Estimation de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 sur les hospitalisations dues à une infection respiratoire aiguë sévère (IRAS) associée à une infection par le SARS- CoV-2 confirmée en laboratoire
Évaluation à l’aide de la méthodologie du test négatif
Document d’orientation
Version originale publiée en anglais en 2021 par le Bureau régional OMS de l’Europe sous le titre : Estimating COVID-19 vaccine effectiveness against severe acute respiratory infections (SARI)
hospitalisations associated with laboratory-confirmed SARS-CoV-2: an evaluation using the test-negative design: guidance document
(WHO/EURO:2021-2481-42237-59012)
© Organisation mondiale de la Santé 2021. Certains droits réservés. La présente publication est disponible sous la licence CC BY-NC-SA 3.0 IGO.
Table des matières
Remerciements ... iv
Abréviations ... v
Résumé d’orientation ... vi
1. Généralités ... 1
2. Objectifs ... 2
2.1. Objectif principal 2 2.2. Objectifs secondaires 2 3. Méthodes ... 3
3.1. Exploitation des systèmes de surveillance des IRAS existants pour estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 3 3.2. Population concernée par la surveillance des IRAS 3 3.3. Durée de la surveillance pour réaliser une analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-194 3.4. Critères de jugement 4 3.5. Définition des cas d’IRAS 5 3.6. Identification des patients atteints d’une IRAS – algorithme d’inclusion des patients 5 3.7. Méthodes de laboratoire 9 3.8. Antécédents concernant la vaccination 10 3.9. Renseignements complémentaires à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS 11 3.10. Considérations éthiques 13 3.11. Données 13 3.12. Informations à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS (voir l’annexe 1) 13 3.13. Analyse des données 17 4. Limites ... 22
4.1. Biais éventuels 22 4.2. Représentativité des sujets 24 4.3. Mobilisation communautaire 24 5. Annexes ... 25
Annexe 1. Questionnaire pour les patients atteints d’une IRAS 25 Annexe 2. Liste des codes de la CIM-9 et de la CIM-10 pour les pathologies chroniques préexistantes 33 Annexe 3. Liste, définitions et codage des variables ; ensemble de données minimales sur l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 en milieu hospitalier 38 Annexe 4. Groupement des données 50 Annexe 5. Informations supplémentaires pour effectuer une méta-analyse 60 Références bibliographiques ... 61
de l’Europe). Le Bureau régional OMS de l’Europe a mis en place un comité ad hoc d’experts qui a fourni des orientations stratégiques et participé directement à la rédaction du protocole. Le Bureau régional OMS de l’Europe remercie les membres suivants du comité d’experts (par ordre alphabétique) :
1. Nick Andrews, Public Health England, Royaume-Uni ;
2. Melissa Arvay, US Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, États-Unis d’Amérique ;
3. Sabrina Bacci, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm, Suède ; 4. Ed Belongia, Marshfield Clinic, Wisconsin, États-Unis d’Amérique ;
5. Alessandro Cassini, Organisation mondiale de la Santé (Siège), Genève, Suisse ; 6. Ben Cowling, Hong Kong School of Public Health, Hong Kong ;
7. Daniel Feikin, Organisation mondiale de la Santé (Siège), Genève, Suisse ; 8. Wiebke Hellenbrand, Robert Koch Institute, Allemagne ;
9. Kari Johansen, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm, Suède ; 10. Esther Kissling, Epiconcept, Paris, France ;
11. Arnold Monto, University of Michigan School of Public Health, Michigan, États-Unis d’Amérique ; 12. Alain Moren, Epiconcept, Paris, France ;
13. Francisco Nogareda, Organisation panaméricaine de la santé, Washington DC, États-Unis d’Amérique ;
14. Hanna Nohynek, THL, Helsinki, Finlande ;
15. Pasi Penttinen, Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Stockholm, Suède ; 16. Sheena Sullivan, Doherty Institute, Melbourne, Australie ;
17. Marta Valenciano, Epiconcept, Paris, France ;
18. Marc-Alain Widdowson, Institut de médecine tropicale, Anvers, Belgique.
Cette publication a bénéficié du soutien du programme Unity Studies de l’OMS, une initiative mondiale de normalisation séro-épidémiologique.
IRAS infection respiratoire aiguë sévère
OR odds ratio
RT-PCR amplification en chaîne par polymérase en temps réel SARS-CoV-2 coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère
apporter des réponses.
Le présent document d’orientation propose une approche permettant d’exploiter les systèmes de surveillance des infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) existants en vue d’estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 dans la prévention des IRAS associées à une infection par le SARS-CoV-2 confirmée en laboratoire. Cette approche utilise la méthodologie du test négatif pour évaluer l’efficacité des vaccins ; les cas sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’est avérée positive, et les témoins sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’est avérée négative.
Comme dans le cadre de la surveillance des IRAS actuelle, les patients présentant une IRAS hospitalisés dans les établissements sélectionnés pour assurer ce type de surveillance peuvent être recrutés s’ils répondent à la définition des cas d’IRAS de l’OMS. Un échantillon de sécrétions respiratoires doit être prélevé chez ces patients dans les 48 heures suivant leur admission à l’hôpital. Des données sur leurs caractéristiques sociodémographiques, leurs antécédents de pathologies aiguës, leur évolution clinique à l’hôpital et leurs antécédents concernant la vaccination contre la COVID-19 peuvent être également collectées.
Le présent document propose qu’une surveillance renforcée des IRAS soit mise en œuvre pendant un minimum de six mois, mais de préférence sur une période plus longue, afin de permettre l’obtention d’estimations de l’efficacité vaccinale. Les méthodes ici décrites conviennent aussi pour obtenir des estimations de l’efficacité des vaccins contre la grippe. Ce document d’orientation propose également la réalisation d’une analyse de données groupées pour la région OMS/Europe, ce qui suppose que les systèmes de surveillance des IRAS collectent un ensemble minimal de données portant sur des variables similaires.
1. Généralités
Depuis l’émergence, fin 2019, du nouveau coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS- CoV-2), à l’origine de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), la pandémie de COVID-19 est à l’origine de plus de 140 millions de cas et a provoqué trois millions de décès dans le monde (1).
Après la pandémie de grippe à virus A(H1N1)pdm09 en 2009, plusieurs États Membres de l’OMS/Europe ont mis en place une surveillance sentinelle des infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) pour la grippe. Dans ces systèmes de surveillance, des données sur des cas individuels (pour l’ensemble ou un sous-ensemble des patients) sont collectées de manière systématique afin de suivre la sévérité et la charge de la maladie, d’identifier les virus associés à des tableaux cliniques sévères, et de déterminer les facteurs de risque des formes graves de la maladie. Ces systèmes ont également été utilisés comme plateformes pour estimer l’efficacité des vaccins sur les hospitalisations liées à des IRAS associées à la grippe.
L’OMS a conseillé aux pays qui disposent déjà d’un système de surveillance sentinelle de la grippe en milieu hospitalier d’adapter leur système de manière à assurer également une surveillance des cas graves d’infection par le SARS-CoV-2 (2), et de collecter, lorsque cela est possible, des données permettant de mesurer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19. Lorsqu’ils sont effectués dans le cadre d’une surveillance systématique, le dépistage systématique du SARS-CoV-2 et la collecte de données sur les patients hospitalisés atteints d’une IRAS permettent d’évaluer, après leur homologation, l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 à prévenir les formes graves de la maladie.
Les partenaires à qui sont destinés les résultats issus d’un système de surveillance des IRAS capable d’évaluer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 comprennent les ministères de la santé, les praticiens en santé publique, les cliniciens et les organisations internationales œuvrant dans le domaine de la santé publique.
