La Lettre d Hiver de la SFSM n 81 Janvier 2014

Le mot du Président

Chers et chères collègues,

En ce début d’année permettez mois de commencer en vous souhaitant tous mes vœux de bonheur et de réussite pour l’année 2014. Cette année s’annonce pour la spectrométrie de masse comme une année riche, et j’espère qu’elle sera également remplie dans vos projets personnels et professionnels.

Tout d’abord, j’aimerai revenir sur le congrès EUPA 2013 à Saint-Malo, .je profite donc de ce mot pour les remercier à nouveau vivement du travail important qu’ils ont fourni pour faire vivre ces rendez-vous essentiels à la vie de notre société. Vous trouverez d’ailleurs dans cette Lettre leur compte-rendu illustré Du côté de la SFSM, nous n’allons pas manquer d’évènements cette année. Tout d’abord je me tourne vers les jeunes : vous trouverez dans ce numéro de la Lettre les traditionnels appels aux demandes de subventions pour les congrès nationaux et internationaux ainsi que pour le Prix de la SFSM. Ces subventions pour les jeunes sont une des priorités de la SFSM et n’hésitez donc pas à candidater, car il est important d’offrir aux jeunes chercheurs de notre communauté l’opportunité d’aller découvrir ce qui se fait ailleurs et de prendre contact avec des laboratoires étrangers pouvant les lancer vers leur future carrière. Notez également que la SFSM offre en plus deux inscriptions à des jeunes (nationaux ou étrangers) au congrès EFTMS qui se tiendra à Paris au mois d’avril : n’hésitez pas à contacter les organisateurs pour en profiter. Il ne faut pas non plus oublier que les jeunes sont en train d’organiser leur Rencontres, qui se tiendront à Dieppe du 24 au 28 mars 2014. Merci à eux, mais également aux formateurs qui acceptent toujours avec plaisir d’aller participer à ces Rencontres.

Cette année sera également remplie d’occasion de nous rencontrer. IMSC à Genève et SMAP à Lyon sont les deux grands évènements que nous co-organisons avec nos sociétés partenaires. Je pense que vous les avez déjà notés dans vos agendas, et je me permets juste de vous signaler que le site de SMAP 2014

(www.smap2014.fr) est ouvert et vous donnera toutes les informations utiles.

Vous recevrez sous peu le programme de la journée scientifique commune SFEAP-SFSM du lundi 17 mars dont le thème cette année est « Outils informatiques et statistiques pour l’analyse en spectrométrie de masse et protéomique », un thème fédérateur et qui prend une importance croissante dans nos deux communautés.

Je vous y attends nombreux !

Finalement, nous avons cette année 2014 à renouveler une part importante de notre CA : Jean Armengaud (secrétaire), Joëlle Vinh (trésorière) et moi-même arrivons au terme de nos mandats et vous trouverez dans les pages qui viennent l’appel à candidature pour nous remplacer. Cette année également, Olivier Laprévote arrive au terme de ses deux mandats en tant que représentant de la SFSM auprès de l’International Mass Spectrometry Foundation. Je profite de cette Lettre pour l’en remercier, notamment pour les efforts qu’il a déployés dans l’obtention puis l’organisation de l’IMSC 2014 à Genève. Il nous faut également trouver des candidats souhaitant le remplacer. Dans les deux cas, si vous hésitez à candidater, n’hésitez pas à nous contacter pour avoir plus d’informations sur le travail que cela représente.

Pour conclure, je vous invite à lire dans ce numéro un petit document de Jean-François Gal sur l’évolution de la terminologie en ce qui concerne la spectrométrie de masse. Cette Lettre est la vôtre, n’hésitez donc pas à faire comme lui et à en profiter pour faire passer des informations intéressant notre communauté.

Bien amicalement, Guillaume van der Rest

La Lettre d’Hiver de la SFSM n°81 – Janvier 2014

Association loi de 1901 Membre de l'International Mass Spectrometry Society

ESPCI 75005 Paris

 : 01 40-79-47-65- fax : 01 40 79 52- 18 http://www.sfsm.fr

La SFSM décerne annuellement un prix à un jeune chercheur pour son travail de thèse.

