Le microbiote digestif : un acteur de préservation de la santé

(1)

Le microbiote digestif

: un acteur de

préservation

de la santé

UMR GenPhySE

Équipe NED

(Nutrition et Ecosystèmes Digestifs)

Sylvie Combes,

ENVT, 12 février 2019

(2)

ratio bactéries :

cellules humaines de

1:1

(Sender et al 2016 Cell)

~1 kilogramme de

biomasse

bactérienne

(3)

Phénotype de l’individu

Expression de ses gènes

Expression des gènes des microbiotes qui le colonisent

Chaque individu est un hybride hôte / microbe

(4)

Faecalibacterium prausnitzii Photos UEPSD Bacteroides dorei Escherichia coli Ruminococcus Spp 1011-13_Bactéries/g Champignon Protozoaire 107_{- 10}8_Archées

organe situé à l’interface du bol alimentaire et de la muqueuse intestinale

Le microbiote intestinale :

108_{- 10}9_Virus

doi: 10.1128/MMBR.00011-11 Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2011

(5)

Trois phyla (division) majoritaires : 80% d’espèces anaérobies strictes

et

80-70 % inconnues (non cultivables)

(6)

http://learn.genetics.utah.edu/content/microbiome/changing/images/change6.jpg

3% des espèces communes à 200 personnes

Grande variabilité inter individuelle



nature et abondances des espèces

~ 1000 espèces  empreinte fécale

(7)

La gnotobiologie, outil d’étude des rôles du

microbiote intestinal

• Souris axénique :

– Elevées dès la naissance dans un milieu stérile

– Dépourvues de microbiote intestinal

(8)

Ce qu’il faut retenir….

(9)

Feed

Physiological state, stress

(hormons, etc..)

Genetics

mucus, digestive secretion, peristaltism, immunity, tolerance

Nutrition

fibres -> VFA, bacterial proteins, vitamins … Storage of lipids Obesity

Health

Intestinal barrier, immunity Central nervous system Autism Behaviour

Host

Antimicrobial Gene Reservoir

Microbiota

Rôle du microbiote digestif dans la construction de

l’individu

(10)

Microbiote et Système immunitaire

DÉVELOPPEMENT, ÉDUCATION ET STIMULATION DU SYSTÈME IMMUNITAIRE

• RÔLE BARRIÈRE • RÔLE TROPHIQUE

• STIMULATION, ÉDUCATION

• MÉCANISMES IMPLIQUÉS DANS LE DIALOGUE • FOCUS MALADIE DE CROHN

(11)

L’enjeu est de tolérer et contenir le microbiote commensale (e.g. 1010-12_{bactéries/g!)}

Le système immunitaire:

• Prévenir l’introduction et le développement de pathogènes

• Discriminer le soi du non soi

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI

• Rôle barrière et production de métabolite • Développement trophique

• Système inné

• Système adaptatif • Théorie hygiéniste

• Focus sur les allergies alimentaires et maladie autoimmune

• Focus maladie de Crohn, IBD

(12)

Renouvellement rapide de l’épithélium

Sécrétion de mucus (cellule calciforme)

Sécrétion de peptides

anti-microbiens (cellule de Paneth)

Mise en place de jonction serrées

Transport d’IgA

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  rôle barrière

• Rôle barrière

L’épithelium intestinal = une barrière physique, chimique et immunologique

Récepteur de reconnaissance de motifs moléculaires

(13)

Microbiote participe à l’effet de Barrière

 Compétition à l‘adhésion

 Compétition à l’accès au nutriment

 Production de substances anti-microbiennes

http://www.microbiote-intestinal.fr/fonctions-du-microbiote

L’épithelium intestinal = une barrière physico-chimique et immunologique

• Jonctions serrées

• La couche de mucus (cellule calciforme)

• Renouvellement rapide des cellules épithéliales • Production de molécule antimicrobienne

• Transport d’IgA

• Récepteur reconnaissance motifs moléculaires

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  rôle barrière

(14)

(Pull et al PNAS 2004)

Control

Traitement DSS -> induit un ulcère

(Stappenbeck et al., 2002)

• la réparation de l’épithélium intestinal • L’angiogénèse

after 10d

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  développement

(15)