L’évaluation de la performance des vaccins contre la COVID-19 après leur homologation est essentielle, car un certain nombre de facteurs peuvent avoir un impact sur l’efficacité vaccinale dans le monde réel, notamment la présence d’une variabilité dans la chaîne du froid pendant le transport et le stockage des vaccins, le mode d’administration des vaccins, l’âge avancé des personnes vaccinées et la présence de pathologies sous-jacentes, ainsi que la présence d’une infection antérieure par le SARS- CoV-2. En outre, les évaluations des vaccins contre la COVID-19 après leur homologation permettront aux autorités de santé publique a) de déterminer la durée de protection des vaccins et donc la nécessité (et la fréquence) de la revaccination, b) d’estimer le niveau de protection contre les formes graves de la maladie et les décès, c) d’évaluer l’efficacité relative des différents types de vaccins et des doses uniques, et d) d’évaluer l’efficacité des vaccins contre de nouveaux variants émergents de virus.
Ce document d’orientation propose de renforcer la collecte des données réalisée dans le cadre des systèmes existants de surveillance des IRAS. Il explique comment les systèmes existants de surveillance hospitalière des IRAS peuvent être adaptés pour collecter des données permettant d’estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 chez les personnes de tous âges. Il est conçu de manière à être utilisé pour élaborer des protocoles spécifiques à chaque site. Il décrit en détail des méthodes de collecte et d’analyse des données sur les patients vaccinés et non vaccinés élaborées selon la
« méthodologie du test négatif », dans laquelle les cas sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’avère positive, et les témoins sont des patients atteints d’une IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’avère négative.
Le présent document ne fait qu’énoncer des principes généraux ; les directives spécifiques énoncées par chaque pays dans le but d’estimer l’efficacité des vaccins via la surveillance des IRAS dues à la COVID-19 devront être décrites en détail dans des directives ou des protocoles spécifiques à chaque site. Ce document d’orientation doit de préférence être utilisé en complément des systèmes de surveillance sentinelle des IRAS mis en place au niveau national par le ministère de la santé ou par un autre organisme de santé publique. Le travail de surveillance des IRAS pour mesurer l’efficacité des vaccins doit être mené conformément aux directives de l’OMS concernant les questions éthiques dans la surveillance de la santé publique (3). Des autorisations ou des dérogations formelles doivent être obtenues auprès du comité d’éthique de la même manière que pour les systèmes de surveillance des IRAS existants. Les procédures de surveillance doivent protéger les intérêts des patients et minimiser les risques et les effets délétères prévisibles pour les patients.
2. Objectifs
2.1. Objectif principal
L’objectif principal est de mesurer l’efficacité globale des vaccins contre la COVID-19 sur l’infection par le SARS-CoV-2 confirmée en laboratoire chez les patients hospitalisés atteints d’une IRAS et appartenant au(x) groupe(s) cible(s) pour la vaccination contre la COVID-19.
Les protocoles ou les lignes directrices spécifiques à chaque site doivent inclure une description des types de patients atteints de COVID-19 qui sont hospitalisés de manière systématique, conformément aux directives locales ou nationales du ministère de la santé ou à la politique de l’hôpital.
2.2. Objectifs secondaires
• Estimer l’efficacité globale et spécifique de chaque vaccin contre la COVID-19 sur les infections par le SARS-CoV-2 confirmées en laboratoire nécessitant une hospitalisation chez les patients atteints d’une IRAS dans les différents groupes cibles pour la vaccination contre la COVID-19 en fonction des éléments suivants :
o Tranche d’âge ; o Sexe ;
o Groupes à risque (par exemple, pathologies chroniques spécifiques) ; o Temps écoulé depuis la vaccination ;
o Nombre de doses de vaccin reçues (1 ou 2) ;
o Certains variants génétiques particuliers du SARS-CoV-2.
• Estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 vis-à-vis de critères de jugements correspondant à des états graves (par exemple, les admissions dans une unité de soins intensifs ou la mortalité à l’hôpital).
• Comparer l’efficacité de différents types de vaccins contre la COVID-19.
• Identifier les facteurs potentiels qui peuvent modifier l’efficacité des vaccins contre la COVID-19, notamment les éléments suivants :
o Pathologies chroniques ;
o Résidence dans un établissement de soins de longue durée ;
o Traitement par des statines ou d’autres médicaments au long cours ; o Degré d’exposition professionnelle ou communautaire au SARS-CoV-2 ; o Infection antérieure par le SARS-CoV-2.
• Les méthodes décrites dans ce document peuvent également être utilisées pour estimer l’efficacité du vaccin contre la grippe.
3. Méthodes
3.1. Exploitation des systèmes de surveillance des IRAS existants pour estimer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19
• L’analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 est basée sur les informations recueillies par les systèmes de surveillance des IRAS existants. Elle se fait sur la base d’une étude cas-témoins avec/par test négatif, une méthodologie utilisée depuis 10 ans pour estimer l’efficacité annuelle des vaccins contre la grippe. Le principe est d’évaluer les résultats des tests de recherche du SARS-CoV-2 chez les personnes qui répondent à la définition standard des cas d’IRAS, et de classer les personnes chez qui la recherche du SARS-CoV-2 s’avère positive dans la catégorie des « cas » et celles chez qui cette recherche s’avère négative dans la catégorie des « témoins ».
3.2. Population concernée par la surveillance des IRAS
• La population concernée par la surveillance sera composée de personnes de tous âges hospitalisées avec des symptômes d’IRAS dans un hôpital faisant partie du réseau de surveillance des IRAS. Cette population a été ciblée en raison de l’intérêt qu’il y a à mieux connaître l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 pour la prévention des formes graves de cette maladie, ainsi qu’en raison de l’intérêt et de la commodité qu’il y a à tirer parti des systèmes existants de surveillance des IRAS pour obtenir des estimations de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19.
• L’analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 ne doit inclure que des patients atteints d’une IRAS qui appartiennent au(x) groupe(s) cible(s) du pays pour la vaccination contre la COVID et qui ne présentent aucune contre-indication à cette vaccination.
3.3. Durée de la surveillance pour réaliser une analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19
La période de surveillance pertinente commence lorsque les vaccins contre la COVID-19 sont disponibles dans le pays. Elle doit se poursuivre jusqu’à ce que les niveaux de transmission diminuent pour atteindre un niveau faible pendant une période prolongée.
Compte tenu de l’évolution constante de la situation relative à la COVID-19 (tant au niveau mondial que local) et du caractère imprévisible de l’intensité de la transmission au moment où les vaccins deviendront disponibles en 2021, il est recommandé de prévoir une période de surveillance d’au moins six mois, même si cette période devrait dans l’idéal être plus longue.
3.4. Critères de jugement
Le critère de jugement d’intérêt pour l’analyse primaire sera la détection du SARS-CoV-2 chez les patients de tous âges hospitalisés avec des symptômes d’IRAS. L’infection par le SARS-CoV-2 doit être confirmée en laboratoire par un test PCR attesté réalisé soit dans les 48 heures suivant l’admission à l’hôpital, soit dans les 14 jours précédant cette admission.
Les critères de jugement secondaires comprennent la présence ou non de variants génétiques du SARS-CoV-2 chez les patients de tous âges hospitalisés atteints d’une IRAS. La possibilité d’évaluer ce type de critère dépendra sans doute de la capacité à réaliser un séquençage génétique.
Les autres critères de jugement comprennent les marqueurs suivants de la gravité de la maladie au cours de l’hospitalisation :
• Durée de l’hospitalisation ;
• Utilisation d’une supplémentation en oxygène ;
• Admission dans une unité de soins intensifs ;
• Ventilation artificielle ;
• Décès à l’hôpital ;
• Signes cliniques de pneumonie ;
• Accélération grave de la fréquence respiratoire (>30 respirations par minute) ;
• Saturation en oxygène <90 % à l’air ambiant ;
• Détresse respiratoire sévère ;
• Syndrome de détresse respiratoire aiguë ;
• État septique ;
• Choc septique.
