Materials i mètodes

Encebadors i sonda: s’utilitzaren els encebadors i la sonda TaqMan®: encebador directe (HEVF) 5’‐GGTGGTTTCTGGGGTGAC‐3’; encebador revers (HEVR) 5’‐

AGGGGTTGGTTGGATGAA‐3’; i sonda TaqMan® 6‐FAM‐TGATTCTCAGCCCTTCGC‐MGB Jothikumar et al., (2006). La seqüència amplificada tenia una longitud de 70 nt i estava situada a la regió ORF3 del virus.

Construcció de l’estàndard: el plàsmid es va construir a partir d’una mostra positiva de bilis per RT‐PCR convencional (Annex II) (GenBank: SW626/EU723512/Spain) i els encebadors HEVF i HEVR. Per poder amplificar el fragment, es dissenyà un encebador extern: encebador reverse (5500R): 5’‐GVGGGGCGCTGGGACTGGTC‐3’ (figura 12.1). El fragment de 70 nt es clonà en pGEM®‐T Vector System (Promega) i el producte de lligació

s’incorporà mitjançant electroporació a cèl∙lules E. coli DH5α (Invitrogen). L’ADN plasmídic es purificà mitjançant el kit Nucleospin Plasmid DNA Purification (Macherey‐Nagel) i es

quantificà per espectrofotometria. A partir d’una dilució inicial de 10 nanograms/microlitre (ng/μl) de plàsmid es feren 10 dilucions 1:10 (1 ng/μl a 10^‐10ng/μl).

Extracció de l’ADN: l’extracció es va fer mitjançant el kit Nucleospin RNA Virus (Macherey‐

Nagel) o bé pel mètode d’extracció amb Trizol (Invitrogen).

Optimització de la concentració d’encebadors i sonda: per a l’optimització dels encebadors (HEVF i HEVR), es testaren les concentracions (nanoMolar (nM)) següents: 50/50; 50/250;

250/250; 50/900; 250/900 i 900/250. Per a la sonda, es testaren les concentracions següents (nM): 50; 100; 125; 150 i 200. La prova es realitzà per triplicat en cada una de les dilucions de l’estàndard i s’escollí la concentració d’encebadors HEVF/HEVR i de sonda amb el Ct més baix (major sensibilitat).

Figura 12.1. Encebadors i sonda utilitzats per la posada al punt de la RT‐PCR a temps real

Síntesi del DNAc: la transcripció inversa es dugué a terme segons el protocol utilitzat a la RT‐PCR semi‐anidada (Annex II).

PCR a temps real: els 25μl de reacció contenien 12,5μl de TaqMan® Universal PCR Master Mix, encebador HEVF i HEVR a una concentració de 250mM i 900nM respectivament, sonda a una concentració de 150nM i 2,5μl de ADNc. Per a la realització de la PCR a temps real, s’utilitzà l’aparell ABI Prism 7000, d’Applied Biosystems. Les condicions del termociclador foren: descontaminació de bases uracil mitjançant l’AmpErase UNG a 50ºC per 2 min, desnaturalització a 95ºC per 10 min, seguit de 45 cicles de 95º 10 s, 50ºC 20 s i 72ºC 30 s.

Mostres: per comprovar l’eficiència de la tècnica s’escolliren mostres de bilis, femtes i sèrum de porcs infectats de forma natural testades prèviament mitjançant la RT‐PCR semi‐

anidada (de Deus et al., 2007).

Resultats

Sensibilitat i eficiència: la màxima dilució de plàsmid detectada fou de 10^‐8 ng/μl equivalent a <10 còpies d’ARN per reacció. La pendent mitjana de la corba fou de ‐3.4 corresponent a una eficiència del 96%.

Comparació de mètodes d’extracció: una mostra de bilis positiva a VHE per RT‐PCR semi‐

anidada s’utilitzà per comparar ambdós mètodes d’extracció. Els resultats mostraren que el mètode d’extracció per Trizol és més eficient que el mètode d’extracció per kit comercial: 10⁵‐10⁶ equivalents de genoma/ml mostra de bilis versus 10 equivalents de genoma/ml mostra de la mateixa bilis. Totes les mostres foren analitzades mitjançant l’extracció per Trizol i es detectà una presència més gran de virus en bilis (10³‐10⁶ equivalents de genoma/ml de bilis) que en femtes (10²‐10³ equivalents de genoma/ml de suspensió fecal) i sèrum (no detectat).

