Santé du lapin et génomique

(1)

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Submitted on 5 Jun 2020

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Santé du lapin et génomique - Contribution de la sélection pour la santé et le bien-être du lapin

Guy Airiau, Dominique Le Cren, Emmanuel Fournier, Herve Garreau, Mélanie Gunia

To cite this version:

Guy Airiau, Dominique Le Cren, Emmanuel Fournier, Herve Garreau, Mélanie Gunia. Santé du lapin et génomique - Contribution de la sélection pour la santé et le bien-être du lapin. Salon International des Productions Animales (SPACE) 2016, Sep 2016, Rennes, France. �hal-02800877�

(2)

CONFERENCE

SPACE – Rennes – 14 septembre 2016

(3)

Programme

2

1. La filière cunicole française

par Dominique Le Cren - CLIPP

2. La sélection – le marché français de la génétique

par Emmanuel Fournier - SYSELAF

3. La recherche en génétique du lapin et ses applications

par Hervé Garreau – unité GenPhySE - INRA

4. Génomique pour la résistance génétique des lapins à la pasteurellose

par Mélanie Gunia – unité GenPhySE - INRA

5. Conclusion

(4)

La filière cunicole française

3

(5)

Panorama de la production de viande de lapin dans le monde

4

6 à 700 000

300 000

200 000

75 000

Asie du Sud-Est - Chine Europe Europe du Sud Europe de l'Est

(Volumes estimés à partir de source FAO et de sources professionnelles)

Italie 30%

Espagne 30%

France 30%

Portugal 10%

R.tchèque Ukraine Fed de Russie Hongrie Bulgarie Pologne Italie

Espagne France Portugal

(6)

5

(7)

L’élevage français en quelques chiffres

6

1 200 éleveurs professionnels (+100 lapines) + 30 000 exploitations (élevages familiaux)

Une filière très organisée : +90% des éleveurs en OP 40 millions de lapins élevés par an

79% de la production située dans le grand ouest

(8)

Profil de l’élevage

7

1/3 des élevages de lapins professionnels sont des exploitations spécialisées

Les non spécialisés associent au lapin des cultures / bovin viande / VL / volaille

Une parité presque parfaite : 42% de femmes et 58% d’hommes Age moyen : 48 ans

Taille moyenne : 600 femelles en production Investissement moyen = 400 000 €

Nombre de lots par an = 8,5

(9)

Transformation – échanges - consommation

57 000 T de viande produite /an

12 sites abattent 90 % de la production

Concentration des entreprises : 2 groupes ALPM et LDC

Une balance commerciale excédentaire :en 2015 : 5700 T exportées – 2800 T importées

82% des français déclarent manger du lapin

38% de pénétration des foyers pour la consommation à domicile

8

0 500 1000 1500 2000

Les débouchés à l'exportation en 2015

(source Douanes françaises)

- 500 1 000 1 500

Belgique Espagne Chine Pays Bas Hongrie

Provenance des importations en 2015

(source : Douanes françaises)

(10)

La sélection – le marché

français de la génétique

(11)

Qui sommes nous ?

SYSELAF , syndicat des sélectionneurs de lapins de chair français, Adhérents : EUROLAP - HYCOLE - HYPHARM

Date de création : 1990

Objectifs :

- Améliorer les performances zootechniques et sanitaires des lapins reproducteurs

- Garantir la qualité de travail de sélection de ses membres - Représentation nationale

(12)

L’activité : la génétique française s’exporte partout dans le monde

100% en France

65% en Espagne / Italie / Belgique / Hollande / Portugal

80% Europe centrale

Développement en Chine et en Russie Présente sur les 5 continents

Équivalent à 200 - 250 000 TEC de lapins Soit ¼ de la production mondiale

Soit les ¾ de la production qui utilise de la génétique

(13)

Sélectionner des lignées pures

Diffusion d’animaux croisés

Le métier des sélectionneurs

(14)

Lignées paternelles :

- croissance

- rendement carcasse

- Indice de consommation - sanitaire

Lignées maternelles :

- prolificité

- homogénéité

- production laitière

- longévité

Objectifs de sélection

Commercialisation de femelles parentales et grands parentales, de semences et d’animaux parentaux et grand parentaux.

(15)

Chaque sélectionneur travaille avec l’INRA

Suivi des progrès génétiques et des différents paramètres génétiques Mise en place et suivi des outils d’indexation (BLUP)

Les travaux en commun :

Fin des années 90 : carte génétique du lapin cofinancée par les 3 sélectionneurs.