(Muniz et al Frontiers in Immunology 2012) (Hooper 2004)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  SI inné

• Immunité intestinale : GALT (

Gut Associated Lymphoid

Tissue)

Des sites inducteurs :

- Plaques de Peyer

- Follicules lymphoïdes isolés

Des organes effecteurs:

- Lymphocytes & macrophages dispersés dans la lamina propria

(16)

• Production de peptides antimicrobiens (cellule de Paneth)  alpha-defensin, RegIII-gamma, angiogenin-4

(Muniz et al Frontiers in Immunology 2012) (Hooper 2003)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  SI inné

(17)

• Interaction avec les cellules dendritiques et les cellules M

 Induction de la réponse innée (lymphocyte T et la production de cytokines)

(Muniz et al Frontiers in Immunology 2012)

(18)

• Interaction avec les cellules dendritiques et les cellules M

 Stimulation de la réponse adaptative (secrétion IgA par lymhocyte B)

(Muniz et al Frontiers in Immunology 2012)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  SI adaptatif

Bollinger et al 2003; 10.1046/j.1365-2567.2003.01700.x

(19)

 Host nutrition  Host nutrition  Production of VFA, proteins and vitamins  Production of VFA, proteins and vitamins  Nutriments : • Fibres • Proteins • Mucus  Nutriments : • Fibres • Proteins • Mucus Polysaccharides Hydrolytic species Saccharides- Oligosaccharides Acetate Methanogens Intermediary metabolites Acetogens CO₂ H₂ Propionate Butyrate SO₄ -Hydrogenotrophic species Hydrolytic species Glycolytic species Sulfate-reducing Acetate H₂S CH₄ 10

Symbiose et rôles physiologiques : production de métabolites

McNeil NI. The contribution of the large intestine to energy supplies in man.Am J Clin Nutr 1984 ; 39 : 338-42.

(20)

1) Source d’énergie (Butyrate) 2) Augmente AMP

3) Module la production des cytokines (IL-18 reparation et intégrité)

4-6) Regule la differentiation, recrutement et l’activation des cellules immunitaires: including neutrophil (4), DCs (5), macrophages (6) and T lymphocytes (7).

Corrêa-Oliveira et al, 2016 doi: 10.1038/cti.2016.17 Transport passif au travers de canaux non inoique MCT1 (monocarboxylate transporter-1)

(21)

http://www.microbiote-intestinal.fr/fonctions-du-microbiote

Symbiose et rôles physiologiques :  rôle barrière

• Production de métabolites

Acétate

Propionnate

Butyrate

Qui

Toutes les bactéries

Bacteroidetes A. muciniphila Firmicutes Eubacterium rectale, E. hallii Rôle Source énergie, Renouvellement cellulaire Barriere (jonction et mucine) anti inflammatoire

anti cancereux

Dans le foie lipogenic Pris en charge par le foie Dans le foie activation neoglucogenese

(22)

• Répertoire secondaire d’anticorps

Isolated lymphoid cells

Vermiform appendix Caecum Colon Ileum Sacculus rotondus Peyer’s patches

Foie fetal, moëlle osseuse

(Rhee et al., 2004; Hanson et Lanning 2008)

2 4 6 8 10 -2 12 semaines Répertoire neonatal 0 Très faible diversité Microbiote Microbiote Répertoire diversifié Sevrage

Répertoire primaireGALT

Stimulation Ag exogène

Réponse immunitaire spécifique

Répertoire très diversifié

Organes lymphoïdes 2nd Répertoire secondaire

(Fortun-Lamothe et Boullier, 2007)

(23)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI

• Education du SI inné in utero par le microbiote de la mère

Illustration Pends et Hooper 2016 Nature doi:10.1038/nature17895

group 3 innate lymphoid cells (ILC3) intestinal mononuclear cells (iMNC) antimicrobial protein (AMP) RegIIIγ

La colonisation transitoire de la mère par Ecoli pendant 1 semaine permet la production d’anticorps spécifiques qui vont augmenter le nombre de cellules responsables de la réponse innée non spécifique chez le nouveau né

(24)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI

• Education du SI et maladie auto-immune

« The hygiene hypothesis »

Le défaut de stimulation ou d’exposition aux agents pathogènes et aux microorganismes

symbiotiques (microbiote intestinal) ou

l’utilisation fréquente d’antibiotique chez le jeune enfant augmente la susceptibilité des patients à développer des troubles allergiques et des maladies auto-immunes

 lié à une altération de la mise en place du système immunitaire en

relation avec des modifications de la composition du microbiote (Okada et

al., 2010).