Le montant est de 1 250 €.

Le dossier de candidature devra parvenir au plus tard le 28 février de l’année en cours, au secrétariat de la SFSM. Il comprendra :

- le curriculum vitae du candidat ; - la photocopie de la page de garde et

du résumé de la thèse

- un résumé de deux pages décrivant ses principaux résultats et sa contribution dans le domaine et incluant les références de ses publications et ses communications aux congrès ;

- ses principales publications.

La soutenance ne devra pas avoir eu lieu plus de 15 mois avant le dépôt du dossier.

Le prix 2014 de la SFSM sera remis au cours de l'Assemblée Générale de la Société qui se tiendra dans le cadre de SMAP 2014 (31^èmes JFSM) à Lyon (30 juin-2 juillet 2014).

Comme les années précédentes, la SFSM souhaite accorder des aides financières :

 aux doctorants (2ème et 3ème année de thèse) souhaitant assister à une manifestation internationale telle que :

13^th HUPO, Madrid (Espagne) 5-8 octobre 2014

 aux doctorants de 1^ère année qui souhaitent participer aux 31^èmes JFSM (SMAP2014), Lyon (30 juin-2 juillet 2014)

Modalités d'attribution

Les dossiers (2 exemplaires) sont à adresser, avant le 10 mars 2014, par courrier à ::

Secrétariat de la SFSM ESPCI – USR3149 10 rue Vauquelin 75005 PARIS

Ou @ [email protected]

Les demandes des doctorants de 1^ère année, doivent fournir un CV ainsi que le sujet de thèse, le laboratoire d'accueil et le nom du(es) directeurs de thèse

DE PLUS,

Les bénéficiaires des aides seront tenus de faire un compte-rendu d'une page relatant leurs impressions scientifiques, touristiques, .... sur le congrès auquel ils ont assisté.

Prix de la SFSM

Aides de

la SFSM

Conformément à nos statuts et à notre règlement intérieur, nous devons renouveler une partie de notre CA.

(Trois membres du Conseil, Joëlle Vinh, Guillaume Van der Rest et Jean Armangaud, arrivent au terme de leur mandat en juin 2014). De plus cette année, Olivier Laprévote termine son second mandat en tant que représentant de la SFSM auprès de l’International Mass Spectrometry Foundation (IMSF).

Il convient par conséquent de procéder à l'élection de trois nouveaux membres pour le Conseil d’Administration ainsi qu’un nouveau représentant pour l’IMSF.

Le calendrier sera le suivant :

appel à candidatures : présente lettre, formulaires ci-joints clôture du dépôt des candidatures : 13 avril 2014

clôture du vote : 25 mai 2014

La première réunion du CA à laquelle les nouveaux élus seront conviés aura lieu en juin-juillet 2014.

Le représentant de la SFSM auprès de l’IMSF prendra officiellement ses fonctions au mois de septembre après l’IMSC à Genève, mais devrait assister à l’IMSC afin d’organiser la transition avec Olivier Laprévote auprès de nos collègues internationaux.

Renouvellement du Conseil d'Administration et nouveau

représentant pour l’International Mass Spectrometry Foundation

Appel à candidature

APPEL À CANDIDATURE

Renouvellement du Conseil d'Administration de la SFSM pour 2014

La SFSM recherche des candidats à l'élection de trois membres de son Conseil d'Administration.

Les candidats sont invités à joindre une courte note contenant un CV et un bref résumé de leurs activités, cette note sera jointe au matériel de vote.

FICHE DE CANDIDATURE

Je, soussigné(e),

NOM : --- Prénom : --- Fonction --- Adresse Professionnelle : --- --- ---



:

déclare être candidat(e) à l'élection du Conseil d'Administration de la Société Française de Spectrométrie de Masse

A renvoyer impérativement avant le 13 avril 2014, date de clôture de la liste des candidatures à :

Secrétariat de la SFSM ESPCI – USR 3149

10 rue vauquelin - 75005 PARIS

 : 01 40 79 47 65- télécopie : 01 40 79 52 18

@ [email protected]

APPEL À CANDIDATURE

Représentant de la SFSM auprès de l’International Mass Spectrometry Foundation

La SFSM recherche des candidats à l'élection de son représentant auprès de l’IMSF.