Les travaux de finalisation seront repris par des équipes américaines

2005, forte problématique EEL, mais compte tenu :

du programme de démédication engagé par la filière du poids économiques de la pasteurelle en élevage.

Les liens avec l’INRA

La filière décide de mettre en place un dossier génomique : RELAPA.

(16)

15

La recherche en génétique

du lapin et ses applications

(17)

16

Place de l’INRA dans le schéma d’amélioration génétique

1961: Début des recherches sur la génétique et la sélection du lapin à l’INRA.

1968: Création du schéma national d’amélioration génétique du lapin

1970: Création de la Station d’Amélioration Génétique des Animaux et de la Station Expérimentale Lapins à Toulouse

1972: Sélection et diffusion des lignées INRA

Mise en place de schémas de sélection privés

2008: Création du pôle expérimental cunicole de Toulouse, arrêt de la diffusion en propre et renforcement de l’appui aux professionnels

2012: Création de l’unité de recherche INRA GenPhySE

(18)

INRA

Génétique Physiologie et système d’élevages

Pôle Expérimental Cunicole Toulousain

Partenariat scientifique et professionnel

Laboratoires étrangers Italie, Espagne, USA, Australie…

SYSELAF

Sélectionneurs privés

FENALAP

Fédération des éleveurs

Ministère de l’alimentation, de l’agriculture et de la pêche

Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche

Institut technique de l’Aviculture Développement et recherche appliquée

Tutelle

Partenariat professionnel Partenariat scientifique

CLIPP Interprofession

« Lapin de France » Physiologie de la Reproduction Infectiologie Santé Publique et du Comportement

Plateforme infectiologie expérimentale

Un schéma cohérent pour la production et le transfert des connaissances

(19)

18

La sélection c’est quoi ?

Choisir des reproducteurs dans une population à partir d’une valeur d’index La supériorité des reproducteurs choisis est transmise aux descendants

Le progrès génétique se cumule au long des générations

Choix des reproducteurs

Accouplement des reproducteurs

Génération N Génération N + 1

(20)

Principe du calcul de l’index

Performances

Animal 1 Animal 2

Classement des individus selon leur valeur génétique estimée VG1 > VG2

11 10 9

0

Nés vivants

Milieu 1 Milieu 2

Gènes 2 Gènes 1

? ?

La performance résulte de la somme des effets de milieu et des effets génétiques : P = G + M

(21)

Choix des critères de sélection

Rentabilité économique

Augmentation de la productivité Diminution des coûts de production

Respect de l’environnement

Diminution des intrants (aliment, énergie, médicaments) Diminution des rejets (médicaments, effluents)

Demande sociétale

Qualité des produits Santé des animaux Bien être animal Robustesse

Les critères sont choisis pour répondre

aux trois objectifs du développement durable

Critères de sélection = caractères pour lesquels on souhaite une amélioration de la valeur génétique

(22)

Sociétal

Environnement Economique

Résistance aux maladies Efficacité alimentaire

Prolificité

Vitesse de croissance Fertilité

Qualités maternelles Qualité des produits

Longévité de la femelle

• Critères de sélection = caractères pour lesquels on souhaite une amélioration de la valeur génétique

Choix des critères de sélection

(23)

•

Séquençage complet du génome du lapin

ADN = Succession de 4 molécules (bases G C A T) Séquence = ordre d’enchaînement des bases

La génomique : Les outils de sélection du futur

•

Les Marqueurs génétiques

Marqueur = portion du génome qui est variable selon les individus Un marqueur peut varier pour une seule base :

Marqueur Animal 1 : TATAGACGTACTGAT Marqueur Animal 2 : TATAGTCGTACTGAT

Plusieurs millions de marqueurs sont présents sur le génome

Certaines formes (séquences) de marqueurs sont plus favorables pour les caractères

(24)

Construction des outils de génomique:

un partenariat public-privé réussi

• Quelques définitions : une carte génétique

1

INRACCDDV0278 (AQP7)

INRACCDDV0236/0259/0269 (TJP2) INRACCDDV0240/0263 (DAPK1) INRACCDDV0267/0272 (PTCH)

INRACCDDV0251 (SLC29A2) INRACCDDV0327/0350 (RPS3) INRACCDDV0257 (PARVA) INRACCDDV0351 (MMP1 ) INRACCDDV0320/0322 (SLN) INRACCDDV0252/0271 (HTR3B)

