Les Coronavirus humains classiques connaissent une période d’incubation courte allant de 2 à 4 jours en général [48].
Concernant le MERS-CoV bien qu’on ignore le moment exact et la nature des expositions aboutissant à l’infection, pour les cas où celle-ci est connue ou fortement présumée, la durée d’incubation des cas confirmés en laboratoire est en général de moins d’une semaine. Néanmoins, pour au moins un cas, l’exposition connue s’est produite 9 à 14 jours avant l’apparition de la maladie. D’autres données chez des cas exposés sur un certain laps de temps font penser qu’au moins dans une minorité de cas, la période d’incubation peut dépasser une semaine, tout en restant inférieure à deux semaines [102].
Le SRAS-CoV a également démontré une période d'incubation longue (médiane, 4-5 jours; intervalle, 2-10 jours) comparativement aux autres Coronavirus provoquant une infection chez les humains (moyenne, 2 jours; intervalle typique, 12 heures à 4 jours). Compte tenu de la variabilité inhérente des virus, des problèmes potentiels de mémoire et de la volonté d'uniformiser la surveillance de tous les virus respiratoires émergents, l'historique de l'exposition fondée sur les 14 jours précédant l'apparition de l'infection est jugée comme une approximation raisonnable et sûre [103].
VI-2. Signes et symptômes :
Les HCoV sont essentiellement étudiés dans le cadre d’infections respiratoires. Leur implication précise dans des pathologies digestives et neurologiques chez l’homme est encore controversée. Les HCoV sont détectables dans les selles. Ils ont été mis en cause dans les entérocolites nécrosantes du nourrisson dans les années 1980, et dans les diarrhées aiguës et chroniques, suite à l’observation en microscopie électronique de particules virales dans les selles : ces particules à la morphologie caractéristique ont été alors désignées sous le nom de human enteric Coronavirus (HEVC) ou Coronavirus-like particles (CVLPs) [104,105].
L’ARN des HCoV est détectable dans les selles de patients présentant des infections respiratoires à HCoV accompagnées de signes digestifs [106]. Il faut noter qu’un certain nombre de Coronavirus animaux sont responsables d’authentiques pathologies entériques graves, avec une mortalité importante, notamment chez les nouveau-nés.
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Concernant le système nerveux central, les HCoV font partie de la longue liste d’agents potentiellement responsables de pathologies démyélinisantes, notamment de la sclérose en plaque. Certaines études ont montré le caractère neuroinvasif des HCoV classiques et suggèrent l’existence d’infections persistantes dans le tissu cérébral [44,107].
Les HCoV sont essentiellement responsables d’infections respiratoires. Comme de nombreux virus, leur responsabilité n’est pas toujours prouvée par le contrôle des critères du postulat de Koch adapté aux virus par Rivers en 1937 (ensemble de six critères établissant un virus comme cause de la maladie). Cependant, certaines preuves directes ou indirectes ont pu être apportées pour les Coronavirus classiques et les infections respiratoires hautes (inoculation à des volontaires sains), pour HCoV-HKU1 et les infections respiratoires basses (séroconversion), et pour le SARS-CoV (inoculation expérimentale à l’animal) [108,109]. Les études récentes montrent que les patients infectés par un HCoV hors SARS-CoV peuvent présenter une infection respiratoire haute (rhinite, laryngite, otite) ou basse (bronchite, bronchiolite, ou pneumopathies) [73,110].
Quelques particularités ont été soulignées dans certaines études, comme l’association plus fréquente de l’infection par HCoV-NL63 et la survenue de laryngite [70]. La gravité de ces infections semble surtout déterminée par le terrain du patient. En population générale, les infections à HCoV sont le plus souvent d’évolution bénigne, et ne se distinguent cliniquement pas de l’infection par d’autres virus respiratoires ; en milieu hospitalier, il est à noter qu’un tiers des enfants présentant une infection respiratoire à HCoV est porteur d’un terrain fragilisé (antécédent d’atopie, asthme, immunodépressions diverses, malformations congénitales variées) [111,112].
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Figure 9 : (A) : nombre de virus détectés dans les échantillons respiratoires prélevés en Basse-Normandie.
(B) : répartition des différents Coronavirus humains (229E, OC43, NL63, et HKU1) trouvés dans ces échantillons respiratoires [73]
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Le Coronavirus humain le plus pathogène est le SARS-CoV. Au cours de cette infection, après une incubation silencieuse de deux à dix jours, le tableau clinique débute par un syndrome pseudogrippal banal associant de la fièvre et des signes généraux à type de frissons, courbatures, asthénie, et anorexie.
Après quatre à six jours, la période d’état s’installe et est marquée par l’apparition de signes respiratoires (toux, dyspnée) accompagnés parfois de signes pharyngés. Les manifestations digestives sont présentes dans environ 30 % des cas (pourcentage variable selon les séries publiées) et associent diarrhées, vomissements, et douleurs abdominales.