3.5. Définition des cas d’IRAS
3.5.1 Définition des cas d’IRAS
Un patient atteint d’une IRAS sera qualifié comme tel selon la définition des cas d’IRAS de l’OMS (4) de la manière suivante :
• Personne hospitalisée atteinte d’une infection respiratoire aiguë, avec
• Des antécédents de fièvre ou une fièvre mesurée ≥38 °C
• Et de la toux
• Avec une apparition des symptômes au cours des 10 derniers jours.
Une durée minimum d’hospitalisation de 24 heures est nécessaire pour considérer qu’une personne est hospitalisée.
3.5.2 Critères d’inclusion
● Répond à la définition des cas d’IRAS ;
● Fait partie d’un groupe cible pour la vaccination contre la COVID-19 à la date d’admission à l’hôpital ;
● Ne présente pas de contre-indications pour la vaccination contre la COVID-19.
3.5.3 Critères d’exclusion
Un patient atteint d’une IRAS ne sera pas recruté dans l’analyse de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 si l’une ou plusieurs des conditions suivantes sont remplies :
● Présente une contre-indication au vaccin contre la COVID-19 ;
● Ne remplit pas les critères pour recevoir un vaccin contre la COVID-19 au moment de son admission à l’hôpital (c’est-à-dire n’appartient pas à un groupe cible pour cette vaccination) ;
● Ne peut pas bénéficier d’un prélèvement par écouvillonnage en raison d’une déviation grave du septum, d’une obstruction ou de toute autre pathologie constituant une contre-indication à la réalisation d’un écouvillonnage ;
● A des antécédents d’hospitalisation au cours des 14 jours précédant cette admission à l’hôpital (y compris s’il a été transféré d’un autre hôpital).
3.6. Identification des patients atteints d’une IRAS – algorithme d’inclusion des patients
Les patients atteints d’une IRAS seront identifiés parmi les patients hospitalisés pendant au moins 24 heures dans l’un des hôpitaux participants, conformément aux protocoles nationaux en vigueur applicables à la surveillance sentinelle des IRAS. Les patients qui remplissent les critères d’inclusion doivent être recrutés, et un échantillon de sécrétions respiratoires doit être prélevé dans les 48 heures suivant leur admission à l’hôpital.
3.6.1 Stratégies de recrutement
Les stratégies de recrutement doivent suivre les stratégies en vigueur pour la surveillance des IRAS.
Dans une première approche, les membres de l’équipe de surveillance, qui peuvent être des médecins, des infirmiers ou d’autres professionnels de la santé, peuvent inviter les patients à participer à la surveillance. Comme dans le cas de la surveillance systématique des IRAS, il faut indiquer clairement aux patients quels aspects de la collecte de données sont liés à la surveillance et quels aspects sont liés à leur prise en charge clinique à l’hôpital.
Pour les systèmes de surveillance des IRAS qui utilisent les dossiers électroniques des patients où les codes du système de la Classification internationale des maladies (CIM) sont utilisés de manière systématique, les patients susceptibles d’être atteints d’une IRAS peuvent être identifiés pour une sélection plus approfondie en utilisant les codes CIM pertinents (Tableau 1), (Figure 1).
Toute information concernant un patient provenant du dossier médical d’un hôpital, d’un registre de vaccination ou d’une autre source doit être collectée conformément aux procédures décrites et approuvées dans le protocole validé, ou bénéficier d’une dérogation accordée par le comité local d’examen éthique, conformément aux lignes directrices de l’OMS sur les questions éthiques relatives à la surveillance de la santé publique.
Dans les hôpitaux où les codes CIM ne sont pas collectés ou accessibles de manière systématique au moment de l’admission, une sélection peut être réalisée de manière systématique chez tous les patients admis (Figure 1).
Figure 1. Algorithme de sélection des patients atteints d’une IRAS
Patients hospitalisés
Patients hospitalisés remplissant les critères pour être recrutés
Patients inclus dans l’évaluation de l’efficacité des vaccins sur les IRAS Vérifier si le patient répond à la définition des cas
d’IRAS et remplit les critères d’inclusion/exclusion
Consentement
Tableau 1. Liste des codes de diagnostic pouvant déclencher un dépistage des symptômes d’IRAS chez les patients conformément à la définition des cas
Catégorie Morbidité CIM-9 CIM-10
Syndrome grippal
Toux 786.2 R05
Difficulté à respirer 786.05 R06
Maux de gorge 784.1 R07.0
Dysphagie 787.20 R13
Fièvre 780.6 R50.9
Céphalées 784.0 R51
Myalgie 729.1 M79.1
Fatigue/malaise 780.79 R53.1, R53.81,
R53.83
Troubles respiratoires
Emphysème 492 J43.9
Bronchopneumopathie chronique
obstructive 496 J44.9
Asthme 493 J45 (en)
Myalgie 729.1 M79.1
Dyspnée/anomalie respiratoire 786.0 R06.0
Anomalie respiratoire 786.00 R06.9
Essoufflement 786.05 R06.02
Tachypnée 786.06 R06.82
Autres anomalies respiratoires 786.09 R06.00, R06.09, R06.3, R06.89 Troubles
cardiovasculaires
Infarctus aigu du myocarde ou
cardiopathie ischémique aiguë 410-411, 413-414 I20-23, I24-25
Insuffisance cardiaque 428 à 429.0 I50, I51
Infections
Pneumonies et grippe 480-488.1 J09-J18
Autres infections aiguës des voies
respiratoires inférieures 466, 519.8 J20-J22
Infection virale, sans précision 790.8 B34.9
Infection bactérienne, sans précision 041.9 A49.9
Myocardite 429.0 I40.9
Bronchite 490, 491 J40, 41
Inflammation
SRIS* non infectieux sans
dysfonctionnement aigu d’un organe 995.93 R65.10
SRIS* non infectieux avec
dysfonctionnement aigu d’un organe 995.94 R65.11
Autres Anosmie, agueusie, myalgie 781.1, 729.1 R43.0, R43.2,
M79.1
*SRIS : syndrome de réponse inflammatoire systémique
Conformément aux procédures locales de surveillance sentinelle des IRAS, les patients répondant à la définition des cas d’IRAS seront invités à donner leur consentement pour participer à la surveillance des IRAS, dans le respect des dispositions éthiques locales en matière de consentement éclairé. Un échantillon nasal, nasopharyngé et/ou de gorge, ou un autre type d’échantillon (par exemple, de la salive) doit être prélevé chez tout patient qui répond à la définition de cas des IRAS afin d’effectuer un test de recherche du SARS-CoV-2. Dans les hôpitaux participant à la surveillance des IRAS, des échantillons de sécrétions respiratoires sont parfois collectés de manière systématique et testés pour rechercher la présence du SARS-CoV-2 chez tous les patients hospitalisés présentant des symptômes respiratoires ; il ne sera alors pas nécessaire de collecter d’échantillons supplémentaires.
Lorsque les ressources sont limitées, l’identification des patients atteints d’IRAS peut se faire uniquement certains jours de la semaine (par exemple, avec un recrutement des patients un jour sur deux, ou seulement deux jours par semaine). Les approches spécifiques à adopter pour le recrutement de patients atteints d’IRAS doivent être préparées à l’avance et dûment consignées. Le recours à un échantillonnage de commodité n’est pas recommandé, car celui-ci peut introduire des biais.
En fonction des objectifs du système de surveillance mis en place, des informations concernant des symptômes supplémentaires peuvent être également collectées chez ces patients. L’évaluation peut inclure les symptômes figurant dans la dernière définition des cas de COVID-19 de l’OMS (5).
3.7. Méthodes de laboratoire
Comme dans le cas des systèmes de surveillance systématique des IRAS, le personnel de santé formé doit prélever des échantillons de sécrétions respiratoires chez tous les patients remplissant les critères, en respectant les normes de sécurité relatives à la COVID-19 et en suivant les lignes directrices de l’OMS en matière de sécurité biologique (6).
