Fiche méthodologique : exploiter un arbre phylogénétique
Un arbre phylogénétique est un arbre de parenté, qui permet de déterminer des liens entre taxons. II est obligatoirement associé à la matrice taxons/caractères qui a permis de Ie construire et doit préciser les innovations évolutives qui ont permis de l'établir.
Lamproie Truite Salamandre Tortue Canard Lapin Mâchoires Absentes Présentes Présentes Présentes Présentes Présentes
Doigts Absents Absents Présents Présents Présents Présents Amnios Absent Absent Absent Présent Présent Présent Placenta Absent Absent Absent Présent Absent Absent Gésier Absent Absent Absent Présent Présent Absent
► Parenté
Dans un groupe, une espèce A est plus étroitement apparentée a une espèce B qu'a toutes les autres si elle possède avec l’espèce B un ancêtre commun exclusif.
La tortue partage avec Ie canard Ie caractère dérivé "présence d'un gésier" que ne possède pas Ie lapin. Ils possèdent un ancêtre commun exclusif que ne possède pas Ie lapin.
► Ancêtre commun
Les ancêtres communs se trouvent toujours aux nœuds de l'arbre.
Un ancêtre commun n'est jamais représenté par une espèce fossile : il est toujours hypothétique.
► État de caractère
Un état d'un caractère qui résulte d'une innovation est dit "dérivé". Les relations de parenté sont donc établies en prenant uniquement en compte les états dérivés de caractères homologues.
Plus deux espèces étudiées partagent de caractères dérivés communs, plus elles sont proches.
Il suffit d'identifier un caractère dérivé commun à plusieurs espèces pour conclure que ces espèces ont une origine commune.
La notion de "caractère dérivé" est relative : elles est définie par rapport au groupe d’espèces dont on recherche les liens de parenté.
Au sein des vertébrés, la possession d'un placenta est un caractère dérivé mais, au sein des Primates, c'est un caractère ancestral (car les tous les primates ont un placenta).
► A partir de séquences
Les arbres basés sur la quantification des mutations de séquences nucléotidiques ou peptidiques sont interprétés de la même manière : des séquences ressemblantes témoignent d'une parenté étroite des espèces qui les possèdent, parenté d'autant plus forte que les ressemblances sont nombreuses.
ARBRE
PHYLOGÉNÉTIQUE DE QUELQUES VERTÉBRÉS
MATRICE DE CARACTERES DE QUELQUES VERTÉBRÉS
