LISTE DES TABLEAUX
II. Agents pathogènes émergent de l’infection urinaire
3. Alloscardovia omnicolens 1. Introduction
3.5. Sensibilité aux antibiotiques et traitement
Aucune recommandation concernant le traitement et la sensibilité aux antibiotiques n’existent pour cette bactérie. À ce jour, une seule étude concernant la sensibilité aux antibiotiques de ce germe est retrouvée dans la littérature [185]. Les résultats de cette dernière montrent une très grande sensibilité du germe aux beta-lactamines testées, mais aussi aux glycopeptides, au linézolide, aux tétracyclines, à la tigécycline ainsi qu’au cotrimoxazole tandis que 84 % des souches testées sont sensibles à la nitrofurantoïne. De façon tout à fait intéressante, seulement 7 % des souches testées semblent être sensibles à la fosfomycine et 61 % des souches présentent des CMI supérieures à 2 mg/L à la daptomycine. La sensibilité de ces souches aux fluoroquinolones est variable en fonction de la molécule testée avec des taux de résistance de 45 %, 16 % et 3 % pour la ciprofloxacine, la lévofloxacine et la moxifloxacine, respectivement. À noter qu’une souche présentait une résistance acquise de
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haut niveau aux fluoroquinolones avec une mutation identifiée dans le gène codant pour la protéine ParC, entraînant une substitution d’acide aminé en position 80 de cette dernière (Ser80Phe) [185]. Les antibiotiques du groupe des Macrolides- Lincosamides-Streptogramines (MLS), dont le spectre d’activité est largement en faveur des bactéries à Gram positif, semblent être d’une très grande efficacité contre cette espèce, même si leur utilisation dans le traitement des ITU n’est pas recommandée du fait de leur faible excrétion urinaire. Cependant, il est intéressant de noter que dans la série de souches testées dans l’étude menée par notre équipe, une souche présentait une résistance de haut niveau aux MLS, du fait d’une mutation dans le gène codant pour l’ARNr 23S (A2058G). Tout comme les autres bactéries de la famille des Bifidobacteriaceae, A. omnicolens présente enfin, une résistance naturelle au métronidazole. Le traitement antibiotique des infections urinaires à A.
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L’avènement de nouvelles techniques d’identification, simples, rapides à mettre en œuvre et d’une grande efficacité, comme la biologie moléculaire ou encore la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF, ont permis la mise en évidence de nouveaux uropathogènes, peu connus voire inconnus jusqu’alors.
Ces pathogènes à Gram positif modifient clairement l’attitude thérapeutique à envisager chez certains patients de par leurs profils de résistance particuliers. A. schaalii, A. urinae et A. omnicolens présentent des taux de résistance élevés à la fosfomycine, antibiotique recommandé en première intention dans le traitement des ITU par la plupart des sociétés savantes. Il est donc essentiel que les cliniciens, mais aussi les bactériologistes aient à l’esprit, en particulier chez les personnes âgées ou ceux présentant des pathologies du tractus urinaire sous- jacentes, que de telles bactéries peuvent être impliqués dans les ITU, même si la prévalence de ces germes reste à l’heure actuelle relativement faible en comparaison avec les entérobactéries.
L’attitude thérapeutique devra toujours tenir compte de la potentielle présence d’une de ces bactéries lorsque l’examen direct d’un ECBU revient positif avec une bactérie à Gram positif, qu’une pyurie est retrouvée, en particulier chez les patients fragiles comme les personnes âgées ou présentant des facteurs de risque d’ITU.
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Résumé
Titre :
Infection urinaire et pathogénes émergentsAuteur : ALLALI Younes
Directeur de thèse : Pr. SEKHSOKH Yassine
Mots clés : Aerococcus, Culture, Emergent, Infection urinaire, Prevention, Sensibilité.
Les infections du tractus urinaire (ITU) sont la cause la plus importante d’infections bactériennes de nos jours avec une incidence annuelle globale aux alentours de 250 millions de cas. Pour mémoire, environ 50% des femmes auront un épisode d’ITU dans leur vie. L’étiologie de ces infections a largement été étudiée durant les dernières décennies et seules quelques espèces bactériennes sont considérées comme étant de réels uropathogènes (ex.
Escherichia coli, Proteus mirabilis, Staphylococcus saprophyticus …).
Cependant, l’avènement des nouvelles techniques d’identifications bactériennes et leurs applications de plus en plus importantes et accessibles, comme la spectrométrie de masse MALDI-TOF, ou encore l’utilisation de plus en plus aisée du séquençage entier de génomes, de nombreuses espèces bactériennes préalablement considérées comme des contaminants ou comme appartenant à la flore, sont désormais retrouvées dans les échantillons d’urines, identifiées et étudiées. C’est ainsi que de nouvelles espèces uropathogènes ont émergé, comme Actinotignum (anciennement Actinobaculum) schaalii, Aerococcus urinae,
Aerococcus sanguinicola ou encore Alloscardovia omnicolens. Ces espèces sont souvent peu
étudiées et peu connues par la plupart des bactériologistes et des cliniciens alors que leurs prévalences dans les ITU peuvent être non négligeables chez les patients âgés, en cas de prédispositions urologiques ou de certaines comorbidités.
Ce travail a pour but d’éclaircir les connaissances de la communauté médicale concernant ces nouveaux germes uropathogènes émergents, afin d'éviter une prise en charge
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Abstract
Title: Urinary infection and emergent pathogene. Author: ALLALI Younes
Thesis supervisor: Pr. SEKHSOKH Yassine
Keywords: Aerococcus, Culture, Emergent, Sensibility, Prevention, Urinary infection.
Urinary tract infections (UTIs) are the most important cause of bacterial infections today with an overall annual incidence of around 250 million cases. Of note, approximately 50% of women will have an ITU episode in their lives. The etiology of these infections has been widely studied in recent decades and only a few bacterial species are considered to be real uropathogens (For example : Escherichia coli, Proteus mirabilis, Staphylococcus
saprophyticus ...).
However, the advent of new bacterial identification techniques and their increasingly important and accessible applications, such as MALDI-TOF mass spectrometry, or the increasingly easy use of full genome sequencing, many bacterial species previously considered contaminants or belonging to the human flora, are now found in urine samples, identified and studied. Thus, new uropathogenic species have emerged, such as Actinotignum (formerly Actinobaculum) schaalii, Aerococcus urinae, Aerococcus sanguinicola or
Alloscardovia omnicolens. These species are often poorly studied and little known by most
bacteriologists and clinicians, while their prevalence in ITU may be significant in elderly patients, in cases of urological predispositions or certain co-morbidities.
The purpose of this work is to clarify the medical community's knowledge of these new emerging uropathogenic germs in order to avoid inappropriate diagnostic and therapeutic management.
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