DiagCORE Gastrointestinal Panel v2. Mode d emploi PL /2018-FR

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DiagCORE ^® Gastrointestinal Panel v2

Mode d’emploi

PL-047-08/2018-FR

210004

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2 Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2

Mode d’emploi de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 (CE) Réf. RP1 : 210004

Août 2018

Le présent document doit être utilisé avec pour seul objectif d’analyser une cartouche de DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2 dans l’analyseur DiagCORE^®. Aucune partie de ce document ne peut être reproduite ou transmise par quelque moyen que ce soit, électronique ou mécanique, ou à quelque fin que ce soit, sans l’autorisation écrite expresse de la société STAT-Dx Life, S.L.

Une version imprimée de ce mode d’emploi est disponible sur demande.

Ce mode d’emploi est disponible sur http.support.qiagen.com.

STAT-Dx Life, S.L.

Baldiri Reixac 4

08028 Barcelona, Espagne

Service client et support technique

Si vous avez besoin d’aide, contactez le support technique de STAT-Dx via les coordonnées ci-dessous.

 Site web : http.support.qiagen.com

Si vous contactez le Service technique pour signaler une erreur survenue avec l’analyseur DiagCORE^® ou avec la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2, notez les étapes ayant précédé l’erreur et les informations s’affichant dans les boîtes de dialogue. Cela nous aidera à résoudre le problème.

Veuillez rassembler les informations suivantes avant de contacter le support technique pour signaler des erreurs :

 Numéro de série, type et version de l’analyseur (le cas échéant)

 Code d’erreur (le cas échéant)

 Date et heure à laquelle l’erreur s’est produite pour la première fois

 Fréquence de l’erreur (c’est-à-dire erreur occasionnelle ou permanente)

 Photo de l’erreur, si possible

 Copie du package de support

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Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 3

Sommaire Service client et support technique ... 2

Sommaire ... 3

Tableau des symboles ... 5

1 Informations relatives à DiagCORE

^®

Gastrointestinal Panel v2 ...6

1.1 Nom du produit et usage prévu ... 6

1.2 Contenu de l’emballage ... 7

1.3 Stockage et date de péremption ... 7

2 Informations de sécurité ...8

3 Contexte général ...9

3.1 Description de la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ... 9

3.2 Pathogènes détectés ... 10

3.3 Description de la procédure ... 12

3.4 Prélèvement d’échantillon et chargement de la cartouche... 12

3.5 Préparation des échantillons, amplification et détection des acides nucléiques . 13 4 Matériel et équipement requis non fournis ... 14

5 Procédure pour les échantillons de selles non préservées en milieu de transport Cary Blair ... 15

5.1 Prélèvement, transport et stockage des échantillons ... 15

5.2 Chargement d’un échantillon dans la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ... 15

5.3 Démarrage de l’analyseur DiagCORE

^®

... 19

5.4 Exécution d’un test ... 19

6 Contrôle interne ... 23

7 Interprétation des résultats ... 24

7.1 Affichage des résultats ... 24

7.1.1 Affichage des courbes d’amplification ... 25

7.1.2 Affichage des détails du test ... 26

7.1.3 Consultation des résultats des tests précédents ... 27

7.1.4 Exportation des résultats vers un lecteur USB ... 29

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7.1.5 Impression des résultats ... 29

7.2 Interprétation des résultats ... 30

7.3 Interprétation du contrôle interne... 31

8 Installation du fichier de définition de dosage ... 32

9 Limites de la procédure ... 34

10 Caractéristiques de performance. Performance clinique ... 36

11 Caractéristiques de performance. Performance analytique ... 39

11.1 Sensibilité (limite de détection) ... 39

11.2 Robustesse du dosage ... 41

11.3 Exclusivité (spécificité analytique) ... 41

11.4 Inclusivité (réactivité analytique) ... 43

11.5 Co-infections... 45

11.6 Substances interférentes ... 46

11.7 Transfert ... 47

11.8 Reproductibilité ... 47

11.9 Stabilité de l’échantillon ... 51

12 Références ... 52

13 Annexes ... 54

13.1 Informations relatives à l’élimination ... 54

13.2 Déclaration de conformité ... 54

13.3 Glossaire ... 54

13.4 Marques déposées et copyright ... 55

13.5 Copyright, avis de non-responsabilité et garantie ... 55

13.6 Déclaration de brevet ... 55

13.7 Contrat de licence de logiciel ... 55

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Tableau des symboles

Les symboles suivants se trouvent sur l’emballage de la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 et dans le présent mode d’emploi.

Description

Fabricant légal

Dispositif médical de diagnostic in vitro

Marquage CE pour la conformité européenne

Numéro de référence

Température minimale/maximale de stockage

Consulter le mode d’emploi

Risque sanitaire/dangereux pour la couche d’ozone

Date de péremption (AAAA MM JJ)

Code de lot

Numéro de série

Ne pas réutiliser

Conserver à l’abri des rayons du soleil

Suffisant pour <n> tests

Ne pas utiliser si l’emballage est endommagé

Corrosif

n

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1 Informations relatives à DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2

1.1 Nom du produit et usage prévu

DiagCORE® Gastro-intestinal Panel v2 est un test qualitatif destiné à l’analyse d’échantillons de selles non préservées en milieu de transport Cary Blair chez des patients suspectés d’être porteurs d’une infection gastro- intestinale en raison de la présence d’acides nucléiques viraux, parasitaires ou bactériens. Ce dosage est conçu pour être utilisé avec l’analyseur DiagCORE^® pour l’extraction intégrée des acides nucléiques et la détection multiplex PCR en temps réel.

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 permet de détecter et différencier les pathogènes suivants : Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp., Giardia lamblia, Cyclospora cayetanensis, Vibrio vulnificus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Campylobacter spp. (Campylobacter jejuni, Campylobacter upsaliensis, Campylobacter coli), Salmonella spp., Clostridium difficile (tcdA/tcdB), Yersinia enterocolitica, E.coli entérotoxigénique (ETEC), E.coli entéropathogène (EPEC), E.coli entéroaggrégative (EAEC), E.coli productrice de shigatoxines (STEC; (E. coli entérohémorragique)), E.coli productrice de shigatoxines (STEC) sérotype O157:H7, E.coli entéroinvasive (EIEC)/Shigella, Plesiomonas shigelloides, Adénovirus humain F40/F41, Norovirus GI, Norovirus GII, Rotavirus A, Astrovirus, Sapovirus GI, GII, GIV,GV.

Les résultats fournis par DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 doivent être interprétés dans le contexte de tous les résultats cliniques et de laboratoire pertinents.

Les caractéristiques de performance du dosage ont été établies uniquement pour les personnes ayant présenté des symptômes gastro-intestinaux.

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est exclusivement destiné à un usage professionnel et n’est pas destiné à l’autodiagnostic.

Pour diagnostic in vitro.

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1.2 Contenu de l’emballage

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 Référence

Nombre de tests

210004 6 Cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

6 cartouches emballées individuellement contenant tous les réactifs nécessaires à la préparation des échantillons et au contrôle interne multiplex RT-PCR.

Composition de la cartouche :

La cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 comprend ce qui suit : éthanol, isopropanol, enzymes, oligonucléotides, tris-EDTA, azide de sodium, guanidine hydrochlorure, thiocyanate de guanidinium, chlorure de guanidine, propylène glycol, triton-x-100 et tréhalose dihydraté D-(+).