Une recherche du SARS-CoV-2 par RT-PCR doit être effectuée sur chaque échantillon.
Selon les directives et les capacités en matière de tests au niveau national, un séquençage génétique doit être effectué sur un échantillon systématique des prélèvements qui s’avèrent positifs au test PCR.
Si un séquençage n’est réalisé que sur un sous-groupe de cet échantillon, il convient de veiller à ce que celui-ci soit représentatif des cas d’IRAS inclus dans la surveillance (7).
Lorsqu’un séquençage est effectué, les séquences génétiques doivent également être téléchargées sur la plateforme EpiCoV de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) disponible en libre accès. Certaines des informations génétiques analysées, comme le nom du clade génétique et la
provenance des échantillons (dans le cadre de la surveillance sentinelle ou hors surveillance sentinelle), peuvent également être incluses dans la base de données épidémiologiques.
La collecte et le stockage des substances biologiques et des données connexes doivent se faire uniquement en collaboration avec les hôpitaux et les autorités sanitaires, sur la base des procédures actuelles des systèmes de surveillance des IRAS.
La plupart des prélèvements d’échantillons de sécrétions respiratoires effectués à des fins de surveillance des IRAS dans le but d’étayer les estimations de l’efficacité des vaccins seront pratiqués dans le cadre des activités cliniques habituelles. On expliquera aux participants que la prise en charge de ces échantillons se fera en conformité avec les politiques de l’hôpital en matière de gestion des échantillons cliniques. Lorsque les échantillons de sécrétions respiratoires sont collectés à des fins de surveillance et non à des fins cliniques, on expliquera de manière systématique au participant la façon dont ces échantillons seront pris en charge ; les politiques doivent être conformes aux protocoles existants pour la prise en charge des échantillons collectés dans le cadre de la surveillance des IRAS.
Les résultats des tests de recherche du SARS-CoV-2 par PCR doivent être communiqués aux participants dès qu’ils sont disponibles. La surveillance étant effectuée au sein même de l’hôpital, la diffusion des résultats doit se faire conformément à la politique de chaque établissement.
3.8. Antécédents concernant la vaccination
3.8.1 Détermination du statut vaccinal vis-à-vis de la COVID-19
Pour chaque patient atteint d’une IRAS, il convient d’enregistrer les dates d’administration du vaccin contre la COVID-19, le type et le nom de la marque du vaccin utilisé, ainsi que le code de lot pour chaque dose de vaccin administrée. La source des renseignements obtenus sur les antécédents de vaccination doit également être consignée.
Peuvent constituer une source d’informations sur le statut vaccinal vis-à-vis de la COVID-19 et la date de vaccination :
• Les registres de vaccination (option privilégiée) ;
• La carte de vaccination ou le dossier hospitalier du patient ;
• Un entretien avec le médecin généraliste du patient ;
• Un entretien avec le personnel de la structure ayant administré le vaccin ;
• Des données provenant de la compagnie d’assurance du patient attestant de la délivrance ou du remboursement du vaccin contre la COVID-19.
Pour obtenir des informations sur le statut vaccinal et sur les caractéristiques des vaccins utilisés, il est déconseillé de n’avoir comme seule source que la déclaration du patient.
3.9. Renseignements complémentaires à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS
3.9.1 Pathologies chroniques préexistantes
Il convient de recueillir des informations sur les pathologies sous-jacentes qui constituent des facteurs de risque de survenue d’une forme grave de COVID-19 (voir le Tableau 2 ci-dessous).
Tableau 2. Liste des pathologies sous-jacentes ayant été identifiées comme facteurs de risque de survenue d’une forme grave de COVID-19
Pathologies chroniques Cancer*
Cardiopathie chronique, à l’exception de l’hypertension*
Hypertension
Maladie rénale chronique*
Maladie hépatique chronique*
Maladie respiratoire chronique*
Asthme Diabète*
Immunodépression, y compris celle due à la greffe d’un organe solide*
Maladie neurologique, y compris les maladies cérébrovasculaires*
Obésité*
Maladie rhumatologique
Anémie ou autre anomalie sanguine Tuberculose
*Pathologies à risque décrites comme faisant partie des groupes prioritaires pour la vaccination par le Groupe consultatif technique européen d’experts en matière de vaccination (en anglais European Technical Advisory Group of Experts on Immunization, soit ETAGE) de l’OMS lors de sa réunion virtuelle des 11 et 12 novembre 2020 (8).
3.9.2 Identification des agents de santé
Il convient de déterminer si les patients atteints d’une IRAS sont ou non des agents de santé. Les agents de santé peuvent être définis selon les indications contenues dans les documents d’orientation publiés par l’OMS (9) ou selon les directives nationales utilisées pour définir les agents de santé remplissant les conditions requises pour faire partie de la population cible pouvant bénéficier d’une vaccination contre la COVID-19.
Étant donné qu’il a été démontré que les travailleurs essentiels et les agents de première ligne présentent un risque accru de développer une forme grave de COVID-19, il convient de déterminer si le patient est un travailleur essentiel.
3.9.3 Mode d’hébergement (établissement de soins de longue durée ou au domicile) Il convient de recueillir des informations sur le mode d’hébergement, car il a été démontré que les résidents des établissements de soins de longue durée présentent un risque plus élevé de contracter une forme grave de COVID-19. Ces populations ont donc été classées comme prioritaires pour bénéficier de la vaccination.
3.9.4 Hospitalisations et visites ambulatoires au cours de l’année précédant l’hospitalisation
Afin de connaître le comportement du patient en matière de recours aux soins ainsi que la sévérité des pathologies sous-jacentes et de prendre en compte ces informations lors de l’analyse, il convient de recueillir des informations sur le nombre d’hospitalisations au cours des 12 mois précédant l’admission à l’hôpital.
3.9.5 Infections antérieures par le SARS-CoV-2
Étant donné qu’une infection antérieure par le SARS-CoV-2 est associée à une immunité contre les infections ultérieures, il convient de recueillir des informations sur les infections antérieures par le SARS-CoV-2. Les diagnostics antérieurs d’infections par le SARS-CoV-2 liés à la maladie actuelle et les diagnostics d’infections par le SARS-CoV-2 antérieurs à l’épisode actuel doivent être enregistrés.
3.9.6 Vaccinations contre la grippe et vaccinations antipneumococciques antérieures Il convient de recueillir, lorsqu’elles sont disponibles, des informations sur les vaccins reçus contre la grippe et les maladies pneumococciques (vaccin polysaccharidique contre le pneumocoque et vaccin conjugué contre le pneumocoque), dates de vaccination y comprises.
3.9.7 Déficience fonctionnelle/fragilité
L’existence d’une fragilité peut être associée à la fois à la vaccination et au risque de développer des symptômes graves en cas d’infection par le virus responsable de la COVID-19. Il existe différentes façons de rendre compte de la présence d’une déficience fonctionnelle. Lorsque cela est possible, il est recommandé d’utiliser l’indice de Barthel (10).
3.9.8 Appartenance ethnique (facultatif)
D’après certaines études, certains groupes ethniques seraient plus à risque, soit d’être infectés par le virus responsable de la COVID-19, soit de développer une forme grave de cette maladie. Des informations sur le groupe ethnique, pertinentes dans le contexte du système de surveillance, peuvent également être recueillies auprès des patients atteints d’une IRAS.
3.9.9 Prise de médicaments pour le traitement d’une ou de plusieurs pathologie(s) chronique(s) (facultatif)
Des informations sur les médicaments (nom, quantité et fréquence des prises) administrés au patient au cours des trois derniers mois pour le traitement de pathologies chroniques doivent être consignées.