L’examen et la radiographie pulmonaire révèlent une pneumopathie soit focalisée soit diffuse. Chez un patient sur cinq environ, l’évolution est défavorable et est marquée par l’apparition d’un syndrome de détresse respiratoire grave nécessitant une ventilation assistée. Cette aggravation de la symptomatologie se fait alors qu’une réponse immunitaire s’est mise en place, suggérant un mécanisme immunopathologique. L’issue se fait soit vers la mort par défaillance multiviscérale, soit vers la guérison. Chez certains patients, des signes de fibrose pulmonaire séquellaires visible au scanner ont été décrites après plusieurs mois d’évolution. Il est à noter que des cas d’infections peu symptomatiques par le SARS-CoV ont été décrits [113,114].
Les manifestations cliniques de l’infection par le MERS-CoV varient, allant de l’infection asymptomatique à une pneumonie grave, souvent compliquée par un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), un choc septique ou une défaillance polyviscérale mortelle [115]. Les premiers symptômes des formes graves de l’infection sont la fièvre (98 %), des frissons (87 %), la toux (83 %) et la dyspnée (72 %) ; cependant, près de 25 % des cas font également état de symptômes gastro-intestinaux tels que vomissements et diarrhée. Près de 15 % des cas hospitalisés peuvent ne pas présenter de fièvre [116]. La progression vers une pneumonie et une insuffisance respiratoire graves a généralement lieu de manière rapide au cours de la première semaine (délai médian de 7 jours entre l’apparition des symptômes et l’instauration d’une ventilation mécanique). Parmi les anomalies relevées en laboratoire figurent la leucopénie la lymphopénie, la thrombopénie, une coagulopathie de consommation et une élévation de la créatinine sérique, de la lacticodéshydrogénase et des enzymes hépatiques [117,118].
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Des cas de co-infection avec d’autres virus respiratoires et agents pathogènes bactériens ont également été signalés. La majorité des cas notifiés concernent des adultes (98 %) et des sujets masculins (66 %, n = 1329), avec un âge médian de 50 ans (variant entre 9 mois et 99 ans, n = 1335). Le nombre de cas d’infection par le MERS-CoV observés chez les enfants est très faible [119]. La présence d’au moins une comorbidité (par exemple immunodéficience, affections malignes, obésité, diabète, maladies cardiaques, affections rénales ou pneumopathies), signalée dans 76 % des cas, est associée à un risque de mortalité accru [120]. Dans une série de 70 cas, il a été observé que la présence d’infections concomitantes et d’un taux d’albumine sérique faible étaient des facteurs prédictifs d’une infection grave, tandis qu’un âge≥65ans était le seul facteur prédictif indépendant de mortalité accrue (odds ratio 4,39 ; intervalle de confiance 2,13‒9,05 ; p < 0,001). [121].
VI-3. Définition du cas d’infection par le MERS-CoV :
Cas possible :
a- Toute personne présentant un syndrome de détresse respiratoire aiguë ou une infection du parenchyme pulmonaire (fondées sur des preuves cliniques ou radiologiques) avec fièvre et toux, ayant une histoire de voyage dans un des pays de la liste ci-dessous, dans les 14 jours précédant l'apparition des symptômes.
b- Toute personne présentant une infection respiratoire aiguë, quelle que soit sa gravité, ayant, dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes :
o une notion de contact avec un cas possible ou confirmé, Ou
o une notion de fréquentation d’une structure hospitalière, pour quelque motif que ce soit (Hospitalisation, consultation, visite), dans un des pays listés,
Ou
o un contact proche avec un dromadaire ou un produit issu de l’animal (lait non pasteurisé, viande crue, urine), dans un des pays listés.
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Par ailleurs, dans le cadre de la détection des émergences, tout regroupement de cas d'infections respiratoires aiguës graves hospitalisées, avec ou sans notion de voyage ou résidence en zone géographique à risque, doit être signalé et investigué, en particulier chez le personnel soignant.
Cas confirmé :
Cas possible avec des prélèvements indiquant la présence de MERS-CoV par des techniques de biologie moléculaire, au niveau d’un laboratoire agréé par le Ministère de la Santé.
Un contact est défini comme suit :
Toute personne qui a été exposée à un cas possible ou confirmé, sans protection appropriée ; c'est-à-dire une personne qui :
a fourni des soins au patient (Professionnels de santé, proches parents),
s'est trouvée dans une situation de contact étroit et prolongé (avoir vécu auprès du cas sous le même toit, avoir eu un contact à moins d’un mètre),
a été en contact direct avec les sécrétions respiratoires ou avec les liquides biologiques de ce cas [75].
Liste des pays considérés à risque* :
Pays enregistrant des cas autochtones confirmés, et pays limitrophes :
Arabie Saoudite, Bahreïn, Emirats Arabes Unis, Irak, Iran, Jordanie, Koweït, Liban, Oman, Qatar, Syrie, Palestine, Yémen.
Pays enregistrant une flambée : Corée du Sud
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