Pipettes de transfert 6 pipettes de transfert emballées individuellement pour la distribution d’échantillon liquide dans la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

1.3 Stockage et date de péremption

Conservez les cartouches de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 dans un endroit sec et propre à température ambiante (15 à 25 °C). Ne sortez pas les cartouches de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ou les pipettes de transfert de leur emballage individuel tant que vous n’avez pas besoin de les utiliser. Sous ces conditions, il est possible de conserver les cartouches DiagCORE^® jusqu’à la date de péremption imprimée sur l’emballage individuel. La date de péremption est également incluse dans le code-barres de la cartouche et elle est lue par l’analyseur DiagCORE^® lorsque la cartouche est insérée dans l’instrument pour effectuer un test.

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2 Informations de sécurité

Portez toujours un équipement de protection individuelle approprié, notamment des gants jetables non poudrés, une blouse de laboratoire et des lunettes de protection. Protégez la peau, les yeux et les muqueuses.

Changez souvent de gants lorsque vous manipulez des échantillons.

Manipulez l’ensemble des échantillons, cartouches usagées et pipettes de transfert comme s’ils pouvaient transmettre des agents infectieux. Respectez toujours les précautions de sécurité définies dans les directives applicables, comme celles du CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute, Institut des normes cliniques et de laboratoire) concernant la protection des laborantins contre les infections acquises dans un cadre professionnel, les directives approuvées M29 ou les autres documents applicables fournis par les organismes suivants :

 OSHA : Occupational Safety and Health Administration (Administration de la sécurité et de la santé au travail, États-Unis)

 ACGIH : American Conference of Government Industrial Hygienists (Conférence américaine des hygiénistes industriels gouvernementaux, États-Unis)

 COSHH : Control of Substances Hazardous to Health (contrôle des substances présentant des dangers pour la santé, Royaume-Uni)

Suivez les procédures de sécurité de votre institution pour la manipulation des échantillons biologiques.

Éliminez les échantillons, cartouches DiagCORE^® et pipettes de transfert conformément à la réglementation en vigueur.

La cartouche DiagCORE^® est un dispositif fermé à usage unique qui contient tous les réactifs nécessaires à la préparation des échantillons et au contrôle interne multiplex RT-PCR dans l’analyseur DiagCORE^®. N’utilisez pas une cartouche DiagCORE^® dont la date de péremption est dépassée, qui semble endommagée ou qui perd du liquide. Éliminez les cartouches usagées ou endommagées conformément à l’ensemble des réglementations et législations nationales, régionales et locales en matière de santé et sécurité.

Respectez les procédures de laboratoire standards pour maintenir l’espace de travail propre et non contaminé.

Les directives sont énoncées dans des publications telles que « Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories » (Sécurité biologique dans les laboratoires de microbiologie et de biologie médicale) des Centers for Disease Control and Prevention (Centres pour le contrôle et la prévention des maladies, États-Unis) et des National Institutes of Health (Instituts nationaux de santé, États-Unis) (www.cdc.gov/od/ohs/biosfty/biosfty.htm).

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3 Contexte général

3.1 Description de la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

La cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est un dispositif jetable en plastique qui permet d’effectuer des dosages moléculaires entièrement automatisés pour détecter des pathogènes gastro-intestinaux.

Les caractéristiques principales de la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 sont la compatibilité avec les échantillons liquides, le confinement hermétique des réactifs préchargés nécessaires aux tests ainsi qu’un véritable fonctionnement à distance. Toutes les étapes de préparation des échantillons et d’analyse du dosage sont effectuées à l’intérieur de la cartouche.

Tous les réactifs nécessaires à l’exécution complète d’un test sont préchargés et isolés dans la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. L’utilisateur n’a pas besoin de toucher et/ou de manipuler les réactifs.

Pendant le test, les réactifs sont manipulés dans le module d’analyse de l’analyseur DiagCORE^® par des éléments microfluidiques à commande pneumatique et n’ont aucun contact direct avec les actionneurs de l’analyseur. L’analyseur intègre des filtres à air pour l’air entrant et sortant afin de mieux protéger l’environnement. Après le test, la cartouche reste toujours hermétiquement fermée, ce qui garantit une élimination nettement plus sûre.

À l’intérieur de la cartouche, les différentes étapes sont réalisées automatiquement dans l’ordre en utilisant la pression pneumatique pour transférer les échantillons et fluides vers leurs destinations en passant par la chambre de transfert.

Une fois que la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 contenant l’échantillon a été introduite dans l’analyseur, les étapes de dosage suivantes s’effectuent automatiquement :

 Remise en suspension du contrôle interne

 Lyse cellulaire par des moyens mécaniques et chimiques

 Purification des acides nucléiques à base de membranes

 Mélange de l’acide nucléique purifié avec les réactifs lyophilisés du mélange réactionnel

 Transfert des aliquotes définies de l’éluat/du mélange réactionnel dans les différentes chambres de réaction

 Exécution du test de PCR multiplex en temps réel dans chaque chambre de réaction. Une augmentation de la fluorescence, indiquant la détection de l’analyte cible, est directement détectée dans chaque chambre de réaction.

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La cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 et ses caractéristiques sont illustrées ci-dessous.

Cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

3.2 Pathogènes détectés

Les infections gastro-intestinales aiguës peuvent être causées par de nombreux agents pathogènes d’origine parasitaire, bactérienne ou virale et sont généralement accompagnées de signes cliniques et symptômes quasiment indiscernables. La détermination rapide et précise de la présence ou de l’absence d’agent(s) potentiellement responsable(s) aide à prendre en temps opportun les décisions relatives au traitement, à l’hospitalisation, au contrôle des infections et au retour du patient chez lui et au travail. Elle peut aussi permettre une meilleure gestion de l’utilisation des antimicrobiens et d’autres initiatives importantes en matière de santé publique.

La cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 permet de détecter et identifier 24 pathogènes parasitaires, viraux et bactériens responsables de symptômes gastro-intestinaux. Les tests nécessitent un petit volume d’échantillon et un temps de manipulation minimal. Les résultats sont disponibles en une heure environ.

Les pathogènes pouvant être détectés et différenciés grâce à DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 sont répertoriés dans le tableau 1.

Port d’introduction des écouvillons

Port principal

Code-barres de traçabilité

Chambres de réaction

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Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 11 Tableau 1. Pathogènes détectés par DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

Pathogène Classification

(type de génome)

Entamoeba histolytica Parasite (ADN)

Cryptosporidium spp. Parasite (ADN)

Giardia lamblia Parasite (ADN)

Cyclospora cayetanensis Parasite (ADN)

Vibrio vulnificus Bactérie (ADN)

Vibrio parahaemolyticus Bactérie (ADN)

Vibrio cholerae Bactérie (ADN)

Campylobacter spp. (C. jejuni, C. upsaliensis, C. coli) Bactérie (ADN)

Salmonella spp. Bactérie (ADN)

Clostridium difficile (tcdA/tcdB) Bactérie (ADN)

Yersinia enterocolitica Bactérie (ADN)

E. coli entéroaggrégative (EAEC) Bactérie (ADN)

E. coli entérotoxigénique (ETEC) Bactérie (ADN)

E. coli productrice de shigatoxines (STEC) Bactérie (ADN) E. coli productrice de shigatoxines (STEC) sérotype O157:H7 Bactérie (ADN)

E. coli entéropathogène (EPEC) Bactérie (ADN)

E. coli entéroinvasive (EIEC) / Shigella Bactérie (ADN)

Plesiomonas shigelloides Bactérie (ADN)

Adénovirus humain F40/F41 Adénovirus (ADN)

Norovirus GI Calicivirus (ARN)

Norovirus GII Calicivirus (ARN)

Rotavirus A Reovirus (ARN)

Astrovirus Astrovirus (ARN)

Sapovirus GI, GII, GIV, GV Calicivirus (ARN)

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3.3 Description de la procédure

Les tests de diagnostic avec DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 s’effectuent sur l’analyseur DiagCORE^®. Les échantillons sont chargés manuellement dans la cartouche DiagCORE^® :

• Insertion du liquide dans le port principal à l’aide d’une pipette de transfert en cas d’échantillon liquide.

