Annexe 1-Tableau 1. Liste des plasmides utilisés dans le chapitre I
Nom du
plasmide
Marqueur de Sélection et Description
(Utilisation) Référence pRS304 TRP1 (Clonage) (Sikorski et Hieter, 1989) pRS305 LEU2 (Clonage) (Sikorski et Hieter, 1989) pRS306 URA3
(Clonage, matrice pour amplifier le gène URA3)
(Sikorski et Hieter, 1989)
pRS400 KanMX4
(Clonage, matrice pour amplifier la cassette KanMX4)
(Brachmann et al., 1998)
pRS424
2µ ori, TRP1
(Clonage, matrice pour amplifier l’origine de réplication du 2µ) (Christianson et al., 1992) pRS315 ARS/CEN, LEU2 (Clonage) (Sikorski et Hieter, 1989)
pR2 ARS/CEN, LEU2, promGPD-LexA-TAP, promGAL-RecR (Expression des protéines RecR et LexA-TAP)
(Hamperl et al., 2014)
pEP01A ARS/CEN, LEU2, promCYC1-LexA-TAP, promGAL-RecR
(Expression des protéines RecR et LexA-TAP) Cette étude pEP02B ARS/CEN, LEU2, promADH1-LexA-TAP, promGAL-RecR
(Expression des protéines RecR et LexA-TAP) Cette étude pJSS3 ARS/CEN, URA3, promGPD-LexA-TAP
(Expression de la protéine LexA-TAP)
(Griesenbeck et al., 2004)
pEP11D ARS/CEN, LEU2, promGPD-LexA-TAP
(Expression de la protéine LexA-TAP) Cette étude pEP12E ARS/CEN, LEU2, promCYC1-LexA-TAP
(Expression de la protéine LexA-TAP) Cette étude pEP13C ARS/CEN, LEU2, promADH1-LexA-TAP
(Expression de la protéine LexA-TAP) Cette étude
pEP15A
LEU2, promCYC1-LexA-TAP
(plasmide intégratif, intégration de LexA-TAP au niveau du locus LEU2)
Cette étude
pSH62-EBD ARS/CEN, HIS3, promGAL-Cre-EBD
(Expression de la protéine Cre-EBD) (Cheng et al., 2000) pRS315-CreEBD ARS/CEN, LEU2, promGAL-Cre-EBD
(Expression de la protéine Cre-EBD) Cette étude MN-22
(pRS306-MN- Rap1)
URA3, promRAP1-RAP1
(Clonage) (Larcher et al., 2016)
pF6a-13xMYC- His3MX6
13xMYC, HIS3MX6
(Clonage : amplification des étiquettes Myc)
(Longtine et al., 1998)
MTR13
URA3, promRAP1-MYC(4)-RAP1
(Plasmide intégratif, 4 étiquettes MYC en N-terminal de Rap1)
Nom du plasmide
Marqueur de Sélection et Description
(Utilisation) Référence
pL1
TRP1, 4xLexAOp
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
pUL3
TRP1, 4xLexAOp, 2xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
pUL10
TRP1, 4xLexAOp, 4xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
p3A1
TRP1, ARS1, 4xLexAOp, 2xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae, test stabilité mitotique)
Cette étude
p3AL1
TRP1, LoxP-ARS1-LoxP, 4xLexAOp, 2xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae, test stabilité mitotique, test recombinaison site-spécifique)
Cette étude
pAR13C
TRP1, RS-ARS1-RS, 4xLexAOp, 2xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae, test stabilité mitotique, test recombinaison site-spécifique)
Cette étude
p10AR4
TRP1, RS-ARS1-RS, 4xLexAOp, 4xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
pADB5
TRP1, RS-RS, 4xLexAOp, 4xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
pADM2
TRP1, RS- ARS2µ+FRT-RS, 4xLexAOp, 4xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae, test stabilité mitotique)
Cette étude
pADMDF6
TRP1, RS- ARS2µ-RS, 4xLexAOp, 4xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae, test stabilité mitotique)
Cette étude
pAJNE5
TRP1, RS- ARS2µ-RS, URA3(part), 4xUASg
