TD 1 Prévalence et incidence
Exercice 1 :
Dans une étude épidémiologique réalisée, dans une résidence universitaire, pour estimer la fréquence des TIAC, les enquêteurs ont échantillonné, le 05/10/2017, 150 étudiants de cette résidence.
Sur les 189 étudiants, 27 étaient positifs au test de salmonellose.
Q1. Les 27 étudiants positifs sont-ils des cas prévalents ou incidents ?
Q2. Pour comparer entre deux populations, quel indicateur doit-on utiliser : prévalence ou incidence?
Justifiez votre choix ?
Q3. Calculer l’indicateur approprié pour cette étude ? Exercice 2 :
Dans le cadre de surveillance des TIAC dans une région donnée, les autorités ont enregistré, pour le premier semestre de 2015, les données suivantes :
- 24 malades le 31/01/2014
- 13 individus guéris le 15/01/2015 - 02 morts le 02/02/2015
- 08 personnes guéris le 15/02/2015 - 10 malades le 06/06/2015
- 03 morts le 28/06/2015
Calculer les indicateurs appropriés pour ces données ? Exercice 3 :
Sur 1 023 individus qui avaient une intoxication alimentaire, 47 personnes sont décédées suite à des complications graves.
Q1. Identifier le nom d’indicateur qu’on cherche à calculer ? Q2. Calculer cet indicateur ?
TD 2 caractéristiques des tests de dépistage et de diagnostic
Exercice 1 :
Le dépistage obligatoire de Campylobacter dans la viande de poulet, dans une entreprise de charcuterie, permet d’éviter les intoxications alimentaires. La culture bactérienne est habituellement utilisée pour détecter Campylobacter, mais elle nécessite une analyse dans un laboratoire, avec un délai d’attente des résultats de 48h. Un nouveau test rapide a donc été développé pour diagnostiquer en 2h le statut de poulet vis-à-vis Campylobacter. Le but de l’étude est d’évaluer les propriétés diagnostiques de ce nouveau test. 176 échantillons de poulet devant subir une culture bactérienne de routine ont été inclus.
Les résultats sont résumés dans le tableau suivant : Gold standard
Nouveau test rapide Positive Négative Total
Positive 95 6 101
Négative 10 65 75
Total 105 71 176
Q1. Calculer la prévalence de la maladie ?
Q2. Calculer la sensibilité et la spécificité du test ?
Q3. Calculer les valeurs prédictives positives et négatives du test ? Q4. Calculer les rapports de vraisemblance positif et négatif ? Exercice 2 :
Dans le cadre de réduction des coûts de fabrication dans une petite usine de conserve de poisson, une nouvelle grille a été établie pour identifier les caisses de poissons non conformes à la production (non conforme : faibles qualités physico-chimiques et fortes contamination bactériologiques). Jusqu’à maintenant, les lots fabriqués sont tous testés par la culture bactérienne (48h pour avoir les résultats).
L’objectif de cette nouvelle grille est de réduire le nombre de lots testés et non pas le remplacement de test de référence.
La grille est son barème sont présentés dans le tableau suivant :
0 1 2 3 4
Odeur normale un peu forte moyennement
forte
forte mauvaise
Couleur normale un peu foncé bleu vert noir
Forme des yeux convexe plate affaissée affaissée +
couleur grise
affaissée + couleur grise foncée
Lorsque la note est inferieure à 3 la caisse de poisson pourrait être considérée comme conforme. Pour tester cette nouvelle grille, deux échantillons obtenus à partir de 300 caisses de poissons ont été évalués séparément par deux testeurs, dont les résultats sont dans le tableau suivant :
Examinateur 1
Examinateur Conforme Non conforme Total
Conforme 210 10 220
Non conforme 20 60 80
Total 230 70 300
Q1. Quel test utilisez-vous pour évaluer la concordance entre ces deux testeurs ? Q2. Quel est le pourcentage de concordance observé entre ces deux testeurs ?
Q3. Quel est le pourcentage de concordance réelle entre ces deux testeurs ? Que pouvez-vous conclure ?
Exercice 3 :
Dans une population de patients vus en consultation dans une région sinistrée, la constatation des symptômes (inspection visuelle) tels que la diarrhée, la fièvre et les vomissements à une sensibilité de 86% et une spécificité de 44% pour la détection des TIAC. On estime que dans une région sinistrée que75% des personnes ont une toxi-infection alimentaire, dans le mois qui suit la catastrophe.
Q1. Quel est le rapport de vraisemblance d’une inspection visuelle positive ? Q2. Quelle est la probabilité post-test d’avoir une intoxication alimentaire?
Dans la même population de patients vus en consultation, mais 4 mois après la catastrophe, on estime que 3 personnes ont une intoxication alimentaire pour 4 qui n’en ont pas.