(25)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI  allergie

(Morin et al. 2012)

Réponse allergique de souris GF ou conventionnelles après sensibilisation à la beta-lactoglobuline

(26)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI

• Education du SI et maladie auto-immune :

Finlande Estonie vs Russie

Vatanen et al 2016 Cell; http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.007

Maladie auto immune T1D : diabète de type I

(27)

Symbiose et rôles physiologiques : éducation et stimulation du SI

• Education du SI et maladie auto-immune

Vatanen et al 2016 Cell; http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.007

 Altération de la composition du microbiote (Bacteroides)

 La réaction pro-inflammatoire (liée au LPS E. Coli) est inhibée

(28)

Symbiose et rôles physiologiques : dialogue

 Récepteur de reconnaissance de pattern moléculaire PRRs (

pattern-recognition receptor)

• TLRs (toll like receptor)

• NLRs (nucleotide-binding oligomerization like receptor) NOD1& NOD2 • RIG-I-like receptors,

• C-type lectin receptors, • Etc…

• Assure l’équilibre entre la tolérance des micro-organismes commensaux et l’immunité contre les pathogènes

• Intervient également comme médiateur de tous les effets physiologiques du microbiote sur l’hôte

Host

Microbiota SI inné

Dialogue SI inné  Microbiote

(29)

Symbiose et rôles physiologiques : dialogue

 PRRs des cellules de l’hôte se lient avec des PAMPs (Pathogen asociated molecular pattern)

Host

Microbiota SI inné

Dialogue SI inné  Microbiote Comment ?

(30)

Peterson et Artis Nature Reviews Immunology (2014) doi:10.1038/nri3608

1. Reconnaissance

2. Recrutement de molécules signales 3. Activation de facteur de transcription 4. Sécrétion de cytokine (IL-18 et IL-1b)

b. Fonction barrière

• augmentation de la sécrétion de mucus • production de peptides antimicrobiens (AMP)

c. Réponse immunorégulatrice médiée par • proliferation-inducing ligand (APRIL), • B cell-activating factor (BAFF),

• IL-25, retinoic acid,

• transforming growth factor-β (TGFβ) • thymic stromal lymphopoietin (TSLP)

1 1 2 2 3 3 b b a a

a. Stimulation des mécanismes de réparation

• trefoil factor 3 (TFF3) • heat-shock proteins

• epidermal growth factor receptor (EGFR) ligand expression

c

Dialogue SI inné  Microbiote Comment ?

(31)

Symbiose et rôles physiologiques : Dialogue Crohn

Maladie de Crohn : Maladie inflammatoire qui résulte d’interactions inadéquates

hôte - microbiote

Host

Microbiota

SI inné • Altération du microbiote  diminution de sa _diversité

• Altération du dialogue avec SI

Les moyens de lutte :

• Antibiothérapie

• Suppression de la réponse immunitaire • Ablation

(32)

• Mutation génétique : NOD2 (nucleotide-binding oligomerization domain-containing 2) • Récepteur du SI intra cellulaire des cellules épithéliales

• Liaison avec des composants du peptidoglycan des parois bactériennes  dipeptide muramyl (MDP)

Symbiose et rôles physiologiques : Dialogue Crohn et IBD

Le défaut de stabilité de NOD2 entraine une

prolifération bactérienne non souhaitée

Le défaut de stabilité de NOD2 entraine une

prolifération bactérienne non souhaitée

(33)

Symbiose et rôles physiologiques

Ce qu’il faut retenir….

