HAL Id: hal-02745075
https://hal.inrae.fr/hal-02745075
Submitted on 3 Jun 2020
HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.
L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.
Application d’un processus de bâton cassé à l’évolution neutre de l’ADN dupliqué pour d’expliquer une
distribution à invariance d’échelle
Florian Massip, P. F. Arndt
To cite this version:
Florian Massip, P. F. Arndt. Application d’un processus de bâton cassé à l’évolution neutre de l’ADN dupliqué pour d’expliquer une distribution à invariance d’échelle. Rencontres ALPHY 2013, Feb 2013, Villeurbanne, France. �hal-02745075�
Application d'un processus de bâton cassé à l'évolution neutre de l'ADN dupliqué pour d'expliquer une
distribution à invariance d'échelle
F. Massip & P.F. Arndt
Gao et Miller ont récemment mis en évidence un enrichissement du nombre de séquences répétés exactement dans de nombreux génomes eucaryotes après repeat-masking (Algebraic Distribution of Segmental Duplication Lengths in Whole-Genome Sequence Self-Alignments, Gao \& Miller, Plos One, 2011). Par ailleurs ils ont aussi observé que la distribution du nombre d'appariements en fonction de leur longueur suit une loi puissance d'exposant 3. La‐ question se pose donc de savoir quel mécanisme évolutif, ou quelle contrainte fonctionnelle produit une telle distribution. Nous avons développé un modèle d'évolution chromosomique simple et sans sélection ne faisant appel qu'à deux mécanismes, des mutations ponctuelles et des duplications segmentaires, et produisant la même distribution que celle observée dans les données génomiques. Par intégration des résultats issus du modèle du bâton cassé (on assimile les duplications à des bâtons que l'on casse par mutation ponctuelle), nous avons pu expliquer la distribution observée dans les séquences issues de nos simulations. Enfin, nous avons aussi démontré mathématiquement que l'exposant de cette loi puissance vaut 3 et ne‐ dépend pas des paramètres microscopiques du modèle.