Les candidats sont invités à joindre une courte note contenant un CV et un bref résumé de leurs activités, cette note sera jointe au matériel de vote.

FICHE DE CANDIDATURE

Je, soussigné(e),

NOM : --- Prénom : --- Fonction --- Adresse Professionnelle : --- --- ---



:

déclare être candidat(e) au poste de représentant de la Société Française de Spectrométrie de Masse auprès de l’International Mass Spectrometry Foundation (IMSF).

A renvoyer impérativement avant le 13 avril 2014, date de clôture de la liste des candidatures à :

Secrétariat de la SFSM ESPCI – USR 3149

10 rue vauquelin - 75005 PARIS

 : 01 40 79 47 65- télécopie : 01 40 79 52 18

@ [email protected]

La SFEAP et la SFSM, se sont une nouvelle fois associées afin organiser un congrès SMAP

"Spectrométrie de Masse et Analyse Protéomique". L’édition 2013 qui s’est tenue à Saint Malo en octobre était également celle du congrès européen de protéomique: EuPA2013.

Accueillir le congrès annuel européen de protéomique n’était concevable qu’avec les efforts conjoints de la SFSM et de la SFEAP. La candidature française a été validée dès 2010 par les conseils d’administration des deux sociétés et défendue auprès d’EuPA par les présidents alors en exercice : Julia Chamot-Rooke pour la SFSM et Charles Pineau pour la SFEAP. Dès lors, Cette candidature n’a cessé d’être accompagnée activement, en particulier au cours de l’année passée par Odile Schiltz et Guillaume van der Rest, qui ont chacun veillé, entre autre, à l’équilibre des thématiques scientifiques couvertes par le programme du congrès au regard de l’intérêt des deux sociétés.

Cet évènement exceptionnel a réuni 653 participants. Il s’agit d’un record de participation pour les congrès EuPA et nous le devons principalement à l’attractivité de notre offre. Saint- Malo a accueilli 19 conférenciers étrangers et Français, 43 communications orales et 402 posters, mais également été l’occasion de tenir plusieurs réunions satellite. Pour la première fois, la densité du programme scientifique a imposé la mise en place de 3 sessions parallèles sur plusieurs demi-journées. Enfin 22 exposants ont présenté leurs instruments et solutions en spectrométrie de masse et protéomique. Le retour que nous avons à ce jour sur cet événement via un questionnaire de satisfaction est unanime et très positif. Un bilan complet de cette enquête qui s’avère d’ores et déjà très instructif sera disponible prochainement et sera certainement source d’inspiration pour l’organisation de prochains congrès joints.

EuPA2013 n’aurait pu avoir lieu sans le soutien financier de nombreux partenaires industriels que nous tenons à remercier chaleureusement. Nous espérons que ce congrès aura répondu pleinement à leurs attentes. Il faut également souligner l’énorme travail réalisé par le comité scientifique du congrès qui a su, dans un agenda contraint, mettre en place un programme scientifique équilibré et attractif. Enfin, nous remercions Charles Pineau et les membres de son équipe sans lesquels la tenue de ce congrès n’aurait tout simplement pas été possible.

Ce congrès joint a été riche à bien des égards… et nous retiendrons une fois de plus l’intérêt d’échanger et de partager avec nos collègues de la SFEAP. Ces échanges auront été cette fois encore plus larges grâce à la présence de près de 200 collègues étrangers. Nous espérons que vous garderez de EuPA2013 et de la Cité corsaire un excellent souvenir et vous remercions de votre participation.