Toutes les étapes de préparation et d’analyse des échantillons sont effectuées automatiquement par l’analyseur DiagCORE^®.

3.4 Prélèvement d’échantillon et chargement de la cartouche

Le prélèvement d’échantillons et leur chargement ultérieur dans la cartouche DiagCORE^® doivent être effectués par du personnel formé à la manipulation sûre des échantillons biologiques.

Les étapes suivantes doivent être exécutées par l’utilisateur : 1. Prélever un échantillon de selles.

2. Placer et remettre en suspension l’échantillon dans un milieu de transport Cary Blair conformément aux instructions du fabricant.

Remarque : il est possible d’utiliser une concentration optimale de 25-100 mg de selles non préservées par ml de milieu de transport Cary Blair (la concentration maximale doit être de 250 mg de selles non préservées par ml de milieu de transport Cary Blair).

3. Écrire les informations de l’échantillon ou coller une étiquette sur le haut de la cartouche DiagCORE^®.

(13)

Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 13 4. Charger manuellement l’échantillon de selles remis en suspension en milieu de transport Cary Blair

(échantillon liquide) dans la cartouche DiagCORE^® :

• Transférer 200 µl de l’échantillon dans la cartouche DiagCORE^® à l’aide d’une pipette de transfert.

Contrôler visuellement la fenêtre d’inspection de l’échantillon (voir l’image ci-dessous) pour confirmer que l’échantillon liquide a été chargé.

• Scanner le code-barres de l’échantillon et le code QR de la cartouche DiagCORE^® dans l’analyseur DiagCORE^®.

• Introduire la cartouche DiagCORE^® dans l’analyseur DiagCORE^®.

• Démarrer le test sur l’analyseur DiagCORE^®.

3.5 Préparation des échantillons, amplification et détection des acides nucléiques

L’extraction, l’amplification et la détection des acides nucléiques dans l’échantillon sont effectuées automatiquement par l’analyseur DiagCORE^®.

5. L’échantillon liquide est homogénéisé et les cellules sont lysées dans la chambre de lyse de la cartouche DiagCORE^® dotée d’un rotor qui tourne à grande vitesse et de billes de silice qui permettent un broyage cellulaire efficace.

6. Les acides nucléiques sont purifiés à partir de l’échantillon lysé par adsorption à une membrane de silice dans la chambre de purification de la cartouche DiagCORE^® en présence de sels chaotropes et d’alcool.

7. Les acides nucléiques purifiés sont élués de la membrane dans la chambre de purification et sont mélangés avec des agents chimiques PCR lyophilisés dans la chambre de séchage de la cartouche DiagCORE^®. 8. Le mélange formé par l’échantillon et les réactifs PCR est distribué dans les chambres PCR de la cartouche

DiagCORE^® qui contiennent des amorces et sondes lyophilisées spécifiques au dosage.

9. L’analyseur DiagCORE^® crée les profils de température optimaux pour effectuer une RT-PCR efficace et effectue des mesures de fluorescence en temps réel pour générer des courbes d’amplification.

10.Le logiciel de l’analyseur DiagCORE^® interprète les données et les contrôles de processus et fournit un rapport de test.

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4 Matériel et équipement requis non fournis

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est conçu pour être utilisé avec l’analyseur DiagCORE^®. Avant de commencer un test, assurez-vous de disposer des éléments suivants :

 Analyseur DiagCORE^® (au moins un module opérationnel et un module analytique)

 Mode d’emploi de l’analyseur DiagCORE^®(DiagCORE^® Analyzer User Manual)

 Dernière version logicielle du fichier de définition de dosage pour DiagCORE® Gastrointestinal Panel installée dans le module opérationnel

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5 Procédure pour les échantillons de selles non préservées en milieu de transport Cary Blair

5.1 Prélèvement, transport et stockage des échantillons

Le prélèvement d’échantillons et leur chargement ultérieur dans la cartouche DiagCORE^® doivent être effectués par du personnel formé à la manipulation sûre des échantillons biologiques.

Les étapes suivantes doivent être exécutées par l’utilisateur. Suivez les procédures ci-dessous : Procédure pour les échantillons de selles non préservées en milieu de transport Cary Blair :

1. Prélevez et remettez en suspension l’échantillon de selles conformément aux procédures recommandées par le fabricant du milieu de transport Cary Blair.

5.2 Chargement d’un échantillon dans la cartouche de DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2

1. Une fois l’emballage ouvert, l’échantillon doit être introduit à l’intérieur de la cartouche de DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2 en déchirant les encoches latérales de l’emballage.

IMPORTANT

Portez toujours un équipement de protection individuelle approprié, notamment des gants jetables non poudrés, une blouse de laboratoire et des lunettes de protection.

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Une fois l’emballage ouvert, l’échantillon doit être introduit à l’intérieur de la cartouche de DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2 et chargé dans l’analyseur DiagCORE^®dans un délai de 120 minutes.

2. Sortez la cartouche et placez-la de manière à ce que le code QR sur l’étiquette se trouve face à vous.

3. Écrivez les informations de l’échantillon ou collez une étiquette sur le haut de la cartouche DiagCORE^®. Assurez-vous que l’étiquette est bien positionnée et qu’elle ne bloque pas l’ouverture du couvercle.

4. Ouvrez le couvercle 1 du port d’introduction des échantillons liquides à l’avant de la cartouche.

IMPORTANT

Veillez à ne pas retourner ou agiter la cartouche lorsque le couvercle du port principal est ouvert. Le port principal contient des billes de silice, servant au broyage cellulaire, qui risquent de tomber de la cartouche si celle-ci est agitée alors que le couvercle est ouvert.

(17)

Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 17 5. Mélangez l’échantillon de selles en milieu de transport p. ex. en agitant vigoureusement le tube 3 fois.

6. Ouvrez le tube avec l’échantillon à tester. Utilisez la pipette de transfert fournie pour faire remonter le liquide jusqu’au deuxième trait de remplissage de la pipette (200 µl).

IMPORTANT

Veillez à ne pas aspirer d’air dans la pipette. Si de l’air est aspiré dans la pipette, expulsez soigneusement le liquide d’échantillon de la pipette pour le réinjecter dans le tube à échantillon puis remplissez à nouveau la pipette.

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7. Transférez soigneusement 200 µl d’échantillon dans le port d’introduction des échantillons liquides de la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 à l’aide d’une pipette de transfert à usage unique fournie.

8. Fermez fermement le couvercle du port d’introduction des échantillons liquides jusqu’à ce qu’il s’enclenche.

9. Confirmez visuellement que l’échantillon a été chargé en vérifiant la fenêtre d’inspection de l’échantillon (voir l’image ci-dessous). Un mélange formé par l’échantillon et les billes de silice doit être observé.

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REMARQUE

Une fois l’échantillon introduit dans la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2, la cartouche doit être chargée dans l’analyseur DiagCORE^® dans un délai de 90 minutes.

