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Dynamic read mapping and online consensus calling for better variant detection

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Academic year: 2021

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Figure 1. Demonstration of idea of dynamic mapping. In dynamic mapping, reference sequence is updated according to already mapped reads
Figure 2. Internal statistics of an online consensus caller. This example shows how 3-bit counters keep reduced truncated pileup information for a single position
Figure 3. Simulation of dynamic mapping. This schematic view shows how dynamic mapping and iterative referencing are simulated in Dynamic Mapping Simulator using a static mapper alone
Figure 4. Dynamic Mapping Simulator: overview of the pipeline. Reads are selected for mapping as illustrated in Fig
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