Site web: www.eupa2013.org

J’aimerais porter à la connaissance de notre communauté la parution d’un document de l’Union Internationale de Chimie Pure et Appliquée (IUPAC) qui renouvelle les recommandations sur la terminologie utilisée en spectrométrie de masse :

K. K. Murray, R. K. Boyd, M. N. Eberlin, G. J. Langley, L. Li, Y. Naito, Definitions of terms relating to mass spectrometry (IUPAC Recommendations 2013), Pure Appl. Chem. 2013, 85, 1515- 1609.

Les documents précédents dataient de 1991, entre autres celui de l’IUPAC :

J. F. J. Todd, Recommendations for nomenclature and symbolism for mass spectroscopy, Pure Appl.

Chem., 1991, 63, 1541-1566 ; et les définitions de l’ASMS :

P. Price, Standard Definitions of Terms Relating to Mass Spectrometry - A Report from the Committee on Measurements and Standards of the American Society for Mass Spectrometry, J. Am.

Soc. Mass Spectrom. 1991, 2, 336-348.

Plus récemment, en 2000, David Sparkman avait proposé de mettre un peu d’ordre dans les définitions et les termes relatifs à la spectrométrie de masse dans un petit ouvrage pratique qui a été réédité en 2006 :

O. D. Sparkman, Mass Spec Desk Reference, Global View Publishing, Pittsburgh, USA, 2006 (nouvelle édition augmentée par rapport à celle de 2000).

Il existe aussi un dictionnaire récent de spectrométrie de masse :

A. I. Mallet, S. Down, Dictionary of Mass Spectrometry, Wiley, Chichester, UK, 2009.

L’auteur principal du document IUPAC 2013, Kermit Murray, a également publié un glossaire dédié aux couplages chromatographiques :

K. K. Murray; Glossary of terms for separations coupled to mass spectrometry, J. Chromatogr. A, 2010, 1217, 3922-3928.

Nouveau document IUPAC concernant la définition des termes utilisés en spectrométrie de masse : quelques commentaires

Jean-François Gal

Université Nice Sophia Antipolis

Le site internet de Kermit Murray (KM dans la suite) consacré à la terminologie de la spectrométrie de masse est aussi un outil intéressant pour chercher rapidement un terme, vérifier s’il est présent dans un des documents de terminologie, et se connecter à quantité d’autre sites traitant de ce sujet :

http://mass-spec.lsu.edu/msterms/

J’avais envoyé une contribution aux recommandations IUPAC 1991. Traditionnellement, l’IUPAC informe la communauté des chimistes de l’ouverture de projets de nomenclature et de terminologies, et j’avais pu ainsi participer au document. Je me suis donc senti concerné quand j’ai constaté certains problèmes dans le nouveau document 2013. Dans des échanges de courriels avec KM, j’ai soulevé le problème de l’absence de consultation de la communauté scientifique, ainsi que mon désaccord sur certains points du document.

Sur le premier point, j’ai fait part de ma déception que la SFSM ou la SCF n’aient pas été consultées. Le projet IUPAC a été lancé en 2003, et il semble que nos Sociétés n’aient pas été directement informées. Jean- Claude Tabet était impliqué dans le projet initial mais n’apparait plus comme auteur dans le document publié en 2013. J’ai contacté Ryszard Lobinski (membre de la Division de Chimie Analytique de l’IUPAC) qui a reconnu un problème de communication. En 2007, j’ai trouvé par hasard sur le site de l’IUPAC le projet de publication des recommandations, mais, selon KM, il était alors trop tard pour soumettre la cinquantaine de corrections et suggestions que j’avais rédigées. On notera que 6 ans se sont écoulés depuis…

Pour en venir au contenu, je ne suis pas le seul avoir manifesté ma critique sur des points spécifiques. David Sparkman a eu des échanges acerbes avec KM, essentiellement à propos des définitions nébuleuses de la résolution et du pouvoir de résolution (« resolving power »). Pour donner une idée simplifiée de la controverse, ces termes sont quasiment confondus deans les nouvelles recommandations, alors qu’ils devraient être respectivement définis, selon les critères de Davis Sparkman, par (m/z) (« mass resolution ») et (m/z)/ (m/z) (« mass resolving power »).