INRACCDDV0328/0345 (PSAT1) INRACCDDV0130

INRACCDDV0169

INRACCDDV0298 5

2 2 4 2

43

1.1 1.21.3 1.41.5 cen 1.21.3 1

1.1 3

1

2 2.1 2.3 4 2.2

1

3 5

3 5 7 4 6 1 3 2

1

2

INRACCDDV0358 INRACCDDV0077 (FSHR) INRACCDDV0070 (TGFA) INRACCDDV0192

INRACCDDV0096 INRACCDDV0173 1 1 23 4

2 1.3 2 43

5

5 4 32 1

1.1

5 4

3 1

2 cen

1.3 1.1

2.2

3

INRACCDDV0036 (CD14)

INRACCDDV0225 (ASPH) INRACCDDV0218 (ARFGEF1)

INRACCDDV0203 cen

1

1 1 1 2

3 4

2 23

1 54

2 3 1

76

4 2

3 2

5

7

INRACCDDV0235 (ACTR3) INRACCDDV0323/0336 (PROC) INRACDDV331 (C2ORF25)

INRACCDDV0042 (CFTR) INRACCDDV0221/0231 (GPR37) INRACCDDV0311 (CALU)

INRACCDDV0163

INRACCDDV0092 INRACCDDV0163

INRACCDDV0359 (CXCR4) 1

1.1 2

1

23

1 54

2 3

6 7 1

54 2 3.1

6 7

1

2 2

cen

3.2 3.3 1.21.3

8

INRACCDDV/0075/0080/0087 (SLC6A12) INRACCDDV0317 (OLR1)

INRACCDDV0341 (TPT1)

INRACCDDV0021 (SLC15A1) INRACCDDV0157 2.11

3 4.3

3.12 1

5 4 2 3 1

6 cen 2.32.2 4.14.2

3.33.2

9

INRACCDDV0160 INRACCDDV0274 (ITIH3)INRACCDDV0005 (GPX1) INRACCDDV0308

INRACCDDV0010/0016 (NPC1) INRACCDDV0249 (DSC3) INRACCDDV0344 (MAPRE2) INRACCDDV0239/0273 (GALNT1) INRACCDDV0155 INRACCDDV0017 (CYB5) INRACCDDV0200 cen

5.1 4.1

2 3 1 1

6 7

1 1 2

3 45

4.24.3 5.35.2

12

INRACCDDV0072/0083 (DSP)

INRACCDDV0057 (R19) INRACCDDV0055 (NOTCH4) INRACCDDV0088 (DMA)

INRACCDDV0318 (CGA) INRACCDDV0260 (RNGTT) INRACCDDV0201

INRACCDDV0176 1 1 3 45 2

541 2 3

6 1.1

5.1 4 2 3 1 2 cen

5.25.3 1.31.2

13

INRACCDDV0310 (PTAFR) INRACCDDV0014 (SLC2A1) INRACCDDV0342 INRACCDDV0242/0270 (BCAS2)

INRACCDDV0027 (CD1B) INRACCDDV0346 (CRP) INRACCDDV0297 INRACCDDV0215 (FLJ11838) 1

1 3 45 2

11 1

52 4 2 3

6 7 8

45 2 3 1 3 cen

14

INRACCDDV0082 (STAG1) INRACCDDV0131 INRACCDDV0335/0337(SIAH2) INRACCDDV0166

INRACCDDV0079 (AHSG)INRACCDDV0081 (FXR1) INRACCDDV0313 (HES1)

INRACCDDV0241/0243 (TIAM1) INRACCDDV0230

1 1 1 3 2 1 1 54 2 3

6 78

5 4 2 3

6 7 2

18

INRACCDDV0099 INRACCDDV0196 INRACCDDV0280

INRACCDDV0253/0258 (MINPP1) INRACCDDV0338 (TNFRSF6)

INRACCDDV0085 (CYP2C4) INRACCDDV0023/0029/

0063 (CYP2C18) INRACCDDV0119 INRACCDDV0190 1 32 1

4 2 3 1.1 2

2 3 1 3 cen 1.21.3

19

INRACCDDV0058 (ALOX15) INRACCDDV0339 (ENO3) INRACCDDV0212/0234 (NDEL1) INRACCDDV0309 (MYH3)