3.9.10 Comportement en rapport avec la santé publique et les mesures sociales (facultatif) Une observance insuffisante des mesures de santé publique et des mesures sociales (comme la distanciation physique, l’évitement des lieux très fréquentés, le port du masque ou les mesures d’hygiène des mains) peut entraîner une augmentation du risque d’infection. Il est possible que les personnes qui n’observent pas de
manière systématique les mesures sociales et de santé publique soient moins susceptibles de se faire vacciner contre la COVID-19. Lorsque cela est possible, il convient de recueillir des informations sur le respect de la distanciation physique, du port du masque et des mesures d’hygiène des mains.
3.9.11 Situation socioéconomique ou dénuement (facultatif)
Il a été démontré que les personnes de faible niveau socio-économique, susceptibles de vivre dans la promiscuité, d’avoir un accès limité à une alimentation de qualité et de présenter davantage de comorbidités, courent un risque plus élevé d’être infectés et de développer une forme grave de la maladie. Elles peuvent également être moins à même d’accéder aux services de vaccination. Lorsque cela est possible, il est donc recommandé de recueillir des informations sur le statut socio-économique des patients atteints d’une IRAS.
3.10. Considérations éthiques
La collecte des données pour l’analyse de l’efficacité vaccinale sera effectuée dans le cadre de la surveillance continue des IRAS, laquelle constitue une pratique de routine de santé publique. Il conviendra toutefois de demander l’approbation du ou des comités d’éthique locaux compétents, ou de solliciter une dérogation.
3.11. Données
3.11.1 Sources des informations
Les données doivent être recueillies à l’aide d’un questionnaire/formulaire de collecte de données standardisé. Elles peuvent être obtenues à partir de la ou des sources suivantes :
• Dossiers médicaux des hôpitaux ;
• Entretien avec le patient ou sa famille ;
• Entretien avec le médecin généraliste du patient ;
• Entretien avec le pharmacien ayant administré le vaccin ;
• Registre de vaccination ;
• Laboratoire.
⮚ Les protocoles locaux doivent décrire les sources d’information utilisées pour chaque variable collectée ainsi que les limites potentielles de ces sources de données.
3.12. Informations à recueillir auprès des patients atteints d’une IRAS (voir l’annexe 1)
Les informations suivantes doivent être recueillies auprès des patients atteints d’une IRAS :
• Informations concernant l’hôpital o Pays, hôpital
o Groupes cibles pour la vaccination
o Premier service d’hospitalisation vers lequel le patient a été orienté o Admission dans un service de soins intensifs/un autre service
• Caractéristiques du patient (groupe ethnique, facultatif)
• Signes, symptômes o Actuels
o Symptômes cliniques antérieurs (si aucun test préalable n’a été effectué)
• Dates
o Vaccination (contre la COVID-19, la grippe, les maladies pneumococciques) o Apparition des symptômes
o Admission, sortie
o Prélèvement par écouvillonnage
• Laboratoire
o Type de prélèvement par écouvillonnage (nasopharyngé, expectorations, etc.) (facultatif)
o Type de test
o Résultats (comprenant des informations sur les analyses génétiques, le cas échéant)
o Test PCR ou test antigénique antérieur positif pour le SARS-CoV-2, si possible (pour les analyses de sensibilité)
• Pathologies chroniques sous-jacentes, notamment l’obésité (voir les sections 3.9.1 et 3.9.4)
o Utilisation de médicaments pour le traitement de pathologies chroniques (facultatif)
o Nombre d’hospitalisations pour une pathologie chronique au cours des 12 mois qui précèdent (facultatif)
o Nombre de visites chez le médecin généraliste au cours des 3 mois qui précèdent (facultatif)
• Présence du virus de la grippe ou d’autres virus respiratoires
• Vaccination et antiviraux
o Vaccination dans le contexte de la pandémie, en incluant le nombre de doses, les dates, les produits utilisés
o Vaccination actuelle contre la grippe
o Statut de la vaccination antipneumococcique, type de vaccin et date ou année de vaccination (facultatif)
o Administration d’antiviraux (facultatif)
• État fonctionnel, ou indication indirecte en fonction du mode de logement (voir la section 3.9.7)
• Lieu (par exemple, établissement de soins de longue durée)
• Statut socio-économique ou état de dénuement (facultatif) 3.12.1 Informations concernant le système de surveillance et le patient Les informations suivantes doivent être enregistrées :
● Pays, site, groupe(s) cible(s) prioritaire(s) pour la vaccination
● Hôpital (remarque : le nom réel de l’hôpital ne sera pas enregistré ; un numéro unique sera attribué par chaque pays participant à chaque hôpital, afin de pouvoir procéder à des ajustements par hôpital lors des analyses)
● Numéro d’identification unique du patient [remarque : ne pas utiliser d’identifiant permettant d’identifier le patient (comme la date de naissance ou le numéro d’identification national), mais un identifiant unique pour la base de données groupées]
3.12.2 Informations concernant l’hôpital/le service Les informations suivantes doivent être enregistrées :
● Date d’apparition des symptômes et dates d’admission, de sortie, de décès du patient
● Premier service d’hospitalisation vers lequel le patient a été orienté
● Tout séjour à l’hôpital (pour une pathologie chronique préexistante) au cours des 12 mois qui précèdent (facultatif)
● Date du prélèvement par écouvillonnage/de collecte de l’échantillon 3.12.3 Caractéristiques du patient
Les informations suivantes doivent être enregistrées :
● Âge
● Sexe
● Antécédents de tabagisme
● Grossesse
● Agent de santé
● Profession (facultatif)
● Score de fragilité clinique au moment de l’admission (lorsque cela est possible ; voir la section 3.9.10) (facultatif)
● Groupe ethnique (facultatif)
● Risque d’exposition
o Utilisation du masque, hygiène des mains, distanciation sociale
● Statut socio-économique ou état de dénuement (facultatif)
3.12.4 Caractéristiques cliniques (symptômes et marqueurs de gravité)
Il convient de recueillir les caractéristiques cliniques qui entrent dans la définition de cas de l’OMS de l’IRAS (4) et de cas suspect de COVID-19 (5).
Il convient de recueillir les informations suivantes relatives aux hospitalisations liées à une IRAS et pouvant être utilisées pour indiquer la gravité :
● Durée du séjour à l’hôpital
● Utilisation d’oxygène
● Admission dans une unité de soins intensifs
● Ventilation invasive
● Décès
Les informations suivantes concernant la maladie et l’hospitalisation liées à une IRAS doivent être enregistrées :
• Date d’apparition du premier symptôme clé
• Informations sur le(s) test(s) COVID-19 et les résultats de laboratoire, y compris les informations sur les analyses génétiques, lorsqu’elles sont disponibles
• Date de vaccination
• Date du prélèvement par écouvillonnage (pour permettre une estimation de la durée entre l’apparition de la maladie et la réalisation de ce prélèvement, et une stratification en fonction de ce paramètre)
• Date d’admission à l’hôpital (pour permettre une estimation du délai entre l’apparition de la maladie et l’hospitalisation, et une stratification en fonction de ce paramètre, ainsi que la mesure de la durée du séjour à l’hôpital)
• Date de sortie/décès (pour permettre la mesure de la durée du séjour à l’hôpital).
3.12.5 Validation de la saisie des données
Pour les hôpitaux utilisant des dossiers médicaux informatisés alors que les informations sont collectées sur des questionnaires papier, un échantillon de ces questionnaires doit être validé à l’aide des données des dossiers médicaux informatisés et de la base de données de surveillance.
⮚ Les procédures utilisées pour la validation des données doivent être décrites dans les protocoles locaux.
3.12.6 Gestion des données Saisie et transfert de données
La collecte des données peut se faire en ligne ou sur papier. La saisie des données doit comporter des contrôles afin de minimiser les erreurs de saisie. Lorsque la collecte des données se fait sur formulaire papier, il est recommandé de réaliser une double saisie des données.
Stockage et gestion des données pour une analyse individuelle par pays
Une validation, un nettoyage et une vérification des données doivent être effectués à intervalles réguliers.