5.3 Démarrage de l’analyseur DiagCORE

^®

1. Appuyez sur le bouton On/Off (Marche/Arrêt) à l’avant de l’analyseur pour démarrer l’unité.

REMARQUE

L’interrupteur d’alimentation à l’arrière du module analytique doit être mis sur la position « I ». Les voyants d’état de l’analyseur DiagCORE^® deviennent alors bleus.

2. Attendez que l’écran Main (Écran principal) s’affiche et que les voyants d’état de l’analyseur DiagCORE^® deviennent verts et arrêtent de clignoter.

3. Connectez-vous à l’analyseur DiagCORE^® en entrant votre nom d’utilisateur et votre mot de passe.

REMARQUE

L’écran Login (Connexion) s’affiche si le contrôle d’accès utilisateur est activé. Si le contrôle d’accès utilisateur est désactivé, aucun nom d’utilisateur/mot de passe ne sera requis et l’écran Main (Écran principal) s’affichera.

4. Si le logiciel du fichier de définition de dosage n’a pas été installé dans l’analyseur, suivez les instructions avant d’exécuter le test (pour plus d’informations, reportez-vous à la section 9 de ce document).

5.4 Exécution d’un test

1. Appuyez sur le bouton Run Test (Exécuter test) dans le coin supérieur droit de l’écran tactile de l’analyseur DiagCORE^®.

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2. Lorsque vous y êtes invité, scannez le code-barres d’identification de l’échantillon figurant sur le milieu de transport Cary Blair qui contient l’échantillon ou scannez le code-barres situé sur le dessus de la cartouche DiagCORE^® à l’aide du lecteur de code-barres intégré dans l’analyseur DiagCORE^®.

REMARQUE

Vous pouvez aussi saisir l’identifiant de l’échantillon via le clavier virtuel de l’écran tactile en appuyant sur le champ Sample ID (Identifiant de l’échantillon).

REMARQUE

En fonction de la configuration du système choisie, il peut également s’avérer nécessaire de saisir l’identifiant du patient à ce stade.

REMARQUE

Les instructions de l’analyseur DiagCORE^® apparaissent dans l’Instructions Bar (Barre d’instructions) en bas de l’écran tactile.

3. Lorsque vous y êtes invité, scannez le code-barres de la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 à utiliser. L’analyseur DiagCORE^® reconnaît automatiquement le dosage à effectuer grâce au code- barres de la cartouche.

REMARQUE

L’analyseur DiagCORE^® n’acceptera pas les cartouches dont la date de péremption est dépassée, les cartouches déjà utilisées ou les cartouches destinées à des dosages non installés sur l’unité. En pareils cas, un message d’erreur s’affichera et la cartouche sera éjectée. Pour plus de détails, reportez-vous au mode d’emploi de l’analyseur DiagCORE^®.

4. L’écran Confirm (Confirmation) s’affiche. Vérifiez les données saisies et introduisez les modifications nécessaires en appuyant sur les champs correspondants de l’écran tactile et en modifiant les informations.

(21)

Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 21 5. Appuyez sur Confirm (Confirmation) lorsque toutes les données affichées sont correctes. Si nécessaire,

appuyez sur le champ correspondant pour modifier son contenu ou appuyez sur Cancel (Annuler) pour annuler le test.

6. Vérifiez que les deux couvercles de la cartouche sont bien fermés. Lorsque le port d’introduction de cartouche situé sur le dessus de l’analyseur DiagCORE^® s’ouvre automatiquement, insérez la cartouche avec le code-barres orienté vers la gauche et les chambres de réaction orientées vers le bas.

Il n’est pas nécessaire d’enfoncer la cartouche dans l’analyseur DiagCORE^®. Positionnez-la correctement dans le port d’introduction de cartouche et l’analyseur DiagCORE^® fera automatiquement entrer la cartouche dans le module analytique.

7. Lorsqu’il détectera la cartouche, l’analyseur DiagCORE^® fermera automatiquement le couvercle du port d’introduction de cartouche et lancera le test. Aucune autre action de l’opérateur n’est requise pour lancer le test.

REMARQUE

L’analyseur DiagCORE^® n’acceptera que la cartouche qui a été scannée lors de la préparation du test. Si une autre cartouche que celle scannée est introduite, une erreur se produira et la cartouche sera automatiquement éjectée.

REMARQUE

Jusqu’à ce stade, il est possible d’annuler le test en appuyant sur la touche Cancel (Annuler) dans le coin inférieur droit de l’écran.

REMARQUE

En fonction de la configuration du système, il se peut que l’opérateur doive saisir à nouveau son mot de passe pour lancer le test.

REMARQUE

Le couvercle du port d’introduction de cartouche se ferme automatiquement après 30 secondes si aucune cartouche n’est placée dans le port. Si cela se produit, répétez la procédure depuis l’étape 5.

8. Lorsque le test est en cours, le temps restant s’affiche à l’écran.

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9. Une fois le test terminé, l’écran Eject (Éjection) s’ouvre et la barre Module Status (État du module) affiche l’un des résultats suivants du test :

TEST COMPLETED (Test terminé) Le test s’est achevé avec succès.

TEST FAILED (Test échoué) Une erreur s’est produite pendant le test.

TEST CANCELED (Test annulé) L’utilisateur a annulé le test.

REMARQUE

Si le test échoue, reportez-vous à la section « Résolution des problèmes » du mode d’emploi de l’analyseur DiagCORE pour connaître les possibles raisons de l’échec et la procédure à suivre.

10.Appuyez sur Eject (Éjection) pour retirer la cartouche puis éliminez-la en tant que déchet biologique dangereux conformément à l’ensemble des réglementations et législations nationales, régionales et locales en matière de santé et sécurité.

Retirez la cartouche lorsque le port d’introduction de cartouche s’ouvre et éjecte la cartouche. Si la cartouche n’est pas retirée dans un délai de 30 secondes, elle rentrera automatiquement dans l’analyseur et le couvercle du port d’introduction de cartouche se fermera. Si c’est le cas, appuyez sur Eject (Éjection) pour ouvrir le couvercle du port d’introduction de cartouche puis retirez la cartouche.

REMARQUE

Les cartouches usagées doivent être éliminées.

Il n’est pas possible de réutiliser les cartouches ayant servi à des tests dont l’exécution a été lancée puis annulée par l’opérateur ou pour lesquels une erreur été détectée.

11.Une fois la cartouche éjectée, l’écran Results Summary (Récapitulatif des résultats) s’affiche. Reportez-vous à la section Interprétation des résultats pour plus de détails. Pour exécuter un autre test, appuyez sur le bouton Run Test (Exécuter test).

REMARQUE

Pour plus d’informations sur l’utilisation de l’instrument, reportez-vous au mode d’emploi de l’analyseur DiagCORE.

(23)

6 Contrôle interne

La cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 comprend un contrôle interne complet titré Schizosaccharomyces pombe. Schizosaccharomyces pombe est une levure (organisme fongique) qui est incluse dans la cartouche sous forme séchée et est réhydratée lors du chargement de l’échantillon. Ce matériel de contrôle interne vérifie toutes les étapes du processus d’analyse, notamment l’homogénéisation de l’échantillon, la lyse des structures virales et cellulaires (par un broyage chimique et mécanique), la purification des acides nucléiques, la transcription inverse et la PCR en temps réel.

Un contrôle interne signalé positif indique que toutes les étapes de traitement effectuées par la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ont été complétées avec succès.

Un contrôle interne signalé négatif n’annule aucun résultat positif pour les cibles détectées et identifiées, mais il invalide tous les résultats négatifs de l’analyse. Par conséquent, le test doit être répété si le contrôle interne s’avère négatif.