INRACCDDV0033 (ITGB3) INRACCDDV0071 (KRT12) INRACCDDV0094 1 2.1 3 1

2 1 32 cen 2.2

2.3

20

INRACCDDV0084 (TGFB3) cen11

2

4 2.1 3 1 2.22.31

6

11 5 4

10

INRACCDDV0357 (BRIX) INRACCDDV0108 INRACCDDV0086 (GHR) INRACCDDV0237 (NNT) INRACCDDV0349 (AOAH)

INRACCDDV0304/0305 (EGFR) INRACCDDV0076/0330 (DLX5) INRACCDDDV0006 (ICAM5) INRACCDDV0001/0004/0061 (CALR)

INRACCDDV0022/0040 (ERBB3)

INRACCDDV0248 (PMCH) INRACCDDV0065 (IGF1)

INRACCDDV0009 (DNASE1) INRACCDDV0290

INRACCDDV0219 (MYH11) INRACCDDV0213/0224/0229 (PRKCB1) INRACCDDV0214 (EIF3S8) INRACCDDV0230 INRACCDDV0007/0012 (MT1A)

INRACCDDV0039 (LCAT) INRACCDDV0211 (HAS3) INRACCDDV0340 (NCOA6)

INRACCDDV0025 (STK17A)

INRACCDDV0347 (EPO) INRACDDV0068/0314/0325/0333 (PRNP)

INRACCDDV0183

INRACCDDV0120 21 1

1 1 23 4

cen 4

2

31

5 1

6 1 1 2 43

cen 4

2

31

5.1 1 1 2 4 6

1 3 5 7

cen

5.2 5.3

5 4 32 1 1 6

1 1 3 4 2 cen

5 4 2 3 1 1 76

1 1.1 32 1.2

cen 4

X 21

INRACCDDV0232 (SAT)

INRACCDDV0247/0256/0275 (MSN) INRACCDDV0334 (RPS4X)

Y

INRACCDDV0326 (SRY) 121

1 cen

1 1

213 4

5

1 2

31

23.12 1.1

5 4 cen

1.21.3 1.41.5 3.23.3 11

2

4 32 1 1 56 cen

17 16

15

INRACCDDV0208/0216/0233 (HNRPU)

INRACCDDV0003 (PIGR) INRACCDDV0018 (CSN1)

INRACCDDV0032/0035 (CSN3) INRACCDDV0303/0307 (SLC4A4) INRACCDDV0306 (GC) INRACCDDV0044 (ALB)

INRACCDDV0030/0031 (CA12) INRACCDDV0152

INRACCDDV0143

INRACCDDV0148

INRACCDDV0185

INRACCDDV0172 INRACCDDV0217 (GMFB) 1

3 4

2 1

1.1 1 4 2 3

5 4 2 32 1 cen 1.31.2 1.51.4

2.32.2 2.1₁1

1

54 3.12

6 1

1 232 cen 3.33.2

1

54 2

3 1

6 2

32 1

45 31 21 4 cen

1

INRACCDDV0169

INRACCDDV0298 5

2 2 4 2

43

1.1 1.21.3 1.41.5 cen 1.21.3 1

1.1 3

1

2 2.1 2.3 4 2.2

1

3 5

3 5 7 4 6 1 3 2

1

2

2 1.3 2 43

5

5 4 32 1

1.1

5 4

3 1

2 cen

1.3 1.1

2.2

3

1

1 1 1 2

3 4

2 23

1 54

2 3 1

76

4 2

3 2

5

7

INRACCDDV0163

1.1 2

1

23

1 54

2 3

6 7 1

54 2 3.1

6 7

1

2 2

cen

3.2 3.3 1.21.3

8

3 4.3

3.12 1

5 4 2 3 1

6 cen 2.32.2 4.14.2

3.33.2

9

5.1 4.1

2 3 1 1

6 7

1 1 2

3 45

4.24.3 5.35.2

12

INRACCDDV0176 1 1 3 45 2

541 2 3

6 1.1

5.1 4 2 3 1 2 cen

5.25.3 1.31.2

13

1 3 45 2

11 1

52 4 2 3

6 7 8

45 2 3 1 3 cen

14

1 1 1 3 2 1 1 54 2 3

6 78

5 4 2 3

6 7 2

18

4 2 3 1.1 2

2 3 1 3 cen 1.21.3

19

2 1 32 cen 2.2

2.3

20

2

4 2.1 3 1 2.22.31

6

11 5 4

10

INRACCDDV0183

1 1 23 4

cen 4

2

31

5 1

6 1 1 2 43

cen 4

2

31

5.1 1 1 2 4 6

1 3 5 7

cen

5.2 5.3

5 4 32 1 1 6

1 1 3 4 2 cen

5 4 2 3 1 1 76

1 1.1 32 1.2

cen 4

X 21

Y

1 cen

1 1

213 4

5

1 2

31

23.12 1.1

5 4 cen

1.21.3 1.41.5 3.23.3 11

2

4 32 1 1 56 cen

17 16

15

INRACCDDV0208/0216/0233 (HNRPU)

