Etude de la sensibilité aux antibiotiques
Caractérisation phénotypique et moléculaire d’isolats urinaires de
Pseudomonas aeruginosa
Cottalorda A
1
, Dahyot S
1,2
, Lebeurre J
1
, Soares A
1,2
, Réveillon M
2
, Croustillères F
2
, Jumas-Bilak E
3
, Pestel-Caron M
1,2
1
GRAM EA2656, Normandie Univ, UNIROUEN, Rouen ;
2
Laboratoire de Bactériologie, CHU de Rouen;
3
Laboratoire d’Hygiène Hospitalière, CHU de Montpellier - Equipe « Pathogènes
Hydriques Santé Environnement », UMR 5569 Hydrosciences, Université de Montpellier
Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste responsable d’infections
urinaires (IU) souvent associées aux soins. Beaucoup d’études décrivent la diversité
des souches infectant l’arbre respiratoire des patients mucoviscidosiques mais peu
concernent les souches urinaires. Dans ce contexte, notre étude vise à décrire la
diversité phénotypique et moléculaire de souches responsables de colonisation (C) ou
d’IU et à étudier la diversité entre les isolats d’un même prélèvement.
Ce travail a été réalisé sur 2 à 5 colonies (appelées isolats) de P. aeruginosa isolées en
culture pure à partir d’Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU) adressés au
Centre Hospitalo-Universitaire de Rouen. Une étude de la sensibilité aux antibiotiques
par méthode des disques selon les recommandations du CA-SFM 2017 et un typage
par MultiLocus Sequence Typing (MLST) ont été entrepris pour 102 isolats collectés
lors de 33 ECBU chez 27 patients (17 épisodes d’IU et 16 de C).
78% des isolats étaient Non-MultiDrug Resistant (MDR) (résistants à moins de 3 familles
d’antibiotiques), 15% étaient
MDR
(résistants à au moins 3 familles d’antibiotiques) et
Introduction
Matériels et Méthodes
Résultats
P-099
d’antibiotiques), 15% étaient
MDR
(résistants à au moins 3 familles d’antibiotiques) et
7% Extensively Drug Resistant (
XDR
) (résistants à au moins 6 familles d’antibiotiques).
Les phénotypes de résistance des isolats issus d’un même ECBU différaient chez 5
patients.
Profil de sensibilité aux antibiotiques des 102 isolats urinaires de P. aeruginosa
Phénotypes de sensibilité aux antibiotiques des 102 isolats de P. aeruginosa, collectés chez 27 patients
S : isolat sensible à l’antibiotique testé ; I : sensibilité intermédiaire ; R : isolat résistant à l’antibiotique
Génotypage par MLST
Parallèlement, le typage par MLST a identifié 24 Sequence Types (ST) dont 3 retrouvés chez
plusieurs patients (ST253, ST235 et ST309). Seulement 2 des 27 patients possédaient des
isolats de STs différents au sein d’un même ECBU. Comme décrit dans la littérature
[1]
, les
ST235 et ST111, clones épidémiques à haut risque, étaient associés à des contextes
d’antibiorésistance (
MDR
,
XDR
). De plus, les isolats
MDR
/
XDR
semblaient être
majoritairement groupés dans certains STs (dont les ST235 et ST111) alors que la diversité
génétique des isolats Non-MDR semble plus importante. Par ailleurs, aucun ST n’a été
montré spécifiquement associé à un contexte de C ou d’IU, féminine ou masculine, à P.
aeruginosa.