(24)

7 Interprétation des résultats

7.1 Affichage des résultats

L’analyseur DiagCORE^® interprète et enregistre automatiquement les résultats des tests. Une fois la cartouche éjectée, l’écran Results Summary (Récapitulatif des résultats) s’affiche automatiquement.

Exemple d’écran affichant les données du test sur le volet gauche et le résumé du test sur le volet principal.

La partie principale de l’écran fournit deux listes et utilise un codage couleur et des symboles pour indiquer les résultats :

 La première liste répertorie tous les pathogènes détectés et identifiés dans l’échantillon, précédés du signe et indiqués en rouge.

 La deuxième liste répertorie tous les pathogènes testés dans l’échantillon. Les pathogènes détectés et identifiés dans l’échantillon sont précédés du signe et indiqués en rouge. Les pathogènes testés et non détectés sont précédés du signe et indiqués en vert.

Vous remarquerez que les pathogènes détectés et identifiés dans l’échantillon apparaissent dans les deux listes.

Si le test ne s’est pas achevé avec succès, un message indiquera le mot « Failed » (Échec) suivi d’un code d’erreur spécifique.

Les données de test suivantes s’affichent dans la partie gauche de l’écran :

 Sample ID (Identifiant de l’échantillon)

(25)

 Patient ID (Identifiant du patient) (si disponible)

 Assay Type (Type de dosage)

 Sample Type (Type d’échantillon)

En fonction des droits d’accès de l’opérateur, d’autres données relatives au dosage sont disponibles dans les onglets en bas de l’écran (graphiques d’amplification et détails du test).

Un rapport contenant les données du dosage peut être exporté vers un périphérique de stockage USB externe.

Insérez le périphérique de stockage USB dans l’un des ports USB de l’analyseur DiagCORE^® puis appuyez sur Save Report (Enregistrer rapport) dans la barre inférieure de l’écran. Ce rapport peut être exporté plus tard à tout moment en sélectionnant le test dans la liste View Result (Affichage des résultats).

Le rapport peut également être envoyé à l’imprimante en appuyant sur Print Report (Imprimer rapport) dans la barre inférieure de l’écran.

7.1.1 Affichage des courbes d’amplification

Pour afficher les courbes d’amplification des pathogènes détectés, appuyez sur l’onglet Amplification Curves (Courbes d’amplification).

Écran Amplification Curves (Courbes d’amplification) - Pathogens (Pathogènes).

Les détails sur les pathogènes testés et les contrôles sont affichés à gauche, tandis que les courbes d’amplification sont affichées au centre.

REMARQUE

Si le contrôle d’accès utilisateurs est activé dans l’analyseur DiagCORE^®, l’écran Amplification Curves (Courbes d’amplification) est disponible uniquement pour les opérateurs disposant des droits d’accès.

Appuyez sur l’onglet Pathogens (Pathogènes) côté gauche pour afficher les graphiques correspondant aux pathogènes testés. Appuyez sur le nom du pathogène pour sélectionner les pathogènes à afficher dans le graphique d’amplification. Il est possible de sélectionner un seul, plusieurs ou aucun pathogène(s). Chaque pathogène de la liste sélectionnée se verra affecté une couleur correspondant à la courbe d’amplification qui lui est associée. Les pathogènes non sélectionnés s’afficheront en gris.

Les valeurs CT et de fluorescence finale correspondantes sont affichées sous le nom de chaque pathogène.

(26)

Appuyez sur l’onglet Controls (Contrôles) côté gauche pour afficher les contrôles et sélectionner ceux à afficher dans le graphique d’amplification. Appuyez sur le cercle à côté du nom du contrôle pour le sélectionner ou le désélectionner.

Écran Amplification Curves (Courbes d’amplification) - Pathogens (Pathogènes) et Controls (Contrôles).

Le graphique d’amplification affiche la courbe de données pour les pathogènes ou contrôles sélectionnés.

Pour passer d’une échelle logarithmique à une échelle linéaire sur l’axe Y, appuyez sur le bouton Lin ou Log dans le coin inférieur gauche du graphique.

L’échelle des axes X et Y peut être réglée en utilisant les sélecteurs gris de chaque axe. Maintenez enfoncé un sélecteur puis déplacez-le jusqu’à l’endroit souhaité sur l’axe. Ramenez un sélecteur à l’origine de l’axe pour rétablir les valeurs par défaut.

7.1.2 Affichage des détails du test

Appuyez sur Test Details (Détails du test) dans la Tab Menu Bar (Barre de menu de l’onglet) en bas de l’écran tactile pour examiner les résultats plus en détail. Faites défiler vers le bas pour voir le rapport complet.

Les détails suivants du test s’affichent au centre de l’écran :

 User ID (Identifiant de l’utilisateur)

 Cartridge serial number (Numéro de série de la cartouche)

 Cartridge expiration date (Date de péremption de la cartouche)

 Analytical Module serial number (Numéro de série du module analytique)

 Test status (État du test) (completed (terminé), failed (échec), canceled by operator (annulé par l’opérateur))

 Error code (Code d’erreur), le cas échéant

 Test start date and time (Date et heure de début du test)

 Test execution time (Heure d’exécution du test)

 Assay name (Nom du dosage)

(27)

 Test Result (Résultat du test) : positif (si au moins un pathogène gastro-intestinal est détecté/identifié), négatif (si aucun pathogène gastro-intestinal n’est détecté) ou échec (si une erreur s’est produite ou si le test a été annulé par l’utilisateur)

 Liste des analytes testés dans le dosage, avec CT et fluorescence finale en cas de signal positif

 Contrôle interne, avec CT et fluorescence finale

Exemple d’écran avec le volet gauche Test Data (Données du test) et le volet principal Test Details (Détails du test).

7.1.3 Consultation des résultats des tests précédents

Pour voir les résultats des tests précédents enregistrés dans le répertoire des résultats, appuyez sur View Results (Affichage des résultats) dans la barre Main Menu (Menu principal).

Exemple de liste View Results (Affichage des résultats).

(28)

Les informations suivantes sont disponibles pour chaque test exécuté :

 Sample ID (Identifiant de l’échantillon)

 Assay Name (Nom du dosage)

 Operator ID (Identifiant de l’opérateur)

 Module analytique sur lequel le test a été effectué

 Date et heure auxquelles le test s’est achevé

 Résultat du test (pos (positif), neg (négatif), fail (échec) ou suc (succès))

REMARQUE

Lorsque le contrôle d’accès utilisateur est activé dans l’analyseur DiagCORE^®, les données pour lesquelles l’utilisateur n’a aucun droit d’accès seront masquées par des astérisques.

Sélectionnez un ou plusieurs résultats de test en appuyant sur le cercle à gauche de l’identifiant de l’échantillon.

Une coche apparaîtra à côté des résultats sélectionnés. Appuyez sur cette coche pour désélectionner des résultats de test. La liste de résultats peut être entièrement sélectionnée en appuyant sur le bouton dans la ligne supérieure.

Exemple de résultats de test sélectionnés dans la liste View Results (Affichage des résultats).

Appuyez n’importe où sur la ligne d’un test pour afficher les résultats d’un test particulier.

Appuyez sur un titre de colonne (Sample ID (identifiant de l’échantillon) p. ex.) pour trier la liste par ordre croissant ou décroissant en fonction de ce paramètre. La liste peut être triée suivant une seule colonne à la fois.

(29)

Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 29 La colonne Result (Résultat) affiche les résultats de chaque test :

Nom Bouton Description

Positif pos Au moins un pathogène est positif.