INRACCDDV0143

INRACCDDV0148

INRACCDDV0185

3 4

2 1

1.1 1 4 2 3

5 4 2 32 1 cen 1.31.2 1.51.4

2.32.2 2.1₁1

1

54 3.12

6 1

1 232 cen 3.33.2

1

54 2

3 1

6 2

32 1

45 31 21 4 cen

1

INRACCDDV0169

INRACCDDV0298 5

2 2 4 2

43

1.1 1.21.3 1.41.5 cen 1.21.3 1

1.1 3

1

2 2.1 2.3 4 2.2

1

3 5

3 5 7 4 6 1 3 2

1

2

2 1.3 2 43

5

5 4 32 1

1.1

5 4

3 1

2 cen

1.3 1.1

2.2

3

1

1 1 1 2

3 4

2 23

1 54

2 3 1

76

4 2

3 2

5

7

INRACCDDV0163

1.1 2

1

23

1 54

2 3

6 7 1

54 2 3.1

6 7

1

2 2

cen

3.2 3.3 1.21.3

8

3 4.3

3.12 1

5 4 2 3 1

6 cen 2.32.2 4.14.2

3.33.2

9

5.1 4.1

2 3 1 1

6 7

1 1 2

3 45

4.24.3 5.35.2

12

INRACCDDV0176 1 1 3 45 2

541 2 3

6 1.1

5.1 4 2 3 1 2 cen

5.25.3 1.31.2

13

1 3 45 2

11 1

52 4 2 3

6 7 8

45 2 3 1 3 cen

14

1 1 1 3 2 1 1 54 2 3

6 78

5 4 2 3

6 7 2

18

4 2 3 1.1 2

2 3 1 3 cen 1.21.3

19

2 1 32 cen 2.2

2.3

20

2

4 2.1 3 1 2.22.31

6

11 5 4

10

INRACCDDV0183

1 1 23 4

cen 4

2

31

5 1

6 1 1 2 43

cen 4

2

31

5.1 1 1 2 4 6

1 3 5 7

cen

5.2 5.3

5 4 32 1 1 6

1 1 3 4 2 cen

5 4 2 3 1 1 76

1 1.1 32 1.2

cen 4

X 21

Y

1 cen

1 1

213 4

5

1 2

31

23.12 1.1

5 4 cen

1.21.3 1.41.5 3.23.3 11

2

4 32 1 1 56 cen

17 16

15

INRACCDDV0208/0216/0233 (HNRPU)

INRACCDDV0143

INRACCDDV0148

INRACCDDV0185

3 4

2 1

1.1 1 4 2 3

5 4 2 32 1 cen 1.31.2 1.51.4

2.32.2 2.1₁1

1

54 3.12

6 1

1 232 cen 3.33.2

1

54 2

3 1

6 2

32 1

45 31 21 4 cen

2006: 1ere carte génétique financée par l’INRA et le Syselaf 178 marqueurs sur les 23 chromosomes, 250 gènes identifiés

2015: 1ere commande de la puce Affimetrix 200 000 marqueurs pour le projet RELAPA 19 000 gènes identifiés

Position des marqueurs sur les 23 chromosomes

Puce = Grille de lecture des marqueurs

(25)

RELAPA

Génomique pour la résistance génétique

des lapins à la pasteurellose

(26)

Pourquoi s’intéresser à la pasteurellose chez le lapin ?

• Pasteurella multocida

• Pneumonies, abcès, mammites, metrites, septicémies

• Très forte prévalence et maladie chronique Maladie bactérienne la plus commune

• Mortalité, mauvaise croissance, baisse de fertilité, réformes des femelles (50%)

• Pertes ≈ 4 million € pour l’élevage cunicole français Pertes économiques

• Antibiotiques peu efficaces, coûteux, rechutes

• Bactéries porteuses de gènes d’antibiorésistance Traitements

(27)

Pourquoi la génomique?