3. DÉVELOPPEMENT, ÉDUCATION ET STIMULATION DU SYSTÈME IMMUNITAIRE

• RÔLE BARRIÈRE • RÔLE TROPHIQUE

• STIMULATION, ÉDUCATION

• MÉCANISMES IMPLIQUÉS DANS LE DIALOGUE

Cellule de Paneth et peptides anti microbiens

Macrophage, lymphocyte B et T Plaque de Peyer, follicules lymphoïdes; Cellule M, Cellule dendritique

(34)

Les outils pour Contrôler son microbiote pour guérir ou préserver sa

santé

1. PRINCIPE ÉCOLOGIQUE 2. OUTILS • Alimentation • Prébiotiques • Probiotiques • Antibiotiques • La transplantation fécale • La phagothérapie

(35)

Important but gradual shift in the composition Random aquisition Homogeneisation Stability  climax 35d 21d 7d 14d 28d 49d 70d

1. Modifier les espèces pionnières

2. Modifier la succession écologique des espèces 3. Accélérer la maturation

4. Contrôler son fonctionnement

• Introduction d’espèces • Suppression d’espèces • Exclusion compétitive • Modification du biotope

• Action sur le substrat • Action sur l’hôte

Contrôler son microbiote : principes écologiques

(36)

L’environnement immédiat

Nutrition

Quantity and quality of fibres, proteins, lipids…

Prebiotics

Probiotics

Antibiothérapie

Greffe fécale

Phagothérapie

26

Les outils :

Voies d’ingénerie écologique de l’écosystème

digestif

(37)

nursing mother vs the biological mother

Doe 1 Doe 2 3 pups 3 pups 3 pups 3 pups Doe 1 Doe 2 (Abecia et al. 2007)

Immediate environment: milking

mother

Voies d’ingénerie écologique de l’écosystème

digestif

Contrôler son microbiote : environnement immédiat

Microbiota of the fostered pups was closer to the cohabiting pups than that of their own non fostered brother

(38)

• Nutrition

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  Comment ?

 Fibres: quantité et qualité

Microbiota Immunity (Gidenne , 2012) FD : Fibres digestibles Hémicelluloses + Pectines 0.0 10.0 20.0 30.0 40.0 50.0 60.0 70.0 0.0 10.0 20.0 30.0 % Lignocellulose “ADF” R.S.% FD /ADF = 1,6 FD /ADF = 1,5 FD /ADF = 1,2

(39)

Prébiotiques

(oligosaccharides non digestible) Croissance

competition by masking the binding sites of pathogenic bacteria to the mucosa

& Action

Nourrir ses bactéries préférées

Contrôler son microbiote : la nutrition  régime alimentaire :

prébiotiques

« ingrédient alimentaire non digestible qui affecte

positivement l’hôte en stimulant sélectivement la croissance et/ou l’activité d’une ou d’un nombre limité de bactéries intestinales » (Gibson et Roberfroid, 1995).

(40)

Prébiotiques

Origine

Inuline Racines de chicorée, artichaut FOS (fructo-oligosaccharides) Hydrolyse de l’inuline de chicorée_{Synthèse à partir de saccharose} GOS (galacto-oligosaccharides) Synthèse à partir du lactose Lactulose Isomérisation du lactose Oligosaccharides de soja Soja

MOS (Manannes) Levure

Beta glucane Levure, blé

Principaux prébiotiques commercialisés (modifié d’après Fonty et Chaucheyras-Durand, 2007)

Nourrir ses bactéries préférées

Prébiotiques

(41)

PrObiotiques

Fox MJ, et al,2014. BMJ Open. 2015;5(1):e006474 doi:10.1136/bmjopen-2014-006474

J’invite une bactérie “amie”

Contrôler son microbiote : la nutrition  prObiotiques

Micro-organismes vivants, utilisés comme additif alimentaire, capables de moduler les activités du microbiote digestif, dans le but d’améliorer la santé ou les performances de l’hôte. Ils sont constitués d’une ou plusieurs espèces de microorganismes vivants accompagnés ou non des résidus de culture

(42)

Bifidobacterium B. longum B. breve, B.infantis, B. bifidum, B. adolescentis Lactococcus L. cremoris, L. lactis

Streptococcus S. thermophilus Enterococcus E. faecium

Lactobacillus L. rhamnosus, L. acidophilus, L. casei, L. bulgarus, L. gasseri, L. reuterii, L. plantarum, L. sprogenes

Pedicococcus P. acidilactici

Bacillus B. subtilis, B. clausii, B. licheniformis, B. pumilus, B. laterosporus, B. megaterium

Saccharomyces S. cerevisiae, S. cerevisiae subp boulardii

Principales espèces microbiennes utilisées comme probiotique (Fonty et Gouet, 1989)

J’invite une bactérie “amie”

PrObiotiques

(43)

Action:

Production de facteurs antimicrobiens (bacteriocin), metabolites ou enzymes

Fouad M. F. Elshaghabee Front Microbiol. 2017; 8: 1490.

