! 2.'Utilité'de'l’approche' ! Cette! carte! des! sentiers,! accompagnée! de! son! manuel! d’orientation,! devrait! permettre! aux! chercheurs! de! ne! plus! se! perdre! dans! la! jungle! et! donc! de! choisir! un! indice!pour!quantifier!une!facette!de!la!structure!phylogénétique!d’un!assemblage!ou!de! l’originalité! d’une! espèce.! Une! fois! choisi,! l’indice! peut! être! utilisé! directement,! par! exemple!dans!le!cas!des!communautés:! ! (1)en!le!reliant!à!des!caractéristiques!environnementales!ou!taxonomiques!dans!le! cadre! d’une! recherche! fondamentale! (Cadotte! et! al.! 2008,! Safi! et! al.! 2011,! Belmaker!and!Jetz!2015)! (2)en!maximisant!sa!valeur!dans!le!cadre!de!la!conservation!(Rodrigues!and!Gaston! 2002,!Rodrigues!et!al.!2011,!Pollock!et!al.!2015).! ! Dans!le!cadre!des!originalités!phylogénétiques,!on!peut!notamment!y!voir!un!outil! intéressant!en!biologie!des!invasions!(Thuiller!et!al.!2010)!puisqu’il!permet!de!quantifier! l’originalité!d’une!espèce!invasive!à!la!communauté!résidente.!! ! 3.'Limites'et'perspectives'du'travail' ! 3.1.!Lien!avec!la!diversité!fonctionnelle! ! Le! travail! de! synthèse! effectué! se! concentre! sur! les! mesures! de! diversité! phylogénétiques.!Il!est!cependant!important!de!faire!le!lien!avec!les!indices!de!diversités! fonctionnelles! car! les! deux! approches! sont! souvent! complémentaires.! En! ce! sens,! ils! permettent! un! rapprochement! entre! les! facettes! fonctionnelles! et! phylogénétiques! et! donc! un! rapprochement! de! la! biogéographie! évolutive! et! de! la! biogéographie! Partie!I!"!Synthèse! fonctionnelles! sont! représentées! sous! forme! de! dendrogramme! (Petchey! and! Gaston! 2007)! et! dans! ce! cas,! tous! les! indices! de! diversités! phylogénétiques! ont! un! équivalent! fonctionnel,!qui!d’ailleurs!ont,!dans!certains!cas,!un!nom!(malheureusement)!différent.! Par!exemple,!l’équivalent!de!PDFaith!en!fonctionnel!est!un!indice!très!utilisé,!il!s’agit!de!la! FD! sensu! Petchey! &! Gaston! (2007).! Même! dans! les! cas! où! les! distances! fonctionnelles! entre! espèces! ne! sont! pas! représentées! sous! forme! de! dendrograme,! les! liens! entre! indices! sont! criants!:! le! MPD! ou! l’entropie! quadratique! de! Rao! sont! utilisables! autant! dans!un!espace!fonctionnel!que!phylogénétique.!! ! 3.2.! Proposer! une! revue! synthétique! des! indices! d’originalité! phylogénétiques! et! fonctionnels! ! Dans!le!cadre!des!originalités!d’espèces,!un!travail!de!synthèse!entre!phylogénie! et! fonctions! semble! urgent.! En! effet,! on! dénombre! de! très! nombreux! indices! dans! les! deux!domaines,!mais!aucune!synthèse!ne!permet!d’en!faire!le!lien,!ni!même!de!les!ranger! dans!des!cases!compréhensibles!et!facilement!utilisables!par!les!écologistes.!Pourtant!les! parallèles! semblent! clairs! et! je! pense! que! l’on! peut! décomposer,! encore! une! fois,! les! indices! le! long! (1)! d’une! échelle! phylogénétique! ou! fonctionnelle! et! (2)! d’un! ensemble! d’espèces!de!référence!et!(3)!d’une!considération!de!l’abondance!de!l’espèce!:! ! (1) Les!indices!d’originalité!fonctionnelle!s’étalent!eux!aussi!le!long!d’un!continuum! d’échelle.! Par! exemple,! Buisson! et" al.! (2008)! définissent! «!l’originalité!»! et! «!l’unicité!»!fonctionnelles!des!espèces!comme!la!distance!moyenne!d’une!espèce! à!l’ensemble!de!référence!et!la!distance!moyenne!à!l’espèce!la!plus!proche!dans! l’espace! fonctionnel.! Ces! indices! correspondent! tout! simplement! aux! deux! extrémités! du! continuum! ! d’originalité! phylogénétique! mais! possèdent! – !évidemment!"!des!noms!différents,!ce!qui!ne!facilite!pas!une!vision!intégrative.! ! (2) L’ensemble! d’espèces! de! référence! auquel! une! espèce! donnée! est! comparée! Partie!I!"!Synthèse! communauté! résidente! influencent! le! succès! invasif! de! l’espèce! exotique! (voir! Thuiller!et"al.! 2010! pour! une! synthèse! du! domaine! et! Gallien!et"al.! 2015!pour!une!application,!dont!je!reporte!le!résumé!en!annexe!1.4).! b. Échelle!plus!large!de!l’aire!de!distribution!de!l’espèce! C’est! ce! qui! a! été! appelé! les! «!champs! phylogénétiques!»! des! espèces! («!phylogenetic! fields!»,! Villalobos!et" al.,! 