E-formations en bioinformatique

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Submitted on 5 Jun 2020

HAL

is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L’archive ouverte pluridisciplinaire

destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

E-formations en bioinformatique

Sarah Maman Haddad, Frédérique Malipier, Catherine Herry, Philippe Bardou

To cite this version:

Sarah Maman Haddad, Frédérique Malipier, Catherine Herry, Philippe Bardou. E-formations en bioinformatique. Les journées Bioinformatique de l’Inra, Mar 2016, Toulouse, France. 1p, 2016.

�hal-02800765�

L’équipe Sigenae de l’Inra et la plateforme de bioinformatique Bioinfo Genotoul organisent régulièrement des formations en présentiel sur les traitements bioinformatiques des données.

Afin de répondre à la demande de plus en plus importante, une offre complémentaire d'auto-formation à distance a été développée en collaboration avec la Formation permanente nationale.

Tous les agents Inra intéressés peuvent accéder à ces auto-formations en ligne sur la plateforme de e-formation de l’Inra. Elles constituent une aide aux chercheurs, qui peut s'avérer décisive pour une utilisation simplifiée des outils bioinformatiques utiles au traitement des données.

Cette modalité d’autoformation permet de se former sans contrainte de temps ni de lieu.

Contacts

 Formation et assistance technique Galaxy

Equipe Sigenae : [email protected]

 Assistance plateforme de téléformation FPN Inra : [email protected]

Autres formation en bioinformatique

L’ensemble des formations dispensées par le plateforme BioInfo Genotoul sont disponibles sur la platefome d'auto-formation « sig-learning » de l'équipe Sigenae : http://sig-learning.toulouse.inra.fr/

(mot de passe du cluster Genotoul).

Parcours d’auto-formation

Progression en étapes à suivre intégralement ou partiellement selon les besoins et objectifs individuels.

Durée estimée

6 à 7 heures pour l’ensemble du parcours.

Accès aux e-formations

Plateforme de e-formation de l’Inra : rubrique « Sciences » /

« Bioinformatique »

https://elearning.formation-permanente.inra.fr/

(authentification avec LDAP Inra) Objectifs de la formation

Traiter vos données via une interface simplifiée, partager les analyses et présenter schématiquement les traitements.

Galaxy : initiation et spécificité de l'instance Sigenae

Objectifs de la formation

Analyser la qualité de vos séquences à l'aide de l'outil FastQC report, disponible, entre autres, depuis l'interface web Galaxy de l'instance Sigenae / Genotoul.

FastQC : outil de contrôle et

d'interprétation de la qualité des

séquences