Négatif neg Aucun analyte n’a été détecté.

Échec fail Le test a échoué, soit parce qu’une erreur s’est produite, soit parce que le test a été annulé par l’utilisateur.

Succès suc Le test est positif ou négatif, mais l’utilisateur ne dispose pas des droits d’accès pour voir les résultats du test.

Appuyez sur Print Report (Imprimer rapport) pour imprimer le ou les rapports pour le ou les résultats sélectionnés.

Appuyez sur Save Report (Enregistrer rapport) pour enregistrer le ou les rapports pour le ou les résultats sélectionnés au format PDF sur un périphérique de stockage USB externe.

Sélectionnez le type de rapport : « List of Tests » (Liste des tests) ou « Test Reports » (Rapports de tests).

Appuyez sur le bouton Search (Recherche) pour rechercher les résultats de test par identifiant d’échantillon, dosage et identifiant d’opérateur. Saisissez la chaîne de recherche à l’aide du clavier virtuel, puis appuyez sur Enter (Entrée) pour lancer la recherche. Seuls les enregistrements contenant le texte recherché s’afficheront dans les résultats de la recherche.

Si la liste des résultats a été filtrée, la recherche ne s’appliquera qu’à la liste filtrée.

Maintenez enfoncé un titre de colonne pour appliquer un filtre basé sur ce paramètre. Pour certains paramètres, tels que Sample ID (Identifiant de l’échantillon), le clavier virtuel apparaîtra de manière à pouvoir saisir la chaîne de recherche pour le filtre.

Pour d’autres paramètres, tels qu’Assay (Dosage), une boîte de dialogue s’ouvrira avec la liste des dosages enregistrés dans le répertoire. Sélectionnez un ou plusieurs dosages pour filtrer uniquement les tests effectués avec les dosages sélectionnés.

La présence du symbole à gauche d’un titre de colonne indique que le filtre de la colonne est actif.

Un filtre peut être supprimé en appuyant sur le bouton Remove Filter (Supprimer filtre) dans la barre du sous- menu.

7.1.4 Exportation des résultats vers un lecteur USB

Dans n’importe quel onglet de l’écran des résultats de test, sélectionnez Save Report (Enregistrer rapport) pour exporter et enregistrer une copie des résultats du test au format PDF sur un lecteur USB. Le port USB se trouve à l’avant de l’instrument.

7.1.5 Impression des résultats

(30)

Sélectionnez Print Report (Imprimer rapport) pour envoyer une copie des résultats de test à l’imprimante.

7.2 Interprétation des résultats

Un résultat pour un organisme gastro-intestinal est interprété comme « positif » lorsque le dosage PCR correspondant est positif, sauf pour EPEC, STEC et STEC O157:H7.

L’interprétation des résultats pour EPEC, STEC et STEC O157:H7 suit la logique expliquée dans le tableau suivant :

Résultat pour EPEC

Résultat pour STEC stx1/stx2

Résultat pour

STEC O157:H7 Description

Negative (Négatif)

Invalid (Non valide)

Pathogène E. coli entéropathogène (EPEC) non détecté et pathogène E. coli productrice de shigatoxines (STEC) stx1/stx2 non détecté

Le résultat pour le pathogène E. coli sérotype O157:H7 n’est pas applicable si le pathogène STEC n’est pas détecté

Positive (Positif)

Negative (Négatif)

Pathogène E. coli entéropathogène (EPEC) détecté et pathogène E. coli productrice de shigatoxines (STEC) stx1/stx2 non détecté

Le résultat pour le pathogène E. coli sérotype O157:H7 n’est pas applicable si le pathogène STEC n’est pas détecté

Positive (Positif) Negative (Négatif)

Le résultat pour EPEC n’est pas applicable (la détection du pathogène EPEC ne peut pas être différenciée lorsque le pathogène STEC est détecté) Pathogène E. coli productrice de shigatoxines (STEC) stx1/stx2 détecté

Positive (Positif) Positive (Positif)

Le résultat pour EPEC n’est pas applicable (la détection ne peut pas être différenciée lorsque le pathogène STEC est détecté)

Pathogène E. coli productrice de shigatoxines (STEC) stx1/stx2 détecté Pathogène STEC sérotype O157:H7 détecté

(31)

7.3 Interprétation du contrôle interne

Résultat des contrôles

Explication Action

Passed (Succès) Le contrôle interne a été amplifié avec succès.

Le test a été réalisé avec succès et tous les résultats sont validés et peuvent être rapportés. Les pathogènes détectés sont rapportés positifs tandis que les pathogènes non détectés sont rapportés négatifs.

Failed (Échec) Le contrôle interne a échoué. Le ou les pathogènes positifs sont rapportés mais tous les résultats négatifs (pathogène testé mais non détecté) ne sont pas valides.

Répétez le test en utilisant une nouvelle cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

(32)

8 Installation du fichier de définition de dosage

Le fichier de définition de dosage de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 doit être préalablement installé dans l’analyseur DiagCORE^® pour effectuer des tests avec les cartouches de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

La même procédure doit être appliquée lorsqu’une nouvelle version du dosage de DiagCORE^® Gastrointestinal Panel v2 est commercialisée.

REMARQUE

Les fichiers de définition de dosage sont disponibles sur le site web de STAT-Dx et auprès des vendeurs/distributeurs STAT-Dx.

Le fichier de définition de dosage (extension.asy) doit être enregistré sur un lecteur USB avant d’être installé sur l’analyseur DiagCORE^®. Ce lecteur USB doit être formaté avec un système de fichiers FAT32.

Pour importer de nouveaux dosages de l’USB vers l’analyseur DiagCORE^®, suivez la procédure suivante : 1. Insérez la clé USB contenant le fichier de définition de dosage dans l’un des ports USB de l’analyseur

DiagCORE^®.

2. Appuyez sur le bouton Options (Options) puis sur le bouton Assay Management (Gestion des dosages). L’écran Assay Management (Gestion des dosages) s’ouvre dans la zone de contenu de l’affichage (voir la capture d’écran ci-dessous).

3. Appuyez sur l’icône Import (Importer) dans le coin inférieur gauche de l’écran.

4. Sélectionnez le fichier du lecteur USB correspondant au dosage à importer.

5. Une boîte de dialogue s’affiche alors pour confirmer le téléchargement du fichier.

(33)

Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 33 6. Une boîte de dialogue peut apparaître pour remplacer la version actuelle par une nouvelle. Appuyez

sur Yes (Oui) pour la remplacer.

7. Pour que le dosage devienne actif, appuyez sur le bouton Assay Active (Dosage actif) (voir la capture d’écran ci-dessous).

8. Attribuez le dosage actif à l’utilisateur en appuyant sur le bouton Options (Options) puis sur le bouton User Management (Gestion des utilisateurs). Sélectionnez l’utilisateur autorisé à exécuter le test.

Ensuite, sélectionnez Assign Assays (Attribuer des dosages) dans User Options (Options utilisateur).

Activez le dosage et appuyez sur le bouton Save (Enregistrer).

(34)

9 Limites de la procédure

 Les résultats de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ne sont pas destinés à être utilisés comme seule base pour les décisions relatives au diagnostic, au traitement ou d’autres décisions de prise en charge du patient.

 Les résultats positifs n’excluent pas une co-infection par des organismes non inclus dans DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2. Il est possible que le pathogène détecté ne soit pas la cause définitive de la maladie.

