Régulation épigénétique de
l’expression de FOXL2 et voies
activées en aval de ce gène dans la
gonade.
Thèse de doctorat de l'Université Paris-Saclay
préparée à l’Université Paris-Sud
École doctorale n°568 : signalisations et réseaux
intégratifs en biologie (Biosigne)
Spécialité de doctorat : sciences de la vie et de la santé
Thèse présentée et soutenue à Jouy-En-Josas, le 3 décembre 2018, par
Clara GOBÉ
Composition du Jury :
Mme. Julie COCQUET
Chargée de recherche, Institut Cochin (– INSERM U1016, CNRS UMR8104) Rapporteure
M. Ayhan KOCER
Maître de conférences, UCA (– GReD, CNRS UMR6293, l'INSERM U1103) Rapporteur
Mme. Anne-Amandine CHASSOT
Chargée de recherche, INSERM (– UMR1091, CNRS UMR7277, iBV Nice) Examinatrice
M. François VIALARD
Professeur, praticien hospitalier, UVSQ (– GIG, Hôpital de Poissy) Examinateur
M. Gabriel LIVERA
Professeur, Université Paris 7 (– CEA, INSERM UMR967) Examinateur
M. Norbert GHYSELINCK
Directeur de recherche, CNRS (– UMR7104, IGBMC, INSERM U964) Examinateur
M. Eric PAILHOUX
Directeur de recherche, INRA (– BDR, UMR1198) Directeur de thèse
Mme. Maëlle PANNETIER
Chargée de recherche, INRA (– BDR, UMR1198) Co-Directrice de thèse
NNT
:
2
0
1
7
S
A
CL
E
0
3
5
Université Paris-Saclay
Espace Technologique / Immeuble Discovery
Route de l’Orme aux Merisiers RD 128 / 91190 Saint-Aubin, France
Titre : Régulation épigénétique de l’expression de FOXL2 et voies activées en aval de ce gène dans la gonade
Mots clés : Gonades, Dmxl2, spermatogenèse, Epigénétique, Enhancer, CRISPR/dCas9.
Résumé : FOXL2 constitue un gène majeur de la
différenciation et de la fonction ovarienne. Chez l’Homme, l’haploinsuffisance de ce gène induit des malformations palpébrales qui peuvent être associées ou non à une insuffisance ovarienne prématurée (BPES de type I ou II). Dans certains cas, des anomalies de l’expression de FOXL2 sont liées à des délétions de régions situées très en amont du gène, témoignant de la présence d’activateurs distaux. L’existence de cette régulation à longue distance a aussi été mise en évidence dans l’espèce caprine par notre équipe. La mutation naturelle PIS (Polled Intersex Syndrome) induit à l’état homozygote l’absence d’expression du gène FOXL2 dans les gonades XX, conduisant au développement de testicules à la place d’ovaires. Ainsi, au cours de mon doctorat j’ai été amenée à travailler sur deux aspects différents : (i) l’analyse des cibles/voies activées par FOXL2 dans la gonade, et (ii) l’étude de la régulation à distance de l’expression de FOXL2.
En ce qui concerne le premier point, l’analyse du rôle d’un gène candidat, Dmxl2, chez la souris a nécessité la mise en place d’une invalidation conditionnelle de ce gène (Knock-out ou KO) dans les gonades (le KO total étant létal à la naissance). Chez les mâles, une diminution de 60% de la production de spermatozoïdes a été observée à la puberté pendant la première vague de spermatogénèse.
En ce qui concerne le second point, l’étude d’une région régulatrice potentielle de l’expression de FOXL2 a permis de définir des éléments très conservés présentant un profil épigénétique caractéristique de régions de type « enhancers ». J’ai ensuite établi un modèle in vitro « d’édition de l’épigénome » du locus FOXL2, en utilisant la technologie CRISPR/dCas9-p300 pour modifier la marque épigénétique H3K27ac et activer l’expression de ce gène. A long terme, ces travaux
pourraient aboutir à la création de
« médicaments épigénétiques » pour soutenir
l’expression de FOXL2 et rétablir la fertilité des patientes atteintes d’une mutation de ce gène.
Title : FOXL2 : Epigenetic regulation of its expression and downstream activated pathways in the gonad.
Keywords : Gonads, Dmxl2, Spermatogenesis, Epigenetics, Enhancer, CRISPR/dCas9
Abstract : FOXL2 is a major gene for ovarian
differentiation and functions. In humans, FOXL2 haploinsufficiency induces eyelid malformations with or without premature ovarian failure (BPES type I or II). In some cases, abnormalities of FOXL2 expression are related to deletions of regions located far upstream of this gene, indicating the presence of distal activators. The existence of this long-range regulation has also been demonstrated in the goat species by our laboratory. The natural mutation PIS (Polled Intersex Syndrome) when homozygous induces the silencing of FOXL2 expression in XX gonads, leading to the development of testes instead of ovaries. Thus, during my PhD, I worked on two different aspects: (i) the analysis of FOXL2-activated targets/pathways in the gonad, and (ii) the study of the long-range regulation of FOXL2 expression.
Regarding the first point, gene function analysis of the candidate gene Dmx12 required the establishment of a conditional knock-out in the mouse gonad (Dmxl2 total KO is lethal at birth). In males, a 60% decrease in sperm production was observed at puberty during the first wave of spermatogenesis.
Regarding the second point, the study of a putative regulatory region of FOXL2 expression allowed to define highly conserved elements harbouring typical enhancer epigenetic profile. Then, I established an in vitro model of FOXL2 locus “epigenome editing”, using the
CRISPR/dCas9-p300 technology to modify the
epigenetic mark H3K27ac. In the long term, this work may lead to the development of "epigenetic drugs" to support the expression of FOXL2 and restore the fertility of patients with a mutation of this gene.