Q3. Quelle est la probabilité a priori d’avoir une intoxication alimentaire, 4 mois après la catastrophe?
Q4. Quelle est la probabilité d’avoir une intoxication alimentaire, 4 mois après la catastrophe, chez une personne ayant une inspection visuelle positive ?
Q5.Quelle est la probabilité d’avoir une intoxication alimentaire, 4 mois après la catastrophe, chez une personne ayant une inspection visuelle négative ?
TD3 échantillonnage
Exercice 1 :
Dans le but d’estimer le pourcentage de Moisissures de stockage (Aspergillus spp., Penicillium spp.) des sacs de blé importés par une compagnie de fret maritime au cours d’une année. Les enquêteurs veulent échantillonner 5% des sacs importés par cette société.
Q1. Quel type de sondage devrait utiliser les enquêteurs ?
Q2. Si on suppose que le pourcentage de Moisissures de stockage dans les années passées était de l’ordre de 17% ? Quelle sera la taille de l’échantillon à sélectionner (n) si on accepte une erreur d’estimation de 5% ?
Exercice 2 :
Dans la fabrication des comprimés effervescents, il est prévu que chaque comprimé doit contenir 1625
± 10 mg de bicarbonate de sodium. Un contrôleur de qualité doit prendre un échantillon de n comprimés d’un laboratoire pharmaceutique pour vérifier si ce laboratoire respecte les normes de fabrication.
Ce laboratoire pharmaceutique dispose de plusieurs unités (10 sites) dans plusieurs wilayas qui fabriquent ce comprimé.
Q1. Quel type de sondage devrait utiliser ce contrôleur ?
Q2. Selon les données des autres fabricants de ce médicament qui utilisent le même processus de production (mêmes appareils), le pourcentage des comprimés non conformes est de l’ordre de 10 %.
Quelle sera la taille de l’échantillon (n) à sélectionner si on accepte une erreur d’estimation de 2 %?
TD 4 Enquêtes épidémiologiques 1
Exercice 1 :
Dans le but d’investigation sur la qualité hygiénique de la viande de volailles abattues au niveau des abattoirs clandestins. Une enquête a été réalisée par un étudiant de M2 contrôle de qualité des produits alimentaires, dont le schéma de l’enquête est le suivant : dans une batterie de 3 000 poulets, un échantillon de 300 poulets a été tiré au sort. Pour chaque animal, un prélèvement sanguin a été réalisé pour dépister à l’aide du test d’ELISA la présence de Salmonella. 25 poulets étaient positifs au test.
Q1. Quel type d’enquête s’agit-il ? Quelle est la prévalence de salmonellose dans cette batterie ? Les 275 poulets indemnes ont été divisés en deux groupes : 235 ont été abattus dans un abattoir clandestin et 240 dans un abattoir agréé. Un deuxième test d’ELISA a été effectué sur les 275 carcasses pour détecter la contamination probable de la carcasse par Salmonella au niveau de l’abattoir. 25% des carcasses abattues dans un abattoir clandestin étaient contaminées, contre 10% des carcasses abattues dans un abattoir agréé.
Q2. Ecrivez ces résultats sous forme d’un tableau de contingence ? Q3. De quel type d’enquêtes s’agit-il ? Justifier ?
Q4. Quel indicateur doit-on calculer pour identifier la relation entre l’abattage clandestin et la maladie ? Calculez cet indicateur ? Et-il significativement différent de 1 ?
Exercice 3 :
Le 20/11/2017, les directeurs de 36 écoles primaires de la wilaya de Chlef ont informé l’inspection académique de la wilaya de la survenue de troubles digestifs de faible gravité parmi les élèves. Les premières informations recueillies par la DDS ont permis d’établir qu’une seule et même entreprise livrait les repas en liaison froide dans ces écoles. Une étude épidémiologique a été réalisée pour savoir qu’elle type de produit est responsable de cette toxi-infection alimentaire collective. Dans cette étude, une personne a été considérée comme malade (cas) dès lors qu’elle déclarait avoir présenté, durant les trois jours suivant le repas du 20/11/2017 (durée d’incubation maximale pour la plupart des virus entériques), au moins un de ces symptômes : nausée, vomissement, douleur abdominale, fièvre, diarrhée ou diarrhée sanglante. La population d’étude se composait de l’ensemble des personnes (adultes ou enfants) ayant consommé un repas à la cantine de l’une des 36 écoles concernées, Le 20/11/2017. Le seul critère d’inclusion est que l’individu ne soit pas malade avant la prise de son déjeuner du 20/11/2017. Le recueil des données a été fait à l’aide d’un questionnaire dans les 36 écoles, parmi les aliments enquêtés, nous avons observé que 60% des personnes ayant consommées de yaourt (837) avaient une gastro-entérite, contre 15% chez les individus n’ayant pas consommés de yaourt (207).
