Réponse adaptative au désherbage chimique et connectivité des populations d’ambroisies dans les paysages agricoles

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Submitted on 2 Jun 2020

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Réponse adaptative au désherbage chimique et connectivité des populations d’ambroisies dans les

paysages agricoles

Lucie Meyer, Géraldine Bailly, Bruno Chauvel, Valérie Le Corre, Christophe Délye

To cite this version:

Lucie Meyer, Géraldine Bailly, Bruno Chauvel, Valérie Le Corre, Christophe Délye. Réponse adapta- tive au désherbage chimique et connectivité des populations d’ambroisies dans les paysages agricoles.

4. Journées des Doctorants, Mar 2015, Dijon, France. 2015. �hal-02739674�

Objectifs finaux :

1. Démontrer la capacité des ambroisies à évoluer de la résistance et notamment de la RNLC, développer des outils de diagnostic des résistances pour des études au champ.

2. Comprendre la dispersion des ambroisies à l’échelle du paysage agricole et donc le risque de diffusion de la résistance.

Objets d’étude : ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia L.) et ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) Axes de recherche :

1. Anticiper l’évolution des résistances aux herbicides inhibiteurs de l’AcétoLactate Synthase (ALS) & identifier les mécanismes en cause.

2. Mettre en évidence & caractériser les flux de gènes entre des populations d’ambroisies au sein d’un paysage agricole.

Axe 2 : Génétique du paysage

Hypothèse 1 Hypothèse 2 Hypothèse 3 GEN x GEO GEN x ROAD GEN x FARM

GEN x GEO / ROAD GEN x ROAD / GEO GEN x FARM / GEO GEN x GEO / FARM GEN x ROAD / FARM GEN x FARM / ROAD

Réponse adaptative au désherbage chimique et connectivité des populations d’ambroisies dans les paysages agricoles

Lucie Meyer ^1* , Géraldine Bailly², Bruno Chauvel ¹ , Valérie Le Corre ¹ & Christophe Délye ¹

1 INRA – UMR1347 Agroécologie – F-21000 DIJON

² BASF Agro SAS, Sustainable Agriculture Department, F-69134 ECULLY

* lucie.meyer@dijon.inra.fr

Localité : Genlis

(sud-est de Dijon)

Aire géographique : 28 km²

Échantillonnage : Septembre à

Octobre 2013

17 populations 434 d’individus

1. Échantillonnage de populations : exemple d’A. artemisiifolia - 2013

Échantillonnage exhaustif : tous les patchs de présence d’A. artemisiifolia ont été

échantillonnés

A. artemisiifolia majoritairement présente dans les parcelles cultivées (dont bordures)

Préférentiellement dans les cultures de printemps (tournesol, maïs, soja)

Axe 2 : Génétique du paysage

3.1. Résistance liée à la cible (RLC) : génotypage du gène de l’ALS

Identification de la mutation

Séquençage des individus RR et RS PCR + électrophorèse

préconisations pour une gestion intégrée de l’espèce.

Axe 1 : Résistance aux herbicides inhibiteurs de l’ALS

1. Doses-réponses

 Lignes de base de la sensibilité d’AMBEL

 Identification d’individus à sensibilité réduite

Courbes dose-réponse

3.2. Résistance non liée à la cible (RNLC) : recherche de gènes de résistance non liés à l’ALS

 Suivi sur plusieurs années : - Modification de l’assolement

- Cultures +/- favorables au développement d’A. artemisiifolia

 Génétique du paysage :

- Identifier les facteurs du paysage influençant les processus de dispersion - Identifier les vecteurs de flux de gènes : pollen vs semences

- Estimer la connectivité des populations à l’échelle d’un parcellaire agricole

2.2. Perspectives

2. Dispersion et génétique du paysage d’A. artemisiifolia

Groupes génétiques

3. Résistance aux herbicides : deux types de mécanismes en jeu

Conclusions :

 Populations génétiquement structurées

 Phénomène d’admixture : mélange d’individus issus de plusieurs

populations

2.1. Méthodologie & résultats

Marqueurs microsatellites Ambroisie

 ALS : enzyme ciblée par les herbicides utilisés

Plantes R

Séquençage du transcriptome : Illumina

> 10

fragments

Outils de diagnostic de la résistance

Plantes S

Herbicide

ARN

Assemblage du

transcriptome & annotation Identification de

gènes de résistance

2. Sélection récurrente

Sélection d’individus à sensibilité réduite

Variabilités génétiques inter et intra-population élevées

 RNLC : mécanisme le plus souvent utilisé par les plantes

 Aucune données pour l’ambroisie