 Les résultats négatifs n’excluent pas une infection du tractus gastro-intestinal. Tous les agents responsables d’infection gastro-intestinale aiguë ne sont pas détectés par ce dosage et la sensibilité dans certains milieux cliniques peut différer de celle décrite dans la notice.

 Un résultat négatif avec DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 n’exclut pas la nature infectieuse du syndrome. Des résultats de dosage négatifs peuvent provenir de plusieurs facteurs et de leurs combinaisons : erreurs de manipulation des échantillons, variation des séquences d’acides nucléiques ciblées par le dosage, infection par des organismes non inclus dans le dosage, niveaux d’organisme des organismes inclus inférieurs à la limite de détection du dosage, utilisation de certains médicaments, thérapies ou pathogènes, etc.

 DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 n’est pas destiné à tester des échantillons autres que ceux décrits dans le présent mode d’emploi. Les caractéristiques de performance du test ont été établies uniquement avec des échantillons de selles non préservées remis en suspension en milieu de transport Cary Blair, chez des individus présentant des symptômes gastro-intestinaux aigus.

 DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est destiné à être utilisé en accord avec la culture de normes de soins pour la récupération d’organismes, le sérotypage et/ou les tests de sensibilité aux antimicrobiens, le cas échéant.

 Les résultats fournis par DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 doivent être interprétés par un professionnel de santé qualifié dans le contexte de tous les résultats cliniques, de laboratoire et épidémiologiques pertinents.

 DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est conçu pour être utilisé uniquement avec l’analyseur DiagCORE^®.

 DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est un dosage qualitatif qui ne fournit pas de valeur quantitative pour les organismes détectés.

 Les acides nucléiques parasitaires, viraux et bactériens peuvent persister in vivo, même si l’organisme n’est pas viable ou infectieux. La détection d’un marqueur cible ne signifie pas que l’organisme correspondant est l’agent responsable de l’infection ou des symptômes cliniques.

(35)

 La détection des acides nucléiques viraux, parasitaires et bactériens dépend du prélèvement, de la manipulation, du transport, du stockage et du chargement appropriés de l’échantillon dans la cartouche de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. Toute exécution incorrecte de l’une des opérations susmentionnées risque d’entraîner des résultats incorrects, notamment des faux positifs ou faux négatifs.

 La sensibilité et la spécificité du dosage, pour les organismes spécifiques et pour tous les organismes combinés, sont des paramètres de performance intrinsèques d’un dosage donné et ne varient pas en fonction de la prévalence. En revanche, les valeurs prédictives négatives et positives d’un résultat de test dépendent de la prévalence de la maladie/de l’organisme. Veuillez noter qu’une prévalence plus élevée favorise la valeur prédictive positive d’un résultat de test, tandis qu’une prévalence plus faible favorise la valeur prédictive négative d’un résultat de test.

(36)

10 Caractéristiques de performance.

Performance clinique

Une étude clinique a été menée avec pour objectif d’évaluer la performance du dosage de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 en vue du marquage CE.

L’étude a été conçue comme observationnelle, rétrospective et utilisant des échantillons cliniques restants provenant de sujets présentant des signes et symptômes d’une infection gastro-intestinale. Le ou les établissements participants ont été invités à tester des échantillons rétrospectifs congelés, selon le protocole et les instructions précises de l’établissement.

Les échantillons éligibles étaient des selles non préservées ou selles en milieu Cary Blair provenant de patients suspectés d’être atteints d’infections gastro-intestinales et présentant un syndrome gastro-intestinal clinique accompagné des signes et symptômes caractéristiques tels que de la diarrhée, des vomissements, une douleur abdominale et/ou de la fièvre.

Un (1) laboratoire hospitalier et le laboratoire du fabricant ont participé à l’étude.

361 échantillons cliniques ont été testés au total : 235 par le laboratoire hospitalier et 126 par le laboratoire du fabricant. La plupart des échantillons négatifs utilisés dans l’étude ont été testés au laboratoire du fabricant (88 échantillons). Les échantillons ont été préalablement testés avec diverses méthodes moléculaires, notamment le dosage Panel parasitaire entérique BD MAX™ (tous les parasites), le dosage Panel gastrointestinal Allplex™ (panels 1-3) et le dosage Panel gastro-intestinal Filmarray™. En cas de résultats discordants, les échantillons étaient retestés avec une des méthodes susmentionnées (la plupart avec le dosage Panel gastrointestinal Filmarray™) et la règle du 2 sur 3 a été appliquée. Le résultat obtenu avec les 2 méthodes a été accepté en tant que véritable résultat. Avant les tests, les échantillons ont été stockés à une température de - 80 °C en tant que selles en milieu Cary Blair.

Toutes les méthodes de test ont été exécutées conformément aux instructions du fabricant respectif.

Sur les 361 échantillons utilisés, 5 échantillons ont été exclus de l’étude, ce qui faisait 356 échantillons à évaluer et analyser. Ces 356 échantillons ont fourni 546 résultats évaluables en tout. Parmi ces résultats, DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 a correctement détecté 425 pathogènes (vrais positifs), tandis que 91 résultats étaient des vrais négatifs. DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 n’a pas détecté 9 pathogènes (faux négatifs), mais il en a trouvé 21 qui ne sont pas détectés par les méthodes de comparaison (faux positifs).

Il convient de noter que 2 résultats « faux positifs » concernaient des échantillons parfaitement négatifs avec les méthodes de comparaison.

Les caractéristiques de performance clinique de l’étude pour le dosage et chacun de ses pathogènes sont indiquées dans le tableau 1.

(37)

Mode d’emploi de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 37 Tableau 1. Sensibilité clinique (PPA), spécificité (NPA) et intervalles de confiance à 95 % pour le

dosage de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 dans son ensemble ainsi que pour chaque organisme du panel.

TP/TP

+FN Sensibilité IC à 95 % TN/TN

+FP Spécificité IC à 95 %

Tous 425/

434 97,9 % 96,1

% 98,9 % 91/93 97,8 % 92,5

% 99,4 Virus %

Adenovirus 24/24 100 % 86,2 % 100 % 332/333 99,7 % 98,3 % 99,9 %

Astrovirus 8/8 100,0 % 67,6 % 100,0

% 348/348 100,0 % 98,9 % 100,0

Norovirus GI 5/5 100,0 % 56,6 % 99,5 % 349/351 99,4 % 97,9 % 99,8 % %

Norovirus GII 29/30 96,7 % 83,3 % 99,4 % 323/327 98,8 % 96,9 % 99,5 %

Rotavirus 29/30 96,7 % 83,3 % 99,4 % 327/327 100,0 % 98,8 % 100,0

Sapovirus 11/11 100,0 % 74,1 % 100,0 %

% 345/345 100,0 % 98,9 % 100,0

E. coli diarrhéogènes

%

E.coli O157:H7 2/2 100,0 % 34,2 % 100,0

% 354/354 100,0 % 98,9 % 100,0 E. coli %

entéroaggrégative 26/27 96,3 % 81,7 % 99,3 % 328/330 99,4 % 97,8 % 99,8 % E. coli

entéroinvasive / Shigella

24/25 96,0 % 80,5 % 99,3 % 331/332 99,7 % 98,3 % 99,9 %

E. coli

entéropathogène 54/54 100,0 % 93,4 % 100,0

% 300/302 99,3 % 97,6 % 99,8 % E. coli

entérotoxigénique 18/20 90,0 % 69,9 % 97,2 % 337/338 99,7 % 98,3 % 99,9 % E. coli (STEC)

