Décodage des réseaux géniques impliqués dans le remodelage cellulaire chez l'embryon de Drosophila melanogaster

Texte intégral

(1)5)µ4& &OWVFEFMPCUFOUJPOEV. %0$503"5%&-6/*7&34*5²%&506-064& %ÏMJWSÏQBS Université Toulouse 3 Paul Sabatier (UT3 Paul Sabatier). 1SÏTFOUÏFFUTPVUFOVFQBS Delphine MENORET. le mardi 3 décembre 2013. 5JUSF. . Décodage des réseaux géniques impliqués dans le remodelage cellulaire chez l'embryon de Drosophila melanogaster. ²DPMF EPDUPSBMF et discipline ou spécialité ED BSB : Biologie du développement. 6OJUÏEFSFDIFSDIF Centre de Biologie du Développement. %JSFDUFVS T EFʾÒTF Serge PLAZA François PAYRE Jury : Pr Philippe Besse, Président Dr Pascale Gilardi, Rapporteur Dr Krzyztof Jagla, Rapporteur Dr Denis Thieffry, Examinateur Pr Christel Lutz, Invitée. .

(2)

(3) Au bout de 4 années de travail, voici enfin venu le temps des remerciements pour tous ceux sans qui cette thèse n’aurait pas pu être ce qu’elle est. Dans un premier temps je tiens à remercier bien évidemment François et Serge, mes encadrants de thèse qui ont pris le risque de me choisir pour mener ce projet ambitieux. Je tiens également à remercier Marc Haenlin et Gwen, qui m’ont apporté leur soutien lors des moments difficiles, et qui m’ont aidée à prendre les bonnes décisions. De nombreux collaborateurs ont participé à ce travail : S. Aerts, R. Spokony, V. Hakim, I. Gonzalez. Un grand merci à M. Santolini, qui a mené de nombreuses analyses en « CRMologie », et qui nous a fait part de son expérience bio-informatique, permettant d’arriver à une publication de grande qualité. Bien qu’elle ne figure pas en tant qu’encadrante officielle sur le manuscrit, je tiens à adresser un message particulier à Hélène. Tu m’as prise sous ton aile quand je suis arrivée dans l’équipe, et tu m’as initiée à toutes les techniques qui m’étaient alors inconnues. On se l’est souvent dit entre nous mais je le répète, un de mes grands regrets est de n’avoir pas pu travailler avec toi en plus étroite collaboration, nos projets respectifs ayant pris le dessus à chaque fois. Tu m’as également soutenue lors des étapes plus critiques de ma thèse : papier CRM, révisions, écriture du manuscrit, en n’hésitant pas à me consacrer du temps pour m’aider. Tu fais partie des personnes grâce auxquelles j’ai pu achever cette thèse alors que cela me paraissait insurmontable ;op. Phiphi, je t’ais fais souffrir pendant 3 ans en réunions d’équipe en te submergeant de « vulcania plot » et autres histogrammes en tout genre, mais tu m’as toujours apporté ton aide au quotidien, par exemple lors de mes galères de clonage ;op !!!! Grâce à toi je suis enfin convaincue que « pour que ça réussisse il suffit d’une colonie !!!!! ». Je te remercie donc pour tous ces conseils et ton amitié !! Jenny, Cédric et Pierre, nos discussions rugbystiques étaient pour moi un vrai moment de détente. Je savais qu’un match du Stade ou de l’équipe de France pendant le weekend amènerait une bonne discussion le lundi ! Yvan, l’homme aux 12 millions d’hybridations in situ, je voudrais te remercier pour toute l’aide que tu m’as apportée lorsqu’il s’agissait de tester tous mes candidats. Tu m’as ouvert les yeux sur le monde merveilleux des in situ ou immuno-in situ, avec tes protocoles simples ou améliorés, 2, 3 ou 4 jours, et adaptables à toutes les situations !!!!! Je tiens à adresser un message particulier aux thésards de l’équipe, Ahmad et Emilie les « vieux », et les « nouveaux » Azza et Jérôme. Vous m’avez vu galérer jusqu’au bout pour parvenir à finaliser cette thèse, et je souhaiterais que vous vous accrochiez pour finir vous aussi. Dites-vous que vous faites tout cela pour vous et non pour les autres, que cela peut paraitre juste infaisable et insurmontable à certains moments, mais comme quelqu’un me l’a très justement conseillé, il faut à ce moment-là savoir se reposer sur nos proches et éliminer toute interaction que vous jugerez néfaste. Audrey, ma morue préférée, ton arrivée dans l’équipe nous a permis de créer une belle amitié entre nous, tu m’as apporté un soutien immense durant ces 2 dernières années, en n’hésitant pas à mêler leçon de morale et réconfort version « maman Audrey » quand tu voyais que je carburais aux paninis nutella, kinder bueno et petits écoliers trempés dans un chocolat chaud, signe d’une grande détresse de.