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
p6DB1
pADMDF6 -BamHI(del)
(Plasmide intermédiaire pour l’obtention des plasmides linéaires chez S. cerevisiae)
Cette étude
pYLPVK ARS1, URA3, TG(1-3)n::KanR::AC(1-3)n (Clonage)
Dérivé de pYLPV (Wellinger et al., 1993)
pEP04B
TRP1, RS-ARS2µ+FRT-RS, 4xLexAOp, 4xUASg, TG(1-3)n::KanR::AC(1-3)n
(Plasmide permettant l’obtention de plasmides linéaires chez S. cerevisiae, digestion du plasmide avec BamHI pour linéarisation)
Schéma du plasmide linéaire1
Nom du plasmide
Marqueur de Sélection et Description
(Utilisation) Référence
pEP07B
TRP1, RS-ARS2µ-RS, 4xLexAOp, 1xUASg, TG(1-3)n::KanR::AC(1-3)n
(Plasmide permettant l’obtention de plasmides linéaires chez S. cerevisiae, digestion du plasmide avec BamHI pour linéarisation)
Schéma du plasmide linéaire 1 Cette étude
pEP07.2
TRP1, RS-ARS2µ-RS, 4xLexAOp, 4xUASg, TG(1-3)n::KanR::AC(1-3)n
(Plasmide permettant l’obtention de plasmides linéaires chez S. cerevisiae, digestion du plasmide avec BamHI pour linéarisation)
Schéma du plasmide linéaire 1 Cette étude
pEP17.4
TRP1, RS-ARS2µ-RS, 4xLexAOp, 4xUASg, EcoRI-TG(1- 3)n::KanR::AC(1-3)n-EcoRI
(Plasmide permettant l’obtention de plasmides linéaires chez S. cerevisiae, digestion du plasmide avec BamHI pour linéarisation)
Schéma du plasmide linéaire 1 Cette étude
pEP14
TRP1, RS-ARS2µ-RS, URA3(part), 4xUASg, TG(1-3)n::KanR::AC(1-3)n
(Plasmide permettant l’obtention de plasmides linéaires chez S. cerevisiae, digestion du plasmide avec BamHI pour linéarisation)
Schéma du plasmide linéaire 1 Cette étude
1 : Schéma simplifié des plasmides linéaires utilisés dans le chapitre I. Les télomères sont représentés par
les flèches noires à chaque extrémité. Seuls l’origine de réplication et le nombre de sites UASg et LexAOp présents dans chaque plasmide sont indiqués. RI : site EcoRI.
Annexe 1-Tableau 2 : Liste des oligonucléotides utilisés dans le chapitre I Nom de l’oligonucléotide Séquence (5' -> 3') (Description) Utilisation BAR1-FOR CGAGTTTCGCGATTATTAACACCATTACTGCTTTAACAAAAGA TTGTACTG Remplacement par PCR du gène BAR1 par un marqueur de sélection BAR1-REV TCGTGACAGTTTCTGTTATGACTGTCTTATGAGTAGGCCGCTG TGCGGTATTTCAACACCG LexAOp -F AAAAATGCATGCTGTATATAAAACCAGTGGTTATATGTACAG TATTTATTGCTGTATATAAAACCAGTGGTTATATGTACAGTAC TGCAGTGG (gras : LexAOp1)
Deux sites LexAOp flanqués par un site PstI et NsiI
LexAOp -R CCACTGCAGTACTGTACATATAACCACTGGTTTTATATACAGC AATAAATACTGTACATATAACCACTGGTTTTATATACAGCATG CATTTTT
(gras : LexAOp1)
(Complémentaire de l’oligonucléotide LexAOp-F)
UASg-F AAACTGGTCGACGGAGGACTGTCCTCCGTCTGACGGAGGACT
GTCCTCCGCTCGAGACG
(gras : UASg2)
Deux sites UASg flanqués par un site XhoI et SalI UASg-R CGTCTCGAGCGGAGGACAGTCCTCCGTCAGACGGAGGACAG
TCCTCCGTCGACCAGTTT
(gras : UASg2)
(Complémentaire de l’oligonucléotide UASg-F)
ARSLoxP-F AATCGAGACGTCATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAG
TTATAGAGCCCCGAAAGCTTACATTTTAT
(gras : LoxP3; souligné : site AatII)
Amplification de l'ARS1 génomique flanqué de deux sites LoxP et de 2 sites AatII ARSLoxP-R AAGTATGACGTCATAACTTCGTATAATGTATGCTATACGAAG
TTATTTGGCATGGCGATTTCATTCTTTCA
(gras : LoxP3; souligné : site AatII)