Pas de traitements ni de prévention efficaces contre la pasteurellose Outils de sélection classique limités : la résistance à la pasteurellose est

difficile à mesurer et à sélectionner

• La résistance à la pasteurellose est difficile à mesurer = critère qualitatif

• Les élevages de sélection ont un très bon niveau sanitaire (les maladies ne sont pas ou peu exprimées) car les reproducteurs doivent rester sains

– Il est difficile d’identifier les animaux résistants et les animaux sensibles à la pasteurellose

• Il faut donc utiliser une infection expérimentale sur des animaux apparentés à ceux qu’on veut utiliser comme reproducteur : compliqué, couteux, peu précis

• Caractère faiblement héritable

(28)

Dans quel but?

Grâce au protocole expérimental du programme RELAPA qui va

permettre d’identifier des gènes (ou des parties de l’ADN) associés à la résistance aux maladies

On veut utiliser l’information génomique :

1. pour identifier quels sont les animaux résistants dans les élevages de sélection sans les rendre malades

2. pour sélectionner les animaux résistants

Comment?

(29)

Comment? Principe de la sélection génomique

1. Population de lapins dont on connait l’ADN et les performances (par exemple la résistance à la pasteurellose suite à une infection expérimentale)

2. Calcul d’équations de prédiction qui permettent d’associer l’information de l’ADN à la résistance à la pasteurellose

3. Prédiction des résistance de lapins seulement à partir de l’information de l’ADN

(30)

RELAPA : un programme innovant

Génétique

Immunologie Pathologie

• Recherche interdisciplinaire

(31)

RELAPA : un programme innovant

Pathologie

• Premier programme utilisant la génomique en lapin

• Permettant l’identification et la sélection d’animaux résistants à la pasteurellose

• Etudiant les conséquences d’une telle sélection:

- Correlations avec la résistance ou la sensibilité à d’autres maladies

- Impact sur d’autres caractères de production

(croissance, taille de portée)

(32)

Consortium

Pôle d'Expérimentation Cunicole TOULousain

Unité Mixte de Recherche INRA / ENVT : Interactions Hôtes - Agents Pathogènes

Unité mixte de recherche INRA/ Université François Rabelais : Infectiologie et santé publique

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Programme préliminaire : « Pasteurellose du lapin »

(AGENAVI- SYSELAF- INRA PFIE, CIRM, ISP, labos vétérinaires)

• Collection de 174 isolats de Pasteurella (2003-2007)

Caractérisation génétique par les méthodes reconnues

• Evaluation In Vivo de la Virulence : 20 isolats Pasteurella

Test des voies, doses, durées de la mesure de la réponse

Mesures de la réponse à l’infection: croissance, température, réponse anticorps, abcès, charge bactérienne

• Définition d’un modèle expérimental d’infection de lapins à Pasteurella

(34)

Production des animaux expérimentaux

60 ♂ de 6 lignées 120 ♀ INRA 1777

1000 lapins produits en 5 fois

X

(35)

Inoculation et phénotypage

1. Inoculation

3. Analyses phénotypiques et génétiques

2. Réponse à l’infection étudiée pendant 14 jours

Jour 14

• Identification des animaux résistants

• Identification des critères de résistance

• Héritabilités et corrélations de l’ensemble des caractères de résistance

Jour 0

Poids, température Mortalité, morbidité

Numération bactérienne Réponse anticorps

(36)

Analyse de l’information génomique

2. Etude de la diversité génétique de chaque population

1. Génotypage (puce Affymetrix 200 000 marqueurs)

- Prélèvement sang ou cartilage sur les 60 pères, 120 mères et 1000 lapins inoculés - Extraction de l’ADN

- Lecture de l’ADN grâce à la puce

3. Analyse du génome 4. Equations de prédictions génomiques

Identification de gènes ou de parties de l’ADN associés à la résistance à la pasteurellose

Calcul d’équations permettant de

prédire la résistance à la pasteurellose à partir de l’ADN

(37)

Lapins inoculés : mesure de la résistance à la pasteurellose

Stratégies pour une sélection en routine

1. Corrélations entre résistance à la pasteurellose et les caractères de production et reproduction

2. Application chez les sélectionneurs

Lapins apparentés en élevage :

mesure de caractères de production et reproduction, incidence de

maladies Calculs des

corrélations

Méthodologie et connaissances produites valables pour chaque sélectionneur - critères de sélection pertinents

- Développement de méthodes de sélection utilisant l’information génomique

Santé du lapin et génomique - Contribution de la sélection pour la santé et le bien-être du lapin