(4) ma part ;op !!!! Ta ténacité pour te construire vie privée et professionnelle qui te conviennent m’a toujours impressionnée, et je fais tout pour copier ton optimisme !!! Juju, ma tutrice, je tiens à te remercier pour ton amitié, tu as su voir quand j’étais à bout de nerfs, et tu m’as soutenue sans chercher à m’influencer sur les décisions à prendre. Ton enthousiasme pour mon « super projet » comme tu l’appelais m’a aidée à passer les moments difficiles. Je voudrais aussi remercier tous les thésards du CBD, devenus de vrais amis au fil du temps : Amir, Ismaël, Bibi, Sandra, Clément, Aurélie, Mathilde, Luis. Emily, je ne pouvais pas ne pas finir ces remerciements CBD par toi, tu t’en doutes bien. Mon pétage de plombs « je vais courir nue dans les bois » quand j’ai reçu les résultats de transcriptome a été le début d’une grande amitié entre nous. Je pense que nos nombreux points communs (trop nombreux parfois, c’est limite flippant) ont contribué à nous rapprocher, quoi de plus beau que de se raconter ses looses improbables de la vie quotidienne, enchainements ininterrompus de galères qui nous font passer nos pires journées de merde, mais qui représentent tellement bien nos vies !!!! C’est moche à dire, mais de savoir que tu serais là sur le palier à commencer à sourire dès que je dirais « tu veux savoir un truc drôle ? Enfin drôle…» puis rire à mes galères et me faire partager les tiennes était d’un grand réconfort !!! Tu as également été présente lors des périodes les plus difficiles, et tu as été la première à ne pas me dire « mais si ! Faut absolument que tu continues !!!! », la bonne réaction que toi seule pouvait avoir…Et pour m’encourager lors de la dernière ligne droite, comme tu ne pouvais pas être présente à mes côtés, tu m’as envoyé ton meilleur agent, l’amie Cahouète qui a contribué à me changer les idées un mois avant la soutenance !!! Qui d’autres d’ailleurs que toi pouvait se douter qu’une poule pourrait me faire le plus grand plaisir comme cadeau de thèse…Maintenant cette amitié continue en dehors du labo, toujours plus solide je l’espère, et qui s’enrichit tous les jours !!!!! Je tiens à remercier aussi les membres du club de rugby de Labastide-Beauvoir, anciens et actuels, pour leur amitié sincère : Mathias, Geoffrey, Poupougne, Jérôme R et Jérôme G, Joël, Pip, Antoine, Gaëlle, Elodie, Corinne, Caro, Stéphanie ; quand moi-même je n’avais plus goût à ma thèse, les deux Jérôme ont su, par l’intérêt qu’ils y portaient et les questions qu’ils me posaient, me refaire entrevoir que mon projet pouvait être intéressant. Bien évidemment, un remerciement énorme à mes parents et mon frère, qui m’ont soutenue au quotidien, prêts à tout pour m’apporter leur aide, et qui ont également su me changer les idées quand cela s’est avéré nécessaire. Rien de tel qu’un séjour au grand air à Noirmoutier pour recharger mes batteries et repartir au combat !!! Enfin, il n’y a pas de mots pour décrire ce que je dois à Guigui. Ton amour, ton écoute et ton soutien m’ont permis de finaliser cette thèse, un challenge que je ne me serais jamais sentie capable de relever sans toi. Tu as su m’apporter du réconfort, mais aussi être compréhensif face à mes innombrables pondoirs, minipreps ou transfo du dimanche après-midi. Si ce travail a abouti, c’est à toi que je le dois. Gilles, j’ai toujours senti ta présence à mes côtés pendant ces 4 ans, c’est en pensant à toi que j’ai réussi à finir ce travail. Cette thèse est pour toi..

(5) Table des matières Préambule1. INTRODUCTION I.. Régulation génique et développement .............................................. 2. Transcription et régulation transcriptionnelle .................................................................. 2

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(7) Des régions régulatrices essentielles : les CRMs ............................................................... 4

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(32) RESULTATS Partie I. Identification des cibles in vivo du facteur Svb et décryptage de leur code de régulation ...................................................................................... 33 INTRODUCTION .................................................................................................................. 34 RESULTATS ADDITIONNELS ET DISCUSSION ....................................................... 36 "

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(126) L’objectif de mes travaux de thèse a été d’aborder ces deux problèmes, par une analyse systématique des mécanismes de régulation géniques responsables de la différentiation de l’épiderme, au cours de l’embryogenèse de drosophile.. 1.

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