Migale CATG - Centre d'Analyse et de Traitement pour la Génomique

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Submitted on 5 Jun 2020

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Migale CATG - Centre d’Analyse et de Traitement pour la Génomique

Sandra Derozier

To cite this version:

Sandra Derozier. Migale CATG - Centre d’Analyse et de Traitement pour la Génomique. Enjeux et évolution des métiers des plateformes à l’INRA, Jun 2012, Saint Raphaël, France. pp.1, 2012.

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Coordonnées

Plateforme Migale Unité MIG

INRA - CRJ

Domaine de Vilvert 78352 Jouy-en-Josas http://migale.jouy.inra.fr Membres de la plateforme Jean-François GIBRAT

Responsable scientifique Franck SAMSON

Responsable technique Eric MONTAUDON

Administrateur Système Linux Véronique MARTIN

Ingénieur Outils et Banques de données

Annie GENDRAULT

Ingénieur Bases de données Sandra DEROZIER

Ingénieur Conception et Développement

Missions de la plateforme Déploiement d’une infrastructure de calcul scientifique

- environ 15 serveurs (bases de données, services Web, banques de données, …).

- cluster de calcul de 496 processeurs SGE avec près de 500 CPU.

- 70 To en Raid 5.

Mise à disposition des collections génériques de données issues des travaux de génomique

- 6 banques de données nucléiques, 14 protéiques, 2 métaboliques, 7 transcriptomiques et 16 génomiques.

Déploiement sur la plateforme de logiciels d’analyse de ces données - environ 250 outils installés et mis à disposition.

- portail Mobyle : http://migale.jouy.inra.fr/mobyle/cgi-bin/portal.py ^. - serveur Galaxy ( disponible très prochainement ).

Formation des utilisateurs aux méthodologies de la bioinformatique et aux logiciels d’analyse - 11 modules proposés.

- plus de 110 personnes formées.

Conception et développement d’applications pour automatiser certains traitements de données

- création d’une base de données et d’une interface Web permettant de visualiser et d’interpréter des données de transcriptomique et de protéomique de Rattus norvegicus (accueil d’une stagiaire suite à une collaboration avec l’unité MICALIS de Jouy-en- Josas).

Certification de la plateforme

La plateforme Migale a été labellisée Plateforme Opérationnelle de Bioinformatique RIO (Réseau Inter Organismes) en Novembre 2006 et IBiSA depuis 2010. Elle fait aussi partie du Réseau National des plateformes Bioinformatiques ReNaBi.

La plateforme Migale a été certifiée ISO9001 version 2000 en Avril 2011.

Clients

utilisateurs anonymes : ils se connectent par l'intermédiaire du Web pour accéder à des ressources en ligne comme des bases de données ou des logiciels particuliers.

personnes disposant d’un compte actif sur les serveurs : ils sont susceptibles de consommer des ressources (stockage sur disque, puissance de calcul, logiciels particuliers) et d’être demandeurs de

«mini-projets» pour lesquels les membres de la plateforme sont amenés à faire des développements.

équipes de biologistes qui collaborent à des projets de recherche, souvent en réponse à des appels d’offres de l’ANR ou européens. Ces projets sont en général de gros consommateurs de ressources de calcul et nécessitent une expertise autour de l’intégration de données.

d’autres entités «institutionnelles» comme le département MIA. Ces demandes peuvent mobiliser d’importantes ressources, mais cela vient en général, en contrepartie de moyens.

Mode de gouvernance

Commission nationale des outils collectifs

GIS IBiSA : Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie

Instance du centre : - conseil scientifique - comité de pilotage et d’harmonisation des outils

collectifs

Unité MIG

Départements : MIA, MICA et PHASE

Enjeux et évolution des métiers des plateformes à l’INRA

13 au 15 Juin 2012 - Saint Raphaël