De mon coté, je me suis insurgé contre ce que je considère comme un retour en arrière concernant l’usage du tiret (« hyphen ») et de la barre de fraction (« slash ») dans les abréviations des techniques couplées. En 1991, il a été clairement recommandé que le slash soit utilisé pour les assemblages de techniques, par exemple GC/MS, LC/MS, MS/MS, etc. Cette pratique est assez peu respectée, j’en conviens, bien qu’elle soit totalement logique et cohérente avec d’autre usages, par exemple ion/molécule (et surtout pas ‘ion- molécule’ !) : en anglais, « l’hyphénation » est utilisée de façon à ce que le premier mot qualifie le second, alors que le slash indique une rencontre, une association entre deux entités.

Nouveau document IUPAC concernant la définition des termes utilisés en spectrométrie de masse : quelques commentaires

Jean-François Gal

Université Nice Sophia Antipolis

Dans les recommandations 2013, le choix est laissé à l’auteur, ce qui est clairement incohérent avec les préconisations des termes « MS/MS » et « ion/molecule ». Ma position est soutenue par David Sparkman.

En réponse à nos courriers, Kermit Murray argue qu’il n’y a pas eu consensus parmi les membres de la commission sur un certains nombre de termes, qui sont répertoriés, y compris ceux mentionnés ci-dessus, dans la rubrique « Controversial Terms » du document 2013. Il semble que certains des coauteurs des recommandations ont préféré suivre certains usages (contestables) plutôt que la cohérence et la logique.

Mais KM conclut dans un de nos échanges que la discussion sur la terminologie doit continuer, par exemple par des lettres aux éditeurs de journaux de spectrométrie de masse. De son coté, David Sparkman projette de travailler avec la Division de Chimie Analytique de l’IUPAC.

Sans doute le sujet ne semblera pas primordial à certains d’entre vous, mais il me semble important de promouvoir une coordination de notre vocabulaire, afin de véhiculer des idées précises et d’enseigner de façon cohérente une discipline qui touche à énormément de domaines, non seulement la chimie, mais aussi diverses branches de la physique, des sciences de la terre et de l’environnement, jusqu’à la biologie et la médecine.

Bien cordialement à tous, J.-F. Gal

Université Nice Sophia Antipolis

Institut de Chimie de Nice, CNRS UMR 7272 06108 Nice, France E-mail:[email protected]

www.unice.fr/icn/pcre/

Nouveau document IUPAC concernant la définition des termes utilisés en spectrométrie de masse : quelques commentaires

Jean-François Gal

Université Nice Sophia Antipolis

NOM : --- Prénom : --- Adresse Professionnelle : --- --- ---

 : télécopie : Courrier électronique :

Tarif des cotisations 2014

personne morale ... 200 € personne physique ... 40 € étudiant ... 10 €

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Règlement à l'ordre de la SFSM

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chèque bon de commande

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Si vous ne souhaitez pas que vos coordonnées apparaissent dans le prochain annuaire de la SFSM, veuillez cocher cette case. ...

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La SFSM souhaite actualiser l'annuaire de ses membres. Si vous voulez figurer dans cet annuaire,

veuillez préciser votre qualité :………

et indiquer votre domaine d'activité en cochant une des rubriques ci-après :

 A

 B

 C

 D

Formulaire d'adhésion à retourner à l'adresse suivante : Société Française de Spectrométrie de Masse (SFSM) ESPCI – USR 3149

10 rue vauquelin - 75005 PARIS

 : 01 40 79 47 65- télécopie : 01 40 79 52 18

Shakir au congrès de EUPA 2013, Saint-Malo

J’aimerais commencer ma lettre en souhaitant à tous les membres de la SFSM une bonne année 2014 pleine de réussite et de bonheur.

En revenant sur l’année 2013, elle fut une année intéressante pour moi sur le niveau professionnel, j’ai accompli ma première année de thèse et eu l’occasion de participer à l’école de printemps du Club Jeune de la SFSM mais également à mon premier congrès SMAP EuPA en Octobre à Saint Malo. En tant que doctorant en première année, j’ai eu la chance de recevoir la bourse de la SFSM qui couvrait les frais de mon inscription au congrès, je tiens ainsi à exprimer ma sincère reconnaissance et mes remerciements à la SFSM pour ce soutien.

