Matériels et méthodes

2.1 Site d'étude

Cf Introduction générale 2.2, page 10.

2.2 Campagnes annuelles d'échantillonnage

Les palourdes japonaises Venerupis philippinarum ont été collectées dans le cadre des campagnes d'évaluation du stock de palourdes réalisées par le Comité Départemental des Pêches Maritimes et Elevages Marins (CDPMEM), l'IFREMER d'Anglet et les pêcheurs professionnels.

Les campagnes 2010 (24 mai-3 juin et 9-15 juin) et 2012 (2-9 juin et 19-25 juin) ont été analysées pour cette étude avec respectivement 5 716 et 6 437 palourdes japonaises récoltées.

Figure II.1. Carte du bassin d'Arcachon avec en gris l'ensemble des strates échantillonnées lors des campagnes 2010 et 2012. La barre noire délimite les sous-bassins Nord et Sud. Dans les analyses, la strate B est considérée pour moitié dans le sous-bassin Nord et pour

l'autre moitié dans le sous-bassin Sud. L'ensemble de la strate Z2 est considérée dans le sous-bassin Nord

L'étude a été réalisée sur 15 secteurs, appelés strates, définies par l'IFREMER (Sanchez et al. 2013), reparties sur la zone intertidale de répartition de la palourde à l'exclusion des parcs ostréicoles, des chenaux et des zones de prés salés (Figure II.1.). Pour chaque strate, le nombre de stations échantillonnées a été déterminé en fonction de sa surface (approximativement 10 stations

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par km²) et les échantillons ont été distribués aléatoirement au sein de chaque strate (Sanchez et al. 2013). L'échantillonnage a été réalisé à marée haute à l'aide d'une benne Hamon. Chaque prélèvement de 0,25 m² a été tamisé sur trois mailles successives de 20, 10 et 5 mm. Les palourdes récoltées ont ensuite été congelées jusqu'à analyse.

Pour la campagne 2012, les deux autres espèces de palourdes présentes sur le bassin d'Arcachon : la palourde européenne Venerupis decussata et la palourde jaune Polititapes (= Paphia) aureus ont également été récoltées et analysées.

2.3 Prévalence et intensité de la BMD

Après décongélation, la prévalence et l'intensité de la BMD ont été déterminées sur les palourdes japonaises, mais également sur les palourdes européennes et les palourdes jaunes pour la campagne 2012.

La prévalence d'une strate est définie comme le % d'individus présentant la maladie.

NB : les individus de taille inférieure à 23 mm ont été analysés mais ne sont pas pris en compte dans les calculs de

prévalence. La prévalence est do d fi ie pou l’e se le des i dividus de taille supérieure à 23 mm (ou pour les gammes de tailles définies).

L'intensité est la moyenne des Muscle Print Index (MPI) pour les individus malades. Le MPI est un indice utilisé pour estimer le % du muscle atteint par la maladie (Dang et al. 2008). Il s'appuie sur une échelle de 0 à 4 avec 0 = individus sains, 1 = 0-25% du muscle atteint par la maladie, 2 = 25-50%, 3 = 50-75% et 4 = 75-100%. Si les deux valves présentent un MPI différent, le plus fort indice est alors retenu pour caractériser l'intensité de la maladie.

Les prévalences moyennes à l'échelle du bassin, ou des deux sous-bassins Nord et Sud (Figure II.1), ont été calculées à partir des prévalences de chaque strate et affectées d'un coefficient relatif à la superficie de celles-ci. Le même calcul a été réalisé pour calculer les MPI moyens et les proportions de ha u des stades de la aladie MPI → .

Le nombre absolu d'individus malades (ou effectifs de malades) a été obtenu en multipliant la prévalence par le nombre total d'individus sur la strate. Le nombre total (ou effectif total) a été calculé à partir de la densité mesurée et de la surface de la strate.

2.4 Suivi mensuel

Chaque mois d'avril 2011 à décembre 2012, dix quadrats de 0,25 m² ont été réalisés sur une zone protégée dite "réserve de pêche" (depuis 2009) du bassin d'Arcachon (44°41'N, 1°04'W). Les

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palourdes japonaises ont été récupérées sur un tamis de maille 10 mm de diamètre. Les palourdes ont été mesurées (longueur de la coquille) et des cohortes ont été identifiées par la méthode de Bhattacharya (1967) sur le logiciel FISAT II (version 1.2.2, FAO-ICLARM). Pour chacune des cohortes identifiées, entre 30 et 100 individus (suivant la densité) ont été disséqués. La prévalence et l'intensité de la BMD ont été déterminées pour chacune d'entre elles.

Au mois d'avril 2011 (début du suivi), trois cohortes ont été identifiées : 2008 - 2009 - 2010. L'âge moyen "t" des individus recrutés en 2010 et mesurés en avril 2011 a été estimé suivant l'équation de Von Bertalanffy en considérant les paramètres de croissance définis sur ce site par Dang et al. (2010b) :

Lt = L∞ [1- e –kt] avec k = 0,51.an^-1 et L∞ = 43,6 mm t = ln (1 – Lt/L∞) / -k

L'âge t calculé a servi de base à toutes nos estimations. En avril 2011, l âge des individus des cohortes 2009 et 2008 a été estimé à respectivement t + 12 mois et t + 24 mois. En mai 2011 l'âge des individus de la cohorte 2010 a été estimé à t + 1 mois, de la cohorte 2009 à t + 13 mois et de la cohorte 2008 à t + 25 mois. Le même calcul a été effectué chaque mois.

Une corrélation entre les âges estimés par cette méthode et les âges théoriques calculés à partir l'équation de Von Bertalanffy pour toutes les tailles a été réalisée pour tester la validité de cette estimation.

Les calculs de prévalence et d'intensité de la maladie ont été réalisés comme décrit dans le paragraphe 2.3.

2.5 Analyses statistiques

L'ensemble des analyses a été réalisé sur le logiciel STATISTICA 7.1.

Les différences entre deux prévalences ont été testées avec un test du Chi-2. Les proportions des 4 stades de MPI ont été comparées à l'aide d'un test de Chi-2 si n > 20 ou d'un test exact de Fisher si n < 20.

Une ANOVA a été réalisée pour comparer les MPI entre strates et/ou entre années. La normalité des données a été au préalable admise et l'homoscédasticité testée avec le test de Cochran.

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