Q1. Ecrivez ces résultats sous forme d’un tableau de contingence ? Q2. De quel type d’enquêtes s’agit-il ? Justifier ?
Q3. Quel indicateur doit-on calculer pour identifier la relation entre la consommation de yaourt et la maladie ? Calculez cet indicateur ? Et-il significativement différent de 1 ?
TD 5 Enquêtes épidémiologiques 2
Exercice 1 :
Face à l’augmentation de la prévalence des kystes hydatiques dans l’abattoir de Chlef, les services vétérinaires en collaboration avec les services de santé vaudraient savoir les causes de cette recrudescence. Pour cela, une enquête a été menée au niveau de l’abattoir, dont le protocole de cette enquête est le suivant :
Un questionnaire a été adressé à 20 éleveurs propriétaires de 135 carcasses, dont au moins un kyste hydatique a été retrouvé. De même, ce questionnaire a été rempli par 18 éleveurs propriétaires de 160 carcasses indemnes de kyste hydatique. Sur les 135 carcasses malades, 20 animaux ont subi une vermifugation, contre 130 animaux parmi les carcasses indemnes.
Q1. Ecriver ces résultats sous forme d’un tableau de contingence ? Q2. De quel type d’enquêtes s’agit-il ? Justifier ?
Q3. Quel indicateur doit-on calculer pour identifier la relation entre la vermifugation et la maladie ? Calculez cet indicateur ? Et-il significativement différent de 1 ?
Q4. Si l’OR de l’effet de la race de bovin (Exposé : race importé ; Non exposé : race locale) sur la présence d’un kyste hydatique est de 1,6 (IC à 95% : 1,2-3,7). Comment interprétez-vous ce résultat ? Si on sait que le pourcentage des races importées dans l’effectif total des bovins est de 25%. Quelle sera la proportion des kystes hydatiques trouvés dans les abattoirs due à l’effet de la race ?
Exercice 2 :
En 2017, 200 nouveaux cas de diabète ont été diagnostiqués dans une ville X dont la population est estimée, au 1er juillet 2017, à 10 000 habitants (on suppose que l’effectif de cette population est stable au cours de l’année : sorties = entrées). Au début de l’année 2017, il y avait un total de 800 diabétiques, 40 sont décédés en 2017 à la suite de complication dues au diabète.
Q1. Calculer le taux d’incidence (pour 1 000) du diabète en 2017 ? Qu’exprime le taux d’incidence ?
Q2. Calculer la prévalence au 1er janvier et au 31 décembre 2017 ? Calculer la prévalence annuelle de 2017 ?
Q3. Quel est le risque d’avoir un diabète sur 5 ans pour un habitant de cette ville ? Q4. Quelle est la durée moyenne de vie d’un diabétique dans cette ville ?
TD 6 Biais
Exercice 1 :
Les services de santé vaudraient mener une enquête de cas-témoins, sur le régime alimentaire et le risque d’avortement. Pour réaliser cette enquête un questionnaire a été donné aux malades et aux non malades. Parmi les questions posées : Quel régime alimentaire suivez-vous? Lavez-vous les fruits et légumes avant la consommation ?
Q1. Quel type de biais peut induire cette question ?
La majorité de femmes ayant accepté de participer dans l’enquête étaient de zone urbaine et d’un niveau socio-économique élevé.
Q2. Quel type de biais peut induire cette question ?
Ensuite, les enquêteurs voulaient étudier l’impact de tabagisme actif sur l’avortement Q3. Est-ce que cette question pourrait induire un biais ?
Exercice 2 :
Un laboratoire fabrique un test de dépistage d’une maladie, dont les paramètres de ce test sont : sensibilité de détection de 90% et spécificité de 95%. Ce test a été utilisé pour déterminer le statut malade non malade dans une étude de cohorte.
Q1. Que pourriez-vous conclure sur l’effet des paramètres de ce test sur l’exactitude des résultats de l’enquête de cohorte ?
Exercice 3 :
Pour étudier l’impact des mauvaises pratiques d’hygiène et des antécédents des infections alimentaires sur le risque des TIAC, une étude cas-témoins a été réalisée. Les chercheurs ont trouvé que les mauvaises pratiques d’hygiène n’avaient pas un impact important (OR=1) sur les TIAC et que la majorité des personnes étudiées avaient contracté dans le passée un virus ou une bactérie entérique.
Q1. Comment pourriez-vous expliquer le faible impact de mauvaises pratiques d’hygiène sur les TIAC?