2013)! et! qui! a! notamment! été! utilisé! pour! comprendre! la! structure! de! cooccurrence! des! oiseaux! (Barnagaud!et!al.!2014).! c. Échelle!regroupant!toutes!les!espèces!d’un!taxon!donné!! Ceci!correspond!aux!mesures!«!classiques!»!d’originalité.! ! (3) La!pondération!de!l’originalité!des!espèces!par!leur!rareté!(par!exemple!la!taille! de! leurs! aires! de! distribution)! est! de! plus! en! plus! employée,! notamment! dans! une!optique!de!conservation!(Jetz!et!al.!2014).! ! Je!pense!que!ce!travail!de!synthèse!pourra!clarifier!les!relations!entre!indices!et! donc!permettre!aux!écologues!de!plus!facilement!choisir!les!indices!en!fonction!de!leur! question.!! ! 3.3.!Incorporer!l’effet!des!modèles!nuls! ! Dans!la!synthèse!des!indices!de!diversité!de!communauté!proposée!au!chapitre!I,! nous!avons!utilisé!la!valeur!brute!des!indices!de!diversité!pour!les!classer.!Cependant,!la! valeur! des! indices! de! diversités! est! souvent! comparée! à! une! distribution! de! valeurs! «!nulles!»!qui!dérivent!d’un!modèle!nul!particulier!(Gotelli!and!Colwell!2001,!Gotelli!and! McGill!2006,!Hardy!2008,!Chalmandrier!et!al.!2013).!Ce!modèle!nul!permet!de!tester!si! une! structure! de! communauté! est! aléatoire! relativement! à! une! série! d’hypothèses! précises.! Les! indices! sont! souvent! standardisés! par! la! moyenne! et! l’écart"type! de! la! Partie!I!"!Synthèse! proche!du!MNTD,!un!indice!de!divergence!phylogénétique!(voir!le!chapitre!II).!Je!pense! que! cette! différence! apparente! ne! diminue! pas! l’intérêt! de! mon! premier! chapitre! car! l’utilisation! des! modèles! nuls! n’est! pas! systématique,! notamment! en! conservation.! Par! ailleurs,! il! faudrait! probablement! explorer! le! comportement! des! indices! bruts! et! standardisés! par! le! modèle! nul! de! façon! systématique,! ce! qui! pourra! faire! l’objet! d’études!futures.!! ! 4.!Transition! ! La!seconde!et!la!troisième!partie!de!ma!thèse!s’attachent!à!utiliser!quelques!unes! de!ces!avancées!conceptuelles!en!!biogéographie!de!la!conservation!et!en!biogéographie! fondamentale.!En!particulier,!la!partie!II!s’intéresse!à!la!richesse!phylogénétique!et!à!sa! congruence! avec! la! richesse! taxonomique.! Je! propose! aussi! de! comparer! différentes! dimensions!(richesse!et!divergence)!pour!construire!des!points!chauds!(«!hotspots!»)!de! biodiversité.! Finalement,! la! troisième! partie! est! bâtie! sur! l’utilisation! de! l’échelle! phylogénétique.!En!effet,!nous!montrons!dans!ces!trois!premières!analyses!l’importance! de! l’échelle! phylogénétique! pour! décrire! et! comprendre! la! structure! des! entités! biologiques.!J’utilise!cette!démarche!pour!distinguer!l’effet!de!différents!processus!dans! l’assemblage!de!communautés.!! Partie!I!"!Bibliographie! BIBLIOGRAPHIE'GÉNÉRALE' DE'LA'PARTIE'I'' Partie!I!"!Bibliographie! Barnagaud,! J."Y.! et! al.! 2014.! Ecological! traits! influence! the! phylogenetic! structure! of! bird! species! co" occurrences!worldwide.!(D!Mouillot,!Ed.).!"!Ecol.!Lett.!17:!811–20.! Belmaker,!J.!and!Jetz,!W.!2015.!Relative!roles!of!ecological!and!energetic!constraints,!diversification!rates! and!region!history!on!global!species!richness!gradients!(H!Arita,!Ed.).!"!Ecol.!Lett.!18:!563–571.! Buisson,!L.!E.!T.!et!al.!2008.!Climate!change!hastens!the!turnover!of!stream!fish!assemblages.!"!Glob.!Chang.! Biol.!14:!2232–2248.! Buisson,!L.!et!al.!2010.!Uncertainty!in!ensemble!forecasting!of!species!distribution.!"!Glob.!Chang.!Biol.!16:! 1145–1157.! Cadotte,!M.!W.!et!al.!2008.!Evolutionary!history!and!the!effect!of!biodiversity!on!plant!productivity.!"!Proc.! Natl.!Acad.!Sci.!U.!S.!A.!105:!17012–7.! Chalmandrier,!L.!et!al.!2013.!A!family!of!null!models!to!distinguish!between!environmental!filtering!and! biotic! interactions! in! functional! diversity! patterns.! "! J.! Veg.! Sci.!! Off.! organ! Int.! Assoc.! Veg.! 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Hardy,!O.!2008.!Testing!the!spatial!phylogenetic!structure!of!local!communities:!statistical!performances! of!different!null!models!and!test!statistics!on!a!locally!neutral!community.!"!J.!Ecol.!96:!914–926.! Isaac,!N.!J.!B.!et!al.!2007.!Mammals!on!the!EDGE:!conservation!priorities!based!on!threat!and!phylogeny.!"! Dans le document Comprendre et protéger la diversité des mammifères : une approche de biogéographie évolutive et fonctionnelle à l’échelle du globe. (Page 113-118)