(44)

32

Bactérie OGM pour la synthèse in situ de protéines

Lactococcus lactis

+

Elafin

Gut protection and decrease of inflammatory symptoms

(Motta et al. 2012 )

J’invite une bactérie “amie”

PrObiotiques

(45)

Nombre d’articles traitant de transplantation fécale

La proximité génétique ou environnemental n’a pas d’incidence sur le succès

Contrôler son microbiote : déforestation - reforestation

La transplantation fécale

95% de réussite contre Clostridium difficile

(46)

Contrôler son microbiote : déforestation - reforestation

La transplantation fécale

Transposition moderne d’un remède ancestral chinois :

Au IVe_{siècle, l’alchimiste Ge Hong}

administrait des suspensions fécales humaines pour traiter des diarrhées sévères.

La « soupe dorée » figure toujours dans l’arsenal thérapeutique traditionnel chinois.

En savoir plus sur http://www.lemonde.fr/sante/article/2015/07/14/nos-bacteries-intestinales-medicaments-de-demain_4682189_1651302.html#32giWQEDdQjipmUM.99

(47)

Contrôler son microbiote : antibiothérapie et ARG

Antibiothérapie  peu spécifique et dégats

colatéreaux

Diminue la richesse spécifique

Modifie l’abondance relative des espèces Des modifications qui perdurent à long terme

• C: control • E: exposition précoce • M6-12-24: macrolides 6-12-24 derniers mois • P6-12-24: penicilline 6-12-24 derniers mois

Korpela et al. 2016 nature communication doi:10.1038/ncomms10410 Enfant de 5 ans

(48)

Contrôler son microbiote : antibiothérapie et ARG

Antibiothérapie  peu spécifique et dégats

colatéreaux

(49)

Les bacteriophages : Sniper

Attaque ciblée des bactériophages

Lyse

(50)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage

1. POUR QUI :

• Stratégies digestives et les fermenteurs

• Caecotrophie, coprophagie  illustration lapin

2. POURQUOI ?

• Robustesse au sevrage

• Résistance à la colonisation exemple salmonella

3. COMMENT ?

• Nutrition : fibres, (lipides, prébiotique, probiotique) • Vaccination

• Broilact

(51)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  pour qui ?

• Stratégies digestives et fermenteurs

Bouche Oesophage Estomac Intestin Anus FERMENTEUR

(52)

Stratégie digestive herbivore

- Rétention de particules dans le rumen - Fermentation

- Evacuation de particules de faibles tailles vers les segments postérieurs - Digestion enzymatique

- _{Digestion enzymatique des aliments} segments proximaux

- _{Fermentation dans le caecum et le colon} - _{Rétention des particules fines}

- _{Rejet rapide des particules grossières} (crottes dures)

consomme une grande variété d’aliments (graine, aux plantes herbacées voire

ligneuses)

(53)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  pour qui ?

• Stratégies digestives et fermenteurs

Omnivores

rat porc homme

Position des fermenteurs postérieure Herbivores _Lapin Cheval Ruminant antérieure Caractéristique symbiotique postérieure coopération Modèle compétition – coopération Modèle compétition – coopération

(54)

29

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  pour qui ?

Coprophagie

Young pandas, koalas, elephants, and hippos,

Pour recycler

(55)

Caecotrophie

® Pas besoin d’apports de vit B et C

Caecum

Estomac Intestin grêle Côlon proximal Côlon distal Faeces dures rejet de ± 40 g MS/j Ingéré = aliment (130 g/j) Caecotrophes ± 25 g MS/j

Recyclage de protéines bactériennes

caecotrophes

crottes

(56)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage

1. POUR QUI :

2. POURQUOI ?

3. COMMENT ?

• Broilact

(57)

• Limiter le transfert de gènes de résistance aux antibiotiques

•Limiter la production de méthane •Améliorer l’ efficacité digestive

•Faciliter la transition du sevrage • Améliorer la résistance à

la colonisation par les pathogènes (exemple salmonella) •Améliorer la qualité du lait et de la viande • Améliorer le bien-être

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage :

Pour qui pourquoi ?