entérohémorragique 23/23 100,0 % 85,7 % 100,0

% 333/333 100,0 % 98,9 % 100,0

Bactéries

%

Clostridium difficile 39/39 100,0 % 91,0 % 100,0

% 315/317 99,4 % 97,7 % 99,8 % Campylobacter spp. 45/47 95,7 % 85,8 % 98,8 % 307/311 98,7 % 96,7 % 99,5 % Plesiomonas

shigelloides 1/1 100,0 % 20,7 % 100,0

% 355/355 100,0 % 98,9 % 100,0 Salmonella spp. 7/7 100,0 % 64,6 % 100,0 %

% 349/349 100,0 % 98,9 % 100,0 Vibrio cholera 2/2 100,0 % 34,2 % 100,0 %

% 354/354 100,0 % 98,9 % 100,0 Yersinia %

enterocolitica 7/7 100,0 % 64,6 % 100,0

% 349/349 100,0 % 98,9 % 100,0

Parasites

%

Cryptosporidium 16/16 100,0 % 80,6 % 100,0

% 339/340 99,7 % 98,4 % 99,9 % Cyclospora

cayetanensis 0 NA NA NA 355/356 99,7 % 98,4 % 99,9 %

Entamoeba

histolytica 18/18 100,0 % 82,4 % 100,0

% 338/338 100,0 % 98,9 % 100,0 Giardia lamblia 37/38 97,4 % 86,5 % 99,5 % 319/319 100,0 % 98,8 % 100,0 %

%

(38)

8 échantillons ont échoué lors du premier test. Sept (7) échantillons ont réussi lors du deuxième test.

Un échantillon a dû être retesté à deux reprises. Le taux de réussite au premier test était de 97,7 % (343/351), tandis que le taux de réussite au deuxième test était de 99,7 %.

Conclusion

Le dosage de DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 a montré d’excellentes caractéristiques de performance clinique lors de cette évaluation. La sensibilité et la spécificité du dosage dans son ensemble étaient respectivement de 97,9 % (intervalle de confiance à 95 % = 96,1 % -98,9 %) et 97,8 % (intervalle de confiance à 95 % = 92,5 % -99,4 %).

Le dosage a affiché une excellente performance pour chaque pathogène et catégorie d’organismes, notamment les parasites qui sont moins facilement détectés dans un laboratoire clinique en raison de la complexité et des compétences requises pour établir le diagnostic.

(39)

11 Caractéristiques de performance.

Performance analytique

11.1 Sensibilité (limite de détection)

La sensibilité analytique ou la limite de détection (LoD) est la concentration la plus faible à laquelle ≥ 95 % des échantillons testés génèrent un résultat positif.

La LoD de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 a été déterminée par analyte en utilisant des souches sélectionnées représentant chaque pathogène détectable avec DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. La matrice d’échantillons de selles simulée (échantillon négatif remis en suspension en milieu de transport Cary Blair de Copan) a été dopée avec un ou plusieurs pathogènes et testée à 20 reprises.

La valeur de LoD de chaque cible de DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 est indiquée dans le tableau ci- dessous.

Tableau 1. Valeurs de LoD pour les différentes souches gastro-intestinales cibles testées avec DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2.

Pathogène Souche Source Concentration Taux de

détection

Norovirus GI n/a Échantillon

clinique 1,0E-3¹ 20/20

Norovirus GII n/a Échantillon

Rotavirus

WA (adaptée pour la

culture tissulaire) ATCC VR-2018 44,24 TCID50/ml 19/20

WA Zeptometrix

NATGIP-BIO 1,0E-5¹ 19/20

Astrovirus n/a Échantillon

Cryptosporidium

parvum Isolat Iowa Waterborne

P102C 0,06 oocyste/ml 19/20

Entamoeba histolytica

HM-1: IMSS (Mexico

1967) ATCC 30459 0,008 cellule/ml 20/20

Giardia lamblia WB (Bethesda) ATCC 30957 0,03 cellule/ml 20/20 Cyclospora

cayetanensis n/a

gDNA² ATCC PRA- 3000SD

3 copies de

génome/ml 20/20

Vibrio

parahaemolyticus EB 101 ATCC 17802 > 0,0003 CFU/ml 19/20

Clostridium difficile

Toxinotype XXII A+B+ ATCC BAA-1814 > 0,005 CFU/ml 19/20

NAP1 ZeptoMetrix

Toxinotype 0 A+B+,

90556-M6S ATCC 9689 > 0,003 CFU/ml 20/20 Vibrio vulnificus 329 [CDC B3547] ATCC 33817 > 0,001 CFU/ml 20/20 EPEC

stx- stx2- eae+ ATCC 33780 > 0,01 CFU/ml 20/20

n/a ZeptoMetrix

NATGIP-BIO 1,0E-2 ¹ 20/20

n/a ATCC 33559 0,004 CFU/ml 19/20

(40)

Pathogène Souche Source Concentration Taux de

détection Campylobacter

coli NCTC 11366

Produit personnalisé ZeptoMetrix

1,0E-4¹ 19/20

Campylobacter jejuni

n/a ATCC BAA-1234 > 0,003 CFU/ml 19/20

n/a ATCC 49349 > 0,001 CFU/ml 19/20

Campylobacter upsaliensis

NCTC 11541 (C231) ATCC 43954 > 0,001 CFU/ml 20/20 Sandstedt et Ursing ATCC BAA-1059 > 0,008 CFU/ml 20/20

Yersinia enterocolitica

Souche NCTC 11175 subsp. Enterocolitica (Schleifstein et Coleman)

ATCC 700822 > 0,001 CFU/ml 20/20

Souche 33114 ATCC 9610 > 0,5 CFU/ml 20/20 ETEC

ETEC H10407.

Sérotype O78:H11 ATCC 35401 > 0,001 CFU/ml 20/20 E.coli O115:H5 sth+ SSI 82174 3,2E-8¹ 20/20 EIEC

EIEC Fr 1368 (ipaH) SSI 82171 7,9E-9¹ 20/20 EIEC: O29: NM

(migula, Castellan) ATCC 43892 > 0,0001 CFU/ml 20/20 Shigella sonnei

Virulente WRAIR I ATCC 29930 > 0 001 CFU/ml 19/20

Z004 ZeptoMetrix

STEC

O22 (stx1-stx2) SSI 91350 5,0E-8¹ 20/20

O26:H11 Microbiologics

01100 840 CFU/ml 19/20

EAEC

O111a. 111b:

K58:H21 ; CDC3250-76 ATCC 29552 > 0,001 CFU/ml 19/20

EAEC ZeptoMetrix

Salmonella enterica

Serovar Enteritidis ATCC BAA-1045 > 0,002 CFU/ml 19/20 Serovar Enteritidis,

CDC K-1891 ATCC 13076 0,4 CFU/ml 20/20

Plesiomonas shigelloides

Bader ATCC 14029 > 0 005 CFU/ml 19/20

Z130 ZeptoMetrix

Sapovirus GI.1 n/a Échantillon

Vibrio cholerae Pacini 1854. sérotype O1

CECT 514 (ATCC

14035) 1,0E-7¹ 20/20

STEC O157:H7

O157:H7 SSI 82169 7,9E-8¹ 20/20

O157:H7 Microbiologics

0617 940 CFU/ml 20/20

Adenovirus F 40/41 Tak (73-3544) ATCC VR-930 1,1 TCID50/ml 20/20

Dugan ATCC VR-931 0,002 TCID50/ml 19/20

1 Dilution relative à partir de la concentration du stock.

2 ADN de Cyclospora cayetanensis synthétique quantitatif

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2. Mode d emploi PL /2018-FR