Qu’est-ce que ?

(1)

P

RÉSENTATION GÉNÉRALE DE

R

Julie Scholler - Bureau B246

septembre 2018

I. Présentation

Qu’est-ce que ?

• langage orienté vers le traitement de données et l’analyse statistique

• logiciel libre publié sous licence GNU GPL

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Usages

Les outils les plus courants permettent de réaliser des analyses statistiques telles que

• statistiques descriptives : moyenne, médiane, variance, etc

• tests d’hypothèses et intervalles de confiance

• régressions linéaires

• analyse factorielle

• machine learning et bien sûr

• des graphiques

Pourquoi utiliser R ?

Avantages

• multiplateforme (Linux, Mac oS X, Windows)

• gratuit

• très puissant car les fonctionnalités de base peuvent être étendues à l’aide d’extensions (plus de 10 000)

• possibilités de manipulation de données supérieures à un tableur

• bonnes capacités graphiques et nombreuses possibilités d’export

• les méthodes statistiques récentes sont rapidement disponibles

• communauté d’utilisateurs et de développeurs très active et réactive

• beaucoup d’aide, d’informations et de forum à ce propos sur le web

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Inconvénients

• logiciel et documentation de base en anglais (mais de plus en plus de ressources en ligne en français)

• R s’apparente davantage à un langage de programmation qu’à un logiciel proprement dit

II. Installation

Logiciel R

http://www.r-project.org/

• rubrique Download, cliquer sur CRAN

• choisir un site miroir en France

• choisir la version en fonction de votre système d’exploitation (pour Linux, il y a de fortes chances que R soit directement disponible via le gestionnaire de paquets)

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Logiciel R

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Interface RStudio

https://www.rstudio.com/

• cliquer sur Download RStudio dans le caroussel

• choisir la version free de RStudio Desktop

• choisir la version en fonction de votre système d’exploitation (pour Linux, il y a des chances que RStudio soit directement disponible via le gestionnaire de paquets)

Interface RStudio

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Interface RStudio

III. RStudio

À l’ouverture de Rstudio, la fenêtre se partage ainsi :

Console

Console Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages

Scripts Données, historique

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III. RStudio

Console

III. RStudio

Console Console

Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages

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III. RStudio

Console

Scripts

Données, historique

III. RStudio

Console

Console Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages Scripts

Données, historique

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III. RStudio

Console

Aide, fenêtre graphique, fichiers, packages

IV. Premières manipulation

Début avec R

• R est une calculatrice

• création d’objet

• utilisation d’un script

• différents types d’objets

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Mode d’un objet

Les principaux modes d’un objet de R sont

• numeric (valeur numérique) : 1, pi, 3.1416

• logical (booléen, valeur logique) : TRUE, FALSE, T, F

• character (chaîne de caractères) : "blabla"

Commande autour du mode d’un objet

• connaître le mode d’un objet x : mode(x)

• tester l’appartenance d’un objet à un mode en particulier : is.numeric(x), etc.

• convertir un objet d’un mode à l’autre : as.character(x)

Structures de données

Vecteur

• ensemble de valeurs toutes du même mode (numérique, logique, etc.)

Matrice

• tableau de valeurs toutes du même mode (numérique, logique, etc.)

Facteur

• vecteur adapté aux données qualitatives

Data frame

• tableau dont les colonnes ont la même longueur mais les colonnes peuvent être de modes différents

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I

MPORTATION

,

EXPORTATION DE DONNÉES ET DE GRAPHIQUES

Julie Scholler - Bureau B246

octobre 2018

I. Répertoire de travail

Connaître le répertoire de travail getwd()

Fixer le répertoire de travail setwd("nouveau-répertoire")

À la main

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I. Répertoire de travail

Connaître le répertoire de travail getwd()

Fixer le répertoire de travail setwd("nouveau-répertoire") À la main

II. Importation de données

• données extérieures sous forme de fichiers

• formats : .txt., .csv, .xls, .xlsx, etc.

Pour les formats : txt et csv

• read.table() ou read.csv() ou read.csv2()

Pour les formats : xls et xlsx

• package xlsx

• read.xlsx() ou read.xlsx2()

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df <- read.table(file="fichierdedonnees.txt",

header=FALSE, sep="",dec=".",row.names=-1,...)

• file : chemin vers le fichier (peut être une url)

• header : si la première ligne contient les noms des variables

• sep : caractère utilisé pour séparer les données

• dec : séparateur décimal

• row.names : valeur numérique spécifiant le numéro de la colonne contenant les noms ou numéros d’individus

s’il n’y en a pas row.names=-1

read.table(file, header=FALSE, sep="",dec=".") read.csv(file, header=TRUE, sep=",",dec=".") read.csv2(file, header=TRUE, sep=";",dec=",")

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Formats Excel

Il faut d’abord avoir installer le package xlsx.

library("xlsx")

read.xlsx(file, sheetIndex, header=TRUE,...) read.xlsx2(file, sheetIndex, header=TRUE,...)

• sheetIndex : nombre ou nom indiquant la feuille du document à importer

III. Exportation de données

write.table(x, file, sep = " ",

dec = ".", row.names = TRUE, col.names = TRUE)

• x : objet R à écrire dans le fichier

• file : chemin du fichier à créer

• sep et dec : séparateurs de données et séparateur décimal à utiliser dans le fichier créer

• row.names et col.names : si les noms de ligne et de colonnes sont conservés ou non dans le fichier créé

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III. Exportation de données

Autres commandes

write.csv(x, file, sep = ",", dec = ".",

row.names = TRUE, col.names = TRUE) write.csv2(x, file, sep = ";", dec = ",",

row.names = TRUE, col.names = TRUE)

library("xlsx")

write.xlsx(x, file, sheetName="Sheet1", col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

write.xlsx2(x, file, sheetName="Sheet1",col.names=TRUE, row.names=TRUE, append=FALSE)

• append : si on ajoute la feuille à un nouveau document ou si on crée un nouveau fichier

IV. Exportation de graphiques

Syntaxe de base

pdf(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.pdf")

#code de construction du graphique dev.off()

jpeg(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.jpg")

png(file="nom_souhaité_du_fichier_du_graphique.png")

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IV. Exportation de graphiques

Options générales

• height, width : hauteur et largeur de l’image (en pouces pour les pdf, en pixel sinon)

• pointsize : taille de l’écriture sur les graphiques (par défaut 12)

Pur les pdf

• paper : taille du document

• family : famille d’écriture

Pour les jpeg

• quality : qualité de l’image/taux de compression (entre 1 et 100, par défaut 75)