• Alternative au gavage

(58)



during nursing, the doe leaves some faecal pellets in the nest

that are eaten by the pups

(Moncomble et al., 2004; Kovacs et al .2006)

Coprophagie

29 (Combes et al., 2014). 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 ab ab a ab abc bcd bcd bcd cd de e e e e e e e e e 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Days N o o f f a e ce s e xc re te

d Excretion of fecal pellet in

the nest from d1 to d12

Excretion of fecal pellet in the nest from d1 to d12

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  pourquoi ?

(59)

# feces intake _{10 c} -Live weight at 35 days (g)

Mortality 2-70 days (%) _15.5_a_b _{22.8 a} 837 b 858 ab No Feces Control 36 a 9.3 b 891 a Feces supply (Combes et al., 2014)

Potential ways to engineer the rabbit

digestive ecosystem

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  pourquoi ?

• Robustesse au sevrage

(60)

Groups FF NF FM 49 80 14 80 80 14 35 49 49 14 35 35 80 ₁₄ 35 49 49 80 14 49 35 ₃₅ 80 14 49 80 14 35 35 49 80 PC1 (35.5%) P C 2 ( 8 .1 % ) Bacteroidaceae Enterobacteriaceae Ruminococcaceae Groups FF NF FM 49 80 80 35 49 80 80 14 49 35 49 49 14 14 35 49 14 14 35 35 49 80 14 14 35 35 35 4980 80 80 14 PC1 (35.5%) P C 2 ( 8 .1 % ) Bacteroidaceae Enterobacteriaceae Ruminococcaceae Suppression du comportement coprophage Stimulation du comportement coprophage 80_j 49 j 35 j 14j

• Does this behaviour contribute to mother microbiota transmission ?

Immediate environment:

coprophagia

• Robustesse au sevrage

(61)

(Sur)utilisation d’antibiotiques (Sur)utilisation d’antibiotiques Commensaux résistants Commensaux résistants Pathogènes résistants Pathogènes résistants

• Diffusion de gènes d’antibiorésistance des bactéries intestinales des animaux d’élevage vers l’homme

• Les ARGs diffusent de la mère au jeune.

Commensaux résistants Commensaux résistants Pathogènes résistants Pathogènes résistants • la (sur) utilisation d’antibiotique en élevage favorise l’occurrence de bactéries résistantes. • Persistance des bactéries résistantes

Objectif : limiter la transmission entre la mère et

le jeune



Pour limiter le transfert des ARG

(62)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  pourquoi ?

Stecher 2007 Plos Biology

(63)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage

1. POUR QUI :

2. POURQUOI ?

3. COMMENT ?

• Broilact

(64)

• Nutrition

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  Comment ?

 Fibres: quantité et qualité

Microbiota Immunity (Gidenne , 2012) FD : Fibres digestibles Hémicelluloses + Pectines 0.0 10.0 20.0 30.0 40.0 50.0 60.0 70.0 0.0 10.0 20.0 30.0 % Lignocellulose “ADF” R.S.% FD /ADF = 1,6 FD /ADF = 1,5 FD /ADF = 1,2

(65)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  Comment?

(66)

• Phagothérapie

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  Comment ?

doi: 10.3389/fmicb.2017.00957 Phage Control Ss traitement ciprofloxacin Phage

(67)

Contrôler le microbiote des animaux d’élevage  Comment ?

Exclusion compétitive

Aviguard®_{is a natural, live intestinal microflora}

derived from SPF chickens and manufactured by fermentation. The preparation is intended to establish, to maintain or to restore a

balanced and normal gut flora. Aviguard®_{is a}

(68)

Exclusion compétitive

A B C A B C A B C p<0.05 100% 80% 60% 40% 20% 0 Tetracycline resistant Enterobacteria (Achard et al., 2016) Early Orientation of microbiota

(69)

Probiotiques (Lactobacillus, Levures) Phagothérapie Prébiotiques (Oligosaccharides issus du blé, de la chicoré, des parois de levure etc… )