ARS-F AAATCGGACGTCCCATGGAGAGCCCCGAAAGCTTACATTTTAT (gras : site NcoI; souligné : site AatII)
Amplification de l'ARS1 génomique flanqué de deux sites: un site NsiI et un site NcoI (+ sites AatII)
ARS-R AACTAGGACGTCATGCATTTGGCATGGCGATTTCATTCTTTCA (gras : site NsiI; souligné : site AatII)
RS-dup1 F AACGTACATGTCGAGATCATATCACTGTGGACGTTGATGAAA
GAATACGTTATTCTTTCATCAAATCGTACATGTTTCGA
(gras : site RS2; souligné : site Pci)
Un site RS flanqué de sites PciI (compatible NcoI) RS-dup1 R TCGAAACATGTACGATTTGATGAAAGAATAACGTATTCTTTC
ATCAACGTCCACAGTGATATGATCTCGACATGTACGTT
(gras : site RS2; souligné : site Pci)
RS-dup2B F AACTCATGCATCGAGATCATATCACTGTGGACGTTGATGAAA
GAATACGTTATTCTTTCATCAAATCGTATGCATCCTAT gras : site RS2; souligné : site NsiI)
Un site RS flanqué de sites NsiI
RS-dup2B R ATAGGATGCATACGATTTGATGAAAGAATAACGTATTCTTTC
ATCAACGTCCACAGTGATATGATCTCGATGCATGAGTT gras : site RS2; souligné : site NsiI)
ARS1del_F CGATTCGGGGCTCTCCATGTACG Clonage délétion ARS1 ARS1del_R CGACGCCATGCCAAATGCATCGA
ORI2um_FOR ATTTGGCATGGCGTCGTTCCCCGAAAAGTGCCACCT Clonage Insertion origine de réplication du 2um
ORI2um_REV GGAGAGCCCCGAATCGGGGCCTCGTGATACGCCT
delFRT-F2 AGAGCGCTTTTGAAAACC Clonage délétion du site FRT delFRT-R2 AAAGCGTTTCCGAAAACG
URA3NECO-F ACTAGTCGACACACCCGGTGTGGGTTTAG (souligné : site SalI)
Amplification d’une portion du gène URA3 flanqué d’un site BglII et d’un site SalI URA3-NECOB-R CTAAGATCTGAATTCTTTGCTGGCCGCATCTTCT
Nom de l’oligonucléotide
Séquence (5' -> 3') (Description)
Utilisation
Cyc1p-F GCGGCCGCTCTAGAAACTAGTCCAAAGCGCCAGTTCATTT Amplification du promoteur du gène CYC1 (-311pb : - 1pb)
Cyc1p-R GCCGTTAACGCTTTCATACTAGTATTAATTTAGTGTGTGTATTT GTGTTTGTG
Adh1p-F GCGGCCGCTCTAGAAACTAGTCCGTGGAATATTTCGGATATCC Amplification du promoteur du gène ADH1 (-734pb : -10 pb)
Adh1p-R GCCGTTAACGCTTTCATACTAGTAGTTGATTGTATGCTTGGTA TAGC
LexIn-F CTGCAGGAATTCGATATCAGAATTGGGTACCGGCCGC Amplification du promoteur CYC1 et de l’ORF LexA-TAP et le terminateur
Lexin-R GGTCGACGGTATCGATACTCACTAAAGGGAACAAAAGCTGGA G
MycNT_claI_FOR AATCATCGATATGATCCCCGGGTTAATTAACG Amplification des étiquettes MYC flanqué de sites ClaI MycNT_claI_REV ATCTATCGATGTGATTGATTAATTTTTGTTCACC
SSB-pRS1-F GAATAGACCGAGATAGGGTTGAG Amplification du f1 ori (plasmide pRS)
SSB-pRS1-R GCTTTCCCCGTCAAGCTCTA
MN-GF AGAATCCCAGGTCTAATCAATGCAACTTCAACTAAAAAATTAC ATAAAGAA
Amplification du fragment « contrôle » (ORF MNase) MN-GR CTAATTACATGACTCGAGGTCGATTATTGACCTGAATCAGCGT
TG
QP3-F ACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTCC Quantification du plasmide pEP07.B et pEP07.2 QP3-R CTCACATCTACCTCTACTCTGGGAATTG
QP9-F TAACTATGCGGCATCAGAGC Quantification du plasmide pEP17.4 et pEP14
QP9-R CTGCCATCTGGCGTCATAA
RPL21A-F GGTTTCCCAGTCTGGCTTGA Quantification ADNg RPL21A-R TTCCAAGGTCCAACGCCCAA
PUF6End-F CGAAGAAGAGCACCCAATACA Quantification ADNg PUF6End-R TCAGCAAATGGAACGCCTAA
QP6-F TATTGGTCGACACACCTGAAAC Quantification du fragment « contrôle »
QP6-R GCCAAGCCTTGACGAACTAA
1, séquence utilisée comme LexAOp, issu du gène ColEI d’E. coli reconnu par LexA (Ebina et al., 1983 ;
Griesenbeck et al., 2003))
2, séquence utilisée comme UASg reconnu par GAL4
3, séquence sauvage reconnu par la Cre phage P1 (Hoess et al., 1982)
Annexe 2 : Plasmide contrôle pEP14