des élevages et de leur statut par zone géographique
Il est possible de remarquer sur les représentations spatiales, que certains points sont situés en dehors des communes. Ceci serait dû à la précision des contours de commune sur les cartes. En effet, les frontières entre les communes sur les cartes et celles du terrain ne sont pas toujours en adéquation. Sur certaines listes d’élevages, les villages appartenaient à la commune mais ne figuraient pas sur les cartes. Ainsi, il a été choisi de se fier aux collègues de terrain et aux points G.P.S. relevés et non aux cartes internet.
De plus, ces représentations spatiales n’ont été réalisées que dans un objectif d’aide à l’analyse de correspondance spatiale qui s’insère dans le projet de thèse de C. Trévennec.
2. Résultat intra-troupeau
Lors du tirage au sort des porcs, lorsqu’il a fallu déterminer grâce à FreeCalc® le nombre de porcs à prélever, la séroprévalence attendue était de 25 % sur des critères bibliographiques prenant notamment en compte la forte contagiosité de la maladie. Cependant, les résultats de cette étude indiquent une séroprévalence bien plus faible puisqu’elle est de 3,83 % avec un intervalle de confiance de 2,46 % à 5,93 %, le risque d’erreur étant de 5 %. Ainsi, dès le départ, la séroprévalence porcine a été largement surestimée. Cette erreur est due à un manque de données bibliographiques et sûrement au fait que dans les études de Junk [Junk et al., 2007] et de Poljak [Poljak et al., 2008], les prélèvements ont été effectués dans des élevages industriels bien plus importants que les élevages vietnamiens. La différence de densité de porcs au sein des exploitations pourrait expliquer cette diminution de séroprévalence. Cependant, d’autres facteurs pourraient entrer en jeu, que ce soit des facteurs de répartition des élevages dans les communes, de répartition des porcs dans les exploitations ou encore des pratiques d’éleveurs favorisant ou non la transmission des Influenza A.
Enfin, le graphique montrant la répartition des fréquences de séroprévalences obtenues au sein de l’échantillon permet d’expliquer la faible séroprévalence globale. En effet, celle-ci est largement représentée par les élevages séronégatifs, à 82,89 %.
