Mécanistique de la régulation par NagC

D’après nos expériences menées en milieu défini, NagC est un régulateur transcriptionnel qui peut jouer le rôle d’activateur ou bien de répresseur et dont l’activité régulatrice est inhibée en présence de GlcNAc-6-P intracellulaire [264]. D’après plusieurs études réalisées par l’équipe du Dre Plumbridge, il a été établi que le régulateur NagC reconnait une séquence de 23 pb, appelée ici « boîte NagC » dont le consensus, déterminé à partir de nos analyse in silico, est présenté en Figure 5 [267]. NagC est une protéine qui est présumée agir en dimère et qui requière généralement deux boîtes NagC pour réguler la transcription des gènes comme c’est le cas pour les gènes nag et fimB [264,267,268]. Cependant, une seule boîte NagC a été mise en évidence au niveau du promoteur de galP [265].

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Généralement, la régulation transcriptionnelle par NagC fait intervenir la formation de boucles d’ADN comme c’est le cas pour répression de l’expression des gènes nag et de galP ainsi que pour l’activation de la transcription de fimB chez E. coli [264,265,268].

Figure 5. Séquence logo déterminées à partir des sites de fixation de NagC chez EDL933.

Nous avons été en mesure grâce à nos analyses et avec l’aide du Dre Plumbridge d’identifier une séquence potentielle de fixation de NagC sur le promoteur de ler (Figure 6). Bien que nous ayons réalisé des expériences d’EMSA et de footprinting suggérant une interaction de la protéine NagC avec le promoteur de ler, les résultats préliminaires ne sont pas convaincants et ne permettent pas de conclure quant à une régulation directe médiée par NagC (Annexe 1, Figure 2 et 3). En effet, alors que des concentrations de la protéine NagC de l’ordre du nanomolaire suffisent à observer une protection à la DNase du promoteur des gènes nagB et nagE, des concentrations supérieures à 1 µM sont requises afin de voir une protection sur le promoteur de ler (Annexe 1, Figure 3). Ceci serait le résultat d’une affinité moindre de NagC avec le promoteur de ler comparé à son affinité élevée avec le promoteur des gènes nag. À partir de ces observations, plusieurs hypothèses sont possibles afin d’expliquer la régulation de la transcription de ler par NagC. La première est que NagC agit indirectement en régulant l’expression d’un gène codant pour un régulateur de l’expression de ler. Cependant, nos analyses de la présence de boîtes NagC dans le génome d’EDL933

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ne nous ont pas conduits à l’identification de gènes codant pour des régulateurs connus du LEE et dont l’expression serait contrôlée par NagC. La seconde hypothèse est que NagC serait un activateur direct de l’expression de ler qui agirait en coopération avec une autre protéine qui favoriserait son interaction avec le promoteur. Pour soutenir cette hypothèse, plusieurs protéines sont connues pour interagir avec NagC. Dans le cas de la répression de l’expression du gène galP, dont la région régulatrice ne contient qu’une seule boîte NagC, il a été suggéré que les protéines GalR et GalS favorisent l’interaction de NagC avec le promoteur [265]. Pour ce qui est de l’activation de la transcription de fimB, la protéine NagC se fixe sur deux opérateurs et agit en coopération avec le facteur IHF [268]. L’expression de ler étant régulée directement par de nombreuses protéines dont IHF, il est envisageable que l’interaction de NagC avec le promoteur de ler observée in vitro soit stabilisée in vivo à l’aide d’une autre protéine.

Figure 6. Représentation des séquences de fixation de NagC chez EDL933. Dans ce schéma sont représentées les boîtes NagC connues en amont des gènes

nagB, nagE et galP ainsi que la boîte NagC potentielle en amont de ler. Les bases

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Alors que de nombreux régulateurs transcriptionnels se fixent in vitro sur le promoteur de ler, seulement quelques motifs d’ADN de fixation ont été identifiés (Figure 7). La séquence d’ADN régulatrice de l’expression de ler comporte un promoteur proximal et un promoteur distal. Selon l’étude d’Islam et al. [269], le promoteur distal influencerait davantage l’expression de ler que le promoteur proximal. La séquence d’ADN de fixation de NagC identifiée par footprint se situe au niveau de la boite -10 du promoteur distal (Figure 7). Pour le moment, nous ne connaissons pas la façon dont NagC active l’expression de ler. Cependant, il est intéressant de noter que le régulateur transcriptionnel GrlA nécessite 4 paires de bases, situées entre la boite -10 et -35 du promoteur distal (Figure 7), afin d’activer l’expression de ler [269]. Ces 4 paires de bases sont situées à proximité ou bien chevauchent le site de fixation de NagC. Il est ainsi envisageable que NagC interagisse avec GrlA pour activer l’expression de ler en favorisant la fixation de l’ARN polymérase. Cette possibilité nécessite d’être étudié plus en détail.

Figure 7. Représentation schématique du promoteur du LEE1 et des sites de fixation à l’ADN des régulateurs directs de l’expression de ler. Le promoteur de ler est constitué d’un promoteur proximal et d’un promoteur distal indiqués par

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les boites -35 et -10 en vert. Les régions d’ADN nécessaires à la fixation d’une protéine activatrice sont représentées en rouge alors que celles permettant la fixation des répresseurs sont en bleue. Cra est un activateur transcriptionnel impliqué dans la détection des substrats de la néoglucogenèse [118]. NsrR active l’expression de ler et répond à la présence d’oxyde nitrique [127]. GrlA est un activateur transcriptionnel de ler et est codé par le LEE [269]. FusR est un répresseur transcriptionnel du système à deux composants FusKR impliqué dans la détection du fucose [117].