Dendrogramme
Patients
STs
Tableaux cliniques
Profils d’antibio-
résistance
DUM CYR 2-1
DUM CYR 2-2
DUM CYR 2-3
BES MAR 66-2
BES MAR 66-3
BRE PET 23-1
BRE PET 23-2
BRE PET 23-3
BRE PET 65-1
BRE PET 65-3
ROB GEO 22-1
ROB GEO 22-2
ROB GEO 36-1
ROB GEO 36-3
LER GABI 15-1
LER GABI 15-2
LER GABI 15-3
ROB GEO 36-2
DOR ODE 37-1
DOR ODE 37-2
DOR ODE 37-3
DUM SEB 5-1
DUM SEB 5-2
NOT CAT 19-1 GC
NOT CAT 19-1 PC
NOT CAT 19-2 GC
NOT CAT 19-2 PC
NOT CAT 19-3
TAL KAM 34-1
TAL KAM 34-2
TAL KAM 34-3
DUF DOM 64-1
DUF DOM 64-2
DUM SEB 5-11
LAI ROG 29-1
LAI ROG 29-2
LAI ROG 29-3
LAI ROG 8-1
LAI ROG 8-2
LAI ROG 8-3
LAN CLA 54-1
316
316
316
309
309
309
309
309
309
309
446
446
446
446
298
298
298
New-1
389
389
389
253
253
253
253
253
253
253
253
253
253
2406
2406
207
308
308
308
308
308
308
1248
IU
IU
IU
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
IU
IU
Colonisation
Colonisation
IU
IU
IU
Colonisation
IU
IU
IU
IU
IU
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
IU
IU
IU
Colonisation
Colonisation
IU
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
MDR
MDR
MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Cette étude montre une diversité génotypique importante des isolats urinaires de P. aeruginosa. En effet, aucun clone épidémique spécifiquement adapté à l’arbre urinaire n’a été
mis en évidence. Les C et IU semblent majoritairement monoclonales alors que la diversité inter-isolats en termes de sensibilité aux antibiotiques est plus importante. Ces résultats
devront être confirmés par un nombre supérieur de patients et d’isolats par ECBU.
Conclusion
Arbre phylogénétique Minimum Spanning Tree des STs
en fonction des contextes cliniques
Dendrogramme réalisé par UPGMA à partir des profils alléliques de MLST des isolats, corrélés aux
données cliniques et phénotypiques
Sur ces arbres, chaque cercle représente un ST et sa taille est proportionnelle au nombre d’isolats.
Arbre phylogénétique par Minimum Spanning
Tree des STs en fonction des profils de résistance
aux antibiotiques
LAN CLA 54-1
LAN CLA 54-2
LAN CLA 54-3
GOU FLO 30-2 GC
GOU FLO 30-2 PC
GOU FLO 30-3
GOU FLO 44-1
GOU FLO 44-2
GOU FLO 44-3
PAD MAR 63-1
PAD MAR 63-2
LER GABR 20-1
LER GABR 20-2
LER GABR 20-3
EDO DEN 45-1
EDO DEN 45-2
EDO DEN 45-3
MOC CHA 14-1
MOC CHA 14-2
MOC CHA 14-3
LES JOC 16-1
LES JOC 16-2
LES JOC 16-3
LES JOC 17-1
LES JOC 17-2
LES JOC 7-5
LAG DID 48-1
LAG DID 48-3
MIN MIC 52-1
MIN MIC 52-2
FOU GIN 56-1
FOU GIN 56-4
FOU GIN 56-8
ETI JEA 24-1
ETI JEA 24-2
ETI JEA 24-3
LAC MIC 60-1
LAC MIC 60-2
LAC MIC 60-3 GC
LAC MIC 60-3 PC
CAS NAD 13-1
CAS NAD 13-2
CAS NAD 13-3
GUI ROS 32-1
GUI ROS 32-2
GUI ROS 32-3
MYC MAR 26-1
MYC MAR 26-2
MYC MAR 26-3
MYC MAR 38-1
MYC MAR 38-2
MYC MAR 38-3
1248
1248
1248
235
235
235
235
235
235
235
235
252
252
252
244
244
244
381
381
381
17
17
17
17
17
17
27
27
1270
1270
New-2
New-2
New-2
395
395
395
386
386
386
386
111
111
111
2438
2438
2438
258
258
258
258
258
258
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Colonisation
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
Colonisation
Colonisation
Colonisation
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
IU
Colonisation
Colonisation
Colonisation
IU
IU
IU
Colonisation
Colonisation
Colonisation
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
XDR
XDR
XDR
XDR
XDR
XDR
MDR
MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
MDR
MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
MDR
MDR
MDR
MDR
Non -MDR
MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
Non -MDR