Le congrès à Saint Malo était surtout l’occasion pour moi de présenter pour la première fois les avancées sur mon projet de thèse portant sur la protéomique rédox et ceci par une communication orale lors de la demie journée du Club Jeune, mais également par une communication écrite présentée durant l’une des deux sessions posters. C’était ainsi l’occasion de discuter avec d’autres chercheurs intéressés par le même domaine et de s’échanger des conseils et des avis.

J’avais vraiment apprécié ma participation aux rencontres du Club Jeune de la SFSM plus tôt dans l’année, ainsi j’avais décidé de me présenter aux élections du bureau du Club Jeune qui ont eu lieu durant le congrès à Saint Malo. Pendant ces élections, trois postes du bureau ont été renouvelés.

Ayant été élu, j’occupe dorénavant le poste de responsable des relations industrielles et participe déjà à l’organisation des prochaines rencontres du Club Jeune qui se tiendront à Dieppe (76) du 24 au 28 mars 2014. Je tiens à remercier les membres du Club Jeune pour la confiance qu’ils m’ont accordée.

Les présentations orales durant le congrès à Saint Malo étaient nombreuses, variées, et surtout bien réparties sur différents axes et thématiques de recherche en spectrométrie de masse. Tout le monde pouvait trouver son bonheur !

Parmi les nombreuses conférences qui m’ont intéressé, la présentation de Christine Carapito (LSMBO, Strasbourg) était particulièrement passionnante. Les étapes clés à prendre en compte lors du développement d’une méthode d’analyse ciblée LC-SRM (Selected Reaction Monitoring) en protéomique ont été présentées, et même si la recherche de biomarqueurs protéiques en spectrométrie de masse fut critiquée à une époque, la présentation de Christine reprenait en détail les avancées étayant la recherche dans ce domaine et présentait toute une méthodologie renforcée par un large panel d’outils informatiques permettant d’accéder à une analyse LC-SRM fiable. Finalement, les congrès scientifiques sont aussi l’occasion de découvrir de nouvelles régions. Par son vieux centre fortifié, Saint Malo offrait un cadre idéal pour accueillir les chercheurs dans une ambiance pittoresque, typiquement bretonne et surtout très conviviale. Ville de pirates, l’équipe organisatrice a effectué un magnifique travail dans l’organisation d’une soirée gala digne de Saint Malo et ses traditions. J’aimerais donc remercier encore une fois la SFSM pour ce congrès qui laissera certainement de bons souvenirs dans les mémoires de nombreux parmi nous.

En souhaitant de vous revoir tous bientôt dans des prochaines rencontres,

Shakir Shakir, ESPCI, Paris

Manifestations organisées par ou avec le concours de la SFSM

Journée Thématique SFEAP-SFSM

" Outils informatiques et statistiques pour l’analyse "

ESPCI, Paris, 17 mars 2014

SMAP 2014, 31èmes Journées Françaises de Spectrométrie de Masse

Lyon, du 30 juin au 2 juillet 2014 www.smap2014.fr

20^th IMSC, Genève (Suisse), 24-29 août 2014

www.imsc2014.ch

Autres manifestations

62nd ASMS, Baltimore (Etats-Unis) June 15 - 19, 2014

lien

13^th HUPO, Madrid (Espagne), 5-8 octobre 2014

www.hupo2014.com

International Journal of Mass Spectrometry

http://www.journals.elsevier.com/international-journal- of-mass-spectrometry/

Rapid Communications in Mass Spectrometry

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)10 97-0231

Journal of Mass Spectrometry

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)10 96-9888c

Journal of the American Society for Mass Spectrometry http://link.springer.com/journal/13361

Mass Spectrometry Reviews

http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)10 98-2787

European Journal of Mass Spectrometry http://www.impub.co.uk/ejms

Les Prochaines Réunions

Bibliographie