55). Les deux premiers groupes comprennent les individus archéologiques et G. herbaceum /
G. arboreum qui possèdent un pont entre eux, montrant une ressemblance entre les groupes.
Le troisième groupe très divergent contient les deux espèces américaines. Etant donné les résultats de classifications des individus carbonisés en morphométrie traditionnelle, de 63,87%, il n’est pas surprenant de ne pouvoir déterminer au rang de l’espèce les identifications des exemplaires archéologiques.
Figure 55 : Graphique de densité, Mcclust, obtenu sur les données en morphométrie traditionnelle sur les individus carbonisés et archéologiques, effectif total 235 graines (Contribution des axes de l’ACP, Axe 1 : 85,1%- Axe 2 :11%)
Au sein des assemblages archéologiques, on peut également noter une structuration particulière en ce qui concerne les graines provenant du site de Madâ’in Sâlih. Leur variation morphologique semble se partager en trois groupes. Ce postulat mis en évidence par l’ACP réalisé sur les individus de Madâ’in Sâlih en morphométrie traditionnelle est confirmé par le modèle bayésien qui met en évidence ces trois groupes et permet de classer chacune des graines comme appartenant à un de ces groupes (Figure 56, voir description des morphotypes Annexe 7). Ces trois morphotypes ne se retrouvent pas à Mouweis qui présente quant à lui une homogénéité morphologique. En revanche, le morphotype présent à Mouweis correspond au morphotype n°1 de Madâ’in Sâlih. En observant les graines une à une, et en vérifiant leur contexte d’accumulation et leur position stratigraphique, il apparait que toutes les graines d’une même couche stratigraphique se retrouve dans un des groupes de morphotypes et n’appartiennent pas à des groupes différents. De plus, les formes des graines de cotons du groupe 2, légèrement plus allongées ne ressemble pas aux graines affiliées au groupe 1, plus rondes que les autres (Figure 57, Figure 58, Figure 59).
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Figure 56 : Graphique de densité, Mcclust obtenus sur les données en morphométrie traditionnelle sur l'ensemble des graines archéologiques, effectif 115 graines (PC1 : 89,2%- PC2 : 6,1 %)
Figure 57 : MS_10152 exemple de graine de morphotype 1 © J. Milon
Figure 58 : MS_65207_Bot1_G2 exemple de graine de morphotype 2 © J. Milon
Figure 59 : MS_10193 exemple de graine de morphotype 3 © J. Milon
Lorsqu’on analyse les individus archéologiques de Mouweis et de Madâ’in Sâlih sans utiliser les différents groupes définis, l’analyse MANOVA indique qu’il n’y a pas de différences significatives entre les deux sites archéologiques (p =0,06284). En revanche, lorsque l’on découpe le site de Madâ’in Sâlih en trois grands groupes morphologiques, la MANOVA nous montrent que les groupes sont significativement différents (test de Wilks’ lambda p= 6.826E-60, test de Pillai p= 8.401E-41). Les résultats des tests deux à deux nous
montre en plus que le morphotype 1 de Madâ’in Sâlih n’est pas significativement différent du morphotype de Mouweis (Tableau 10).
Tableau 10 : Récapitulatif des résultats deux à deux du test de MANOVA sur les données morphométriques traditionnelles mesurées sur les spécimens archéologiques, effectif 115 graines
MS_Morphotype 2 MS_Morphotype 1 MS_Morphotype 3 Mouweis
MS_Morphotype 2 3.2584E-39 8.8867E-12 5.4447E-20
MS_Morphotype 1 3.2584E-39 1.217E-15 0.10497
MS_Morphotype 3 8.8867E-12 1.217E-15 2.3891E-07
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5.3.2. Morphométrie géométrique
5.3.2.1. Etude de la conformation
L’AFD de la conformation des graines carbonisées et archéologiques permet, elle aussi, de différencier les graines de cotons diploïdes, tétraploïdes et archéologiques (test de Wilks’ lambda, p = 8,057E-57 et test de Pillai trace, p = 5,62E-28) et classifie correctement les
individus à 95,65%. Ce que l’analyse discriminante ne permet pas en revanche c’est de déterminer l’(les)espèce(s) présente(nt) sur les sites archéologiques alors que les résultats de classifications pour la conformation des individus carbonisées étaient de 100% (Figure 60).
Figure 60 : Premier plan factoriel de l’AFD de la conformation des individus carbonisés et archéologiques, effectif 235 graines (Axe1 : 78,6% - Axe 2 : 9%)
L’ACP de la conformation montre, elle, les recouvrements entre les espèces et les cotons archéologiques et particulièrement entre les espèces diploïdes et les graines archéologiques (Figure 61). Il est également intéressant de noter que les morphotypes archéologiques mis à jour par la modélisation bayésienne en morphométrie traditionnelle n’apparaissent pas sur les données de conformation. En effet, les données bayésiennes sur la conformation ne mettent en évidence qu’un seul groupe au sein des spécimens de Madâ’in Sâlih (Figure 63). Il n’existe aucune structuration sur les données de conformation chez les spécimens alignés archéologiques de Madâ’in Sâlih (Figure 62).
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Figure 61 : ACP de la conformation des individus carbonisés et archéologiques, effectifs 235 graines (PC1 : 48,3% - PC2 : 20,6%)
Figure 62 : ACP en morphométrie géométrique sur les individus archéologiques de Madâ’in Sâlih, effectifs 99 graines (PC1 : 35,3% - PC2 : 21,8%)
Figure 63 : Graphique de densité, Mcclust obtenus sur les données de conformation du site de Madâ’in Sâlih, effectif 99 (PC1 : 35,3 % - PC2 : 21,8 %)
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5.3.2.2. Etude des tailles centroïdes
L’ANOVA des tailles centroïdes montre des différences de morphotypes dans les assemblages archéologiques qui n’étaient pas visible sur les données de conformations (p = 1,03E-56 et test de Kruskal Wallis, p = 2,101E-32). De plus, la structuration des tailles
centroïdes des morphotypes confirment les résultats de Mcclust des données de morphométrie traditionnelle et rassemble le morphotype n°1 de Madâ’in Sâlih et les graines de Mouweis. De plus, les tailles centroïdes des spécimens archéologiques (Madâ’in Sâlih et Mouweis confondus) se rapprochent de celles des graines de Gossypium herbaceum carbonisé, en rouge sur le Boxplot (Figure 64). Ce résultat ne permet pourtant pas d’affirmer que les spécimens archéologiques correspondent à des graines de cotons de l’espèce G. herbaceum.
Figure 64 : Boite à moustache représentant les tailles centroïdes des individus carbonisés et archéologiques, effectif 235 graines
5.3.2.3. Etude de la forme
La MANOVA de la forme montre que les groupes sont significativement différents (test de Wilks’ lambda, p = 3.542E-155, test de Pillai trace, p = 6.251E-63). La visualisation de
l’ACP nous montre un fort recouvrement entre les graines archéologiques et les graines carbonisées de G. herbaceum (Figure 65). Cependant, l’information concernant les morphotypes et la structuration à l’intérieur des échantillons archéologiques est perdue comme nous le montre les données obtenues grâce aux tests bayésiens qui mélange les trois morphotypes en deux groupes totalement hétérogènes. En effet, avec les tests de Mclust sur la forme, on obtient deux groupes au sein des individus de Madâ’in Sâlih qui ne correspondent
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