Stockage et gestion des données pour une méta-analyse
Une méta-analyse des données provenant des systèmes de surveillance sentinelle des IRAS de la région sera effectuée à l’intention du Bureau régional OMS de l’Europe. Comme dans le cadre de la surveillance habituelle des IRAS, les données supplémentaires sur les patients atteints d’IRAS pertinentes pour le calcul des estimations de l’efficacité des vaccins peuvent être transmises à l’OMS/Europe par le biais de la plateforme TESSy. Les données relatives aux IRAS pertinentes pour le calcul des estimations de l’efficacité des vaccins qui auront été transmises à l’OMS/Europe seront analysées collectivement, comme cela est actuellement le cas pour les données groupées sur les IRAS.
L’OMS/Europe jouera un rôle de coordination dans ce travail, comme elle l’a fait avec les systèmes de surveillance des IRAS existants dans les États Membres.
De plus amples informations sur les méta-analyses se trouvent au chapitre 4.
Quels que soient les plans prévus pour les méta-analyses, toutes les procédures de gestion des données doivent être conformes aux lois nationales applicables en matière de sécurité des données.
3.13. Analyse des données
3.13.1 Patients atteints d’une IRAS confirmés comme cas de COVID-19 (cas confirmés) Un cas confirmé de COVID-19 doit être défini comme un patient hospitalisé présentant des symptômes d’IRAS ainsi qu’un test (PCR uniquement) positif pour le SARS-CoV-2 réalisé sur un échantillon de sécrétions respiratoires prélevé soit dans les 48 heures suivant son admission à l’hôpital, soit dans les 14 jours précédant son admission à l’hôpital (document à l’appui).
3.13.2 Groupe témoin primaire : patients atteints d’une IRAS chez qui le test de recherche du SARS-CoV-2 s’avère négatif
Par définition, les sujets du groupe témoin primaire seront les patients hospitalisés avec des symptômes d’IRAS et présentant un test PCR négatif pour le SARS-CoV-2 réalisé sur un échantillon de sécrétions respiratoire prélevé au moment de leur admission à l’hôpital et jusqu’à 48 heures après leur admission. Les témoins auront de préférence été testés négatifs dans les 14 jours précédant leur admission à l’hôpital.
Les patients atteints d’une IRAS chez qui le test de recherche du SARS-CoV-2 s’avère négatif au moment de leur admission (témoins) et qui ont signalé une infection antérieure par le SARS-CoV-2 au cours des trois mois précédant leur admission doivent être exclus des témoins utilisés dans les analyses de sensibilité. En outre, des analyses de sensibilité doivent être effectuées avec un groupe témoin ne comprenant que des patients atteints d’IRAS chez qui la recherche du SARS-CoV-2, au moment du recrutement dans l’étude et jusqu’à sept jours avant le recrutement, s’est avérée négative.
3.13.3 Définition du statut vaccinal Vaccin contre la COVID-19
• Une personne doit être considérée comme ayant reçu une dose d’un produit vaccinal donné contre la COVID-19 (voir la section « Détermination du statut vaccinal ») si elle a reçu cette dose plus de 14 jours avant l’apparition des symptômes d’IRAS.
• La définition des personnes « entièrement vaccinées » doit suivre les recommandations fournies pour le produit vaccinal en question. Les patients pourront, selon toute vraisemblance, être considérés comme entièrement vaccinés s’ils ont reçu la deuxième (dernière) dose du vaccin au moins 14 jours avant l’apparition des symptômes.
• La définition des personnes « partiellement vaccinées » doit suivre les recommandations fournies pour le produit vaccinal en question. Les patients doivent sans doute être considérés comme partiellement vaccinés s’ils ont reçu uniquement la première des deux doses de vaccin au moins 14 jours avant l’apparition des symptômes d’IRAS.
• Un patient atteint d’une IRAS doit être considéré comme non vacciné s’il n’a pas reçu de vaccin contre la COVID-19 ou s’il a été vacciné après l’apparition des symptômes.
• Des analyses de sensibilité peuvent être réalisées pour évaluer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 à différentes périodes après la vaccination.
Les protocoles locaux doivent préciser quelle est la politique du pays concernant le moment de l’administration de la première et de la deuxième dose du vaccin contre la COVID-19 (le cas échéant).
3.13.4 Analyse de l’efficacité vaccinale suivant la méthodologie du test négatif
En quelques mots, une description des cas et des témoins doit tout d’abord être réalisée en fonction de leurs caractéristiques de base. Les patients seront caractérisés en fonction des éléments suivants :
● Sexe
● Tranche d’âge
● Profession (agent de santé, autre travailleur essentiel)
● Date d’apparition des symptômes
● Statut vaccinal vis-à-vis de la COVID-19
● Symptômes
● Absence de maladie, présence d’au moins une maladie, présence de plus d’une maladie associée à un risque élevé
● Pathologies chroniques particulières (par exemple, pathologies respiratoires ou cardiovasculaires)
● Grossesse
● Tabagisme
● Indice de masse corporelle
● Statut vaccinal vis-à-vis de la grippe et des maladies pneumococciques
● Co-infections respiratoires (si données disponibles)
● Sévérité (utilisation d’oxygène, admission dans une unité de soins intensifs, ventilation artificielle, décès)
● Valeurs du Ct pour les échantillons positifs
Un exemple de présentation de cette analyse descriptive est fourni dans le Tableau 3 ci-dessous.
Tableau 3. Exemple de tableau descriptif pour les cas et les témoins Variables Nombre de cas de COVID-19
confirmés par un test de laboratoire/n total (%)
Nombre de témoins à test négatif/n total
(%) Âge médian (intervalle
interquartile) X (X) X (X)
Données manquantes X X
Tranches d’âge
0 à 14 x/x (x) x/x (x)
15 à 44 x/x (x) x/x (x)
45 à 64 x/x (x) x/x (x)
≥65 x/x (x) x/x (x)
Données manquantes X X
Sexe
Féminin x/x (x) x/x (x)
Données manquantes X X
Agent de santé x/x (x) x/x (x)
Données manquantes X X
Nombre de jours entre l’apparition des symptômes et
le prélèvement par écouvillonnage
0 x/x (x) x/x (x)
1 x/x (x) x/x (x)
2 x/x (x) x/x (x)
3 x/x (x) x/x (x)
4 à 7 x/x (x) x/x (x)
Vaccination contre la COVID-
19 x/x (x) x/x (x)
Données manquantes x x
Etc.
L’analyse de l’efficacité vaccinale doit se faire ensuite en suivant la méthodologie du test négatif. La mesure de l’association est un odds ratio (OR). Il peut être déterminé par une régression logistique.
OR = 1 indique l’absence d’association entre une exposition et le critère de jugement. Un OR>1 indique un facteur de risque possible, un OR<1 indique un facteur de protection possible, sachant que l’intervalle de confiance qui encadre l’OR aide à son interprétation.
Pour la vaccination utilisée comme facteur de prévention, l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 peut être calculée comme suit : efficacité des vaccins contre la COVID-19 = (1 - OR)*100. Un intervalle de confiance à 95 % est calculé pour encadrer cette estimation ponctuelle.
Une analyse univariable doit être effectuée pour mesurer l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 par rapport au fait d’être un cas de COVID-19 confirmé par un test de laboratoire. Des analyses stratifiées (par exemple, en fonction du sexe ou des groupes d’âge) peuvent être réalisées dans un second temps afin de mieux cerner les éventuels facteurs de modification d’effet ainsi que les facteurs de confusion.
Avant de procéder à l’analyse multivariable, il conviendra d’établir une stratégie de développement type. Dans une dernière étape, une analyse multivariable sera réalisée pour prendre en compte les facteurs de confusion et les éventuels facteurs de modification de l’effet. Cette analyse permettra d’obtenir des OR ajustés à partir desquels l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 pourra être estimée à l’aide de la formule indiquée ci-dessus.
