PROCESSUS D’IMPUTATION MULTIPLE PERENNE : APPLICATION AU SYSTEME DE SURVEILLANCE DU VIH
1. Système de surveillance du VIH
1.1. Déclaration obligatoire des diagnostics d’infection à VIH
Les objectifs de la déclaration obligatoire (DO) de l’infection à VIH sont de connaître le nombre et les caractéristiques des personnes découvrant leur séropositivité au VIH, d’en suivre l’évolution au cours du temps [131], et de fournir des données permettant d’estimer le nombre de nouvelles contaminations, c'est-à-dire l’incidence du VIH [71].Mise en place en 2003 [132], cette notification est initiée par les biologistes qui doivent déclarer toute personne dont la sérologie VIH est confirmée positive, et cela pour la première fois dans le cadre de leur laboratoire. Un code d’anonymat unique est créé pour chaque individu à partir de la date de naissance, du prénom, de l’initiale du nom et du sexe. La fiche de notification complétée d’abord par le biologiste comporte cinq feuillets : le biologiste en conserve un et envoie les autres respectivement au médecin de l’Agence Régionale de Santé (ARS) (feuillet 1), au médecin prescripteur (feuillets 2 et 3), et au Centre National de Référence du VIH (feuillet 4) (Figure 4.1). Le feuillet médical est complété par le médecin prescripteur du test qui renseigne les informations sociodémographiques et épidémiologiques telles que le pays de naissance, le mode de contamination ainsi que les raisons ayant motivé le test VIH. Le médecin doit également consigner l’historique des tests VIH antérieurs à la notification, qu’ils aient été positifs ou négatifs. Cet historique se décompose en deux questions sur le fait d’avoir eu ou non un test VIH antérieur, positif ou négatif. En cas de sérologie antérieure, la durée en mois entre cette sérologie antérieure et celle donnant lieu à la notification doit être précisée. Le médecin complète également la fiche par des informations cliniques telles que le stade clinique et, depuis 2008, le taux de lymphocytes T4 (CD4).
Les feuillets de déclaration (feuillets biologiques et médicaux) sont ensuite adressés aux médecins inspecteurs des Agences Régionales de Santé (ARS) qui doivent les coupler et les transmettre à l’InVS. Les doublons, définis comme plusieurs déclarations pour une même personne, sont alors détectés grâce au code d’anonymat et permettent le plus souvent de compléter la notification initiale.
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Figure 4.1 – Représentation schématique du système de déclaration obligatoire du VIH La proportion moyenne de données manquantes est indiquée en % pour les variables incomplètes
1.2. Surveillance virologique
La surveillance virologique réalisée par le Centre National de Référence (CNR) du VIH a été initiée en même temps que la notification obligatoire en 2003 [133]. Les biologistes envoient volontairement un échantillon de sérum au CNR du VIH. Cet échantillon est déposé sur buvard à partir du "fond de tube" ayant permis de diagnostiquer l’infection à VIH. L’objectif de la surveillance virologique est double : la réalisation d’un test d’infection récente et le sérotypage de la souche virale.
Le test d’infection récente permet d’estimer la part des contaminations récentes, c'est-à-dire datant de moins de 6 mois en moyenne, parmi les découvertes de séropositivité. Ce test EIA-RI (Enzyme Immuno-Assay Recent Infection) a été initialement développé afin de détecter les infections récentes par le biais d’un algorithme combinant les mesures par densité optique de deux marqueurs spécifiques [134]. Ces paramètres biologiques sont des anticorps anti-VIH définis par leur liaison avec d’une part l’épitope immunodominant (IDE ou TM) de la protéine gp41 et d’autre part la région V3 de la protéine gp120.
Pays de naissance 26%
Mode de contamination 29%
Stade clinique 26%
Taux de Cd4 (depuis 2008) 47%
Motivation du test 28%
Historique de tests antérieurs 35%
Délai avec un test antérieur 38% Centre National de Référence
Médecins Anonymisation Sexe, âge, région de résidence Biologistes
Sérotypage de la souche virale 32% Test d’infection récente :
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Le sérotypage permet de suivre l’évolution des sous-types viraux circulant actuellement en France. Des tests sérologiques permettent la détermination des types viraux, ainsi que des groupes puis des sous-types. Les échantillons sont d’abord classés en type VIH-1 ou VIH-2, puis pour les types VIH-1 en groupe M ou O, et enfin parmi les groupes M en sous-type B ou non-B. Sachant que le VIH-1 est très largement majoritaire, la proportion des sous-types B versus les sous-types non-B est informative car elle permet d’évaluer la dynamique de l’épidémie en termes de migrations [135].
Les résultats de la surveillance virologique sont transmis à l’InVS, où ils sont couplés aux informations de la déclaration obligatoire grâce au code d’anonymat.
1.3. Objectifs du processus d’imputation multiple
L’objectif du processus d’imputation multiple de la base de déclaration obligatoire du VIH est de fournir à l’équipe de surveillance une base de données complète utilisée pour (i) réaliser les analyses descriptives permettant de caractériser les personnes nouvellement contaminées par le VIH et (ii) estimer l’incidence du VIH.
Il s’agit donc d’un processus d’imputation pérenne appliqué à une base de surveillance importante (>40000 cas), effectué sur une période définie (2003-2010) et en vue d’analyses spécifiques. Les variables qui sont retenues pour ce processus d’imputation doivent donc être identifiées au préalable par l’équipe de surveillance. Puis, à l’issue de l’imputation, la base de données produite est mise à disposition de l’équipe pour analyse. Elle sera utilisée comme base de travail pendant un an afin de produire les diverses communications sur le VIH au niveau national et international.
La base de déclaration obligatoire du VIH est imputée annuellement depuis 2008. Nous présenterons dans ce travail les différentes étapes du processus d’imputation effectué à partir de la base de données du 31 décembre 2009.
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