A Idade Média é caracterizada, no ocidente, pela hegemonia do cristianismo e pelo grande poder sócio-político que a Igreja Católica deteve nesse período. Desse modo,
enquanto sistema religioso e filosófico dominante na Europa, posicionou-se incisivamente frente aos costumes e ideias que circulavam na época, incluindo-se as ideias dos pensadores gregos. Sendo sua referência principal os ensinamentos bíblicos, mostrou aversão quanto a noção de entidades indivisíveis ou de qualquer substância primordial da qual tudo seria formado (PULLMAN, 1998).
Dentre as ideias lançadas pelos grandes filósofos da Antiguidade, e no que diz respeito ao quesito “composição da matéria”, a Igreja tinha maior afinidade com as proposições de Platão e Aristóteles, que também rejeitavam o atomismo e uma única matéria primordial, de modo que a influência de Platão foi mais significativa até o século XII, e a de Aristóteles, desse período em diante. Esse fato tem origem na interpretação de São Tomás de Aquino sobre o mistério da transubstanciação que ocorre na Eucaristia, e tem como consequência a “cristianização” do grego e ampla aceitação de suas ideias entre o clero (PULLMAN, 1998)
Por outro lado, uma filosofia que tem por princípio livrar os homens do medo da morte, falar em partículas que existem sem um criador e que se movem aleatoriamente não é exatamente compatível com os interesses do cristianismo abundantemente disseminado na Europa. Assim, não é de se estranhar que a teoria atômica tal qual proposta por Epicuro tenha sido considerada alta heresia por parte da Igreja Católica.
É interessante apontar o impacto cultural que causaram tais objeções à teoria atômica. Dante Alighieri, em sua mais famosa obra, A Divina Comédia, retrata a viagem de um homem do inferno ao paraíso, passando pelo purgatório, em busca de Beatriz, figura que representa a virtude e o bem supremos. Como homem bastante fiel às crenças do catolicismo, retratou a história de acordo com os princípios bíblicos e colocou nos distintos níveis as pessoas conforme as suas ações. Por exemplo, os santos encontravam-se no paraíso. Os assassinos, no inferno. Todo s aqueles que nasceram antes de Cristo, bem como as crianças que morrem antes de serem batizadas, tiveram o limbo como destino. Como os filósofos da antiguidade são antecessores ao nascimento de Cristo, eles também lá se encontram. Nesse cenário, uma alma destaca-se dentre as outras:
Olhando um pouco à frente vi o imortal Mestre de todo saber
Sentado em reunião filosofal. Honrarias todos vão lhe oferecer; Sócrates vejo entre eles e Platão
Mais próximos que os outros, a o entreter. (Alighieri, 1998. p. 47)
A figura em questão é a de Aristóteles, tratada por Dante com toda a pompa literária e sendo bajulado por outros filósofos. Tal retrato mostra como eram intensos o respeito e a presença do pensamento aristotélico no contexto medieval.
No entanto um filósofo não foi para o limbo. Epicuro – por desdenhar da presença e interferência divinas – foi posto no inferno, mais precisamente, no círculo (uma espécie de subnível do inferno) dos hereges. Tal atitude demonstra a enorme repulsa pelas ideias desse filósofo. É curioso notar que até mesmo Demócrito foi posto no limbo; mas por embutir tão avidamente pressupostos contrários à religião e vida após a morte, Epicuro era considerado uma espécie de herege-mor, padecendo, portanto, no inferno, segundo o pensamento de Dante e em consonância com o cristianismo da Idade Média.
Como ocorreu com outros ramos da atividade científica, a especulação sobre a composição do universo foi proibida, dado que a “verdade” já tinha sido descrita por Aristóteles e incorporada ao pensamento cristão.
No entanto, os escritos deixados pelos antigos filósofos gregos e seus discípulos não haviam sido perdidos, de modo que ainda era possível encontrá-los no ambiente medieval europeu. Paradoxalmente, as ideias de Demócrito e Epicuro sobreviveram pelas críticas de Aristóteles à teoria atômica, o que permitia o contato e até mesmo a ressurreição das teses antigas, no sentido de dar-lhes uma relevância perdida. Tal foi o caso de William de Ockham (1300-1350), um monge franciscano inglês, que criticou severamente a física de Aristóteles e postulou que a matéria deveria ser composta de partículas elementares (PULLMAN, 1998). Contudo, no contexto europeu medieval, suas ideias não tiveram espaço para florescimento, sendo sua obra condenada em 1340 pela Igreja. Nicholas de Autrecourt (1300- 1350) também foi um entusiasta do atomismo, e, como Ockham, criticou a física aristotélica, aconselhando que se observasse a
natureza e recusasse a autoridade dos professores. Não surpreende que o destino de suas ideias tenha sido a fogueira. Em 1347 foi forçado a renunciar suas teses publicamente e queimou seus escritos.
Simultaneamente, no oriente médio, o atomismo propagava-se, mas de uma forma diferente: um importante objetivo do atomismo árabe era afirmar a onipotência de Alá, exibindo assim um forte vínculo com religião, em completa oposição ao atomismo grego. Enquanto o cristianismo e o judaísmo execravam as posições atomistas, o Islã foi a primeira religião monoteísta a conciliar a crença em Deus com uma visão corpuscular da matéria, criticando, também, a física de Aristóteles (PULLMAN, 1998).
Além disso, no âmbito da Alquimia, houve o desenvolvimento da teoria enxofre-mercúrio, segundo a qual metais seriam compostos de uma combinação de enxofre e mercúrio, de autoria do árabe Jabir ibn Hayyan (722-804) como complemento aos quatro elementos aristotélicos. (MAAR, 2008). Mais tarde, o médico Paracelso (1493-1541) adota o tria prima, de forma que os metais seriam compostos desses dois elementos, mais o sal, e o aplica na medicina, que atribuindo as doenças a um desequilíbrio desses três princípios.
Sobre o trabalho como químico-médico, Peduzzi (2005) afirma que Paracelso:
... concebe o tratamento de doenças do corpo humano pela ingestão de remédios à base de uma farmacologia química. Supostamente, processos e transformações químicas no interior do organismo explicariam a cura. A experimentação em um campo novo, sem bases teóricas claras, com frequência desencadeava a morte do paciente. Esse andar às cegas, de tentativas isoladas de acerto com base na correção de erros, é característico de um período que antecede a química moderna (PEDUZZI, 2005. p. 35).
Paracelso, tal como os árabes, relacionou o enxofre à propriedade da combustibilidade, o mercúrio à volatilidade e o sal à incombustibilidade (MAAR, 1998). Assim, a febre, por exemplo,
seria um excesso de enxofre, que deveria ser equilibrada pelo consumo de sal.