L’OMS/EURO peut fournir des exemples de scénarios pour aider à l’analyse des données.
Tableaux de résultats présentant les estimations de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 Des tableaux similaires au Tableau 4 (les variables présentées sont des exemples de formats à donner aux résultats) peuvent être utilisés afin de présenter les résultats de la manière la plus transparente possible et permettre au lecteur d’avoir une bonne compréhension des données.
Tableau 4. Exemple de tableau montrant l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 après ajustement pour différentes co-variables en fonction du sexe et de la tranche d’âge
Type/sous-
type Population incluse Scénarios d’analyse/ajustements effectués
Efficacité des vaccins contre
la COVID-19 (%)
IC à 95 %
COVID-19 Tous âges confondus N (cas/vaccinés ; témoins/vaccinés) Sans ajustement
Ajustement en fonction de la semaine de début (spline cubique)
Ajustement en fonction du sexe
Ajustement en fonction de la présence d’une pathologie chronique
Ajustement en fonction de l’âge (spline cubique)
Ajustement en fonction de la semaine de début, de l’âge (spline cubique)
Ajustement en fonction de la semaine de début, de la présence d’une pathologie chronique Ajustement en fonction de la semaine de début, de l’âge (spline cubique), de la présence d’une pathologie chronique, du sexe
0 à 49 ans N (cas/vaccinés ; témoins/vaccinés) Sans ajustement
Ajustement en fonction du mois de début, de l’âge (spline cubique)
50 ans et plus N (cas/vaccinés ; témoins/vaccinés) Sans ajustement
Ajustement en fonction de la semaine de début, de l’âge (spline cubique), de la présence d’une pathologie chronique, du sexe
Dans les analyses de sensibilité, l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 doit être évaluée en fonction de différents seuils du nombre de jours entre l’apparition des symptômes et le prélèvement par écouvillonnage, entre l’apparition des symptômes et l’hospitalisation, et entre la vaccination et l’apparition des symptômes. D’autres analyses de sensibilité peuvent être réalisées, notamment en excluant les personnes chez qui un test antérieur s’est avéré positif et celles chez qui un test de recherche d’un coronavirus saisonnier (par exemple, HCoV-NL63, HCoV-229E, HCoV-OC43 et HCoV- HKU1) s’est avéré positif.
3.13.5 Méta-analyse des données de surveillance
Les données de surveillance des IRAS, y compris les données pertinentes relatives au statut vaccinal, peuvent être transmises via la plateforme du Système européen de surveillance (TESSy). L’OMS/EURO pourra procéder à une analyse des données de surveillance transmises via TESSy groupées.
4. Limites
Il peut s’avérer difficile de recueillir l’ensemble des données requises sur les patients atteints d’une IRAS. En outre, certains patients très gravement malades (par exemple, les personnes extrêmement fragiles et/ou résidant en maison de retraite) ne sont pas nécessairement hospitalisés. Les limites éventuelles des estimations de l’efficacité vaccinale concernant la COVID-19 sont présentées ci- dessous.
4.1. Biais éventuels
4.1.1 Facteurs de confusion négatifs
Les facteurs de confusion négatifs font référence à des biais dus à ce que les groupes à haut risque (les personnes les plus susceptibles de présenter des complications sévères) sont davantage susceptibles d’être vaccinés. Ce type de biais est donc associé à une diminution de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19. La présence d’un facteur de confusion négatif s’accompagnera d’une sous-estimation de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19. La réalisation d’un ajustement pour tenir compte des facteurs de confusion négatifs éventuels (par exemple, la présence de maladies chroniques) permettra de minimiser l’effet de confusion négatif.
4.1.2 Facteurs de confusion positifs
Les facteurs de confusion positifs font référence à des biais dus à l’« effet bénéfique pour la santé du vaccin ». Les personnes ayant un mode de vie sain seront davantage susceptibles de se faire vacciner, ce qui entraînera une augmentation de l’estimation de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19. À l’inverse, il se peut que la vaccination ne soit pas proposée aux personnes en état de fragilité extrême et que, du fait de leur fragilité, ces personnes soient davantage susceptibles de présenter une forme grave de la maladie. Les personnes qui présentent un risque d’infection plus élevé (en raison d’une exposition accrue, par exemple si elles ne portent pas systématiquement de masque lorsque cela est recommandé) sont parfois aussi moins susceptibles d’être vaccinées, ce qui peut également augmenter leur risque d’être infectées par le SARS-CoV-2. La présence d’un facteur de confusion positif s’accompagnera d’une surestimation de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19.
4.1.3 Effet de confusion non mesuré
Le recours à la stratification et à l’analyse multivariables permettra de limiter les effets de confusion positifs et négatifs. Cependant, les données de surveillance ne permettent pas de rendre compte de l’ensemble des caractéristiques susceptibles d’entraîner un effet de confusion positif ou négatif. Il peut donc subsister un effet de confusion résiduel non mesuré.
4.1.4 Infection antérieure chez les cas ou chez les témoins ; inclusion de témoins asymptomatiques
Les personnes ayant déjà été infectées peuvent avoir une meilleure réponse au vaccin, ou être moins susceptibles d’être réinfectées même si elles ne sont pas vaccinées. Certains témoins (ceux dont le test de recherche du SARS-CoV-2 est négatif) peuvent avoir été infectés antérieurement par le SARS- CoV-2 de manière symptomatique ou asymptomatique sans avoir été testés. En outre, le fait d’avoir déjà été infecté peut influer sur la décision de se faire vacciner. Les personnes ayant déjà été infectées sont peut-être moins susceptibles de se faire vacciner et moins susceptibles d’être infectées. Il en résulte que le pourcentage de sujets vaccinés pourrait s’avérer plus faible chez les témoins et que l’efficacité des vaccins contre la COVID-19 pourrait être moindre.
Des analyses de sensibilité doivent être effectuées en excluant tout patient atteint d’une IRAS présentant une infection antérieure par le SARS-CoV-2 confirmée soit par un test PCR, soit par un test de détection des anticorps.
4.1.5 Inclusion de témoins positifs pour le virus de la grippe
Il est possible que les patients atteints d’une IRAS et également positifs au virus de la grippe ne conviennent pas comme témoins. Un nombre limité d’informations sur la co-infection par le virus de la grippe et par le virus responsable de la COVID-19 a pu être rassemblé au cours de la première vague de la pandémie en Europe ; cela est dû en partie au fait que, dans de nombreux pays, la pandémie est survenue à la fin ou après la saison grippale 2019-20. Le faible nombre de co-infections décrites dans la littérature pourrait être dû à un manque d’opportunité (la circulation de la grippe étant faible à ce moment-là) ou à une corrélation négative entre ces deux infections, les personnes positives pour la COVID-19 étant peu susceptibles d’être également positives pour la grippe. De plus, les personnes ayant reçu le vaccin contre la COVID-19 ont de fortes chances d’avoir également été vaccinées contre la grippe. Il est donc possible qu’il y ait une relation entre le fait d’être positif pour la grippe et le fait d’être vacciné contre la COVID-19, ce qui introduit un biais. Il convient donc de réaliser des analyses de sensibilité en excluant les témoins qui sont positifs pour la grippe.
4.1.6 Validation de l’exposition
Le statut vaccinal constituant l’exposition d’intérêt, il est donc essentiel de disposer de données fiables sur la vaccination. Le fait de déterminer le statut vaccinal uniquement sur déclaration du participant, sans documentation sous forme écrite ou électronique, peut induire un biais d’information. Le statut vaccinal des cas et des témoins doit de préférence être validé par une source indépendante (registre de vaccination, médecins généralistes, etc.).