Discussió

Els mètodes de diagnòstic basats en la PCR quantitativa tenen una major sensibilitat, són menys laboriosos, redueixen el temps de diagnòstic i eviten contaminacions, comparat amb els mètodes de PCR convencional. A part, permeten quantificar el virus present a la mostra donant una idea de la concentració del virus en els diferents teixits al llarg de la infecció. La PCR a temps real que s’ha posat a punt en aquesta tesi té una molt bona sensibilitat i especificitat, i permet quantificar el VHE present en mostres de bilis i femtes.

Encara que els resultats son equiparables a la tècnica posada al punt per Jothikumar et al.

(2006), la tècnica no és capaç de detectar el virus en mostres de sèrum.

La PCR a temps real desenvolupada per Jothikumar et al. (2006) està basada en “un sol pas”, on l’ARN s’incorpora directament a la reacció de la PCR a temps real. Si bé aquest mètode permet reduir considerablement el temps de diagnòstic i les contaminacions, és unes 10 vegades menys sensible que el sistema de “dos pasos” on, primerament, es realitza la retranscripció i, tot seguit, s’incorpora la cadena transcrita d’ADN a la barreja de la PCR (resultats no mostrats).

L’objectiu inicial d’aquest estudi fou el de substituir la RT‐PCR semi‐anidada per la PCR a temps real com a eina de diagnòstic rutinari per a la deteccio del VHE en mostres porcines.

Malauradament, la PCR a temps real és menys sensible que la RT‐PCR semi‐anidada, ja que aquesta segona té aproximadament el doble de cicles d’amplificació (35x2= 70 cicles) que la primera (40 cicles). D’aquesta manera, mostres que contenen molt poca quantitat de virus, com el sèrum, són positives per RT‐PCR semi‐anidada però negatives per PCR a temps real. Recentment, s’han desenvolupant PCR quantitatives més sensibles basades en el sistema de transferència d’energia sondaencebador (PriProET: Prime‐Probe Energy Transfer) (Gyarmati et al., 2007; Breum et al., 2008). Aquesta tècnica, a diferència del sistema TaqMan®, utilitza, a més de la sonda receptora, un encebador marcat amb un fluorocrom donant en un dels encebadors. Quan la sonda s’hibrida amb la cadena marcada per l’encebador marcat, l’energia es transfereix de l’encebador a la sonda. Així doncs, la quantitat de fluorescència emesa és directament proporcional a la quantitat d’amplicons formats, resultant ser una tècnica més sensible (fins a un equivalent de genoma) i específica (Gyarmati et al., 2007). A més, aquest sistema permet genotipar directament sense la necessitat de seqüenciar. La posada al punt d’aquest sistema permetria substituir el diagnòstic rutinari del VHE mitjançant la RT‐PCR semi‐anidada per un sistema molt més ràpid i segur.

Bibliografia

Breum, S. Ø., Hjulsager, C.K., De Deus, N., Segalés, J., Enøe, C., Larsen, L.E., 2008, Hepatitis E virus is prevalent in the Danish pig population. Poster 20th International Pig Veterinary Society Congress, Durban (South Africa).

Gyarmati, P., Mohammed, N., Norder, H., Blomberg, J., Belak, S., Widen, F., 2007, Universal detection of hepatitis E virus by two real‐time PCR assays: TaqMan and Primer‐Probe Energy Transfer. J Virol Methods 146, 226‐235.

Jothikumar, N., Cromeans, T.L., Robertson, B.H., Meng, X.J., Hill, V.R., 2006, A broadly reactive one‐step real‐time RT‐PCR assay for rapid and sensitive detection of hepatitis E virus. J Virol Methods 131, 65‐71.

Dans le document Epidemiologia i Patogènia de la Infecció pel (Page 140-144)