4.1.7 Biais découlant des estimations groupées
Les données provenant d’un certain nombre d’hôpitaux situés dans différents pays étant groupées, les biais présents dans les différentes études peuvent se répercuter sur les estimations groupées. Si la
méta-analyse est effectuée sur un nombre insuffisant de sites, la puissance du test visant à détecter la présence d’une hétérogénéité entre les différentes études sera faible et ne permettra pas nécessairement de détecter cette hétérogénéité. Il est également important d’évaluer l’hétérogénéité des différentes études au moyen d’informations qualitatives. Selon la nature du biais, l’inclusion d’études biaisées dans l’estimation groupée peut conduire à une sur- ou à une sous-estimation de l`association réelle existant entre la vaccination contre la COVID-19 et le critère de jugement considéré.
De nombreuses circonstances peuvent induire des biais au sein d’un même site ou d’un même hôpital.
Les systèmes de surveillance peuvent différer sur de nombreux points. Différents tests peuvent être utilisés, et le nombre de tests utilisés pour déclarer une personne négative peut varier. Les critères d’admission peuvent être différents et évoluer dans le temps en fonction de l’intensité de la pandémie et de la capacité des hôpitaux. Dans certains hôpitaux, ne seront admis que les patients présentant une infection par le virus responsable de la COVID-19 confirmée en laboratoire, ou, à l’inverse, uniquement les patients chez qui le test de recherche du SARS-CoV-2 aura été négatif avant leur admission.
Pour permettre une évaluation exhaustive de l’hétérogénéité, les différents sites doivent rendre compte de tous les changements apportés à leur système de surveillance de la COVID-19, y compris à leurs politiques de dépistage et d’admission des patients, au cours de la période de surveillance.
4.1.8 Autres biais potentiels
Les cas et les témoins peuvent être issus de différents contextes géographiques et démographiques associés à des risques différents de contracter une infection par le SARS-CoV-2 et à des probabilités différentes d’être vaccinés. Un calendrier (date d’apparition) doit être utilisé pour tenir compte des différences saisonnières. Les analyses seront également stratifiées en fonction de ce calendrier.
4.2. Représentativité des sujets
La surveillance des IRAS ne concerne que les cas hospitalisés. Les comportements de recours aux soins et les approches en matière de prise en charge des patients peuvent varier d’un pays à l’autre ou au sein d’un même pays. Ces différences peuvent avoir des conséquences sur le temps qui s’écoule entre l’apparition des symptômes et les hospitalisations, et peuvent avoir un impact sur les taux de positivité des tests. Dans la mesure du possible, il conviendra de décrire les comportements de recours aux soins et les stratégies de prise en charge des cas pour chaque système de surveillance des IRAS, et de noter comment ceux-ci peuvent avoir un impact sur les estimations de l’efficacité des vaccins contre la COVID-19.
4.3. Mobilisation communautaire
Cette étude impliquera la communauté dans la mesure où elle sera menée dans des hôpitaux au service des communautés locales. Les membres concernés de la communauté devront donc être informés de manière transparente de ses objectifs.
5. Annexes
Annexe 1. Questionnaire pour les patients atteints d’une IRAS
* Le terme « agent de santé » peut être défini selon la définition donnée par le pays ou selon les définitions de l’OMS proposées dans présent document.
Section A. Renseignements administratifs
1. Formulaire rempli le (jj/mm/aaaa) ___/___/___
2. Identifiant unique du patient 3. Code de l’hôpital
Section B. Informations personnelles
1. Date de naissance (jj/mm/aaaa) ou âge ___/___/___ ou âge : ____
2. Sexe Féminin Masculin Ne sait pas
3. Groupe ethnique du patient (facultatif) 4. Mode d’hébergement principal du patient
avant son admission Résidence privée/au domicile
Établissement de soins de longue durée
Autre _________ Ne sait pas
4a. Si résidence privée/domicile Au domicile, ne dépendant pas d’une aide ou de soins
Au domicile, dépendant d’une aide ou de soins
Au domicile, aide/soins non connus 6. Le patient est-il un agent de santé* ? Oui Non Ne sait pas
7. Profession du patient _________ Ne sait pas 8. Taille du patient (en m) _________ Ne sait pas 9. Poids du patient (en kg) _________ Ne sait pas
Section C. Antécédents médicaux
1. Pathologies chroniques présentées par le patient
a. Cancer Oui Non Ne sait pas
b. Cardiopathie chronique, à l’exception de
l’hypertension Oui Non Ne sait pas
c. Hypertension Oui Non Ne sait pas
d. Maladie rénale chronique Oui Non Ne sait pas
e. Maladie hépatique chronique Oui Non Ne sait pas f. Maladie respiratoire chronique Oui Non Ne sait pas
g. Asthme Oui Non Ne sait pas
h. Diabète Oui Non Ne sait pas
i. Immunodépression, y compris celle due à la greffe
d’un organe solide et à l’infection par le VIH Oui Non Ne sait pas j. Maladie neurologique, y compris les maladies
cérébrovasculaires Oui Non Ne sait pas
k. Maladie rhumatologique Oui Non Ne sait pas
l. Anémie ou autre anomalie sanguine Oui Non Ne sait pas
m. Tuberculose Oui Non Ne sait pas
n. Obésité Oui Non Ne sait pas
o. Autre
2. Tabagisme N’a jamais fumé
Ancien fumeur (arrêt >1 an)
Fumeur actuellement, ou a arrêté de fumer au cours de l’année antérieure
Ne sait pas 3. Présence d’une grossesse
(pour les patientes âgées de 15 à 55 ans) Oui Non Ne sait pas Si oui, trimestre 1 2 3 Ne sait pas
4. Nombre d’hospitalisations au cours des 12 mois qui
précèdent (sans compter l’hospitalisation en cours) Nombre d’hospitalisations : ___
Ne sait pas
Section D. Vaccination
1. Le patient a-t-il reçu un vaccin contre la COVID-19 ?
a. Dose 1 Oui Non Ne sait pas
Si oui, date : ___/___/___
i. Nom/marque :
Pfizer/BioNTech AstraZeneca Moderna Spoutnik V Janssen
EpiVacCorona Covaxin (Bharat) Covishield Novavax
CoronaVac (Sinovac) Vaccin Sinopharm contre la COVID-19
Ne sait pas Autre, préciser _________________________________________________
i. Numéro de lot (si connu) :
b. Dose 2 Oui Non Ne sait pas Deuxième dose sans objet Si oui, date : ___/___/___
i. Nom/marque :
Pfizer/BioNTech AstraZeneca Moderna Spoutnik V Janssen
EpiVacCorona Covaxin (Bharat) Covishield Novavax
CoronaVac (Sinovac) Vaccin Sinopharm contre la COVID-19
Ne sait pas Autre, préciser _________________________________________________
i. Numéro de lot (si connu) : c. Mode de détermination du statut vaccinal
Registre de vaccination Carte de vaccination Dossier hospitalier du patient Médecin généraliste du patient
Pharmacien Documents de l’assurance du patient Entretien avec le patient Entretien avec un membre de la famille
Déclaration par le patient lui-même (au téléphone) Autre, préciser _________________________________
2. Autres vaccins
a. Dernière grippe saisonnière (vaccination depuis le 1er septembre 2020) Oui Non Ne sait pas Si oui, date : ___/___/___
Si la date exacte n’est pas connue : le patient a-t-il été vacciné au
moins 14 jours avant l’apparition de la maladie actuelle ? Oui Non Ne sait pas Nom/marque du produit de vaccination contre la grippe __________________________
Vaccin contre la grippe saisonnière au cours de la saison précédente
(n-1) Oui Non Ne sait pas
Vaccin contre la grippe saisonnière au cours de la saison antérieure
à la saison précédente (n-2) Oui Non Ne sait pas
b. Vaccin antipneumococcique polyosidique 23-valent (PPV23) Oui Non Ne sait pas Si oui, date : ___/___/___
c. Vaccin conjugué contre le pneumocoque (PCV-10 ou PCV-13) Oui Non Ne sait pas Si oui, date : ___/___/___
